3.4完善高校行政改革的具体模式
3.4.1行政管理和学术管理分离，深化行政部门行政改革
高校的目标是为社会培养出有较高素质和水平的知识技术人才，优良的学术传统和合理的制度框架是高校教育的基础，学术自由和学术独立是其灵魂。在国外，高等教育要是没有自治也就没有了精华。这是美国教育学家赫钦斯的话[[美]赫钦斯.美国高等教育[M].杭州：浙江教育出版社，2001.]。高校的学术性强调大学是一个有确定边界的学术组织，学术应该是大学的导向，因此高校应该成为一个和国家政府相对独立的自主实体，可以自我支配、约束及其发展。德国的大学以柏林大学为代表，传承了洪堡对于大学独立和学术自由的思想。能为本国的学术成长提供有效支撑的制度才是一个国家真正优良的大学制度，而这个国家大学制度的内在灵魂就是围绕这样的学术传统所形成的理念和价值[龙叶明.柏林大学：现代大学之父[J].大学时代，2006（4）.]。
重视思想自由和学术独立的先例也在中国高等教育历史上出现过。蔡元培在北大做校长的时候，就推行过“思想自由，兼容并包”的思想，同时也为北大的强盛进行了改革[林大静.试论蔡元培的高等教育思想对高校人事制度改革的启示[J].西北医学教育，2008（4）.]。在此期间他提出“北大校务，以教授为中心”，采用“教授治校”体制。在这样的体制下，教授就拥有了较大的学术自由和参与管理的权利。这段时间的北大充满着浓厚的学术氛围，充满生机。教授和行政一起参与管理的双重行政管理体制为现在的大学提供了可以借鉴的榜样。现在的高校里学术权力和行政权力仍然不平衡，行政权力大过学术权力是其典型的表现。行政部门往往是高校重要决策的决定者，而教授作为高校的主体经常发挥不了领导作用，因为学术权力往往是被行政权力压制甚至代替。因此，高校的行政部门的职能需要重新定位。行政部门应该从传统的行政考核奖惩、档案管理转向人才资本管理，按照市场化的价值标准来对学校拥有的专家人才进行评估，特别是负责跨学科学术团队的组建。比如俄罗斯的高校聘用制度中就有：系级学术委员会有权利审批助教、讲师、副教授以及科研工作室主任的职务。学校学术委员会负责讨论和审批正教授的职务聘任，而行政领导则只是负责任命或提名管理人员。因此，在高校的行政制度改革的这段时期，要把行政权力从学术领域抽离出来，由学术机构来负责教师的岗位设置。这样，教师就能够真正的参加到学术事务当中，实现学术和行政的相对分离。
3.4.2改变行政领导任命制度，引入民主选举和竞争机制
高校进行行政制度改革比较重视的是教师聘用制度的改革，但是忽视了高校行政部门管理体制的改革。我国的行政机关负责任命高校的校长等领导人，看似是经过了群众的投票或意见选出来的，但是很多都是事前确定好人选再来征求意见，属于形式化的选举。在国外，很多国家也有类似的问题。比如日本的国立大学一直以来都是政府机构的组成部分，国立大学由文部省领导，文部50省拥有行政任免权力，存在大学缺乏自主权、人浮于事、效率低下等问题。但是在有些国家以新公共管理理论为指导，实行高校改革，获取了一些成功，其中好的经验在我国高校的改革中是完全可以借鉴的，例如：美国、日本。
美国的哈佛大学能够繁荣这么长时间，这和它的每届校长的选择机制是分不开的。哈佛大学校长的选拔条件是非常严格的。第一，管理经验要丰富，而且同时具备参加管理的能力和经历；第二，学术能力是必不可少的。校长的管理经验和学术成就在政坛上是平等的。此外还要求校长具备为学校发展筹集资金的能力，从而为学校的发展打下坚实的经济基础。哈佛大学校长的确认要经历严格的筛选过程：首先学校成立“新校长筛选委员会”，有9个委员，其中包括哈佛大学校长和理事会，哈佛大学监委会等等。其次，给哈佛大学所有的学生，包括已经毕业的学生还有社会各界名人发出信函，请他们推荐新校长的人选，通过回收反馈信息，推荐出一定数量的候选人。然后委员会和哈佛大学的教职工及高级管理人员一起讨论，听取他们的意见。同时还要召开哈佛大学各个年级和科系的学生代表大会来收集各方的意见。校长的筛选在召开多次会议和研究每一封推荐信和会议意见之后，最后决定校长人选[李恩.哈佛大学长盛不衰与我国高校改革的理性思考[J].中国高等医学教育，2004（5）.]。
日本国会在2003年通过了《国立大学法人法》等法案，规定所有的国立大学从2004年开始实行“独立行政法人化”，文部省只能对大学进行原则性的指导[刘慧频.浅析高校行政人事制度之完善——以新公共管理理论为视角，湖北：湖北师范学院学报，2008.2]。
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