由于中国西南、西北地区少数民族众多，有的地方甚至出现民族杂居的情况，这就给明王朝的治理带来了很大的麻烦，于是有了土司制度的形成。土司类似于藩属国，区别只是一个境内一个境外，当时土司繁多，以云南、贵州地区的土司最为有名。
土司制度的构建
明朝建立以后，总结了历朝统治的经验和元朝对少数民族的制度，特别制定了一套比较完整的“土司制度”。这套制度是明朝对那些尚处于农奴制和奴隶制的少数民族地区采取的一种统治形式。大体来说，是在府、县管辖下的少数民族地区设立宣慰司、宣抚司、长官司等地方行政机构，委任当地民族头领来当这个机构的长官，称为土司。
这些在明朝版图之内的内地土司和藩属国一样，要定期向朝廷进贡。土司们的册封、继承都由朝廷正式诏旨，各少数民族土司带有军队的，都直属于兵部，有的还设有土府、土县等属吏部门，体系不尽相同。
平时，各少数民族地区一样有纳税、开辟、保养驿路以及战时调兵从征的义务。如果在其内部发生了纠纷，或是有聚集起来反抗朝廷的，被平定之后，基本都会收回自治权，直属于朝廷，被称为“改土归流”。
土司衙门有宣慰司、宣抚司、招讨司、安抚司、长官司、土府、土县等各级名目，其最高长官都采用世袭制，享有一定辖区的土民。土司与朝廷的关系，基本上可以看做是相互利用的关系，土司是借朝廷给予的官权威慑自己辖区内那些想反抗的百姓，任其奴役搜刮；朝廷则是用空头的官位来笼住有实力的地方头目，使他们心向着朝廷，维持地方的安定，不至于常有叛乱。这是两头都有好处的事，只是苦了百姓。
从土司分布来看，洪武初年，西南部小民族群体比较密集，在湖南、四川、贵州三省交汇处是苗族经常活动的中心，一直向南延伸到了贵州。广西境内则是以瑶族、壮族为主。四川、云南、贵州这三省的交界处是罗罗族的聚集地。四川西部和云南西北则是摩些族。云南南部有摆夷族。四川北部及青海、甘肃、宁夏有羌族。由此可见，少数民族集中地多在中国的西南部，这里也成了明朝土司制度施行的重点地区。
治理西北
在前面提到的这些区域里，除了有当地土司外，还有一部分配合管理的流官。所谓流官，即朝廷直接任命，具有一定任期，不是世袭的这类地方官员。这些少数民族地区，大多是以土司为主，流官为辅，而流官在这里的主要作用也仅是执行监督罢了。
与此相似，在流官当州府官长的地方也有不同的部族土司存在。这样，在同一个布政使司的管治下，既有流官的州县，也有土官的土司，还有土流合治的州县，即便是在全是流官治理的州县内，也有汉人与非汉人杂处的情形。因此民族问题错综复杂，极易引起纷争，从而导致战乱。
历朝均有汉人地主凭借政治优势、利用武力或是其他方法强占土民的土地和物资，逼迫土民不得不迁徙到山里，过着极为艰难的日子，更有甚者会被屠杀消灭。这样一来，土民自然有不甘心的，遂组织起来进行武力对抗，这样就可能爆发地方性或是更大规模的战争。
洪武时期，朝廷治理边疆少数民族的原则是任其发展，只要土司听从朝廷旨令，朝廷也就任其充当一方霸主并且世代相袭，不过多干涉。对待内地的土民，朝廷则采取积极的同化策略，派遣流官辅助管理，设立道路驿站，并且选拔土司的子弟到国子监学习汉人的文化，使其纳粮纳税，一步步地加强对他们的统治，以达到直接治理州县、扩大疆土的目的。
在针对西北羌族方面，一般采取两种办法，一种是任命当地酋长头领为卫所的长官，世袭相传；一种是根据地方信仰，建设寺院，赐番僧封号，利用宗教来治理边民，将羌民的力量逐步分化，使其兵力分散，这样西北国防就可以相对稳固。
云南的土司制度
洪武十五年（1382），明军收服云南，明将金朝兴进驻红河地区，改路为府。这里民族众多，民族情况极为复杂，因此成为了实行土司制度的重要地区。洪武十七年（1384），红河地区的民族头领正式归附明朝，并进行了第一次入朝进贡。朝廷有意要树立榜样，封当地民族首领和宁为阿迷州土知州、陆羡为蒙自县土知县、普少为纳楼茶甸副长官司。历史证明，这个榜样的树立是极为成功的，不久红河两岸以及哀牢山区的思陀、溪处、落孔等各部以及其他各族头人们纷纷主动归附受封，朝廷根据各部情况，设立长官司，授各族头领为地方长官、副长官，并以百家姓赐予汉姓，土司制度进一步深化。
在此期间，红河两岸的土司主要有彝族的纳楼土司、哈尼族的思陀土司、哈尼族的落孔土司、哈尼族的瓦渣土司、哈尼族的溪处土司和傣族的亏容土司。
纳楼土司是当时红河地区最大的一家土司，在洪武十五年（1382）授予的纳楼茶甸副长官司普少，就是纳楼土司的最高头领，所辖地区号称“三江八里”，因其领土广阔，人口众多，曾与贵州永西土司和武定凤氏土司合称为西南三大彝族土司。
思陀土司，最早起于汉代，历史悠久，在洪武年间，思陀土司的首领遮比归附大明王朝之后，在捍御安南（越南）的战争中立有功劳，被赐姓李，授长官司副长官的职务。其中红河地区的落孔土司和瓦渣土司均是从思陀土司分化出来并发展起来的大土司。
另外还有众多的土官、土舍、头人、寨长等。土司的存在，如同位居一方的土皇帝，他们对当地百姓实行残酷的压迫和剥削，这些地区的百姓不许读书，见了土司要行跪拜大礼，还要给土司上官税，承担各种赋税、劳役和兵役，稍有反抗或不满，不是被吊起来打，就是被关到水牢里，有的甚至被挖眼、割鼻，所遭受到的刑罚极为残忍。
贵州的土司制度
贵州少数民族极多，洪武时期，朝廷在这里设置的土司机构遍及全省各处，比较重要的有贵州土司、贵阳土司、水西土司、安顺土司、铜仁土司、播州土司、乌撒土司、兴义土司、思南土司、思州土司、镇远土司等。
地处边疆的贵州，是属民关系最为复杂的省区，朝廷根据具体情况颁布相关制度加以管理，大力推行土、流并治的政策，充分利用土族大姓便于统治的特点，设立了宣慰使司，最高长官叫做宣慰使。贵州宣慰使司是由元朝时期的顺元路改置的，洪武年间任命水西氏为宣慰使，沙溪安氏、水东宋氏并为同知，最先隶属于湖广，之后隶属于四川，最终归属于贵州布政司。不过贵州宣慰使司不同于其他土司机构，它可以直接向皇帝上报问题，所以它并不是完全受贵州布政司辖制。
土司、土官与布政司的结合，是明朝对贵州统治的一种特殊策略，这种策略完全是沿用了前朝的制度，这样做使中央、地方、百姓三者的矛盾不至于更加激化。
土司制度是封建社会的产物，它的建立使少数民族在政治、经济、文化等各方面的发展与内地紧密相连。土司制度大大加强了封建王朝对边民的统治，土司也在保卫国家领土完整的斗争中起到了一定的积极作用。但是，土司制度的基本作用是剥削、压迫百姓的工具，在保持了土司特权和落后方式的情况下，使得少数民族长期处于贫困、落后的生活当中，这也是无法否认的事实。
