1.建立一套职责明确的控制制度
在一些私营公司中，有相当数量的管理人，认为内部控制制度就是企业的一些规章制度，因而控制的对象就是企业下属的员工及下属部门，而将自身置于控制对象之外。其实，不管内部控制制度设计得多么完美，如果得不到管理层的有效执行，其结果只能是有限的控制，甚至是无效的控制。
因此，企业内控制度的建立和运行，需要企业所有人员的共同努力，它的实施者既包括企业普通员工，更包括企业管理者，而后者的作用尤为现突。为此，内控制度的建立，必须注意管理各层面权力配置合理、责任明确以保障内控制度的有效运行，从而实现企业目标。
2.正确处理成本与效益的关系
企业经营的核心目的是实现经济效益的最大化，内部控制制度的制定与实施也是紧紧围绕这一核心目的的。在实际工作中，内控效果在很大程度上也取决于内控制度设计的合理性、完备性，关键是怎样使内控制度执行过程中各有关人员分工合理、职责明确、权限清晰，并使之尽责尽力，并用人性化、合理化的内控考核评价奖惩体系与之相配套，使内控成本与内控效果处在合理结构比例上，达到既取得良好的内控效果，又尽可能地节约内控所耗费的成本。
因此，如何正确处理企业内控成本与效率的关系，成为内控制度能否有效实施、运行的关键。
首先是提高管理者的素质。
管理者的素质在企业经营管理中起着至关重要的作用，不同素质的管理者，对企业发展产生的影响也不相同，进而影响到企业内部控制的效率和效果。管理者的素质既包括知识和技能，又包括道德观、价值观和世界观等各个方面。
其次是提高会计人员和相关责任人员的综合素质。
必须重视有关人员继续教育和学习的必要性和迫切性，努力更新各岗位人员业务知识，优化其知识结构，注重综合素质的提高，加快人才的培养，这是搞好企业内部控制的基本保证。
要深入开展职业道德教育，从正反两个方面对相关人员进行法纪、政纪等思想政治教育，增强他们的自我约束能力和高度的责任感，使其自觉遵守和执行各项法律、法规和有关制度。同时要对会计等相关专业人员开展持续有效的专业知识教育，不断提高广大会计等相关专业人员的专业知识和业务能力，使各岗位人员均能胜任其承担的工作职责，并能及时发现生产经营过程中的异常情况。
4.建立有效的激励机制
为了保证企业内部控制制度能有效实施，并使之不断完善，企业必须定期对内部控制制度的执行情况进行检查与考核，以观察其是否有效执行，执行中的效果如何，存在什么问题。从而不断修改或调整有关控制环节和措施，促使内部控制日趋合理有效。对于严格执行内部控制制度的部门和个人，应给予精神和物质奖励；对于违规违章的，坚决给予行政处分和经济处罚，并与职务升降、职称聘任挂钩，达到内部控制的目的。
5.建立有效的信息沟通系统
有效的信息沟通系统可以使企业及时掌握企业运营状况和组织中发生的各种情况，及时为企业的生产经营决策提供全面、及时、准确的信息，并与有关部门和人员之间沟通。企业会计系统是企业管理信息系统中的一个最重要的子系统，是组织处理会计业务并为企业提供财务信息和决策信息以及辅助企业管理控制的有机整体。因此，必须加强会计系统及其他方面的信息沟通体系建设。
6.建立高效的内控监督机构
内控监督机构对每个岗位、每个部门和各项业务实施全面监督反馈制度，实现与行政管理交叉控制，加强内部监控。内部控制必须被监督，监督是一种随着时间的推移而评估制度执行质量的过程，只有施行切实可靠的监控，才能及时发现和解决内部控制过程中出现的问题。
