到元和第一年，李超琼在征赋过程中不动声色，暗中细察，琢磨再三，终于抓住了一个案例。这个案子是经漕陆庆芳经手办理的。他传呼陆庆芳到堂前听讯，陆庆芳百般狡辩。经过旁敲侧击，反复追问，陆庆芳最后不得不承认自己做有手脚。李超琼查实后给予重处。事后，还贴出告示，公开揭露陆的作弊手法，使经漕们一贯采用的这一愚弄乡民的伎俩，从此无所施展。
当年征赋完成后，李超琼专门前往拜谒了藩台黄彭年，将自己发现的经漕们在钱粮征收中经常玩弄的作弊谋私手法逐条缕陈。黄彭年肯定了他所反映的问题“皆洞见症结”，但是明确告诫他，去除经漕弊端，只能徐而图之，不能“去其太甚”，千万不可“疾处偾事”。
光绪十八年岁末，一个典型案例送上门来，田主陶治元禀控佃户徐友泉抗欠。陶治元称，徐友泉承种了他家的田块，应该还租；徐友泉拒不认账。
这个陶治元气势汹汹，来头不小。李超琼于是有意避开他，从案情中找出一个为陶家追讨租金的经漕翁仲甫。翁仲甫被带到公堂对质时，一口咬定，自己是老经漕了，徐友泉耕种陶家田块已经六年，当年的租由（催租单）也已发出三月有余，应勒令其还租。
李超琼有备而来，从案卷中抽出当年四月初十日陶治元的一份告地保王瑞章召种不力，致其田荒租悬的状纸。状纸出自陶治元亲笔，叙述有“现查田之三面皆为徐友泉所种，请着承种”的情况。这足以证明，陶家的田块明明是长久荒置的。向徐友泉派发租由，其实就是陶治元与经漕“蒙混串派”的不法勾当，实属鱼肉良懦，骇人听闻。他下令责押翁仲甫，释放佃户徐友泉，故意惊动陶治元。
陶治元不知领情，竟还贸然来署求见，想为翁仲甫请求开释。李超琼当面“赫然呵斥其去”，弄得陶治元狼狈不堪。
在李超琼心里：“得罪绅户，余所不辞，况此为富不仁者耶？”他深深感叹徐友泉们的悲惨处境：“农之困，似此者颇多，无从控诉，以致倾家荡产，不能保其性命者比比皆是。”还进一步恨自己，“身为民上，而不能救之，真有痛恨不自已者也。”
十九年（1893）九月，又发现一起经漕沈永廷串通衙役，对佃农徐胜诬良私拷的案件，情节极为恶劣。经人呈控到案后，李超琼立即将两人收禁，并对沈“以重法惩之”。
揭露经漕们的某一种作弊手段，并非易事。而且作弊手法千变万化，识破不易，约束也难，根治更难。李超琼的随时警惕，密切关注最多也只能遏制部分作弊事件。
经漕横行，根子还在衙门里。李超琼认为经漕成为社会“民害”，总是因为县令对衙门里书吏“驭之不严”之故。于是，大力裁减书吏，试图通过这样的做法来控制社会上经漕势力的扩张，减轻他们扰民害民的程度。光绪二十年他曾一度奉调离开元和，当二十二年他再度调回元和时，发现书役胥吏的人数又有增多，被羁押在衙署“自新所”里吃租米官司的“人犯”“为数实繁”、“呼冤者比比”。这个事实告诉他，他当年的驭吏措施在衙门里其实“不得人心”。但是他别无选择，重新加强了对书吏的管控和约束。到二十四年（1898），他再次调离元和时，衙署中书役胥吏人数为二百人，比光绪十五年减少了一半。
陶煦《租覈》对李超琼的影响，还在于他对田主中的为富不仁者提高了警惕，尤其是那些拥有功名的大田主。
光绪十六年（1890）是李超琼知宰元和的第二年。这年八月，唯亭沙湖石堤修复，金鸡湖长堤也开始打桩，官、绅、民有权用权有钱出钱有力出力，一体合作，政通人和。年景也是风调雨顺。夏秋雨旸时，人们就预测，当年一定会是个五谷丰登的好年头。
然而，九月初梢，稻谷还没有完全登场的时候，当地有点头脸的田主们都“纷纷投牒”，要求官方“预立严法”，以“钳制”佃户，迫使他们如期交租。
李超琼耐住性子，好言劝告。他告诉田主们，佃农们虽不如你们知书达理，但若是今年真得了丰收，他们是不会拖欠租金的。只要各位宽以时日，李某人一定“保其自乐清还”。十月中旬，他出葑门，去斜塘、甪直、唯亭等处召集各图董保开会，通过董保催促佃户按约完租。他的说法和做派，田主们看着不顺眼，“皆笑为迂缓。”
一天，在一位友人家中，李超琼与一位叫陆同寿的吴江士绅相遇。陆同寿家资钜万，通过捐纳取得了“浙江候补道”的身份，侨寓苏城，并在元和县域内拥有众多田产。其人一贯为富不仁，是剥削佃户最严苛的田主。陆同寿一见面就谈收租之事，公然要求李超琼“必痛治农佃”。
李超琼认为这个陆同寿“语多狂谬”，于是当面加以斥责。当时苏州官场流行的一句“官诀”：“得罪小民，得罪朝廷，不要得罪乡绅”，他是知道的。但“绅户强横，以小民为鱼肉，毫无体恤佃户之意，视若寇雠土芥”，是他最不能容忍的。他认为，这种人“实吴中第一祸根”。任这种人倚势恣睢，民生何时能！
又一日，大绅陆同寿再次在元和县衙的大庭广众之上“聒聒不已”，说什么“非严刑峻法，必长顽佃刁风”。李超琼当场“以正论折之，且痛斥其谬。”谁知他这番反驳，不但没有引来赞同，反而令在座者“皆失色”。
陆同寿于心不甘，又拿李超琼不久前处理过的“斜塘佃户姚银和一案”相诘。意思说，你极力维护的那个姚银和，其实就是个一贯抗租不交的“刁佃”，还有撕毁县里的告示的犯罪行为。你身为县令，却不治其罪，岂非有意纵容！
李超琼说，我当然会要求佃户完租。但是，有关姚某撕毁告示的说法，只是外间讹传，并无实据，所以，本官只能置之不问。
一时间，上流社会“物议哗然”。士绅们都说，这个李某人，不为田主“痛惩刁佃”，反而当面得罪富绅，将来没人纳税完粮，就要他好看了。若是耽误了今年的冬漕征收，也属这个四川乡巴佬咎由自取。这个下场，“不卜可决”，不用掐算就可知结果。
寅僚中，讪议者有人，挤毁者也有人。即使是相知者，也无不为李超琼捏着一把汗。
另一位有影响力大到李超琼在日记里都不敢直陈其名的士绅“巨公某”，明确告诉苏州知府，要求他立刻撤掉李超琼的元和知县。苏州知府做不了主，立刻上报江苏巡抚刚毅。刚毅随即向李超琼提出“戒勉”。
苏州知府通知李超琼时，特地说明，九月和十月间，去巡抚衙门上访、“挤毁”李超琼的地方士绅为数“甚众”，而且都是非要达到罢免李超琼的目的而后已的。知府说，巡抚刚毅面对众多反对意见，还算是护着他的。刚大人说了，李超琼其人，只是“生硬之性不合宜”，但“并无劣迹可指”。李超琼的去留，不妨先放一放，“以观治状”。
李超琼仍旧那么倔。在他看来，“人生得丧，皆有数焉。固无待营营也。”人生的得失，都自有定数，是非曲直，自己根本没有必要去奔走解释。但是，他对于与当地士绅的矛盾冲撞始终很谨慎。几次严重冲突的主要情节，他都作为宦途要事记录在自述年谱里。
中国的传统社会是由士、农、工、商组成的“四民社会”。“士”作为社会精英向来居于首位。“士”的主体不仅是现职官员，也包括了为数众多的曾经是官，或者拥有功名、具备为官资格的在野的“绅”。所谓“业田者多绅矜”，晚清的田土业主，大都是地方士绅。他们不仅大多是“多田翁”，而且往往“望重一乡”，拥有农村基层社会的天然权威。这些人虽不像州县官那样拥有钦命的权力，但一般都形端表正，彬彬有礼，俨然一副社会中真正的强势阶层的做派。
按大清律，绅不得干政。但在清朝中晚期的咸（丰）同（治）年间，出于剿灭太平天国的需要，湖、广、江、浙、皖、赣等省“团练”大兴。“团练”就是由当地士绅出面组织领导的非正规军队。士绅领导的团练，在战争中迅速取代正规军“八旗”和“绿营”，成为朝廷不得不倚仗的军事主力。于是，荡平太平天国之后，“绅权大张”，在江南，士绅的影响力足以左右地方政治。
谁要言说明清江南地方政治，都无法忽视“绅权”这道复杂的方程式。这些身着长袍，留长指甲，出入肩舆，人呼“老爷”，操着当地方言，说话抑扬顿挫，“之乎者也”的地方士绅，他们或者是现职在籍和退休返籍的各级官员，或者是拥有功名的在野举人。他们居住城市，却依赖乡下的田土为生。他们以权势把持漕粮运输，包揽税赋征收；以声望操控宗族，左右保甲，起灭词讼。而乡村那些百孔千疮的公共工程，常常还不得不指望他们发发慈悲，慷慨解囊，给点资助。
由于国家制度设计的天然缺陷，州县以上各级衙门只治官而不治民。治民的只有州县这一层。而州县官除了收税和缉捕，又一般不直接与平民百姓打交道。天高皇帝远，皇冕的灵光即使照到了州县这一层，离老百姓还有“最后一公里”，仍旧很难再越鸿沟，落实到地面。
政令在州县以下这“最后一公里”的贯彻实施，有两条途径。一是“官”的路径。“官”办事都靠书役胥吏。书吏们并不享受“国家公务员待遇”，最多也就算个“自收自支事业单位编制”，工作动力及经费来源只在于它所代行的那点儿国家权力。二是“绅”的路径。士绅是广大农村传统宗法社会的核心。宗法社会由宗族集体领导，出头露面的就是这帮士绅，他们仿佛是天然的民意代表，说话行事都有乡规民约做依据，很充分又很便利，所以县里的事情交托他们去办最利索，这样，他们又扮演起了国家经纪人的角色。
相比之下，“官”与民疏，但是“绅”与民近；“官”（碍于籍地回避制度）总是外地人，而“绅”必是家乡人；“官”有更替，但是“绅”却居处常亲；“官”有隔阂，但是“绅”却见闻切近。所以，在现实中，地方士绅才是皇权与百姓之间的主要桥梁。
元和作为苏州府的首县之一，巨家大族，冠盖相望，绅权举足轻重。地方一切事务，包括代表皇权宰治属民的州县官们自身的前途和名声，也系于士绅的褒贬好恶。
实际上，元和县的灾后赈济、修塘筑堤，都对士绅阶层多有仰仗。日后的亏空填补、保甲建设、公益事项，也对士绅阶层有所期待。李超琼当然没有否认过士绅阶层在维系民生、稳定社会方面的“正能量”。对在赈灾济民、修建公共设施方面急公好义、慷慨解囊的张樾阶和沈国琛；对积极建议、出谋划策的钱申甫、沈宽甫；对亲身参与、亲手经办的张履谦等地方士绅，他始终深怀感激。对深层思考地方社会经济问题的周庄士绅陶煦，更是崇敬有加。
他不能容忍的是那些“以小民为鱼肉”，视佃户“若寇雠土芥”，“倚势恣睢”，“强横”，而且毫无体恤之意的劣绅。他的愤怒和痛恨，不仅仅是因为他本人、他的家人，原本与那些因欠租而蒙受牢狱之灾、鞭笞之痛的贫苦佃户一样，都是受欺压的苦人；更重要的是，他早已看出那些劣绅的狂谬言行和嚣张权势，对社会民生，对王朝的长治久安都是一种极大的祸害。对这一类士绅，他绝不给面子。
十八年（1892）初冬的一个夜里，天下着小雪。有人来到元和衙署，叩门求见。来的不是别人，又是吴江富豪陆同寿。李超琼知道，此人有大片田产在元和县。深夜找上门来，无非是想施加压力，逼官府出面充当虐待佃农、催讨租金的打手。于是，李超琼也来了脾气，“特脂韦之骨有生以来未及赋，其奈何耶？”“脂韦”，语出屈原《楚辞·卜居》，柔软滑腻之意。意思是：本官偏偏没有生就那种圆滑逢迎的秉性，你们再来逼我，我也只好由它去了！于是，他吩咐下去：“不见！”
但“独不之礼，亦自知非福”，李超琼其实是很知道这次谢客的严重后果的。陆同寿在苏州颇为强势，他与巡抚衙门里一批主管钱粮、刑名的师爷幕僚都混得捻熟，各州县衙门的幕僚也多是他们的门生。他们彼此沆瀣一气，呼风唤雨，足以“祸福官场”。
那夜，对着窗外无声的雪幕，李超琼与随他在苏州生活的大哥超元及两位好友，索性煮起一锅羊肉，开怀痛饮。他们满心悲愤，“醉中畅谈无忌”。有句醉话被有声有色地保留在了日记里：“正不知何者为势力也！呵呵！”
汪阿金父子是一对无赖，他们把痞徒朱阿松长期寓留在家中，让朱某冒称衙门里的“马快”，舞枪弄棒，滋事乡里。经邻家指检，李超琼下令把汪氏父子和朱阿松一起捉拿归案。奇怪的是，这桩乡下地痞的刑事案件，竟引来了苏州城里潘氏家族的一个子弟、士绅潘志万的关心。潘志万“一再来函关说”，使劲袒护汪阿金父子。但是，李超琼审讯得实后，仍对汪父子痛惩不贷。观者快之，而潘绅则恨李超琼“若次骨者”。
痛恨李超琼的士绅还大有人在。士绅胡秉璠状告债户翁春华的寡妻翁张氏擅自变卖田土二十余亩，入洋三百有奇，而且还拒还欠款。李超琼经过庭讯，确认胡绅所诉“皆无实据，显属欺侵”，同时下令，对胡绅的诬告行为“严惩押追”。胡绅大为不满，并且“布流言于外”，攻击李超琼。
“是非曲直岂能任人颠倒”，李超琼坚持原判，回答铿锵有力：“余亦行吾心所安而已。毁誉何恤哉！”我凭自己的良心行事，是毁是誉，才不怕呢！
李超琼公开叫板的只是少数危害乡里的士绅，但即使这样，也足以使他在官场中陷于孤立。
