从内容上看，6月11日的两道诏书，虽然标志着百日维新运动开始，但这两份诏书实在是再平常不过了，除了决定设立京师大学堂这一具体事项外，不外乎是皇上有意刷新政治，渴求人才，希望各级各类政府官员能够体察圣意，各司其职，发愤为雄。在怎样对待西学与中国传统文化方面，这两道诏书立论平实，不偏不倚，既强调要博采西学之长，为我所用，也反对徒袭西学皮毛，食洋不化；既强调要以代代相传的圣贤义理植其根本，也反对徒蹈宋明儒学积弊，空谈性命，空谈义理，无补于时艰。这样两份诏书实在很难引起一般社会公众和外国政治观察家的注意，人们并没有从这两道诏书中发现中国有什么重大改变的迹象。只是又过了几天，随着翩然而至一大批诏书相继发布，人们方才恍然大悟，知道皇上这一次是真的下了决心，或以为这些诏书将极大损害他们的利益，或以为中国将从此进入一个体制创新的艰难过程。
第二天（6月12日），皇上就总理衙门报送的兵部左侍郎荣惠的折子发布上谕，强调商务为国家富强之要图，命各省督抚率员绅认真研究，从速妥善筹备，总期联络商情，上下一气，无论如何不能虚应故事。至于选派宗室王公游历各国，开阔眼界，似乎也是一件值得重视的事情，皇上就此命宗人府察看保荐、听候有关部门按照程序选派和统一安排。
皇上的这份上谕今天看来似乎并没有什么了不起的根本变革，但却在满洲人中间引起了相当大的反响。一部分比较敏感的满洲贵族似乎认识到，选派宗室成员游历各国，考察各国政治体制，有意于改变大清王朝已有体制的趋势。再加上11日成立京师大学堂及命各省督抚保荐外交人才的两份诏书，如果真的在汉人中间无限度地选拔人才，势必影响到满洲人在大清王朝政治格局中的地位。所以，这批满洲贵族中有办法的人似乎也向清廷乃至皇太后反映，表达他们的担心。不过这份上谕和先前两份诏书一样，肯定都经过老佛爷的批准，因此反对无效。
满洲贵族内部的反对并没有引起皇上的重视，他似乎相信随着更多的改革措施相继出台，随着改革成果的不断呈现，这些反对的声音自然会销声匿迹。6月13日，皇上按照既定日程安排处理政务，在阅读翰林院侍读学士徐致靖《国是既定用人宜先谨保维新救时之才请特旨破格委任》时，对折中奏保的“通达时务人才”康有为、张元济等人甚感满意，遂连续发布了几道上谕：宣布将于三天后召见工部主事康有为、刑部主事张元济；并令相关部门通知湖南盐法长宝道黄遵宪、江苏候补知府谭嗣同等送部引见；广东举人梁启超交由总理衙门察看具奏。
奏保人才，原本是皇上在新政开办之初提出的一项建议，按理说徐致靖保荐康有为、梁启超、张元济、黄遵宪、谭嗣同等人也是为国家发现人才，功莫大焉。不过这事实在有点曲折复杂，因而引起相当争议，为后来政局演变埋下了伏笔，也为康、梁等人埋下毁灭的种子。
原来，徐致靖保荐康有为等所谓“通达时务人才”的奏折并不是出于徐致靖本人的手笔。根据比较可信的资料，这是康、梁自己密谋合作，为自己写的保荐书，然后利用与湖南学政徐仁铸的关系，请徐以其父徐致靖的名义上奏的。稍后，这一消息不慎传出，京城官场、士大夫哗然，既笑康、梁作文自保之无耻，又笑徐致靖文品低劣、文理不通。这对康、梁无疑是一个重大打击，即便对皇上将要开展的维新事业，无疑也具有非常大的负面影响。
政治变革悄然发动
康有为、梁启超等人的事情并没有立即传出来，朝廷内部是否有人知道此事的秘密，也不得而知。但一个明显的事实是，准备召见康有为的上谕发表后，仅仅宁静了一天的时间，朝廷就发生了非常重大的人事变动，朝野内外一片震惊。
1898年6月15日，即光绪二十四年四月二十七日，为当朝帝师、协办大学士兼户部尚书翁同龢68岁生日。凌晨1时许，京城下起了小雨，渐渐地越下越大，年迈的翁大人以为是个好兆头，喜而不寐。晨起，郑重其事叩头如仪，然后乘轿子入宫上班，批阅各地报来的奏折，治事如常。翁同龢万万想不到他的政治生涯竟然在这一天戛然而止。
早朝时，翁同龢如同往常一样与各位大臣准备进入大厅，突然宫中主管宣布翁同龢暂时不要进来。各位大臣进去后，翁同龢感到事情似乎有点不对头，闷闷不乐，独坐看雨，随手将一些看过未看过的奏折等文件五匣整理出来交给苏拉英海。
大约一个小时后，同人退，宫中太监向翁同龢宣读朱谕：
协办大学士翁同龢近来办事多不允协，以致众论不服，屡经有人参奏，且每于召对时，咨询事件任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜任枢机之任。本应察明究办，予以重惩，姑念其毓庆宫行走有年，不忍遽加严谴，翁同龢著即开缺回籍，以示保全。钦此。
君要臣死，臣不得不死。这就是君主专制政治体制的特征。辛辛苦苦为大清王朝服务了一辈子的翁同龢落了个这样的下场，然而当他听完这个圣谕后，反而感激涕零，自省罪状如此，而圣恩还如此保全，这不能不使他感动莫名。
当天，皇上还宣布两项人事调整：一是召直隶总督兼北洋大臣王文韶迅速来京陛见，稍后以户部尚书入值军机处，兼任总理各国事务衙门大臣；一是命协办大学士兼总理衙门大臣荣禄接替王文韶代理直隶总督兼北洋大臣。这两项人事调整案显然与翁同龢开缺回籍密切相关，是清政府在四天前宣布“明定国是”进行变法维新后的一个重大举措，迅即引起国内外各种各样的解读，即便是后世研究者也对这一天所发生的事情看法不一，莫衷一是。
一种流传比较广泛且被人们长期认同的说法是，这些人事调整案预示着以皇太后、荣禄以及军机大臣刚毅为中心的保守势力对皇上主导的维新变法运动不放心，罢免翁同龢就是刻意斩断皇上的左膀右臂。甚者有一些外国观察家认为将翁同龢免职实质上构成一次政变，其重要性在于即使不是真正废黜了也实际上废黜了皇上，因为20天前清廷重臣恭亲王奕突然死亡，已使皇上失去了一位老一辈的庇护者，而皇太后又立刻进了一步，胁迫这位可怜的年轻皇帝革去了他最忠诚的支持者翁同龢的官职。同时，皇太后还强迫皇上下令，受任新职的高级官吏必须到皇太后面前谢恩。这就意味着，她将亲自垂询这些高级官吏对当前事件的见解，并亲自向他们颁发怎样处理这些事件的懿旨。
当时在中国的一些外国人还听说，清政府内部高层已在议论怎样废黜皇上，只是担心列强抗议引起复杂后果，这件事情即便不会立即进行，但并不意味着终止。他们根据这些传言得出结论：突然罢免翁同龢的一切职务产生的后果将是非常严重的，皇上可能已被剥夺了权力。这些解读基本上都是依据帝党、后党权力冲突的两分法，以为以皇太后为首的后党先发制人，夺回了权力。
其实，经过几天观察，许多人发现事情的真相远非如此简单。罢免翁同龢、改组政府，可能并不是皇太后的意思，更不是所谓后党发动的政变。真相可能相反，采取主动的是皇上，而不是皇太后。人们很快发现，两宫之间的一致性远远大于他们的分歧。翁同龢出局，是两宫协调一致的政治决定。
更为重要的是，许多人开始意识到，翁同龢出局，不管在这件事情的决策上是皇太后占据主动，还是年轻的皇上占据主动，其结果都意味着新改组的政府已摒除原先的保守与暮气，将翁同龢免职不是削弱皇上的权力，更不是保守派对革新者的打击，恰恰相反，是清除了翁同龢这个极端保守主义者，是为新政府将要进行的改革扫清人事上的障碍。国内外许多关心中国政治情形的人相信，没有翁同龢的新政府在皇上的带领下和皇太后的协助下，一定会采取许多有意义的改革。美国新任驻天津领事向华盛顿报告称，被开缺回籍的翁同龢多年来一直身居要位，且深得皇帝宠信。他相当诚实，心地善良，但极端排外，“是顽固派中的顽固派”。对于中国政局的未来，美国领事一方面忧虑皇太后与皇上在治国理念上的差别迟早会引出麻烦，另一方面对中国的政治前途充满信心，相信随着皇太后重新掌握权力，李鸿章将很快再次复出并恢复其影响力，而李鸿章是中国高级官僚中少有的具有世界眼光的政治家，他们相信李鸿章主导的新政府一定会进行一些有意义的改革，促进中国的进步与发展，缩小中国与西方文明世界的距离。
英国驻华公使窦纳乐根据自己与翁同龢直接交往的经验，表示翁同龢的出局不会影响中国的政治改革，恰恰相反，他的出局为中国的改革力量扫除了一个坚定的、受人尊敬的保守派。窦纳乐说，翁同龢是个守旧派，他的影响是以不变应万变，以此反抗革新及进步。翁同龢思想极端保守和落伍，只是在个人修养方面。翁同龢有学者风度，受人尊敬，是“一位守旧的中国政治家最优美的典型”。
与翁同龢有着很多直接交往的英国人赫德也表达了类似看法，认为翁同龢总体上说代表了旧的方面，他的出局应该有助于改革的进行。赫德说，翁同龢被开缺回籍是一件意味深长的事件，它意味着中国政府对一种过于守旧政策的放弃。这可能表明了宫廷内的争吵，皇太后要废掉皇上。赫德表示自己很为可怜的翁老头难过。翁同龢有很多卓越的见解，但是据说他利用了作为太傅的职权，过多地干预了这位皇帝关于实行民众参政的主张。可惜的是，皇上没有把它实行得更温和一些。赫德既为翁同龢的如此结局感到遗憾与惋惜，也庆幸中国终于放弃了过于守旧的内外政策。
其实，日本驻华公使林董早在1895年就预料，翁同龢与李鸿章的矛盾不可和解，他们之间迟早会有一场拼杀。当年12月3日，吏部右侍郎汪鸣銮与户部右侍郎长麟被突然免职，永不叙用。由于二人均为翁同龢的门生，故而当李鸿章获知消息后，便对人说：此乃对翁同龢进行的第一打击。而与李鸿章关系密切的罗丰禄等则认为，此事意味着李鸿章恢复势力的第一步。据林董说，翁同龢在任职总理衙门时经常露面，但汪鸣銮、长麟的事情发生后，却很难再见到他。这大概是因为外交事务之困难，常出于意想之外，而令其不知所措。因此，翁同龢不能像往常那样，旁观于局势之外，放言高论。其在甲午战后担负着巨大的外交责任，然而他并没有足够的外交经验，长此以往，翁同龢不能保其地位，必受挫折，似乎可以肯定，而接替翁充当外交责任的人选，在林董看来，又非李鸿章莫属。所以甲午战后被视为承担战败责任的李鸿章一直等待着翁同龢出局。
李鸿章是在等待机会，但他并没有在甲午战后很快与翁同龢闹翻。相反，在最初阶段，他们二人表面上更加和气，甚至相互恭维。尤其是当李鸿章出访欧美归来后，他们先前势同水火的关系却有了很大改善。被视为李鸿章门生的伍廷芳、罗丰禄跃升为出使大臣，翁对此不仅没有表示异议，反而大加赞助。从其处理总理衙门事务的情况看，两人也未见有特别矛盾，相反却有了几分惺惺相惜、互相依赖的倾向。据法国公使施阿兰观察，翁同龢与李鸿章的关系之所以如此契合，是因为翁同龢已知道目前与李鸿章相争的害处，且厌恶与各国公使直接谈判，从而利用李鸿章，以李当谈判之冲；而李鸿章亦知目下与翁相争乃失策之举，故利用翁无勇气与各国公使折冲的机会，自当其冲，以渐次恢复自己的势力。这种表面上的和解当然不意味着冲突终结，他们都在等待着对方的倒霉和失势。这也是君主专制政体下群臣之间必然发生的现象，不足为奇。
至于国内年轻一代知识分子，他们对翁同龢出局的看法也很有意思。他们并没有像康有为、梁启超后来所渲染的那样，对翁同龢出局感到惋惜和愤怒，更没有觉得是守旧势力对革新势力的遏制。恰恰相反，年轻一代官员和士大夫普遍认为，朝廷如此严厉处分翁同龢可能有点过了，但实在说来，翁同龢确实代表着过去，代表着比较保守、守旧的势力。
翁同龢为守旧势力的领袖或者说代表应该是那时知识界的普遍看法，知识界对翁同龢似乎一直没有多少正面评论，一个流传很广的段子说翁同龢“满面忧国忧民，满口假仁假义，满腹多忌多疑，满身无才无识”。国内年轻一代知识分子一般认为，翁同龢出局或许有助于维新变法运动的深入开展。所以，在翁同龢罢官第二天，康有为按照既定安排觐见皇上，他不仅没有为翁同龢罢官提出任何异议，相反却鼓励皇上为了能够顺利推行变法新政，应该更多地将那些守旧高官剔除出局。甚至明确表示免职出局还不够，最好能够杀几个一品大员。由此可见康有为此时的心情似乎并不同情翁同龢的遭遇。
可康有为在流亡的日子里却一再表白对翁同龢的同情，表示对皇太后罢免翁同龢的愤懑。于是翁同龢的形象在康有为、梁启超那里发生一次根本性颠覆，以为变法之初将翁同龢开缺回籍，是以皇太后为首的保守派意欲斩断皇上的左膀右臂，是皇太后、荣禄、刚毅等人早在变法开始前的一个大阴谋。
参照这个说法，后来又有一个完全新的解释，以为翁同龢之所以被开缺不能归罪于皇太后，而是皇上本人的意思，即便皇太后有责任，那也只是默许而已。
