诚如梁启超在《戊戌政变记》中所指出的那样，翁同龢之被开缺是戊戌年间政治改革成败的一大关键，因此弄清楚翁同龢何以被开缺，以及这一事件所导致的直接后果是什么，确为戊戌维新运动史研究中的一大课题。
作为皇上的师傅，翁同龢不仅长期受到皇上的信赖和倚重，也实际上为皇太后所信任。试想，如果皇太后在过去不信任翁同龢，她会让他长时期在年轻的皇帝身边充当老师吗？所以说，翁同龢被开缺，不必从更远的背景去寻找。还是应该回到皇上所宣布的上谕上来，通过这份上谕的主线去贯穿大家都能看到的史料，看看哪些符合逻辑，哪些仅仅属于戊戌后的政治宣传。
朱笔上谕所列翁同龢免职的原因主要是两项，一项是从远处说，另一项则从最近期的责任上说。先看第一项，该上谕开篇第一句说翁同龢“近来办事多未允协，以致众论不服，屡经有人参奏”。显然，翁的免职是因为他“近来”工作实绩及效果不佳。那么这个“近来”究竟有多远？所谓“众论不服”的“众论”又指哪些？所谓屡经有人参奏的那些奏章又都说了什么？对于这些指责翁同龢是辩解，还是承认？所有这些都是弄清翁同龢被免职的关键因素。
根据这些提示，不必远求，只需分析甲午战后翁同龢主要担负哪些职责，他的工作效率如何，就可得知什么原因导致他从两宫最为信任、依赖的宠臣、重臣而变为被人指责、被人不断参劾的，最终被两宫不得不疏远的人。
在甲午战前，面对日本步步进逼和不断挑衅，翁同龢是坚决主战的领袖人物，在他的影响下，年轻的皇上渐渐被莫名的激情所激荡，逐步走上了主战道路。可惜这场战争失败了，清政府不得不面对《马关条约》所规定的巨额战争赔款和巨大面积的国土丧失。当此关头，翁同龢提出“宁增赔款，必不可割地”的主张，清政府的决策者似乎也接受了这一主张，于是有三国干涉还辽的发生，中国借此收回了辽东半岛，却增加了更多的赔款。
在短时期内筹集这一笔巨大的战争赔款是战后清政府最主要的工作，而曾经提出可以增加赔款，也不愿割地的翁同龢自然要对怎样才能迅速筹集到这笔资金负有相当责任，更何况他还以帝师身份兼任军机大臣、总理各国事务衙门大臣、督办军务处大臣、户部尚书、协办大学士等数职呢？
根据当时清政府的财政状况，要想依靠自己的财政结余去偿还这笔巨款是根本不可能的，清政府的唯一选择是向西方国家筹借。
按照惯例，清政府在战前向西方国家借款时，基本上是由担任海关总税务司的英国人赫德负责经办，所以当清政府在战后有意向西方筹借款项作为赔偿日本费用时，赫德就提出了自己的主张，希望将海关每年2000万两的洋税全扣，这样有差不多十年功夫，就可以将这笔巨额赔款全部了结。赫德的建议遭到了户部侍郎张荫桓的反对，张荫桓以为如此办理肯定会影响政府日常财政支出。接着，赫德提出向英国汇丰银行借款5000万两，除了偿还日本外，还可以剩余一千数百万两作为办理其他事情的费用。
向英国商业银行借款没有成为事实，因为俄、德、法三国自认干涉还辽有功，企图以此强制中国向他们借款，而清政府内部如李鸿章、孙毓汶、徐用仪等人看到三国干涉还辽的外交意义，同样期待通过向俄国借款，加深两国关系，以便联合俄国制衡或者说压制日本。
经过反复交涉与争夺，甲午战后第一笔大借款由俄法两国共十家银行分摊提供，总额折合银1亿两，年息四厘，九四又八分之一的折扣，分36年偿还，以海关关税为担保。中国方面由总理衙门和户部共同负责，徐用仪、张荫桓等户部堂官等参与谈判，而担任户部尚书的翁同龢因故没有参加，这就为后来的纷争留下了伏笔。
根据中、俄、法达成的共识，这次借款所附的政治条件是，俄国不但要插手中国海关，分享由英国人独占的权力，而且获得了不少通商优惠以及修建西伯利亚铁路在中国境内的商业机会等；而法国则通过与清政府签订的《中越分界通商条约》，获得了中国云南境内的大片土地使用权，以及投资开采矿产、修筑铁路及通商等方面的商业利益。
政治借款附带某些商业性的条件，按理说也是外交上的通例，况且吸引外国资本到中国投资、开发市场也未必就是一件坏事。不过，没有参与此次谈判的户部尚书翁同龢并不这样认为，他的看法是，中国因这次借款吃亏不少。基于这种认识，翁同龢批评徐用仪在与俄国人的谈判中一味屈从俄国人的要求，甚至同意俄国人提出的九三折扣率，致使中国蒙受了不该有的损失。他甚至与同样没有参与此次谈判的张荫桓联名致电中国驻俄公使，要求更改折扣率。作为中国政府负责此次谈判的徐用仪当然有自己的理由与感受，他既不承认屈从俄国人的压力出让国家利益，更没有因为翁同龢的特殊身份而接受指责。
同为军机大臣的徐用仪没有接受翁同龢、张荫桓的指责与劝告，他们之间自然发生了深深的误会乃至龃龉与忿争。再加上自命清流、不明事理的御史如王鹏运等人接二连三告刁状，徐用仪很快被罢免。
1896年3月，《马关条约》规定的第二批赔款到期，清政府依然需要向西方国家借贷。鉴于第一笔借款曲折坎坷，清政府决定这次借款由翁同龢与户部侍郎张荫桓具体负责。张荫桓在外交主张上有联英拒俄制日的倾向，而管辖长江流域的两江总督刘坤一、湖广总督张之洞倾向于向英国和德国借款，他们分别致函翁同龢表达了这一看法，希望翁通过这次借款保持各大国在中国的战略均衡态势。翁同龢接受了这些主张，他与张荫桓开始了与英德方面的借款谈判。
谈判进行得非常艰难，英德方面提出相当苛刻的条件。经反复交涉，终于达成协议，此次借款折合银1亿两，年息五厘，折扣九四，以海关收入作担保，分36年还清。清政府同意，在这笔借款没有偿还完毕前，中国海关总税务司仍由英国人担任。
这次谈判的附加条件是英国通过《中缅条款附款十九条》掠夺了大片土地，扩大了在云南境内投资修筑铁路及在西江通航、通商等商业机会；而法国则获得了龙州至镇南关修筑铁路的合同。
两次借款使中国付出了不少代价，尤其是各种折扣、佣金以及政府内部的挪用、个别官员的贪污等，都使实际上偿付日本的数额大为减少，如果照此下去，《马关条约》约定的数额必将大为增加，中国的负担将更加沉重。长痛不如短痛。翁同龢与户部满尚书熙敬及户部侍郎张荫桓等都觉得这样拖下去不如将剩余的赔款一次性偿还，中国为此还可以节省一千数百万两利息。
清政府接受了这一建议，委派李鸿章会同翁同龢一起负责这次借款。李鸿章提出鉴于过去几次借款困难，不再向各国政府借款，改向商业银行借贷。然而他们经过相当长一段时间奔波，这种想法根本不可能成为现实，中国只好继续向各国政府借款。
1897年12月，李鸿章向俄国政府提出借款1亿两，俄国财政大臣维特很快表示同意，但附加条件是中国应该满足俄国在满洲与蒙古享有修筑铁路及工业开发的独占权、中东铁路部分支线的修筑权及相关港口的修筑与使用权，中国还要承诺一旦海关总税务司一职空缺时，聘请俄国人担任。
英国政府得知俄国的借款条件时甚为愤怒，想方设法迫使中国改向英国借款。英俄两国就此展开激烈竞争，甚至使用并不光彩的行贿手段。翁同龢、李鸿章、张荫桓等人或许并没有像那些捕风捉影的消息所说，接受过大笔贿赂，但似乎都多少得到过一些好处，这在后来的“倒翁”风波中，起到过相当重要的作用，这或许也是皇上由格外信任转而不信任乃至厌恶的原因之一。
一次性借款、一次性偿还日本的方案终于没有实现，而提出这一方案的翁同龢不仅为此要背上“办事多未允协”的责任，而且因其受贿嫌疑必然遭遇“众论不服，屡经有人参奏”的后果。
不特此也。当翁同龢一次性借款、一次性偿还的方案无法继续执行时，他又别出心裁向政府建议发行“昭信股票”的方案作为筹措战争赔款的办法。昭信股票的发行是近代中国第一次发行国内公债，翁同龢和其他主持此次发行的大臣们没有相关经验也是事实，但翁同龢等人对这件重大事务调研不充分、宣传不得力、工作太草率等致使昭信股票毫无诚信，无人购买，也实在使大清王朝丢尽了脸面，皇上即便有心保他过关，恐怕也“众论不服”。
1898年3月24日，御史徐道焜上了一个奏折，指责昭信股票流弊甚多，建议清政府速筹良法，亟图补救。3月29日，御史何乃莹上奏指责昭信股票失信于民，弊端丛生。这种“屡经有人参奏”的办事大臣不被罢免，清政府要开始推行新政何以服人？所以，从这个意义上说，翁同龢于新政刚开始第四天就被罢官，实际上隐含有杀一儆百的深意，是告诫那些官员们，如果对新政推行不力，或横加阻挠，即便尊为帝师，也照样严惩不贷。也只有从这个意义上来理解，才能弄清楚皇上何以在宣布免除翁同龢的职务后“警魂万里，涕泪千行，竟日不食”，他似乎也觉得因这些工作失误就将自己朝夕相伴十数年的师傅开除公职太过残忍，但是为了新政顺利推行，为了大清王朝的未来，也只好委屈自己的师傅了。所以，翁同龢被罢官有着许多复杂背景与原因，既有政敌的报复与暗算，也有他自己的失误、不检点，但根本原因似乎是皇太后与皇上为了新政顺利推行，为了大清王朝的根本利益而作出的选择。回想自商鞅、王安石乃至历朝历代的政治改革，哪一次没有拿自己的亲信、同道、朋友乃至亲人去祭旗？
这是从“近来”的远因上说，翁同龢的作为已造成许多问题，产生许多弊端，诚如张荫桓事后对矢野文雄说的那样，翁同龢被罢官的原因并非一端，起源甚早。其所主导的甲午战争，给中国酿成无数灾难。战后，翁同龢主持制定的许多政策也很有问题，多未允协。更重要的是，翁同龢自视身份特殊，骄恣专权。诸如此类的事情逐渐累积，遂演成被开除公职的结果。
就近因而言，翁同龢显然属于旧人物，无法满足新政的需要。新朝新政需要新气象，所以上谕指责翁同龢近来“且每于召对时，咨询事件，任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜枢机之任”。这些指责的内容非常具体，足以表明翁同龢已不再适宜于继续担任推行新政、从事维新变法的政府首领了。恭亲王去世后的政府必须改组，翁同龢就必然成了一个牺牲品。
仍根据张荫桓的分析，翁同龢的“近来之事”之最大者是关于德国亨利亲王1898年5月来华访问时的礼节安排。亨利亲王谒见皇上时，翁同龢执意反对皇上与亨利亲王行握手礼，当这个意见不被采纳，皇上在与亨利亲王相见时仍行握手之礼，翁同龢凭借自己的帝师身份大为不满，多有指责，大放怨词。这不能不引起皇上反感。当皇上循现代礼节举行招待宴会时，大臣理应陪坐，独翁同龢不屑为之。皇上有意从小事起进行改革，而这些改革一旦与翁同龢的习惯、认识相违背，翁同龢竟然不管不顾，恼怒之情溢于言表，以为一日为师，终身为父，还真把自己当做一个人物。这不能不引起小皇帝的反感，毕竟小皇帝年轻气盛，正想做些有意义的事情，推动改革。
过去的研究与史料记载都表明翁同龢不仅同情康有为、梁启超等人鼓吹的变法维新，也是他向皇上推荐了康有为，从而使维新变法运动在经历几多曲折后终于在1898年正式启动。翁同龢是康有为的发现者，没有翁同龢，即便康有为的变法维新观念仍然会以某种形式、在某种时候变成现实，但决不会是已经发生过的那样。这些都是不可更易的事实。
不过，也正如史料所表明的那样，翁同龢赞成、支持康有为的维新变法思想，但他与康有为之间依然存在着很大不同，他虽然也是《公羊》学的研究者和鼓吹者，但却不能赞成康有为的“孔子改制”、“新学伪经”，甚至不能认同康有为的狂妄自大、不可一世。因此当皇上1898年5月26日向他索要康有为著作时，翁同龢竟一反常态，不假思索地表白自己从来不与康有为往来。
翁同龢的这一回答确实太突兀了，肯定使皇上莫名其妙，因为皇上清楚地记得正是这位师傅向他不止一次地推荐过康有为，甚至不止一次希望皇上能够破格召见康有为，听听这位年轻政治改革家关于中国未来的设计。后经恭亲王指点，改由总理衙门大臣代为问话。第二天，正是这位翁师傅在皇帝的书房里密报了问话情形，使皇上对康有为的印象又增加了几分。皇上由此开始格外留意康有为这班维新志士的一举一动，而这位翁师傅也开始“议论专主变法，比前判若两人”，每天向皇上讲授的课程也由儒家经典改为“日讲西法之良”。
