可是刚刚三四个月过去，这位翁师傅怎能说他不与康有为往来呢？于是年轻的皇上不得不反问道，是什么原因使你不与康有为往来？翁答道，康有为此人居心叵测。这个回答更使皇上莫名其妙，你翁师傅先前竭力推荐的所谓年轻有为的政治改革家竟然变成了“居心叵测”的政治小人，那么你先前是怎样考察的？又为什么不详说？翁同龢的回答，先前没有看到过康有为的全部著作，最近读他的《孔子改制考》方才得到这样的认识。这样的解释虽然可以自圆其说，但皇上肯定认为，这位师傅要么是在骗他，要么这位68岁的翁师傅确实老了。于是皇上决定今天不再与翁师傅理论，待明日师傅调整好情绪再说。
第二天，皇上有意重演昨日的故事，继续以不经意的形式向翁师傅索要康有为的著作，翁同龢并没有忘记昨日的回答，依然如昨日一样回答皇帝的提问：一是康有为居心叵测，可能是政治小人，二是他自己与康有为也没有什么往来。
翁同龢的回答使皇上非常愤怒，皇帝清楚知道用人不当将会给大清王朝带来怎样的危害，何况将要提拔、使用的这位康有为将要负担怎样大的改革重任呢？于是，皇上似乎史无前例地对自己这位素来尊敬的师傅发火了，而翁同龢面对皇上的盛怒似乎没有丝毫悔意，依然执著地表白自己的看法，并一再声称自己无论如何都不会进呈康有为的著作，并劝告皇上如果一定要康的著作，最好请总理衙门进呈。盛怒中的皇上根本听不进翁的建议，声称即便要总理衙门进呈，也必须由你翁师傅转告张荫桓。翁同龢感到困惑，张荫桓每天都可以见到皇上，你皇上为什么不能当面交代，而何必一定要难为老臣传话呢？对于翁的困惑，皇上根本不予理睬，他执意翁必须这样做。不得已，翁同龢只好向张荫桓转达了皇上御旨。
这个故事发生在1898年5月26日和27日两天，故事的细节也都清楚地记载于翁同龢的日记里。过去的研究者差不多都注意到了这个故事，但在解读上基本上认定这表明翁同龢与康有为在学术上确实存在着差别，或者说，翁同龢与皇上在用人、治国理念上存在差别，但几乎所有的研究者都忽略了这个故事的背景，更忽略了翁同龢为什么要把这个故事记录到自己的日记里，因为遭皇上训斥毕竟不是光彩的事，更何况这是他们师徒二人之间才知道的事呢？
从背景上说，1898年5月26日、27日，正是朝廷重臣恭亲王弥留的日子，这几天前去探视的官员非常多，皇太后和皇上也几次前来探视，或委派专人转达问候。弥留之际的恭亲王出于对大清王朝的忠诚，对清廷未来尤其是用人方面向皇太后、皇上等表达了自己的担心，他希望年轻的皇上能够很好地尊重皇太后，不要受政治小人的挑拨，更不要将政府的权力交给翁同龢这样的人。他明确告诉皇上，大清王朝确实应该进行某些方面的改革，但这种改革只能是清朝旧有体制的完善，而不能另起炉灶从头开始。翁同龢在康有为的鼓动下所谓“从内政根本”进行改革的构想，以及在内廷设立制度局的想法，实际上都是要脱离原有国家权力系统另起炉灶，意在“废我军机”。果如此，以皇上的智慧和经验阅历，势必沦为翁同龢、康有为手中的傀儡，那样不仅对满洲皇族不利，对大清王朝也极端危险。所以，恭亲王用生命的最后一点力气阻止皇上启用康有为，称“闻有广东举人主张变法，当慎重，不可轻任小人”；对于翁同龢，恭亲王根据自己多年共事与了解，以为他不仅一味夸张，力主开战，一错再错，以致十数年之教育、数千万之海军，覆于一旦，不得已割地求和，将国家从甲午战前的发展坦途引领到现在如此危险境地，列强乘此机会大有瓜分中国之势，德据胶澳、俄租旅大，英索威海、九龙，法贳广州湾，此后相率效尤，不知何所底止？所谓聚九州之铁不能铸此错者，都是翁同龢误导之过。至于翁同龢的人品，恭亲王也相当瞧不起，他告诉皇上和皇太后，此人“居心叵测，并及怙权”，如果不对他进行防制，将来一旦他与康有为等人联手，必将祸及大清王朝。
作为当红军机大臣、帝王之师，翁同龢不会不知道这些谈话。当皇上5月26日向他问及康有为时，他抹煞与康的任何关系，并指责康有为是“居心叵测”的政治小人。这是翁本能的自我保护。至于翁同龢将这些责难与冲突详细记载在自己的日记里，那也不过是为了某一天康有为真的出事了的话，能够由此证明他与康有为等人确实没有关系，因为我们还知道他与康有为几次直接的接触这样的大事，在他的日记中都没有反映，他何以要将皇帝对他指责详细记载下来，原因不是很清楚了吗？
翁同龢之所以急于辩解他与康有为没有来往，并指控康有为居心叵测，显然他已得知恭亲王关于他与康有为的评价，既然恭亲王已向皇上指出不可听信“广东举人”的变法主张，并已怀疑康有为的制度局等建议有取代大清王朝旧有国家权力机制的嫌疑，那么他为什么还要将自己绑在康有为的战车上？所以翁同龢选择了舍弃康有为而自保的办法。
翁同龢的政治人格似乎也并不像恭亲王所分析的那样卑鄙，但他当红的身份与权力，特别是他被官场公认为“好延揽，而必求为己用，广结纳而不能容异己”风格，使他必然在得意之时人皆畏之，而在失意之时则必落个墙倒众人推的结局。
人之将死，其言也真。一个将死之人已不存在什么思想包袱，更不担心那些复杂的人际关系。恭亲王在临终之时终于向皇太后和皇上吐露了自己对朝中人物的真实看法，这些看法肯定深深影响了皇太后和皇上后来的一些重要决策。
翁同龢太聪明了，只是聪明反被聪明误。他的防制与敏感，反而暴露了他的问题，反而使皇上的不信任又增加了一分。只是念在多年师生情分上，皇上依然给其师留下机会，期待他能够回心转意，协助自己励精图治，使大清王朝渡过难关，重建辉煌。可惜，翁师傅辜负了爱徒的期待，于是改组政府、重建新的权力运行体制便由先前的酝酿进入实质性操作，翁同龢的出局已成定案。
改组政府的想法不论在皇太后，还是在皇上那里似乎都有很久了。进入1898年，朝中大事接连不断：恭亲王重病在身，对德、对俄的交涉困难重重，不见进展，国内青年一代知识分子在康有为等激进分子鼓动下不断向政府施加压力，旧政府实际上已没有能力去面对和处理这种困难局面，而关键人物就是恭亲王病重之后拥有极大权力的翁同龢。外交困境按照恭亲王和当时一般官僚和公共舆论的看法几乎都是翁同龢一手造成的，而翁同龢对此不仅没有丝毫悔意，反而鼓动康有为、梁启超那些年轻一代激进分子向政府施压。于是政府改组的关键点不是别的，恰恰是怎样将翁同龢赶出政府。
4月28日，安徽布政史于荫霖向清廷上了一份折子，点名批评翁同龢，指出正是翁同龢的一系列错误导致了中国外交失败和困难重重。他强调，胶州湾外交危机的责任非常明白，天下人都知道这是翁同龢和张荫桓的责任。张荫桓出身微贱，贪滔著名，不足深责。而翁同龢出身豪门，承其先训，受恩至深，夙负清望，本应忠于朝廷，忠于国家，妥善处理外交事务。然而，翁同龢的作为实在令人失望。
于荫霖指出，胶州湾外交危机事关重大，本不是一两个人就可以办理好的，自应联合朝野各界以谋取国家最大利益，而翁同龢外则徇德人之请，内则惑于张荫桓之言，以至今日无所措手。此乃第一误。
至于战争赔款的偿付，于荫霖在奏折中也对翁同龢提出尖锐批评。以为对日战争赔款一万万两，原本约定六期分还，期宽易筹，或不至于借贷。即使借贷，也不会借的很多，至少中国不会在借贷上吃亏。然而翁同龢惑于张荫桓之言，匆忙中向英德商借巨款，全数交还日本，以江苏、江西、浙江、湖北四省厘金作抵，事前不与四省商量，更不问四省以后财政支出如何应付、民生如何保证，事定之后，一纸公文责令四省督抚照办，四省各口岸商民无不惊诧。利权既失，又失民心，是为再误。
鉴于这两大错误，于荫霖建议朝廷尽快罢免翁同龢，速召张之洞、边宝泉、陶模、陈宝箴等人进京，改组政府。
于荫霖的建议引起清廷高度关切，翁同龢的日子确实越来越难过。不料一波未平，一波又起。5月17日，体仁阁大学士徐桐上书弹劾张荫桓在办理胶州湾外交危机中误国、卖国，表面上弹劾张荫桓，矛头却对准翁同龢。因为张荫桓的政治地位并不高，他在胶州湾等一系列外交事件处理过程中只是一个配角，主角是翁同龢。
同一天，兵部掌印给事中高燮曾也向清廷提交了一个奏折，点名指责翁同龢主导的昭信股票流弊甚多，祸害极大。
紧接着，御史王鹏运于5月25日再上奏折，指责翁同龢是“权奸误国”，在外交、财政等各方面都犯有不可饶恕的罪过，将大清王朝推到了一个危险的边缘，他请求皇上和皇太后从大清王朝未来着想，立即将翁同龢等人“声罪罢斥”，以弥后患而恃危局。
这一连串的弹劾奏折件件都攻击到了翁同龢的要害，几年来的权臣生涯将原本受人尊敬的帝王之师的名誉彻底糟蹋，翁同龢真的要开始面对内外交困的处境了。即便皇上有意保他过关，恐怕也不能不让翁同龢尽快出局。
于荫霖在4月28日的奏折中就已提出政府改组的方案，他向朝廷推荐了相国徐桐、闽浙总督边宝泉、四川总督李秉衡、湖广总督张之洞及湖南巡抚陈宝箴等所谓“五贤”。当时一般舆论公认徐桐为“守旧党魁”，是主持清议的重要人物；边宝泉与李鸿章矛盾极深，不谈洋务，不坐轮船；只有张之洞、陈宝箴为讲究西学、力图中国富强的新人物。这些推荐虽并不完全可行，但肯定引起了清廷最高当局的注意。
与此同时，鉴于恭亲王病情不断加重，翁同龢的势力不断膨胀，徐桐在杨锐与乔树楠等人影响下，于4月底建议皇上调张之洞入京取代翁同龢主持政府，以削弱翁同龢的势力和影响。徐桐的建议引起了皇上的重视，但他犹豫难定，调张之洞进京加强政府固然是个好主意，但以张之洞取代翁同龢，皇上一时还下不了决心。于是皇上将徐桐的奏折转呈皇太后，请皇太后定夺。皇太后经过一番慎重考虑，特别是考虑到病重中的恭亲王一系列忠告，她很容易就接受了徐桐的建议，决定召张之洞来京陛见，准备以张之洞取代翁同龢。5月7日，张之洞奉命乘船离开武昌，15日抵达上海，准备从那里直接赶往北京。
徐桐的建议和皇太后的决定以及张之洞的行踪都被翁同龢所获悉，翁同龢当然不愿就此让出他的军机大臣、总理衙门大臣及户部尚书等职务，更不愿意由张之洞取代自己，他似乎从来没有准备放弃权力。于是，敏感的翁同龢与张荫桓密谋，以沙市教案尚未妥善处理为由，阻止张之洞入京陛见。
由张之洞取代翁同龢，表面上看是徐桐推荐，实际上恭亲王在病重时向皇太后和皇上分析朝中人事格局时就已提出这一主张。他当时明确告诉皇太后与皇上，朝中内外重臣可以信赖并在将来可以担当重任的只有李鸿章、荣禄、张之洞和裕禄等几个人，而李鸿章由于最近几年承担甲午战败的“原罪”，一时尚不能让他负更多责任，否则舆论上、民意上都很难协调。剩下的首选当然在张之洞与荣禄之间。
翁同龢设计破坏皇太后和皇上调张之洞入京的计划，但已无力阻止改组政府的既定方针，他一系列愚蠢举动自以为高明，其效果却与他的主观愿望相反，只是在无意中又树立更多的对立面而已。
6月8日，刚刚料理完恭亲王后事，皇太后便召见庆亲王奕劻、总理衙门大臣荣禄、军机大臣刚毅等皇族成员，商讨一些重大问题。这几个皇族出身的大臣平时就看不惯翁同龢仗势欺人的做派，对于翁最近一连串的异常举动更觉得有必要向太后报告。于是他们借口皇上最近在一些问题上似乎也太大胆，有意将矛头引向翁同龢。
对于庆亲王等几个人的用意，皇太后似乎也很清楚，她指责这几位皇族出身的大臣为什么不负起应负的责任，为什么不在一些最为要紧的地方上设法阻止？庆亲王等同声回答道：皇上天性，无人敢拦。刚毅做得更过分，伏地痛苦，声称奴才曾向皇上委婉表达过类似阻止意见，但从不被接受，反而屡遭皇上斥责。
皇太后沉思良久，又问道，皇上之所以敢如此做法，难道是他一个人在进行吗？皇上应该和你们几个大臣商量才是啊？荣禄、刚毅立即奏道：要说是皇上不和我们商量是事实，但说是他一个人的主意则未必，皇上所做的这些事情几乎都是他的师傅翁同龢在出主意，一切只有翁同龢能承皇上意旨。刚毅凭借自己特殊身份向太后哭闹，希望太后出面劝阻皇上的一些做法。太后答道：现在时机尚不成熟，到时我自有办法。
太后的办法是什么？很简单，就是坚决将翁同龢剔除出去。这就是翁同龢罢官的全部背景与过程。
经过几度密集协商，翁同龢出局是化解时局危机的一个关键，于是，翁同龢已别无选择地充当了替罪羊。位高权重的翁师傅想不到在如此高龄的时候受此羞辱，一场突如其来的闪电击中了翁同龢的腰。
