谕。近因时事多艰，朝廷孜孜图治，力求变法自强，凡所设施，无非为宗社生民之计。朕忧勤宵旰，每且兢兢。乃不意主事康有为首倡邪说，惑世诬民，而宵小之徒群相附和，乘变法之际，隐行其乱法之谋，包藏祸心，潜图不轨，前日竟有纠约乱党谋围颐和园劫制皇太后陷害朕躬之事。幸经察觉，立破奸谋。又闻该乱党私立保国会，言保中国不保大清。其悖逆情形实堪发指。朕恭奉慈闱，力崇孝治，此中外臣民之所共知。康有为学术乖僻，其平日著述无非离经叛道非圣无法之言，前因讲求时务，令在总理各国事务衙门章京上行走，旋令赴上海办理官报局，乃竟逗留辇下，构煽阴谋。若非仰赖祖宗默佑，洞烛幾先，其事何堪设想？康有为实为叛逆之首，现已在逃，著各省督抚一体严密查拿，极刑惩治。举人梁启超与康有为狼狈为奸，所著文字语多狂谬，著一并严拿惩办。康有为之弟康广仁及御史杨深秀，军机章京谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第等，实系与康有为结党，隐图煽惑。杨锐等每于召见时欺蒙狂悖，密保匪人，实属同恶相济，罪大恶极。前经将各该犯革职拿交刑部讯究，旋有人奏，若稽时日，恐有中变。朕熟思审处，该犯等情节较重，难逃法网，倘语多牵涉，恐致株累，是以未俟复奏，于昨日谕令将该犯等即行正法。此事为非常之变，附和奸党，均已明正典刑。康有为首创逆谋，罪恶贯盈，谅亦难逃显戮。现在罪案已定，允宜宣示天下，俾众咸知。我朝以礼教立国，如康有为之大逆不道，人神所共愤，即为覆载所不容，鹰鹯之逐，人有同心，至被其诱惑甘心附从者，党类尚繁，朝廷亦皆察悉，朕心存宽大，业经明降谕旨，概不深究株连。嗣后大小臣工务当以康有为为炯戒，力扶名教，共济时艰，所有一切自强新政，胥关国计民生，不特已行者亟应实力奉行，即尚未兴办者亦当次第推广，予以挽回积习，渐臻上理，朕实有厚望焉。将此通谕知之。
第一，这份御旨说明了朝廷为什么在昨天突然下令将六人正法，主要是因为旋有人入奏，表示若稽延时日，恐怕会发生什么意外之变。应该承认，朝廷的这个解释是诚实的，至于究竟是哪一份奏折引起了朝廷这样高度的注意，还可以研究，但可以肯定朝廷不会在这个事情上撒谎。
第二，这份上谕表明初步审理已经将案件的基本脉络梳理清楚，康有为最直接的罪行就是纠约乱党，谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬。也就是说，从皇上的立场看，你康有为的这个做法即便是为我考虑，即便是要让皇太后完全退出政治决策，将政权完整交给我，但是你的这个做法也是不对的，不仅不合乎大清王朝的根本利益，而且是将我置于不仁不义的境地。所以皇上无论如何是不能认同康有为等人的这个做法。这一点也就决定了皇上从此之后对康有为一派是真的痛恨在心。康有为等人后来在外边怎样说皇上如何如何，其实都很难令人相信，只不过是他们的政治说辞而已。
第三，康有为纠约乱党谋围颐和园、劫制皇太后的事情，是第一次见诸于朝廷的正式文书，说明康有为的这个计划不论是被捕人员的交代，还是相关的证据链，已经能够将这个计划的细节勾连起来、重建起来了，这是康有为等人犯的唯一的逆天大罪。假如不是这个罪行，诸如那些狂言乱语、邪说邪教等，其实并不是什么大问题。这才是问题的关键。
第四，在朝廷发布的正式文书中第一次加进了梁启超。此时距下令抓捕康有为已有近十天时间。由此可证明，清廷在抓捕人犯问题上还是比较谨慎的，并不希望因此制造新的冤屈。
第五，对于康广仁、杨深秀、谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第等人各应所负责任，这个御旨也有简要说明，说明朝廷将他们正法虽然匆忙一些，但也不是毫无根据，滥杀无辜。
第六，这个御旨还表明，张荫桓、徐致靖两个高官已经从康有为这个案件中摘了出来，张荫桓另案处理，充军新疆，其所犯似乎还不是罪行，而是错误，与康有为纠约乱党等行为具有根本不同的性质。御旨说：
谕。已革户部左侍郎张荫桓居心巧诈，行踪诡秘，趋炎附势，反复无常。著发往新疆，交该巡抚严加管束。沿途经过地方，著各该督抚等遴派妥员押解，毋稍疏虞。
至于徐致靖，朝廷的定性也是错误而不是罪行，因而虽然给予严厉处分，并连带其子徐仁铸，但毕竟没有治罪：
已革翰林院侍读学士徐致靖，著刑部永远监禁；翰林院编修、湖南学政徐仁铸，著革职永不叙用。
10月4日（八月十九日），礼部尚书李端棻向朝廷提交了一份检讨书，主要是检讨自己在过去一百天中是怎样不经意上了康有为等人的当，成了他们的帮凶或同谋者，犯下了滥保康有为、谭嗣同等人的罪行，朝廷虽然没有来得及治他的罪，但他自觉罪孽沉重，因而上书朝廷请求惩治请求处分。朝廷当天发布处分决定，以为李端棻滥保大逆不道之人，今事后检举，实属有意取巧，于是下令将李端棻即行革职，发往新疆，交地方官严加管束，处分与张荫桓同。
同一天（10月4日，八月十九日），朝廷根据都察院的报告，对王照作出相应处分，以为王照自案发后畏罪潜逃，实难姑容，下令即行革职严拿，并查抄家产。
10月6日（八月二十一日），朝廷对湖南新政进行清理，以患病为由，免去黄遵宪出使日本大臣的职务；对于湖南省城新设南学会、保卫局等名目，以为迹近植党，下令一并裁撤。会中所有学约、界约、札说、答问等书，一律销毁，以绝根株；对于湖南相关涉案人员，朝廷也作了相应处分，主要有陈宝箴、陈三立、江标、熊希龄等人。对于陈宝箴，朝廷以为其以封疆大吏的身份滥保匪人，实属有负委任，因此下令即行革职，永不叙用。其子、吏部主事陈三立，招引奸邪，因此也一并革职；至于四品京堂江标、庶吉士熊希龄，其罪名是庇护奸党，暗通消息，其处分也是即行革职，永不叙用，交地方官严加管束。10月8日，少詹事王锡藩、工部员外郎李岳瑞、刑部主事张元济均革职，永不叙用。
至此，大规模的人员处分基本结束，剩下的就是思想教育、自我清查。
与人事处分相伴而行的是新的人事布局。9月25日（八月十日），朝廷令荣禄即刻来京，直隶总督兼北洋大臣事务由袁世凯暂行护理。28日，朝廷再命荣禄在军机大臣上行走，授裕禄为直隶总督兼北洋大臣，但所有北洋各军仍归荣禄节制，并著裕禄帮办。29日，朝廷谕令大学士荣禄管理兵部事务并节制北洋各军，由礼部颁给关防。很显然，荣禄此时晋升为朝廷中最重要的人物，两人之下，万人之上，在某种程度上填补了恭亲王去世后留下的遗缺，成为清廷中举足轻重的领袖。
9月26日，朝廷令吏部侍郎徐用仪在总理衙门行走。30日，以怀塔布为都察院左都御史兼总管内务府大臣，实际上是为怀塔布平反，恢复待遇。10月1日，因张荫桓已被革职，朝廷派刑部左侍郎赵舒翘会同户部尚书王文韶督办矿务铁路总局。10月5日，调廖寿恒为礼部尚书，以赵舒翘为刑部尚书；命御史李盛铎以四品京堂候补，充出使日本钦差大臣，代替先前黄遵宪的角色；为前御史文悌恢复名誉，赏以知府候补。10月7日，以俞廉三为湖南巡抚，毓贤为湖南布政使，填补陈宝箴等人被革职遗留下的空缺。
至此，因康有为事件而引发的大规模人事调整基本结束，此后一些人事任命大都属于正常范围，并不再具有多少政治意味。
在人事调整之外，是政策调整，这是康有为事件的善后关键，也是皇太后出园训政的前提。假如继续由皇上一人主持朝政，让他自己去否定先前的政策，确实不是那么容易。现在不同了，皇太后出面把握，对于过去一百天的新政策差不多逐条清理，当存则存，当否则否。过去说皇太后出园训政后将一切新政全否了，这个说法有康有为、梁启超后来政治宣传的意味，事情的真相可能并非如此。
命荣禄即刻来京第二天，也就是9月26日，朝廷发布一道上谕，下令恢复新政期间所裁撤的一些机构。不过，这个命令很难说是对新政举措的否定和清算，应该看做是政策的调整，特别是上谕中所说的理由，非常值得玩味：
谕。朝廷振兴商务，筹办一切新政，原为当此时局，冀为国家图富强，为吾民筹民生，并非好为变法，弃旧如遗。此朕不得已之苦衷，当为天下臣民所共谅。乃体察近日民情颇觉惶惑，总缘有司奉行不善，未能仰体朕意，以致无识之徒妄相揣测，议论纷腾。即如裁并官缺一事，本为沙汰冗员，而外间不察，遂有以大更制度为请者。举此类推，将以讹传讹，伊于胡底？若不开诚宣示，诚恐胥动浮言，民气因之不靖，殊失朕力图自强之本意。所有现行新政中裁撤之詹事府等衙门，原议将应办之事分别归并以省繁冗，现在详察情形，此减彼增，转多周折，不若仍悉其旧。
根据这个精神，上谕宣布将先前下令裁撤的詹事府、通政使、大理寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺等衙门照常设立，不再裁并。但对各省应行裁并局所冗员，这份上谕并没有松口，依然要求各督抚认真裁汰。
关于新政期间提出的开办时务官报的事情，由于康有为成了叛逆，时务官报的事情就不必再提，而且根据孙家鼐、严复等人的批评，如果按照康有为原先设想，时务官报开办后，其他民间报纸将不复存在，即便存在，也都将归时务官报管理，这大有垄断舆论、统一思想的嫌疑，显然不合乎新政精神，不合乎时代潮流，所以这个上谕在宣布取消时务官报创刊计划的同时，表示先前这个计划无裨治体，徒惑人心。应该说这个评价是实事求是、知错即改的。
新政期间另一个重要举措是允许士民上书。这个措施在当时是曾起到一定的作用，许多平时没有办法通过正常渠道向上反映情况的人，也有了发言论政的机会，像王照就是一个比较典型的例子。不过这个规定也曾引起一系列不必要的麻烦，主要是取消了上书的门槛，结果就是使上书的质量受到相当影响，各种各样的建议书、检举信，甚至还有喊冤的状子潮水般涌进朝廷，即便是那些政治建言，也大多摭拾浮词，雷同附和，甚至语涉荒诞，殊多庞杂，质量不高，相关部门忙于处理那些没有质量和内涵的公文，势必影响行政效率。所以上谕强调先前的规定原本只是为了明目达聪，广开言论，但效果并不太好，本着实事求是的精神，现在予以取消。此后凡有言责之员，自当各抒谠论，以达民隐而宣国是，其余不应奏事人员，仍像过去那样，概不准擅递封章，以符定制。
按照传统说法，新政中的第一大要政是新教育的启动，其标志性事件就是创建京师大学堂，这是新政之初就定下的项目，尽管在过去一百多天并没有实质性的进展，但现在已经成了问题，也有人建议应该随着新政的调整予以废止。朝廷并没有听从这个建议，而在这份上谕中重申大学堂为培植人材之地，除京师及各省会业已次第兴办外，其各府州县议设之小学堂，仍由各该地方官查酌情形，听民自便，其各省祠庙不在祀典者，苟非淫祀，不应随便予以废除，而是应该尊重当地习惯，一仍其旧，不要随便改为学堂，致于民情不便。
除此之外，9月26日的上谕重申新政虽然暂时有所调整，但只是进行步骤的调整，并不涉及改革方向的逆转，业经议行及朝廷现在交议各事，如通商、惠工、重农、育材，以及修武备、浚利源等，都是关系国计民生的重大事项，都应该抓紧时间切实次第推行。至于究竟有哪些新政举措需要暂停或调整，均由总理衙门会同相关部门仔细研究，分别办理，各地各部门不得未经批准擅改章程，随便停止。上谕强调方今时事艰难，一切兴革事宜，总须斟酌尽善，期与毫无流弊。朝廷对此执两用中，不存成见，大家都应该充分理解朝廷的用心，共矢公忠，实事求是，以实现朝廷励精图治、不厌求详之至意。从这个上谕去观察，朝廷并不因为康有为事件的发生而彻底中断或停止先前的改革，只是试图剔除康有为的影响之后再出发，再起步。
朝廷之所以不可能全盘否定百日维新所有举措，主要是因为这次流产的改革不管怎么说都是清政府政治高层集体决策的产物，并不像康有为等人所说的那样，是皇上一个人受到康有为蛊惑而产生的政治冲动，是朝廷以发展挽救危机的必然手段，在大方向上无可挑剔。不过问题在于，朝廷所期待的改革被康有为等人夹带了私货，所以当康有为阴谋败露后，朝廷在清理康有为的罪责之后，最需要辨别的是哪些改革措施合乎大清王朝根本利益，哪些改革措施是康有为的私货。换言之，朝廷必须面对的，是真改革与假改革、改革目的与手段，谁的改革、谁领导这个改革等问题。
