改革乃至政治改革的大趋势是清廷最高政治层所认同的，也是不容置疑的，只是过去一百天改革被康有为等人引领到一条邪路上。现在朝廷不是要全盘否定过去一百天的全部举措，只是要剔除康有为所夹带的私货。这一判断可以在朝廷9月29日的上谕中得到证明。上谕在宣布康有为的罪状时，并没有否定改革的必要性、紧迫性，而是从事实上认定改革的动力主要来自朝廷，来自皇上，只是后来被康有为等宵小之徒所利用，乘变法之际，阴行其乱法之谋，并最终演化出纠约乱党、谋围颐和园、劫制皇太后的事情。上谕还告诉我们，朝廷所推行的改革，其目的是改善和加强满洲贵族对大清王朝的领导，而康有为等宵小之徒夹带的私货则是保中国而不保大清，蓄意挑起久已消弭的种族冲突、族群冲突，这就严重违背了朝廷改革的初衷。
很显然，朝廷的用意是要区分“自改革”与康有为等宵小之徒“假改革”的本质，并没有因为康有为等人假改革、伪改革而否定改革的价值意义与必要性、迫切性，这实际上为后来的新政，为政治改革的再出发埋下了伏笔，也是执政者的一份清醒、一份从容。
当然，朝廷对康有为的清算，也为政治上的守旧者、糊涂人留下了丰富的想象空间，使他们觉得此次政治转轨或许意味着大清王朝的政治终于又回到了从前，所以这些政治上的守旧者、糊涂虫不仅强烈要求从政治上、思想上、学术上彻底清算康有为的影响，而且要求大清王朝在政治上大幅度后退。他们假借清查康有为同党的名义，诋毁新政，要求朝廷废止新政，这种倒退复旧的思想潮流在1898年秋天一度甚嚣尘上，弥漫天下，中国似乎不仅要退到百日维新之前，而且给人的感觉可能要退得更远。在他们看来，中国不仅不能让步到“中体西用”，而且必须回到“中国本位”，必须断绝西方思想文化特别是政治制度、政治思想对中国的渗透与蚕食。
10月7日，福建道监察御史黄桂鋆向朝廷提交了一份建议，认为在张荫桓、徐致靖充军，康广仁、谭嗣同六人被处决之后，康有为、梁启超、王照等人在外国势力庇护下已逃往外国，但其党羽在内地者还有不少，如果朝廷不抓紧时间进行整顿，以善其后，恐怕他们会与流亡在外的那些叛逆串通一气，暗通消息，构煽阴谋，将来死灰复燃，其患必更烈更甚于今日。为此，黄桂鋆向朝廷提交了一份必须清查处理的名单，这个名单按照性质分为四类：
第一类是那些与康有为同恶相济、结成死党、大倡邪说、朋比为奸的，主要有黄遵宪、熊希龄、徐勤、黄遵楷、韩文举等。这些人在过去很长一段时间，相互引荐、相互吹嘘、相互举荐，其处心积虑，直欲夺取上至朝廷下至州县一切大权。
第二类是那些在过去一段时间滥保匪人、妄希大用的人，如陈宝箴之保荐谭嗣同、杨锐，王锡蕃之保荐林旭。这些人利用职权滥保匪人，适足以增长逆焰，助成奸谋。所以对这些人依然应该严惩，应该将他们像李端棻一样，发往新疆，永不叙用，严加管束。
第三类是利用特科的机会结党营私，滥保匪人，如张百熙之保康有为、梁启超，张之洞之保杨锐、梁启超，唐景崇之保林旭。这些保荐虽然不像上一类奏保那么严重，但滥保之咎，断难宽容。
第四类是那些趋附奸党受其指使，如王照请皇太后、皇上游历日本，洪汝冲、郑孝胥请用伊藤博文，李岳瑞请改服制，林辂存请废中国文字等，他们皆以变法为名，阴用汉奸之计，非寻常莠言可比，所以对这些人也应该一律革职，永不叙用。
如果接受黄桂鋆的建议，势必扩大打击面，导致人人自危，甚至会使一些心术不正的人乘机公报私仇。先前一段时间在政治上相当活跃的改归知县庶吉士缪润绂就在这样的背景下检举揭发李鸿章、胡燏棻、蔡钧等人在中俄密约、东征之粮、津卢铁路等工程中的所谓不法行为，这就不是一般的个人问题，而涉及外交政策、经济政策等大关节。朝廷如果听任这样的检举揭发无限制蔓延，那么官场的混乱可能比新政时期还要厉害。翰林院掌院学士昆岗等人联名上书清廷，建议彻查自恭亲王奕去世以来的人事变动，公开指责翁同龢、张荫桓、胡燏棻、蔡钧等人都是十恶不赦的“汉奸”，里通外国，吃里扒外，必须严惩。掌江西道监察御史王鹏运说得更厉害。他在给朝廷的建议书中，建议从思想上彻底清算康有为的影响，以免使人误解康有为之败，只是因为其谋反叛乱，准备劫制皇太后，而不是因为其思想学说。甚至会使人误解，康有为虽然被清理出局了，但没有康有为的康有为改革依然会继续，中国未来富强之术，依然会照着康有为的路线走，依然会用康有为学说。在王鹏运看来，假如这个观点成为许多人的认识，那是非常可怕和可悲的事情。而要杜绝这种事情的发生，就必须从思想上、学术上清算康有为。
黄桂鋆、缪润绂、王鹏运等人的检举、建议为朝廷查清康有为一案当然有作用，然而如果完全按照他们的主张进行，则势必会使朝廷多年来推行的政策发生大倒退，会使中国逐步融入国际社会的大趋势发生逆转，这显然不合乎朝廷的利益。后来出任大阿哥师傅的高赓恩在向朝廷提交的奏折中就比较集中表达了这种荒谬主张。他认为，要想彻底清算康有为的影响，就必须从源头上做起，必须清算“中体西用”这个主张。在他看来，中体西用这个主张在过去许多年并没有起到积极的作用，而是将中国引向西方化的轨道，因而给中国给我大清带来了一场空前的灾难。我大清的未来出路，不仅要彻底排除康有为异端思想的影响，而且要彻底堵塞西方思想在中国的通路，要将那些以传播西方思想、西方学术为主的新式学堂一律取消，未立者停止举行，以杜乱萌而绵国祚，从而学术端而人心正，祖法不致再变，圣道不致再乱。
果如此，那真是中国的悲哀，当然也不是朝廷愿意看到的结果。这样荒谬的建议尽管在那种政治气氛下可以自由表达，但朝廷无论如何不愿作出这样的选择，不愿使政策发生如此大的倒退，而是在清理了康有为一案基本线索后，在对相关人员进行必要惩处后，尽快回到新政的轨道上，尽量向国内外展示一个温和的政治形象。掌云南道监察御史王培佑在提交给朝廷的建议中明白表示，历史上的教训必须汲取，决不能像王安石变法之后引发党争，将王安石新政中一些正确的东西全盘否掉，先前的新政尽管有康有为的影响，但说到底是朝廷的主张，且合乎我大清发展思路，因此不应该将许多正确的东西无端推给康有为，那实际上是给康有为贴金。王培佑建议，朝廷在惩处康有为一案涉案人员的同时，务必要分清新政与康有为等人是有区别的，并不是一回事，不能因噎废食，更不能过犹不及，听信那些政治小人的建议，将新政中合理的东西记在康有为名下，予以废除。朝廷要以不偏不倚的精神，去清理新政中的问题，实事求是，当存则存，当废则废。
王培佑等人的建议毫无疑问是一种比较清醒的认识，也是盛宣怀等人在康有为事件爆发之初就向朝廷提示过的。针对事变后一度甚嚣尘上的政治保守主义和守旧势力，朝廷不得不于1898年11月14日发布懿旨，对礼部先前停止学堂、恢复书院的决定予以批评，以为书院、学堂等新教育设施，只是为了讲究实学，培养人才，不应该因为名称而决定存废。
据此懿旨，两江总督刘坤一两天后再上一折，顺势提出“书院不必改，学堂不必停，兼收并蓄，以广造就而育真才”的主张；建议朝廷饬令协办大学士孙家鼐赶紧办理京师大学堂以为之倡；饬令各省分设中学堂、小学堂，多译中西政事有用之书，以资诵习；延请中外品学兼优之士，以为师儒，以期渐开风气。这在很大程度上扭转了康有为事变后中国政治的大倒退。
其实，不论是皇太后，还是皇上，他们对中国政治的发展前景心中都很清楚。他们之所以在1898年的秋天果断处置康有为一案，是因为康有为等人试图以武装暴力手段解决非暴力的政治变革，这显然不合乎大清王朝的根本利益，也同样不符合皇上的利益。康有为等人后来在海外一再宣传保皇，攻击皇太后，实际上只是自说自话，并不表明朝廷内部真的像他所说的那样分裂成两个集团，真实的情况可能相反，由于他们一直在海外肆意攻击皇太后，恭维皇上，这就反而使两宫之间更加容易团结一致，因为他们的利益毕竟是一致的。
王照在当年和后来一直认为，不应该用两个集团的观点去看待清廷，那样会使自己迷失方向，弄不清真相。根据王照的判断，皇太后从来没有反对过改革，反对过进步。在过去的几十年，如果没有皇太后的支持认同，就不可能有“同治中兴”，更不可能有“同光新政”。这大约是讨论1898年政治变动必须始终意识到的关键点。
基于这种判断，我们反观朝廷在康有为事件发生后的举动，应该承认朝廷除了在早期阶段大约为了稳定局势有点感情用事，直截了当地恢复了那些被裁撤的衙门，使那些被罢黜的官员复职。但是，如果从政策层面进行考察，应该说朝廷在政策调整上还是比较审慎的，既指出并纠正新政中的某些失误，又承认新政基本思路并没有违背大清王朝根本利益，有值得肯定和继续推广的价值。因此，重建两宫联合执政新体制后所面对的问题，不是彻底否定新政，而是如何兴利除弊，将励精图治的事业真正扎扎实实地进行下去。于是我们看到，清廷在稍事清理新政中的一些问题之后，很快重新回到新政的轨道，重启康有为的政治变革，尽力推进经济、文化、教育等方面的进展，只是这些改革的主导者不再是康有为等政治新锐，而是张之洞、刘坤一、孙家鼐、袁世凯等一批政治上的稳健派。
黑暗终归会过去
按理说，“1898年中国故事”至此可以结束了，“1898年那场未遂政变”的来龙去脉、前因后果也都交代清楚了，我们的叙述似乎可以到这里告一段落了。只是这个故事的主角，或者说这个重大案件的首犯康有为，我们还不知道他的下落。至于那些追随者、合谋者，在后来也有各自不同的人生遭遇，值得一说。
我们知道，康有为在9月20日天亮前凄凉离开了北京，正是他的悄然出走，终于引爆了这个惊天大阴谋，引发出后来的故事。
悄然出走的康有为遵循这样一个原则，最危险的地方最安全。所以他没有接受友人的劝告，绕开荣禄的辖地天津，更没有换上僧人装束远走蒙古，而是带着仆人李唐于凌晨四时许直奔马家堡火车站，也就是后来的永定门火车站，现今的北京南站。
在马家堡火车站，康有为并没有感到危险立即到来，他还是比较从容地买了一个包厢，一路比较舒适地前往天津。日暮时分，康有为抵达塘沽，立即登上招商局的客轮“新济”号。
康有为并没有“新济”号航班的船票，几经交涉，弄到了一个舱位，船上工作人员看康有为行李太少，似乎有点不太信任，于是对康有为说，你必须先把船票买好，我们才能许你上船。大约就在这个时候，有几个或赶来送行或偶尔碰到的广东人和康有为略微谈了几句话，康有为决定不再搭乘这艘轮船了。
