当开制度局、新政局的建议基本无望时，康有为等人曾提出仿国朝旧例在内廷设立懋勤殿，作为制度局的替代机构，其功能依然是为皇帝备顾问，直接参与新政规划与执行。这个建议也曾得到皇上赏识，并批转由庆亲王奕劻、总理大臣孙家鼐会同军机大臣切实复议具奏。7月28日，庆亲王与孙家鼐分别奏复，对设立懋勤殿的构想并没有提出反对意见，但对懋勤殿的人选标准却提出了人品与心术问题，这又使懋勤殿设想有重蹈制度局覆辙的可能。
一个传说引发的政治恐慌
进入8月，随着改革进入深水区，特别是随着裁撤詹事府等衙门在政治层面引起越来越大的风波，康有为等人觉得时机又将来到，于是重提设立新机构以容纳政治新锐并化解裁减冗员的压力。
8月19日，康有为以内阁学士阔普通武的名义上了一个折子，建议朝廷仿照西方近代国家成例创设议院，这大约是百日维新期间第一次明确提出设议院，这显然比先前提出的设制度局、懋勤殿等主张走得更远。康有为似乎已明白中国在政治上进两步退一步的规律，因此在方案提出之初将标的悬得极高，以便朝廷讨价还价，从而达到设置新的政治机构的目的，不论这个机构最后使用什么样的名字。
康有为在这份奏折中写道，在国家政治生活中，寻常之事可以照例举行，非常之功必须谋定而后动。且人之才识，有不在爵位年齿者。这里所建议的上下议院，无事讲求时务，有事集群会议，议妥由总理衙门代奏，外省由督抚代奏。可行者酌用，不可行者置之。事虽议于下，而可否之权仍操之上。从这个意义上说，康有为自认为他这里所说的上下议院，虽然模仿西方近代国家的成例，但并不完全一致，细微的差别就在可否之权依然操之于朝廷，避免了西方近代国家比较容易发生的君民争权之弊。
既要避免君权旁落，尾大不掉，又要集思广益，避免政策上的失误。这就是康有为所设计的上下两院的精髓，果如此，则在上者扩充见识，自不至墨守旧章；在下者各效愚诚，亦不至漠视国事。
至于上下两院的构架和功能，按照康有为的说法也非常有意义，比如遇到与各国交涉，各国无端要求，如果没有议院特别是下议院，一切交涉的压力都集中在政府，政府很难转圜。如果有了下院，情况就大不一样，政府可以像西方国家一样，以议会的理由拒绝许多不合理的要求。诸如索我口岸，侵我疆界，涉及哪个省，就可以由那个的议院公议，这样做至少可以为政府决策赢得时间。如果实在无法通融，无法答应，也可以以该省下议院不准为由坦然拒绝。康有为说，洋人最重民权，且深惧我百姓，恐激众怒，自息狡谋。从此各国知我大清国上下一心，君民一气，耳目骤然改观，必不敢如前之欺侮，所谓内政修而外交愈固。很显然，康有为建议创设上下议院的说词，是期待以民间力量去应对外来压力，这应该是民主政体中最常见的办法。
在此前后，镶白旗蒙古生员诚勤也向朝廷呈递了一个折子，建议仿行西方近代国家设立议院，并详细列举了设议院五大好处：
一、按照西方近代国家成例，筹款事宜一律由议院负责，由于议院在很大程度上代表纳税人利益，所以由议院负责筹款就比较容易。当我大清国振兴庶务之际，库款支绌之时，凡一举动，必先筹款。有议院，则军国大事，君秉其权；转饷度支，民肩其任。无论筹费若干，议院定之，庶民从之。纵征赋过重，民无怨言，反而会认为是自己的责任。
二、现在兴农务，开矿藏，讲制造。然以二十二行省疆域之广袤，人民之众多，物产之丰富，一一独断于行政体制，不论中央还是地方，恐怕都难免有漏洞和疏忽。有议院，则士民中确有见地者，即交议院讨论，办与不办，都必将有效抵销单凭行政决策所引发的失误。
三、甲午之役，军无战心，实因管带克扣太甚，以致兵弁离德，不肯效死。现在整军经武，必先除弊。然以二十二省之大，副参、游都之多，其中克扣军饷者无算，而督抚案牍堆积如山，其耳目诚有未逮。有议院以抉其弊，则上无虚糜之饷，下无不练之兵，而国威可振。
四、中西交通以来，立约无数，西人夺我商权，日甚一日。我大清国即便想就这些商约进行修改或重订，但碍于体制，一直难以有效。如果设立议院，由议院出面以维持之，修订之，则以往之条约可设法更换，后来之不平等可事先预防，则商民之气伸。
五、我大清既有体制，不论人才之可否，而论资格之浅深，故下士庸才，皆可意存侥幸。有议院，则人归公举，重才能不重资格，则国无遗贤。
在诚勤看来，设议院有百利而无一害，并不影响皇权至上：盖事虽定于上，下议院仍奏其君裁夺。君曰可，即签名准行；君曰否，则发下再议。其立法之善，思虑之密，要皆由于上下相权，轻重得平而已。东西洋各国特别是欧洲诸国之走上富强道路，其实就是走上议会政治这条道，议会体制是西方诸国强盛的基石。
9月19日，候选郎中陈时政也上了一份奏折，建议朝廷仿行西方国家设立上下议院，强调议院为立国最良办法，是近代国家的一般道路。在议院体制下，举凡国家大事，皆由上下议院讨论而后定，君主同意批准之后予以施行。民间的言论看法都能在议院有所反应，上下不隔，所有问题皆由议院充分辩论，如有分歧，则用票决而从其众，多数决定，少数服从，上下交泰，询谋佥同，政府倚之，国家赖之。
制度移植当然不是完全照搬，陈时政建议朝廷在参照西方近代国家议院制度重构我大清政治框架时，并不是推倒重来，一切从头开始，而是在原有政治架构基础上进行改良，进行创新。他建议参照现有组织架构，将军机处改为上议院，所有人员一仍其旧；另建议朝廷于大臣中选择一具有儒者气象，骨鲠白首，耆艾魁垒之士为上议院议长。由这样的大臣主持上议院，论议通古今，喟然动众心，忧国如饥渴，但凡朝廷忧心关切的事情，在那里都能够获得积极的回应，都能提出对应办法。
至于下议院，陈时政建议不妨从现在所裁撤的衙门中选择一个改造，不仅可以利用其衙门的物质基础，而且利用其人力，不费而成，举行甚易，何乐而不为？上院既定，下院既立，以之议政，何政不行？以之言事，何事不成？
如果仅仅从政治学原则说，康有为、阔普通武、诚勤、陈时政等人的建议自然成立，对于朝廷应该具有极强的诱惑力。这对于仿行近代西方国家政治体制实行君主立宪，对于设立上下议院，特别是对于在内廷开设懋勤殿设想无疑都具有相当的舆论效果。
设立专门机构以议政，是康有为立法与行政分立的既定想法，特别是鉴于当时裁减行政机构在政治层面所引起的高度恐慌，更使康有为觉得有机可乘。9月5日，他代翰林院侍读学士徐致靖起草了一份奏折，建议朝廷增设散卿以容纳那些被裁撤人员中具有学识与能力的充当议政之官，藉此作为议政、行政分离的雏形。
这份以徐致靖名义上的奏折引起了皇上的注意，当即批转孙家鼐妥速议奏。四天后（9月9日），孙家鼐议复同意徐致靖的这个建议，以为议政之官不厌多，盖欲皇上广集众思，即借以留心俊贤，此求贤审官之至意。然后，孙家鼐笔头一转，以为问察非难而用中最难，也就是说，议政之官不厌多固然是对的，但众说纷纭，怎样选择和决策，可能变得更加困难。发言盈廷，则是非各执。其言或似是而实非，或似非而实是，精择审处，不使贤否混淆，惟赖我皇上圣智聪明，斯国势可强而天下蒙福。徐致靖原奏所称定立三四五品卿以备列大夫之职，翰林衙门定立三四五六品学士以备散学士之职。此项卿员学士，遇有对品卿缺并翰林衙门对品缺出，由吏部一体开单候旨录用。至于徐致靖折中所说不支俸一节，孙家鼐以为皇上裁汰冗员，乃实事求是之意，并非惜此俸银，拟求皇上嘉惠各员，即按照所授品阶给予俸禄，则皇上体念群臣，这些议政之臣更当尽心报效。
从孙家鼐的应对方案看，似乎并没有什么问题，更不存在着刻意反对。他的建议只是对徐致靖原奏的增补与修正，并没有从根本上予以否定。然而不知何故他又将徐致靖原奏摘录要点送呈皇太后，结果康有为以徐致靖名义上的这个方案，竟然在皇太后“慈览”后予以否决，专门议政的机构无从建立，那些下岗等待再就业的官员眼看可以得到部分安置，又突然间没有了下文。
与徐致靖建议置散卿以广登进的同一天（9月5日），总理各国事务衙门章京、刑部主事张元济也向朝廷呈递了一份进行政治体制改革的建议书，就裁减旧衙门、设立新衙门等一系列问题提出相当激烈的看法。其裁撤冗署冗员的建议我们在前面已有比较详细分析，而其“设议政局以总变法之事”的建议则为其五条总纲第一条，他的理由是，近代西方国家差不多都将行政与议政判为两事，应该说这是我大清目前应该向西方学习的一个重要方面。我大清从来不分行政与议政的区别，以行政之人操议政之权，今日我议之，明日我行之，岂能不预留地步以为自便之计？所以我大清旧有行政体制凡为行政之官所惯行者必不废，废则无以抑制新进之辈；政为彼之所未行者必不兴，兴则显其前事之非。因此之故，我大清目前改革困难重重，欲去一旧法，则多方阻挠；欲举一新政，则故意延宕。这样说当然也不意味着改革就没有办法进行，只是要改变这种状况，就必须彻究其终始，融贯其往来，斟酌其后先，权衡其缓急，而后能施之无弊，行之有功。所以张元济建议朝廷必于事之未来，预为之计算，必于所行之事，统筹其全局。而在目前体制下，如果将这些责任委托给旧有衙门和大臣，可惜这些大臣或年迈昏庸，精力不济；或各有官守，兼差无算，往来奔走，簿书劳形，岂复能殚精研思，从容讨论？而且，就政治理念说，这些旧有大臣中多有不愿奉行新政之人，面从心违，于事何济？鉴于这种实际状况，朝廷不欲变法则罢，如欲变法，非先设一议政局以握其纲领则不可。
对于议政局职能、体制、员额等方面，张元济提出这样几点建议：
一是新设议政局宜仿照旧有懋勤殿、南书房体制，设于内廷；
二是建议以年富力强、通达时务、奋发有为者充当局员，统请特旨简派；
三是考虑议政局设立后事务至繁，建议议政局员20人。如有不足，请旨添派；
四是建议在局诸员每日轮流随军机大臣听候召见；
五是建议皇上在日理万机之暇随时临幸，考核各员所办之事；
六是建议如遇要事，谕知在局各员全数齐集，届时请皇上驾幸局中，听诸臣详细核议；
七是臣工条陈时事及各衙门请旨之件，建议清廷交议政局核议，准驳各随所见，议上请旨施行。至士民条陈，亦可先交议政局阅看；
八是建议凡近日所应改应增之事，都应责成议政局先期拟定办法及详细章程，随时进呈御览，恭候钦定；
九是建议考虑现已推行各项新政，诸如学堂、报馆、轮船、铁路、邮政、电报、矿务、工厂、银行、商会等，均不过大略章程，并未垂为国宪，办法不一，建议朝廷责成议政局详考东西洋各国相关制度，参酌加减，拟具则例，呈请钦定颁行。
专职议政机构的设立对于皇权专制形态的大清帝国来说或许过于恐惧，所以张元济的建议虽然具有相当细节和可操作性，然而并没有及时获得朝廷回应。不过，朝廷毕竟已启动政治体制改革，毕竟在重新规划行政架构，所以设置与行政相分离的议政机构也成为应有之义，只是其机构名称、形态及职能究竟应该怎样规划而已。所以，张元济的建议虽然没有进入政治实践，但对政局发展还是具有相当正面的影响，至少在舆论上有助于类似机构的成立。
9月11日，裁缺左中允黄思永向朝廷提出另外一个思路，建议利用裁撤行政机构的机会设立集贤院，荟萃天下人才而甄别之，砥砺之，如翰林院之教习庶吉士，不论官职大小，既经保荐或公举之人才，先令赴院，由大教习询其学业，觇其志趣，试其才具，考其事功，如吏治、兵法、格致、制造、法律、交涉、理财、训俗、算数、方舆诸门，分别科目，教习相与考证，朝夕磋磨，不拘时日，以务得其真为度。然后将其学其志其才其事一一胪陈，不以一日文字之工拙为凭，不以一日奏对之详略为准。这样，一大批有用人才汇集起来，各展其长，必将能为政治发展经济建设诸多新政提供有价值的研究成果。
不论是集贤院，还是议政局、懋勤殿，其本质都是在现有行政架构外成立专门议政机构，其功能说到底也只是为皇帝备顾问咨询而已。所以对这一新设机构最有兴趣的莫过于皇上本人，以及那几位新进军机章京。因此，在外有康有为等人鼓吹，内有新进军机章京鼓动，原本就曾与翁同龢商量过设立制度局以统筹全局的皇上，在众说纷纭中不能不对这种舆论表示关切。9月13日，皇上终于下定决心于内廷设置懋勤殿，选集通国英才数十人，并延聘东西洋各国政治专家共议制度，统筹全局，将一切应举应革之事全盘筹定，统筹考虑，制定详细规则和实施细则。这天早晨，皇上在召见湖北补用知府钱恂时透露了这个想法，大约有意识地通过钱恂向湖广总督张之洞征询意见，因为朝廷重臣和封疆大吏中，张之洞的意见不能说一言九鼎，但还是非常有影响力的。
