皇太后的表态将问题推到一个无法讨论的境地，各位大臣谁也不敢再为张荫桓说情，谈话一时间陷入尴尬，陷入沉默。过了好大一会，皇太后又说，我也知道张荫桓颇能办事，究竟有无专擅揽权之迹？
对于皇太后的问话，廖寿恒连忙回奏，表示张荫桓在总理衙门遇有外交事务时，有时当然要和同仁商议，有时也会自作主张，一人决定。这是因为张荫桓认识的外国人最多，且与各国公使相处较为融洽，因此遇到一些比较秘密的外交活动，张荫桓的行迹也就显得有点诡秘，旁人不得闻知。
廖寿恒的解释在一定程度上化解了皇太后的疑虑，于是她对身旁的皇上说，张荫桓遇事专擅，皇帝明日叫起入见，可以严加申饬，便知警戒。
由此看来，皇太后虽然对张荫桓有所不满，但似乎还没准备拿其开刀。甚至从这简短的几段对话中，还能隐约感到有意保护张荫桓的意思。
当天退朝之后，廖寿恒因事往访张荫桓，闲话间将皇太后当日盛怒及诸位大臣说情的情形转告张荫桓，张荫桓对此表示理解，只是他最关心的是军机大臣刚毅是为其说情，还是落井下石？不知他为什么这样看重刚毅的态度。廖寿恒告诉他，刚毅并没有落井下石，而是也为你张荫桓说了一些好话。
廖寿恒的解释和介绍，使张荫桓略感放心，同时也使他觉得非常郁闷，觉得自己一心一意为朝廷办事，竟然弄得各方面都有这样多的意见。他告诉廖寿恒，本衙门明日也有事向朝廷汇报，待明天早朝时看皇上态度如何。
第二天早朝前，张荫桓先至军机处找到庆亲王奕劻询问昨天的情形。庆亲王告诉他昨日的情形真的很严重，庆亲王还将他所收到的一些举报信交给张荫桓翻看，大约是希望张荫桓知道确实有人在以其为敌，应该知道收敛。
张荫桓不看这些举报信还好，看了之后更加愤怒，更加伤心，觉得自己太冤枉。他告诉庆亲王，他将找时间向皇上说说清楚，万一皇上盛怒难回，那就只好请皇上将他罢斥查办，他相信事实一定会弄清楚，一定会还给他一个清白。
说到这里，里面传张荫桓、庆亲王、廖寿恒、刚毅及新任军机王文韶等五人入见。皇上开门见山，张口就问张荫桓，那些弹劾你的折子，都看了吗？
张荫桓表示已经看过，并对其中一些举报进行辩解，介绍在处理外交事务时，哪件事情是和谁商量的，哪件事是和哪位大臣合办的。如果说有专擅，大约也只是指《中日通商行船条约》的谈判，而这个条约的前后过程都非常清楚，只是我一人主持谈判，并不能说我没有汇报、请示。
听了张荫桓的辩解，皇上不客气地对廖寿恒说，你昨天对皇太后说了那么多，今天怎么不敢与张荫桓对质了？皇上似乎对廖寿恒昨日落井下石的做法很不满。
廖寿恒说，昨天皇太后询问臣等，我的回答是张荫桓在衙门办事，有与同仁商议者，亦有一人专主者，这确为事实，臣不敢欺。
皇上又问刚毅等还有什么话，刚毅等惟有叩头，表示没有其他意见。于是皇上略谕庆亲王：传知张荫桓，不必忧虑着急，仍令好好办事。皇上似乎有意大事化小，小事化了，保护张荫桓过关。然而，皇上让廖寿恒、刚毅与张荫桓对质，无疑也加重了张荫桓的怨气，因为皇上在暗示，昨天的故事都是廖寿恒和刚毅等人捣的鬼。而这一点，又与廖寿恒昨天告诉张荫桓的很不一样。
不料皇上让张荫桓好好办事的话还没有说完，刚毅突然插话，声称太后有口谕，令张荫桓改过自新。正在现场的张荫桓闻言不禁愤懑，心想自己本来无过，何云自新？愤怒的张荫桓已经不顾大清礼节，对于老佛爷的慈谕，无意叩头谢恩。
皇上大约看到了张荫桓的不满，似乎也知道张荫桓的委屈，所以皇上马上口谕，你张荫桓先下去吧。张荫桓随即退出。
过了一会，庆亲王等大臣也退出，等在那里的张荫桓赶忙对庆亲王等人表示，自己无错，何来自新？强调自己还将上折申辩。然而各位同僚好言相劝，表示一天风雨已散，皇上既然不继续追究了，何必再去多事？
众同僚的劝慰当然引起了张荫桓的重视，所以他在后来也就没有执意抗辩，这件事就这样暂时不了了之。张荫桓侥幸度过了暂时危机。
在众同僚耐心劝说下，张荫桓放弃了申诉，这使他暂时度过了政治危机，但是也给他留下了无穷的后患。他放弃了申诉，就等于认同了指控，即便那些指控可能夸大了事实，也不是说完全是捕风捉影，毫无根据。至少有一个问题是张荫桓不易辩解的，那就是你在总理衙门办外交，是不是有过独断专行的情形？
更重要的是，通过这件事，张荫桓真切感到了皇太后的威力，感到了皇太后可能已不像过去那样对信任了。他如果执意借这个机会到皇太后面前说明情况，能够有个充分解释的机会，皇太后或许能够改变看法，或许能够像过去那样信任张荫桓。然而，张荫桓没有这样做。
是什么原因使张荫桓没有这样做呢？聪明的广东人不会弄不清这其中的关节点。一个简单的背景大约是，随着维新运动的深入，特别是进入1898年之后，皇上越来越像皇上了，许多事都是大权独揽，敢作敢为，张荫桓大约觉得自己既然搭上了皇上的这条船，既然他感到皇上在许多问题上与皇太后的看法并不完全一致，那么他就不好在两宫之间像过去一样和稀泥，于是他按照自己的猜想，坚定站在皇上一边，甚至不惜因此受到皇太后的批评，乃至不信任。而他又将这个看法有意无意向康有为灌输，遂使原本并不存在的两宫冲突弄得越来越像，好像皇上真的与皇太后誓不两立、不共戴天似的。这也是王照最看不惯的地方，也是王照与康有为以及谭嗣同、梁启超等人冲突的原因之一。
就历史事实分析，两宫冲突只是一种想象的事实，并不是历史的真实。但是张荫桓、康有为在戊戌年间的活动与政治选择，却恰恰以这种想象为讨论的基础、行动的根据。
按照张荫桓后来的分析，他之所以被动介入了所谓帝后之间的冲突，特别是他之所以不再受到皇太后的信任，又与他忽略了李莲英这个大内总管的存在有关。根据张荫桓的回忆，大约1897年他奉命赴英国致贺女王维多利亚在位六十周年时，有内大臣某曾告诉他，归国时务必携带一些外洋新奇宝物奉献给皇太后。张荫桓谨记此嘱不敢忘。归国前，遂备钻石串镯一副，配以祖母绿帽花一颗，奉献皇太后。此帽花系张荫桓先前在巴黎拍卖法国总统御前之物，他担心仅将此物奉献给皇太后恐怕皇上见怪，于是另行置备金刚钻镯一副、红宝石帽花一颗，先献给皇上。
皇上得到此物固然高兴，但他不愿张荫桓因此小事在皇太后面前失欢，皇上关切地询问张荫桓是否也为皇太后准备了礼物。张答称已有。皇上遂将张荫桓送来的礼物交给张，并告诉他先将这些物品一并呈送皇太后，朕自可得。
按照皇上的指示，张荫桓将这两件礼物一并托人通过李莲英送到皇太后那里，皇太后也确如皇上所预料的那样将此中的一件转送给皇上，两宫为此皆大欢喜。
然当张荫桓从太后处谢恩出宫时，有内臣告诉他，李莲英总管那里也应该送点礼物，事始周到。张荫桓也觉得这个建议甚有道理，但仓卒无以应，计划不久俟机补送。后竟因忙乱不堪而忘记，这就难免在无意中伤害了李莲英，而李莲英又极为自尊，因为他毕竟不是一个正常人，你没办法从正常人的眼光去理解他。根据张荫桓后来的反省，他之所以在皇太后那里失欢，之所以蒙难，在很大程度上与他这次不谨慎、不周到有着相当关联，只是悔之已晚，无法弥补。
在一个高度集权的政治体制下，我们不必想象任何一项重大决策都是郑重其事讨论的结果，更不必想象都是最高领导人意志的产物。事实上，高度的政治集权为最高领导人身边的那些“小人物”留下了无限的活动空间，他们的喜怒哀乐决定着最高领导人的意志，影响着政治决策，更影响着那些职业政治官僚的地位与前途。像李莲英这样深受皇太后赏识的大内总管，他在晚清的政治发展中起到过极端重要的作用。他不止是皇太后的耳目和鹰犬，而且他能够稍用手腕便可转移皇太后的情绪与意志，决定着其他政客乃至皇上的命运。诚如当年与李莲英、皇太后及皇上都有直接接触的德龄公主在《光绪帝毕生血泪史》中所分析的那样，李莲英的情绪、意气以及他与当时政治场上所有人的明争暗斗，其影响实在是不可估量的大、不可测量的远。大清王朝的命运，因此决定；中国的历史，也因此改变；甚至可以说，连远东后来政治格局的形成，也在很大程度上受制于这些影响。德龄公主的分析不能不说没有一定的道理，只是这个影响有多大，恐怕也不能用“蝴蝶效应”进行解释。只是从张荫桓个人命运来说，其后来之所以落到那种可怜可悲的下场，当然可能与李莲英有着一定程度的关联，至少可以说，张荫桓的落难，或许正中了李莲英的下怀。
张荫桓最终落难是1898年中国故事的最后一幕。其实他在皇上蓄意保护下，当翁同龢被逐之后，张荫桓在清政府政治格局中的地位并没有随着翁的离去而下降，特别是他的思想见解及政治主张虽不同于康有为的极端激进，但毕竟有许多契合之处，尽管他至死不愿承认自己是“康党”，但他在新政开始之后依然能够留在总理衙门这样非常重要的位置上，实得益于他与康有为的特殊关系。
就思想倾向而言，张荫桓或许不赞成康有为的极端激进主义做法，不过他与康有为一样，具有较为开阔的国际视野，比较早的就认为中国的未来出路就是要老老实实地向西方学习，建立起自己与西方先发国家比较一致的政治体制。所以，康有为在京城从事政治活动之初，也曾多次以乡后辈的身份向张荫桓请益，以期获得张荫桓的支持，他知道张荫桓在朝廷中有相当分量，深受两宫信任和倚重。御史文悌在弹劾奏折中说康有为行动诡秘，常于深更半夜前往张荫桓位于锡拉胡同的官邸，并经常在那里留宿。文悌认为，张荫桓与康有为的关系绝非一般的乡谊可以解释，其政治理念的认同，或许还在一起商量某些活动，从事一些活动，这才是他们关系极其密切的原因。而张荫桓、康有为的另一位广东同乡许应骙，在很多场合指责康有为夤缘要津，除了指康有为与那些言官来往密切，恐怕也在暗示康有为与张荫桓的关系不同寻常。
康有为在京城开始政治活动的最初日子里，对张荫桓这位乡前辈格外尊重，张荫桓对于康有为的聪明和渊博的知识、开阔的视野，大约也非常欣赏，因而也力所能及为康有为提供了尽可能多的人事脉络与政治资源，是张荫桓最初将康有为介绍给帝师翁同龢，康由此走上直通朝廷的政治捷径。
新政开始后，张荫桓于8月2日受命与王文韶一起筹设矿务铁路总局。8月10日，二人又一同受命筹办路矿学堂。9月5日，张荫桓奏请增修内政以安定民心、稳定民志。朝廷破例将张荫桓这个折子批转各将军督抚，并要求他们务必参照奏折中的建议，认真考核，实力奉行，以期政平讼理，不准虚应故事，视同具文。同一天，张荫桓还建议朝廷实行团练，修订先前兴武备的思路，大有藏兵于民、全民皆兵的意味。对于这个建议，皇上也欣然接受，并在当天破例批转各省督抚，要求按照张荫桓所请切实筹办。
种种迹象表明，随着翁同龢出局、礼部六堂官集体下岗，随着谭嗣同等四小军机的提升，张荫桓的政治前程非常看好，他将触角延伸至户部本职工作之外，大致表明或暗示出皇上对他的信任倚重，预示着他可能在政治上获取更多发言权，或者直接晋升至更为重要的位置。张荫桓已成为皇上不可须臾的左膀右臂。在皇上心目中，张荫桓不仅是外交领域优秀人才，而且具有内政方面的卓越见解。如果联系皇上一系列改组政府的措施看，张荫桓的提升应该说不言而喻，甚至获得汉大臣的首席，也未尝不可能。
张荫桓政治地位的上升，除了皇上有意提升外，也与当时中国外交的新困境，特别是政府内部的亲英、亲俄等派别的斗争有关，并由此引发张荫桓与朝廷重臣如李鸿章之间的纠葛。
甲午战争后，列强加紧了对中国的资本输出，他们在争夺中国利权的同时，特别着意于大规模工程项目，比如耗资甚巨的铁路建设项目，最为列强所看重。西方投资者清楚地知道，只要他们能够获得某一铁路的投资权，就意味着他们将发大财。而列强也必将通过这些投资项目，更有效地控制住他们已获得的势力范围。
在甲午战后大规模投资项目中，法国、德国及俄国下手比较早，在1898年之前就已获得了在各自范围内修筑铁路的权力。而英国相对动手比较迟，直到1898年5月方才获得修筑沪宁铁路的权力。不过，英国素来将长江领域视作自己的势力范围，特别是凭借与朝廷中一大批亲英官员的特殊关系，凭借与长江流域各位督抚不一般的友谊，他们并不过于担心别国觊觎英国在长江流域的特殊利益。
