《中日通商行船条约》共有二十九款，主要内容：（一） 中日两国可互派使节驻于对方首都，可在对方通商口岸或准驻领事之处设立总领事、领事、副领事及代理领事；（二） 根据《马关条约》所确立的原则，在中国各通商口岸，允许日本人从事商业、工艺制作及其他事业，准许日本人在这些通商口岸租赁或建造房屋，或者租地建造教堂、医院、墓地等；（三） 准许日本人前往中国内地各处游历、通商；（四） 凡各货物日本人运进中国或由日本运进中国者，日本人由中国运出口或由中国运进日本者，均应按照中国与西方各国所签订的各项税则及税则章程办理；（五） 日本在中国取得领事裁判权；（六） 日本在中国取得最惠国待遇。
从这几个要点看，《中日通商行船条约》是《马关条约》的延续或具体展开，并没有超越《马关条约》所确定的各项原则，日本虽然从中获取了一些好处，但这些好处先前都曾许诺给了西方诸国，也是中国开放市场发展经济所必须的一个环节，只是日本这个迟到者需要中国政府予以补充确认而已。
当然，这些细节谈判也不是那么容易，按照张荫桓后来的说法，李鸿章和林董虽然在先前几个月多次聚谈，但对条约的框架、具体条款等，并没有一点点触及，没有一点点具体构想。只是到了他张荫桓接手后，大刀阔斧，删除改定，始定议。由此可以想象张荫桓在此次谈判中确实费了无数口舌。不过最终谈判成功，一方面表明张荫桓的外交才能，另一方面因中国官场特殊生态，也势必引起一些人的攻击与怀疑，事后或以为张荫桓过于专擅，或以为过于揽权，甚者捕风捉影暗示张荫桓在此次谈判中获得了对手巨大好处，涉嫌受贿。这些指控虽然不会对张荫桓构成实质性伤害，但使他心里非常不舒服。
通过中日通商行船条约谈判，张荫桓加深了对日本的了解，而日本方面也将张荫桓视为一个可以进行谈判的对手。所以，在此后的一系列中日交涉中，张荫桓脱颖而出，其在外交尤其是中日外交方面的地位逐步提升，翁同龢、李鸿章的影响力逐步下降，他们二人对张荫桓的怀疑与嫉恨与日俱增，李鸿章与张荫桓逐步由上下级关系演变成竞争对手的关系。
据日本驻华公使林董从旁观察，大清国朝廷内部纲纪紊乱，大臣们相互倾轧、猜疑，负责帝国日常事务的军机处大臣、总理衙门大臣不是相互配合，共同协助朝廷做好各项事情，而是结党营私，互相攻击，致使政府改组频繁，负责外交事务的总理衙门竟然没有通晓外交的大臣，只有一个张荫桓略具外交背景，略通外交事务。所以各国公使要到总理衙门办事，总是事无大小，总要找张荫桓协商。
张荫桓当然并不是要垄断外交事务，只是大清国在外交上实在没有人。这样做的结果，并不是提升了张荫桓在朝廷中的地位，恰恰相反，使张荫桓在朝廷中的处境非常尴尬。据张荫桓的助手，也是广东小老乡伍廷芳说，各国公使和外交人员遇事就找张荫桓，实际上是害了张荫桓，这使张荫桓在总理衙门讨论外交事务时无论怎样说，都往往使其他大臣不太相信，像翁同龢遇事不问理之当否，只是一味怀疑张荫桓与日本人的特殊关系，怀疑张荫桓袒护日本，于是就一味设置障碍，阻止张荫桓的动议，否决张荫桓的意见。
鉴于这种困难，张荫桓让伍廷芳带话给林董，希望他以后再到总理衙门办事时，尽量指名道姓要求与翁同龢见面，与翁同龢谈判，张荫桓当然也会争取参加，但无论如何要让翁同龢感到是自己在主导，在决定。当然，张荫桓也会尽量参加；当翁同龢遇事与张荫桓商量时，张荫桓就能比较充分地陈述意见。如此，对事情之运作，或许更加有利。林董明白伍廷芳传话内容后，不禁感叹万分，以为大清国此时权倾天下的翁同龢竟然如此心胸狭窄，不能容人，这真是一件令人可悲的事情。
张荫桓地位的上升不仅关涉与翁同龢、李鸿章等人的关系，而且在朝廷内部特别是两宫之间也发生了相当影响。1895年5月9日，张荫桓奉命参加由恭亲王、庆亲王及户部尚书翁同龢、兵部尚书孙毓汶、步军统领荣禄等人负责的战后筹款项目。这是当时一项最重要的工作，不仅关涉对日赔款的筹措，也是中国战后恢复重建的重要基础。实事求是地说，那时筹措款项并不是太难，虽然清政府的财政状况并不太好，但列强都看上了中国巨大而尚未充分开发的市场、潜在的消费能力、廉价的劳动力和低廉的原材料，他们都争着借款给中国，以期从这个巨大市场上分得足够的份额。
不过，列强的借款条件也非常苛刻，所以战后中国在向列强借款时，也确实比较谨慎，发生过一系列波折。根据张荫桓的说法，当甲午战后偿还日本第一笔赔款时，中国政府通过各种渠道筹措的款项并不是太足，皇太后不知出于什么考虑，竟下令发宫内积蓄银200万两交给户部，以解燃眉之急。这是皇太后的一片诚意。
作为负责筹集款项的户部副主管，面对皇太后出私房以救国家，大约也是心生感情，不知说什么才好，张荫桓在将这批款子从宫中取出后面奏皇上，称身为户部侍郎，奉职无状，致累皇太后拿出私房钱去接济国家。张荫桓表示，倘将来库款稍裕，谨当先将皇太后此款筹还。
张荫桓这段话似乎应该是作为臣子的不安心情，也多少带有讨好的意味，但不知何故，皇上闻言变色，严厉表示此时需款甚急，不必预筹及此。
皇上究竟为什么突然感到不高兴，张荫桓并不清楚，但他推测是皇上对太后有所不满，他觉得皇上从来没有向他如此厉言，窥测言色，似有不满太后意。基于这种判断，张荫桓在第二天召对时面奏，表示自己昨天所说筹还皇太后款项一事，不过因皇太后既为外廷如此用心，部臣不得不仰体慈意，倘将来库款周转不开，仍可请皇上向皇太后商借。
张荫桓知道皇太后确曾私蓄二三千万金，他的用意可能也确实是为了将来使用方便。但是他这样一再利用皇上对他的信任而提及这些烦心事，一定程度上只能增加皇上的烦闷，甚至会增加皇上对皇太后的不满。从最简单的情理上说，皇上筹款艰难，而皇太后依然有这样的财产控制在手中，皇上无论如何不会对此高兴。所以，张荫桓后来深深陷入帝后之间的矛盾，也就在必然之中了。这也就是王照一再说张荫桓误导了皇上、误导了康有为的缘故。
天下本无事，庸人自扰之。两宫之间或许根本没有什么矛盾，但一些看法不太一致的蛛丝马迹，还是被张荫桓这样的有心人所捕捉和利用。然而，张荫桓大约不是从两宫团结一致的立场出发去劝导皇上，可能像康有为所期待的那样，鼓吹皇上奋起反抗。这样张荫桓就在两宫之间充当了一个非常尴尬的角色，由两宫非常信任的宠臣逐步滑向被厌弃的政治小人。张荫桓还是张荫桓，但在两宫心目中已经很不一样了。
由于皇太后、皇上的高度信任，也由于张荫桓的能力确实出众，所以他在甲午战后成为中国政治的矛盾中心之一，在某种程度上替代了李鸿章、翁同龢，充当了政治斗争的箭靶。
当第二笔对日偿款日期临近时，这笔巨款究竟从哪里出，清政府真的是没有一点头绪。负责此事的户部尚书翁同龢仰屋无策，真的不知应该从哪里弄到这笔巨款。无奈，翁同龢找李鸿章等大臣商量，李鸿章建议向俄国驻华公使商借2000余万两。张荫桓得知此事后表示，2000余万两仅仅能够应付眼前，如果能够一次性借到5000万两，便可将此后三笔对日赔款合并为一次支付，这样既可节省借款的巨额利息，也可将日本驻华军队早日逐出，节省中国必须为此支付的驻军费用。
对于张荫桓的建议，李鸿章不以为然。而且，不知出于什么样的考虑，李鸿章故意将这笔借款的事情向英国驻华公使透露。
英国素来担心中俄联手，所以当英国公使获知这个消息后，相当愤怒，表示中国如果真的需要借款，为什么不首先向各友邦商借，为什么要与俄国人单独且秘密缔约？英国公使表示，如果中俄此次借款成为事实，中国政府必须答应英国两个不容商量的条件：一、中朝铁路归英国修筑；二、中国必须另外开放数处轮船码头。
英国公使的要挟只是一个方面，而俄国公使得知中国向英国方面泄漏了密约之后也甚为恼怒，要求中国政府必须为此承担责任。总理衙门大臣对英国、俄国的不断要挟毫无办法，不得已只能请与各国关系甚好的张荫桓分别到英、俄各使馆调停，协调各国在华利益，考虑由各国分借。
当此时，又有盛宣怀从上海来电称其已与洋商订立草约，商借5000万两，由盛宣怀主办的中国银行担保。
盛宣怀的消息使翁同龢、李鸿章感到欣慰，以为借款的波折或许因盛宣怀介入而平息。在总理衙门例行会议上，不料张荫桓却对此提出了不同看法，他以为盛宣怀所说的事情根本不可能办到，因为盛宣怀的银行只有数百万两资本金，还不够偿还五千万借款的一年利息，洋商怎能会同意由这样的银行担保？所以他判断盛宣怀的报告不可能实现，然各位大臣对张荫桓的分析也不太相信，其实后来的事实证明盛宣怀所说确乎为子虚乌有。
与此同时，各国图利商人纷纷向李鸿章等处承揽此项借款，但均因各种原因而难以落实。时间在一天天地流失，而对日支付赔款的期限更加迫近。于是总理衙门的大臣们又请张荫桓出面请求日本方面同意延期支付。日本驻华公使看在张的面子上起初答应电商政府，予以考虑。后因中国借款迟迟无法落实，日本公使顿反前言，不愿就推迟付款进行协商。这就使借款的事情更加紧急。不得已，张荫桓提议请总税务司赫德出面筹借商款以应急需，并建议由盐贷各厘作抵，为此需将户部及总理衙门各案查交赫德收执，问题随之解决。
从此次借款的过程看，其成功的部分确实为张荫桓一人主持，也是他在政府为难时刻出头化解。然而，当这件事情成为过去，各种各样的传言谣言雪片一样地传播，大致都在攻击张荫桓专擅营私。这种攻击当然是中国政治生态中经常出现的情形，不干事的大臣永远不会出错，做事越多，问题就越多。张荫桓与诸位同仁的关系日趋紧张，这些同仁大约也包括李鸿章在内。
当然，张荫桓与李鸿章矛盾的积累又与翁同龢有关，而翁与李的矛盾不仅牵涉政见不同，而且含有许多私人恩怨。
早在30多年前，翁同龢的哥哥翁同书在安徽巡抚任内被曾国藩上书弹劾，1862年受到远戍新疆的惩处。这一弹劾奏折据说是李鸿章起草的，因为李鸿章那时正在曾国藩那里做幕僚，故而翁家对李鸿章始终怀有敌意。翁同龢以帝师之尊为朝廷大员，虽位尊权重，但始终未能入阁拜相。这其中是否有李鸿章的阻挠不得而知，但李绝不会主动帮助翁同龢实现入阁拜相的政治目标，似乎也是当时人所共知的事实。当甲午战败后由李鸿章一人之身承担战败责任并一度受到朝廷冷落时，我们看到翁同龢的权力也随之提升，他们之间的恩怨有进一步加深的趋势。
张荫桓本与李鸿章的关系格外亲近，也曾一度在李鸿章手下任职，李鸿章也曾竭力向朝廷推荐过张荫桓，1884年他从地方被召进总理衙门任职并很快获得皇太后的赏识，在一定程度上就与李鸿章的推荐有关。1892年，张荫桓被任命为户部左侍郎，户部尚书翁同龢成了他的顶头上司，他与翁同龢相处融洽，而且在很多时候实际上是站在翁的一边反对李鸿章，这不能不引起李鸿章的不满乃至怨恨。
不过，当时朝廷内部关系错综复杂，张荫桓虽然与翁同龢的关系相对较好，但也不是说他与李鸿章在表面上也过不去。1898年初，当他与李鸿章一起与俄国人进行谈判时，他们二人都被怀疑接受过俄国人的贿赂。凡此都为其后来政治生涯中的曲折留下了隐患。
张荫桓最初受到皇太后的赏识，后来可能是因为翁同龢的关系，他也受到皇上的赏识与信赖，特别是由于张荫桓当过驻外使节，到过不少国家，确实是当时总理衙门中最为通晓各国事务的大臣，故而虽然不断有人向朝廷弹劾，但他的地位并没有因这些弹劾而改变。张荫桓的地位真正受到威胁来自1898年新政开始后翁同龢被开缺。据说在开缺翁同龢的同时，皇太后也确实接到不少举报张荫桓的奏折，有的指责张荫桓办事专擅，有的奏折明确指责张荫桓与翁同龢合谋，在当年初与英国人谈判借款时，共同受贿260万两。三人成虎，架不住举报者接二连三，弄得皇太后也半信半疑，觉得张荫桓极有可能像翁同龢一样有问题，至少张荫桓所谓过于专擅的过失是不容置疑的事实，于是下令步军统领衙门崇礼收集材料，准备查抄张荫桓。
为了慎重起见，皇太后于罢免翁同龢之后不几天（6月23日），专门召见庆亲王奕劻、总理衙门大臣廖寿恒及刚毅进行核对。皇太后表示，有些举报说张荫桓最近遇事颇为专擅，颇为揽权，你们几位有什么看法？
对于皇太后的询问，廖寿恒的回答大体比较中肯诚实，他表示，在总理衙门中，真正能办理外交事务的大约只有张荫桓，因此许多事情也非他张荫桓出面不可。这大约就是人们对张荫桓揽权专擅的印象，可能并不合乎真实。
廖寿恒的回答比较平实和可信，但不知为什么，皇太后听到这些回答后却非常愤怒，她表示，照你廖寿恒这样说来，如果张荫桓死了，那大清国就不办外交了？
