鉴于康有为版本的大学堂章程中总教习职权引发的争执，孙家鼐建议分设中文总教习与西文总教习。西文总教习负责大学堂西学的总体设计及执行，并设西文分教习具体负责。如果政府同意设立西文总教习这一职务，孙家鼐郑重推荐美国传教士丁韪良担任。丁韪良是当时首屈一指的中国通，1865年开始担任同文馆教习，1869至1894年任总教习，具有丰富的教育经验，对西学的引进与传播作出了巨大贡献，是西学总教习最合适的人选。清政府稍后接受了这个建议，聘请丁韪良出任京师大学堂总教习。
孙家鼐的这些建议对于京师大学堂的发展起到过重要作用，也是他指导一大批专门人才比较深入研究东西洋各国成功经验后的心得，因此获得朝廷的重视，京师大学堂的筹建由此迅速推进。至1898年秋，尽管中国政治发生了巨大转折，但京师大学堂并没有因此受到太大影响，许多学者称京师大学堂是戊戌年政治变革留下的唯一纪念品。
孙家鼐主导的京师大学堂在迅速发展，但筹建过程中依然潜藏着两个派系之间的较劲和冲突。这些冲突很难说是新与旧，但要说是权力的冲突、利益的冲突，可能还比较接近历史的真实。
按照最初规划，京师大学堂是在1895年强学会留下的官书局基础上的扩充和重建，待京师大学堂筹备完成后，原来的官书局以及新设的译书局等大约都又划归给京师大学堂，成为大学堂的附属机构。
设立译书局专司译书事务似乎是康有为的意思，也似乎是康有为戊戌年间整体布局尤其是人事布局中的一个重要环节。6月1日，康有为代山东道监察御史杨深秀拟了一份奏折，建议清政府设立译书局，专译日本典籍。理由是最近几十年世界各国来往密切，西方诸国在学术文化方面突飞猛进，政治、学术、理财、练兵、农工、商矿，一切技艺，日出精新，皆有专门之书，而这些著作许多都没有译成中文，这是非常可惜的。康有为指出，过去中国人言变法，言革新，但囿于见闻，也只是在筑炮台、购兵船、买枪炮、练洋操等形而下方面打转转，并不知道在政治、学术等方面进行讲究。现在，各地督抚特别是以直隶为先，纷纷渐知创设新式学堂的重要性，东西洋各国盛行几十年的新知识渐渐引起了中国人的高度关注。
中国人知道了西学的重要性，但究竟什么才是西学的本质或根本，中国人还不甚了了。康有为指出，大多数中国人错误地以为西学其实就是西文，于是所谓学习西方就是学习西方的语言，就是学习英语。这显然是不对的。中国之所以在学西方几十年之后依然落后，主要就是中国人没有弄明白西方语言文字与西学的真正关联。从已设立的学堂看，这些学堂仅教学生学习西方语言文字，五六年之后始能通其文字，语言尚未通，其政治等学问则必在十年之后方有可能问津。而今世变甚急，朝不及夕，岂能从容待之十年？其不在学堂之人，及任官之士大夫，尤为今日所倚重，指望他们学习外文、直接阅读西书更不可能，他们无从了解世界发展变化的大趋势，不明西方政治、经济、工商等学，指望这样的官僚去治理国家，变法维新，又有什么用呢？
基于这种判断，康有为在这份奏折中认为，言学堂而不言译书，亦无从收变法之效。几十年前，曾国藩先识远见，创设制造局，首译西书，为中国了解西方学习西学开创了先例。然而奉行者不通本原，只将精力用在兵学、医学等技术科学图书的翻译上，而对于政治、经济等制度的西学著作，则甚少翻译。这是过去几十年中国学西方的一个最大失误。
针对过去的失误，康有为建议政府要加大翻译西书的力度，要在数量、质量上超过往昔。不过，他强调，西方的语言文字确实比较难，不是那么很容易就能够掌握，所以江南制造局自开局至今数十年，所译西书不满百种。这就是中国多少年来一直有人鼓吹变法、鼓吹革新，而始终不得其法的根本原因，这也为后来的政治发展特别是政治困难预留了许多问题。
鉴于这种困难，康有为在这份奏折中建议政府开辟一条翻译捷径，那就是先向东然后再向西，通过日本了解西方、学习西方。康有为的理由是，日本自明治维新开始，学习西方已有几十年时间，日本人在明治维新之初即已高度重视西学著作的翻译，据说日本人已将西方国家的主要著作差不多都翻译为日文。而日本与中国同文同种，其文字亦来自中国而稍加修改或创新，大致与中国文字相同，只是文法稍有颠倒，中国读书人用几个月的时间就能够比较顺利掌握日文。所以，中国如果改从日文翻译西方书籍，必能事半功倍，人人可操日文译书。如果政府拿出一笔资金，多养通才，则不要一年时间，就可以从日文转译西学著作数十种。若筹款愈多，养士愈众，那么不用几年时间，便可将西方诸国主要学术名著悉数通过日文转译成中文，从而使中国士人及官僚士大夫，都能够通过这种方式了解西学大致和根本，势必可以大幅度提升中国政治、学术的品质。
康有为通过杨深秀提出的这个建议当然是戊戌年间比较重要的一个政策选择，也是当时国内有识之士比较一致的看法。在康有为通过杨深秀提出这个建议仅仅几天时间，江南道监察御史李盛铎于6月6日也向朝廷提交了一份报告，建议政府参照乾隆年间开设四库全书馆的经验，设立专门机构，大规模翻译东西各国学术名著和各种文献。李盛铎指出，现在世界大通，中外交流越来越多，中西政治虽然具有不同的表现形态，但大体上说来在本质上是一致的。而中西学术文化可能具有很多差异，西方日新月异，发展迅猛，言理财不考究农工商矿无以明白其究竟，无法弄清养民富国之根本。所以，中国要富强要发展，就必须从学术层面弄清西方成功之所在，而不能再像过去几十年徒袭西学皮毛，而不知其真精神。要弄清西学的真精神，对于大多数中国人来说，当然要凭借翻译，要由懂得西方语言文字的人将西书译成中文。现在中国人能够凭借的西书中译差不多还是几十年前同文馆和江南制造局翻译的那几十种，内容陈旧，无法反映西方学术文化的最新进展，当然也就无法满足现代中国人的需要。鉴于此，李盛铎建议清政府仿四库全书馆开译书局，并建议多从日本转译。他的理由与康有为代杨深秀起草的奏折中所说非常一致。
杨深秀、李盛铎的建议是否存在私下的协调，由于史料的原因我们现在还很难下断语，但是这个建议确实合乎清廷此时的需要和判断，所以清廷很快发布御旨责成总理衙门拿出创办译书局的具体方案。
清廷的决定很快就传出来了，康有为获悉后遂于6月13日与梁启超合拟了一份保荐“维新救时”人才折，以翰林院侍读学士徐致靖的名义上报，折中推举康有为、黄遵宪、谭嗣同、张元济、梁启超等人为维新救时人才，恳请朝廷特旨破格委任。并非常具体明确保荐梁启超或到大学堂任职，或到译书局主事。奏折称赞广东举人梁启超英才亮拔，志虑精纯，学贯天人，识周中外，其所著《变法通义》及《时务报》诸论说，风行海内外，如日本、南洋岛及泰西诸国并皆推服。湖南巡抚陈宝箴礼聘梁启超主讲时务学堂，订立学规，切实有用，若蒙皇上召置左右，以备论思与讲新政，或置诸大学堂令之课士，或开译书局令之译书，必能措施裕如，成效神速。这就将拟议中的译书局或译书馆与梁启超的工作安排联系起来了。
然而不知事出巧合，还是事出必然，就在康有为、梁启超借用徐致靖的名义自我保荐的同一天（6月13日），掌陕西道监察御史黄鋆隆上了一份奏折，指责湖南巡抚陈宝箴近年来学行西学，徒务虚名，毫无实际，其资人口实，有不能为其讳者。在黄鋆隆指责的诸多罪状中，其中最重要的一条就是陈宝箴支持时务学堂，纵容梁启超大放厥词：梁启超在时务学堂不是老老实实教育学生学习西学精髓，而是大讲特讲什么民主政治、议院政治等。在梁启超的蛊惑下，原本纯正的湖南学风被严重污染，湘中士大夫起而效尤，大放阙词，甚至有好事之徒鼓吹什么改正朔、易服色等乌七八糟的东西，骇人听闻，不一而足。至于陈宝箴主持，由翰林院庶吉士熊希龄、前国子监祭酒王先谦、江苏候补知府谭嗣同以及梁启超等人参与的南学会，更是荒谬绝伦，几乎成了煽动社会动乱的讲坛。黄鋆隆的这个奏折，几乎将以徐致靖名义保荐的“维新救时人才”逐一否定。这显然不是偶然巧合。
黄鋆隆的弹劾给清廷出了一个不大不小的难题，不过从当时的政治需要来说，以徐致靖名义保荐人才更合乎新政时期的总体需求，所以清廷当天发布御旨，虽然没有否决黄鋆隆的指控，但依然如徐致靖奏折所请，明谕主事康有为、张元济预备召见；道员黄遵宪、知府谭嗣同送部引见；举人梁启超由总理衙门查看具奏。
创设译书局翻译西方学术著作以及推举维新救国人才的建议，不管背后有多少利益关切，但其政治诉求无疑是光明正大，合乎维新时代的精神，因而获得清廷高度赞同。6月28日，总理衙门对这些建议作了审慎研究，提出了筹办方案，并同意李盛铎的建议，翻译事宜委派重臣主持，鉴于当时的政治构架，翻译西书实与京师大学堂的创办互为表里，所以建议由管学大臣一并管理。
至于梁启超的工作安排，总理衙门也有建议，以为梁启超有在上海工作的经验，不妨任命他管理上海译书局事务，其基础就是梁启超与同仁先前在上海创办的译书局，现在只要进行“官督商办”的公有化改造，就可立即开馆。
总理衙门认为，上海为华洋总汇，所购外国书籍甚为便利，印刷工本亦相对比较便宜。由梁启超经理译书事务，可收事半功倍之效。至于经费，总理衙门建议由政府每月拨给译书局2000两。如果仍不敷支出，可以准许译书局召集股份。
