庞鸿书剥离农学、医学等学科的建议也不是没有引起孙家鼐的注意。事实上，在孙家鼐向清廷酌核具奏的同时，他也颇为犹豫地表示，医学一门所以保全生灵，关系至重。古者九流之学，医居其一。近来泰西各国尤重医学，都城皆有医院。现在农务、矿务，均已特派大员设立专门学堂。至于是否可以援例推广，另设医学堂，考求中西医学，即归大学堂兼辖。他个人并无一定之见，希望能够获得朝廷明确指示，然后再详拟办法，请旨施行，明显表现出一种动摇的心态。
孙家鼐设立专门医学堂的构想获得了清廷首肯。9月9日上谕称医学一门关系至重，亟应另设医学堂，考求中西医理。归大学堂兼辖，以期医学精进。即命孙家鼐详拟办法具奏。根据这个指示，孙家鼐于9月14日进呈医学堂章程，决定在大学堂之下设立医学堂，并认为中西医学各有专长：考验腑脏，抉去壅滞，中不如西；培养根元，辨别虚实，西不如中。孙家鼐对中西医学差异的这种判断应该说深刻影响了后来者。在所设立的医学堂中，孙家鼐建议兼寓医院之制：凡来就治者，皆随时施诊，且酌施中西通用药品，以期保卫生灵。
设立专门的矿务学堂、铁路学堂应该说是清政府一项既定政策。7月11日上谕就指出，铁路、矿务为现今切要之图。造端伊始，亟宜设立学堂，预储人才，方可冀收实效。所有各处铁路扼要之区及开矿省份，应行增设学堂，切实举办之处，即命总理衙门大臣王文韶、张荫桓悉心筹议，奏明办理。根据这些指示，路矿总局大臣王文韶、张荫桓于9月6日就举办铁路矿务学堂及其与大学堂的关系问题提出详尽建议，要求各铁路、各矿厂均应设法早日筹建自己的学堂，培养人才，并为大学堂普通学卒业后的一门专门之学进一步深造的场所。
京师大学堂及其相关专门学堂的筹建是顺利的，各方面的共识也大体接近。然而由于在一些重大的权力架构上存在着分歧和争执，在大学堂筹建之初也发生许多不必要的争论，而这些争论主要围绕着京师大学堂章程中的一些规定进行。
我们知道，由梁启超主持草拟的京师大学堂章程是戊戌年间一份比较重要的文献，也是新教育发展过程中一份比较好的规划图、路线图。按照这个规划认真执行，不出数年，中国教育的面貌必将根本改观，教育形态的多元化、教育理念的多样性等，都将会有很好的体现。这是确定无疑的。
然而，中国的问题在于，处处事事总会有人事上的纠葛相牵制，一个原本很好的教育规划图结果却因人事纠葛化为泡影，而人事纠葛的关键不是为了教育发展，而是为了教育发展过程中的话语权、控制权。这是典型的东方特色。成功不必在我，功力必不唐捐。这是中国人的理想。理想，一般地说，都很难普遍和实现。所以中国人更多时候，总是希望获得事务发展过程中的控制权、话语权。
梁启超所拟的这份章程从总纲至课程设置、学生出路等都没有什么问题，所有阅读者也普遍表示认同，只是到了章程有关京师大学堂权力架构设计相关章节时，矛盾开始出现。
章程第五章、第六章是大学堂权力架构设计，专门规定总教习、分教习的聘用及权力限制。章程认为，先前的同文馆及北洋学堂等多以西人为总教习，这种制度设计或许有助于西学传入，但与京师大学堂宗旨似乎并不太符合。京师大学堂既然被定位为中西学术并重，所以不宜再聘用西人为总教习，因为华人中容有兼通西学者，而西人中必无兼通中学者。所以章程规定京师大学堂将聘请学贯中西、能见其大者的中国通人为总教习，并赋予总教习处理大学堂日常事务的全权。
如果仅从理论看，章程对京师大学堂总教习的规定应该是有道理的，西方学人确实无论怎样博通，但真的还没有像中国人那样深入研究过中国学术的，而中国人或许在西学的根底上较西人略有差距，但学贯中西的中国通人在国内似乎还有那么几个。所以这一规定不仅有理论上的依据，而且也有其可行性。如果不了解中国人事纠葛的特殊性，我们不能不承认这些抽象的规定是正确无误的。
然而，中国的许多问题其实都不在理论和依据，而是由谁来做、谁主动、谁掌控。而恰恰在这一点上，章程的规定引起了风波，甚至由此导致康有为、梁启超一系人马出局，最终退出大学堂的管理事务和权力布局。
根据康有为的说法，京师大学堂的创建思路基本上是由他提供的，李盛铎的奏折、总理衙门的方案，也基本上合乎他的设想。而在大学堂权力部署上，康有为更是别出心裁让梁启超参照各国经验，设计了虛置管学大臣而由总教习掌管具体事务的权力架构，这实际上是因人而设计的一种方案。
当时的管学大臣为孙家鼐，孙与康有为相知甚久。在新政开始阶段，应该说孙家鼐还是比较看好康有为的，他曾真诚地对翰林院编修蒯光典说：当今朝野内外忠肝热胆而心通时务者，惟康某一人而已。我皇上发起新政，责我在教育文化领域中变法，我惟举康某人，我真诚相信康有为有真才实学，其学术眼光应该远在我孙家鼐之上。这大概是孙家鼐受命主持京师大学堂创建后，竭力推举康有为负责起草大学堂章程的重要背景。
孙家鼐为管学大臣是既成事实，而康有为可能出任京师大学堂总教习，也似乎是朝野内外的共识。李鸿章、廖寿恒、陈炽等人都曾向孙家鼐竭力举荐康有为，最重要的是孙家鼐真诚地认为康有为兼通中西，是京师大学堂总教习的最佳人选。孙家鼐的理想大概是，他以管学大臣的身份遥控京师大学堂日常事务，康有为以总教习的身份代他主持具体事务，侧重于教学方面。康有为必须绝对忠诚于孙家鼐，这大概是孙家鼐使用他的前提。这是中国传统政治体制中用人的一般原则。所以当孙家鼐还没有看到梁启超所拟的这份大学堂章程时，曾当面真诚邀请康有为出任大学堂总教习一职。这种真诚还表现在他甚至委托已内定出任大学堂总办的陈炽前去劝说。
然而，当孙家鼐看到梁启超所拟的大学堂章程中关于总教习权力规定时，不禁勃然大怒。
按梁启超所拟，总教习拥有大学堂事务的全部权力，清廷命官管学大臣反而成为摆设和象征。对于这样的权力结构，孙家鼐不愤怒肯定是不正常的，他相信张狂的康有为和梁启超之所以这样设计完全是别有用心，居心不良。孙家鼐的愤怒引出很多新的问题，甚至在很大程度上深刻影响了1898年中国政治走向。
或许是康有为觉得自己这样做可能有点过分了，开始意识到理亏；或许此时正当红的康有为对其他更高职务的获得抱有期待；或许由于康有为在其他许多事务比如《时务报》的归属等问题上还必须有求于孙家鼐。当他获悉孙家鼐的愤怒后，遂委梁启超转告孙家鼐，表示他康有为决不会插手大学堂任何事务，以此化解孙家鼐的心结，然而这一切都晚了，来不及补救了。
如果仅就政治观点而言，孙家鼐不仅是当时比较有学识的开明官僚，而且是当时最具维新思想的大员之一，所以当京师大学堂开办之初，清廷就将这一重任交给了孙家鼐以管学大臣的身份全权负责。现在被康有为这样一搅和，孙家鼐的情绪肯定受到莫大影响。康有为通过梁启超的声明和表白，无法挽回孙家鼐对其信任。原本具有非常强烈维新思想的孙家鼐竟然被康有为推向反对的一派，而且越来越强烈。
作为管学大臣，孙家鼐肯定先前就知道康有为的学术倾向和政治倾向，只是在他们惺惺相惜、关系比较友好时，孙家鼐对康有为思想倾向、学术倾向中的问题不太计较，所有差异似乎都可忽略不计。但是，现在既然已经反目成仇，这些原本可以忽略不计的问题却成了大问题。而且，从孙家鼐身份、地位来说，他虽然恼怒梁启超的大学堂制度设计，但这个话题实在无法提上台面，于是事情的发展迫使孙家鼐从学术上去封杀康有为。
7月17日，梁启超所拟的京师大学堂章程由总理衙门上奏之后半个月光景，孙家鼐向清廷呈递了一份举报康有为的奏折。孙家鼐在这份奏折中说，他最近仔细阅读了康有为的全部著述，其《中西学门径七种》一书稍有价值，其第六种《幼学通议》一条言小学教育方法，深合儒家经典《学记》中立教之意，最有价值。但其第四种、第五种《春秋界说》《孟子界说》言《公羊》之学，及《孔子改制考》第八卷中《孔子制法称王》一篇，杂引谶纬之书，牵强附会，必证实孔子改制称王而后已，称《春秋》既作，周统遂亡，此时王者即是孔子。这个观点就很荒唐了，不要说孔子是历代中国人景仰的至圣先师，决不可能有这种犯上作乱或僭乱之心，即便是后人有此推尊，亦何必以此事反复征引，教化天下？当今圣上正在奋发有为，康有为必欲以衰周之事行之今时，孙家鼐担心康有为以此为教，鼓吹人人存改制之心，人人谓素王可作。学堂的设立本是为了培养人才，而现在康有为却利用学堂宣传什么孔子改制，危言耸听，蛊惑民志，是导天下于大乱。因此孙家鼐建议清廷明降谕旨，将康有为书中凡有关孔子改制的内容一律删除。
就当时的政治格局看，康有为确实是一个极有争议的人物，不过既然是争议，就是有人肯定，有人否定，只是清廷最高层对康有为的真实态度如何，孙家鼐心中似乎并没有底，所以他在这封实际上是弹劾康有为的奏折中并没有完全抹杀康有为，并称康有为才气可用，以为宜如西汉文帝之对待贾谊那样，老其才折其气而后大用之。孙家鼐试图借助于行政力量遏制康有为的霸道。
康有为的《孔子改制考》确曾引起过学界的争论，但康有为将这部著作进呈后并没有在皇帝那里引起孙家鼐所担心的歧义，即认为康有为有意作教主，作民主，更没有孙家鼐所说的蛊惑民志、导天下于大乱的意思。所以，皇上在得到孙家鼐的奏折后，也就没有明降谕旨，下令康有为去删除《孔子改制考》中的内容，而是命军机大臣传旨孙家鼐，再令孙传旨康有为而已，似乎有意调解孙家鼐与康有为之间的矛盾或误会。
康有为在孙家鼐无端攻击的第一个回合中获得了初步的胜利，孙对康的反感与对立当然也没有因皇上调解而缓解，而是相反。
孙家鼐的奏折没有很快发生效力，但作为管学大臣，孙家鼐实际上能够牢牢控制住康有为、梁启超这些文化人。在孙家鼐呈递弹劾康有为奏折的同一天（7月17日），康有为通过御史宋伯鲁向朝廷呈递了一份改《时务报》为官报的奏折，而正是这份奏折又引发孙家鼐与康有为之间更加剧烈的冲突。不过，这个主题已经是另外一个故事了。
孙家鼐不再信任康有为，他以为康有为通过梁启超的表白不过是惺惺作态，不值得注意。他按照自己的意志安排着京师大学堂的人事，主持着各项工作。大致上说，在那短短的时间里，进展还是比较顺利的。8月9日，孙家鼐向朝廷报告了进展情形，并就若干未决事项请求进一步指示。
关于专业及课程设置。孙家鼐建议在大学堂内设立仕学院，专门招收那些进士、举人出身的京官，这些京官既有科甲出身，对中国传统学问当已通晓，不必为他们设置中国传统文化方面的基础课程，重点放在西方近代以来的各种专门之学。这样就可以使他们在比较短的时间里补充实际工作进程中所需要的新学问。这大概类似于后来的干部进修班，是在职培训：仕而优则学，以期经济博通。
除了干部进修之类的补习班之外，大学堂的普通班也存在着学生出路问题。孙家鼐建议，凡大学堂肄业学生，其已授有职务者，由管学大臣出具考语，然后由朝廷各就所长予以提拔使用；其作为进士之学生，亦由管学大臣严核品学，请旨录用。拟采取湖北巡抚谭继洵的建议，学政治者归吏部，学商务、矿务者归户部，学法律者归刑部，学兵制者归兵部及水陆军营，学制造者归工部及各制造局，学语言文字、公法者归总理衙门及使馆参随，终身迁转不出本衙门，以便使他们所学与所用相符，成为各个领域中的专门人才。在这项考评分配中，不难看出，管学大臣的权力不仅大，且非常有分量，每一个学生都必须经过他这一关。这才是真正的校长。
关于大学堂的中西学分科，当时也有一些争论。孙家鼐建议分门不宜太多，每门之下可再设子目，仿科举体制下专经之例。至于学生能够学习几门学科，应该由学生根据能力与兴趣进行选报。孙家鼐建议，宋明理学不必单独设科，可附在经学之下为一门；诸子、文学雷同理学，亦不必各自专立一门，子书中有关政治、经学的内容，可附入政治、经学专门。至于大学堂在最初规划中准备设立兵学一门，现在从各方面反映及各国经验看，似乎将兵学附在大学堂之中不太合适，建议参照各国惯例由总理衙门考虑创设专门的武备学堂，所以大学堂不再设立兵学一门。
关于大学堂毕业生的名分，一直存在很多争论，主要争论之点就是大学堂毕业生是否要向科举体制靠拢。清政府过去曾规定小学堂、中学堂、大学堂肄业生卒业后依次领取生员、举人、进士等学位，在国家鼓励人才时，原可不惜破格之奖，但冒充滥发等弊端似也严重，假学历、假文凭似也泛滥成灾。鉴于这种情况，孙家鼐建议政府宜于鼓励之中仍示限制，由相关部门制定数额与考核的具体标准，以便把握和控制。
