章程强调，根据东西洋各国经验，从未有任何学校尽讲他国之学而完全舍弃本国之学者，亦未有绝不通本国之学而能通他国之学者。中国学者之大弊是治中学者绝不言西学，治西学者亦绝口不言中学，结果就是中西两门学问视若水火，相互诟病，无法形成一个学问的总体，无法在中西学问的基础上建构出一门新学问。针对这种情况，章程刻意强调张之洞最近一个时期一直在鼓吹的中体西用思想，以为中学为体，西学为用，二者相需，缺一不可。如果不能深究中国自古以来圣圣相传的儒家义理之学，则学无根底，其所浮慕的西学也只是得其皮毛，徒增习气，必无心得。所以京师大学堂一定要克服这一毛病，一定要在中西学术的结合上下功夫。为此，章程提出课程设置的两大原则，一是中西并用，观其会通，不得偏废；二是以西文为学堂之一门，不以西文为学堂之全体；以西文为西学之发凡，不以西文为西学之究竟。明确将西文与西学判为二事，意在纠正先前几十年洋务运动中创建的那些新式学堂将西文视为西学，以是否掌握西方语言文字视为西学之高低的流弊。
根据这些原则，章程第二章为课程设置方案，将全部课程分为普通学与专门学两大类，前者要求每一个学生都应当通习，类似于今日的基础课；后者要求每一个学生各占一门，类似于今日的专业课。普通类基础课共设计了十门课程，有经学、理学、中外掌故、诸子学、初级算学、初级格致学、初级政治学、初级地理学、文学、体操等。要求每个学生在三年内掌握除体操外的九门普通课程，经考试合格方能毕业。至于外语，章程要求每一个学生都必须选择一门进行学习，所使用的教材应该是该语言国家的原本。外语考核与普通课程相同，不及格的也不能获得毕业资格。
至于专业设置，章程根据需要及可能，提出了十大专业，即高等算学、高等格致学、高等政治学（包括法律学）、高等地理学（包括测绘学）、农学、矿学、工程学、商学、兵学、卫生学（包括医学）。要求所有学生就性之所近、能之所及在此十种专门学问中选择一种或两种认真研习，其已习西文之学生尽量使用西文原本，以求获得该学科的精义。
京师大学堂章程关于考试的规定也很有新意，它放弃中国传统书院含混不清的以文辞论高下的办法，而主张采用西方大学成例，实行学分制。但是又借鉴中国传统书院特别是梁启超在湖南时务学堂的经验，要求学生每天写读书心得交给老师进行考察。
章程第三章提出录取学生的一般标准，大体为在职读书的“干部进修”类和未曾入仕的一般学生，并提出在学生中选拔那些高才者作为师范生单独培养，以为新教育准备足够的师资力量，待其学成后分发各省学堂充当教习，从根本上改变中国教育体制。
先前各省设立了不少新式学堂，但如实说来却很少培养出真正的人才，除了管理方法、教学方式等原因外，还有一个重要背景是这些学生无法在科举考试体制下获得真正的出身，所以那些具有一定天赋的学生不愿到这些新式学堂就学。这也是新教育在这之前无法有效推广的一个重要原因。
为了克服这样的问题，京师大学堂章程充分注意到新教育体制下成长起来的新一代的出身问题，第四章建议政府变通科举考试成例，参照东西洋各国经验，制定一个标准，给学堂出身的这些学生一个正式体面的名分，从而鼓励更多的青年学子自愿接受新教育，而不是继续在科举道路上学非所用，浪费青春。
大学堂章程出来后，总理衙门广泛征求各方面意见并重点与日本驻华公使馆进行过沟通，希望日本方面能够提供帮助。据新发现的日本外交档案，日本驻华代理公使林权助往访总理衙门时，中国大臣曾将大学堂章程交给林，请其代为斟酌，提供建议。7月20日，总理衙门特别委派章京顾肇新、徐承焜到日本公使馆当面咨询，征询意见。林权助也知无不言，言无不尽，尽己所能畅谈了自己的看法。他认为，中国创设大学堂，最为现实要务，惟开办之初，章程原不能完备；将来有不妥之处，应随时酌改，期归尽善。
就现有章程论，林权助认为，章程规定大学堂以中国学问为根本，最为扼要，断无抛荒本国学问，专习外国学问之理。根据他的了解，各国新式教育大致都遵循这样的原则。
林权助建议，大学堂的学生应令统学英文，其有意学他国语言者，亦只可兼习。这是因为无论何国教习皆通英文，未必能通中文，若学生不习英文，彼此隔膜则难以教授。
至于章程中所列各种学问，林以为以政治、矿学、工程三项为最紧要。中国现在急需此三项人才。卫生学亦是要务。至于兵学与文学不同，须另立学堂，不应列入大学堂内。
在谈到学生出身时，林权助说，鉴于中国实际情况，大学堂毕业的各科学生，只要学有成效，政府就应该颁发文凭，使之与正途出身的进士并重。这个意思应通过上谕的方式进行发布，令国内青年知识分子都知道这个举措，方能使年轻一代热衷于新教育。
关于教习薪水，林权助根据自己的经验建议说，如果每月300两，恐怕外国上等教习不肯来。上等教习约需600两。专门教习，不必专请西国人；如中国人有精通专门者，亦可令作教习。日本学堂开办之始，皆用西国教习。经过至今大约30年的发展，现在日本国的大学教习，差不多都换成了日本人，因为这些日本教习已充分掌握了西洋知识，与西洋知识进程处于同步状态了，所以就不必重金聘请西洋人。至于中国，在新教育开办之初，肯定要聘请西洋教习，如果需要日本教习，林权助表示日本政府愿意帮助，可随时商量。
章程中也曾谈到学生的管理及经费补助等问题。林权助建议，按照日本学例，学生应自备资斧及日用伙食，购买书籍以及适量的学费等。对于那些非常贫穷的学生，学堂要想办法给予适当补助；对于那些学品兼优的上等学生，学堂要设置奖学金，给予适当奖赏，以激励学生的学习热情。从东西洋各国经验看，从来没有对于学生的学习费用、生活费用全部担负的先例，因为在这个教育阶段，学生学成之后，就业机会大增，收入标准也与入学前不一样，自己终身受益，因此不应在读书阶段完全依赖学堂免费供给。京师大学堂这样的普通教育，毕竟不是武备学堂之类的教育机构，专为国家出力，故免去一切费用。
从后来的情况看，林权助的一些建议被充分吸收到大学堂章程的修订及实践中去了，为中国新教育发展作出了贡献。
话语权、控制权与利益关切
京师大学堂章程制定出来后，大学堂的筹建也就紧锣密鼓地开展起来了，总理衙门尤其是管理大学堂大臣孙家鼐忙着为大学堂寻找合适地点建新校舍，并委托出使日本大臣裕庚将日本大学堂建筑蓝图设法寄回，以便参考。
总理衙门指定马神庙一处房产作为大学堂临时校舍后，由于整修还需一段时间，因此孙家鼐于8月30日建议派遣大学堂办事人员中的江南道监察御史李盛铎、翰林院编修李家驹、庶吉士宗室寿富、记名御史工部员外郎杨士燮等前往日本考察，将日本大学、中学、小学一切规制、课程并考试之法，逐条详查，汇为日记，缮写成书，以供参考。
孙家鼐之所以选定日本的理由，主要是日本在推广新教育之初，与中国有着比较相同的背景与经历。日本在创建新教育之初，就曾选派博通之士分赴欧美各国，遍加采访，始酌定规制，通国遵行，故能学校如林，人材蔚起。这个情形与中国比较相似。现在京师大学堂章程略具，各省中学堂、小学堂已立者未能划一，未立者尚待讲求，均应由大学堂参核定议。如同文馆与民间私塾、书院所习西文入门之书，传授各殊，文法之深浅互异，故有二三年已通者，有三五年而尚未通者，虽然可能有学生资禀敏钝不同等各种复杂原因，但由于教学方法有善与不善的差异，可能还是较主要的原因。基于此种考虑，孙家鼐等认为应该选派专人赴各国考察，以便制定统一教育标准和标准的教学方法。至于选派要员专赴日本的另外一个原因，毕竟中日一衣带水，同文同种，且往返需时需费都较赴欧美方便。
京师大学堂紧锣密鼓地准备开张，方方面面也开始了对大学堂的重视，已公布的大学堂章程也引起了各方面的注意，有赞同有批评。御史何乃莹很快就章程中的一些规定特别是考试策论、严加搜检等问题提出一些修正意见。他建议在招考生员时援引乡试之例，二十取一，从严掌握，宁缺毋滥，保证大学堂的教学品质和学生质量。至于章程建议大学堂毕业生授予进士、举人等名义，何乃莹认为没有必要。他的理由是旧的科举考试所产生的进士、举人等已弊端丛生，新教育没有必要向旧体制靠拢。
何乃莹的建议引起了清廷重视。8月9日的御旨要求军机大臣孙家鼐对何乃莹的建议进行研究，并给予答复。9月17日，孙家鼐就何乃莹提出的问题作了解释，表示总理衙门原奏中规定大学堂学成者作为举人、进士使用，其主观目的是为了鼓励人才起见，其议亦未可尽非，但究竟如何办理，还可以再研究。此事关系甚重，议论各殊，在中国没有先例可循，他个人一个多月以来反复筹思，也未敢就此下一个绝对结论。所以，究竟大学堂毕业生将来授予何种学位，待进一步研究各国经验后再作决定。
至于何乃莹以及其他一些人提出的问题，孙家鼐也有解释。他指出，有人建议将科举、经济、学堂的考试三合一，这个方法可能并不妥当。因为如果按照这个三合一的合并考试之法，非博览群书，难以入选。其得举人、进士也较难，其弊也则在于怀挟抄袭。学成卒业之法，普通学既熟，但专精一门即可入彀，其得举人、进士也较易，其弊则在于徇情滥举。今将通用科场考试，则学堂肄业诸生，必将分心于博览，无以致专一之功，于专门学业恐有窒碍。若不用考试，则学堂出身诚恐弊流于冒滥。因此，孙家鼐建议此后科场考试仍照张之洞等人建议并经政府批准的新科举方案办理；而学堂卒业诸生，果能屡试优等，学堪致用，即予以生员、举人、进士之名，仿唐人分科举士之例。习化学者名曰化学举人、进士，习算学者名曰算学举人、进士；推之各科，皆冠以专门之名。将来何项需人，政府即按所习之科采择录用，如此则学堂之士可以争相发奋学习。若虑徇情滥举，则应制定规则，一旦发现，严惩不贷，只要切实可行，便可以杜绝流弊。
至于何乃莹奏折中关于严搜检一节，孙家鼐认为，搜检之法系科举考试制度下的科场旧章，自当认真照办。这个制度虽然规定比较严厉，但每每变成具文形式主义，也自有其原因。其主要的原因，就是参加考试的人太多。现在的新体制，每次录取的差额不过一比十，且由各省学政严加甄别，这样每省每次参加考试的人数就能够大幅度减少。人数减少，当然有利于稽查，有利于严格考场纪律。一旦发现作弊，严惩不贷，罚其不准入场，取消当年考试资格，不复加以罪名，这样考生必能注意，不会随便冒险，搜检也就能够认真执行。
从孙家鼐的奏折看，他的这些“筹思”不过是在履行协办职责，并无康、梁等人后来所说的与维新势力斗智斗勇的丝毫迹象。
9月3日，给事中庞鸿书也对大学堂章程中的经学课程等一些规定提出了不同看法。9月9日，孙家鼐就这些问题进行了解释。孙家鼐认为，学堂之设，所以造就群才，以普通之学为初基，以专门之学为进境。创设规模，必求详备。至于课程设置中的经学问题，庞鸿书在奏折中称诸生往往皓首而不能通一经，现在学堂章程中所拟的功课，四书用朱熹集注本，五经遵用钦定义疏本，切要详明，易于卒业，不必以皓首难穷为虑。庞鸿书原奏中又称，凡诸生已熟读四书五经者，方准收入学堂，庶几略有限制。经学只须温习，不须另立一门。对此，孙家鼐解释道，将来开办学堂收考章程，自当以熟读群经者为上，专通数经及一经者次之。至普通功课，已奏请删并理学归入经学，删去诸子、文学归入各门，业已删繁就简，无可再减。况经学所以正人心、明义理，中西学问皆以此为根柢。若不另立一门，何以为造端之地？从这些争论看来，戊戌年间或者说整个维新时代的西学取向已引起主流意识形态的深深忧虑。
对于大学堂的专业设置，庞鸿书的奏折也提出了不同看法。他根据大学堂已将兵学归并到将来成立的武备大学堂为例，提出将农学、矿学、卫生学、医学等需要实验的学科剔除出大学堂，以待将来成立各种专门学校。他的理由是，农学、矿学皆当验诸实事，不容托之空言。农学各省异宜，当于省会设立学堂；矿学五金异用，已议于矿厂设学堂；卫生学、医学，不必兼普通学，且无关政治，算学中天文亦然。对于庞鸿书的说法，孙家鼐不以为然。他指出，大学堂所以统辖各省学堂，在于其规模既广，门类宜详。至于先前将兵学一门归入武备学堂，因陆军枪炮阵法、水师驾驶测量，堂中不便教习；而中西兵制，皆政治应有之事，仍当讨论。矿学、农学、医学，皆与化学相表里，算学中之天文，凡方舆绘图、海道驾驶皆以天文之纬度为凭，需用尤巨，更不得谓为无关政治。凡此数端，均大学堂应设之专门，无可议减。
