李佳白的方案主要是论证创设大学堂的必要性，而另一位美国传教士狄考文向清政府提出的方案，主要是参照各国经验教训提出具体的下手之处与应办之方。狄考文1863年来华传教，第二年就在登州开办了蒙养学堂，着力从教育上改变中国。1876年，狄考文将蒙养学堂改名为文会馆，又将小学升格为中学，1881年开设大学预科，后来成为齐鲁大学的一部分。文会馆初办时虽然规模和条件有限，但这确是近代中国第一所真正意义上的大学。狄考文非一般的传教士，而是具有丰富实践经验的教育家，他对中西教育的本质与差异有很好的理解。因此，狄考文创办京师大学堂的建议，就受到清廷的格外重视。
毫无疑问，清廷最终决定创办京师大学堂，其动力是各种因素综合的结果，也是中国教育发展的必然趋势。皇上6月11日的诏书，也因此受到相当的重视。只是当时的行政效率实在低下，这份重要的诏书如同其他文件一样，并没有在军机大臣和总理衙门那里迅速获得反响与回应。
大臣们的拖延推诿终于惹恼了皇上。半个月后，皇上于6月26日又发布了一道怒气冲冲的御旨，严厉批评军机大臣、总理衙门王大臣因循守旧，不思进取，责成他们必须尽快就创办京师大学堂的事情拿出具体方案和行动步骤，如果继续拖延，不能依限办妥，必将严惩不贷。
皇上的震怒终于引起了官僚们的注意，但是要想让这些思想上毫无准备的大臣在很短时间里拿出详尽方案，委实过于难为。军机大臣和总理衙门王大臣商量请康有为主持起草京师大学堂章程，而康有为那些天实在太忙，就转请梁启超动笔。这自然又要拖延数日。
就在梁启超受命起草京师大学堂章程的同时，江南道监察御史李盛铎于6月30日上了一个奏折，就京师大学堂与中国整个教育体制的关系、选址原则、功课设定、款项筹措以及委派大臣出洋考察等提出具体建议，既及时缓解了军机大臣和总理衙门王大臣的压力，更对后来中国新教育的发展起到了相当重要的启迪意义。
李盛铎的建议共有五个要点，一是关于办学章程。李盛铎认为，根据各国经验，一般或普通教育体制基本上都是由小学升入中学，由中学升入大学，所以各国的大学章程一般较中小学章程简单，因为各种学术的详细规章在中小学已有规定。而中国的实际情况是，中学、小学的教育体制并没有建立，那么将要设立的大学堂就不能不统辖管理中小学，不能不在东西洋各国已形成的大学章程上有所变革，将中小学教育融会贯通，斟酌参考。待中小学教育获得充分发展后，大学堂还是应该回到大学创办的本意上来，以从事高等教育为基本功能。所以拟议中的大学堂章程应该以发展的眼光充分考虑中国教育在未来若干年中会有突飞猛进的发展这一可能，既要考虑到目前中小学教育尚不完备的现实，又要考虑到大学教育的根本意义之所在。
关于办学章程拟定的第二项考虑，李盛铎以为是教育独立化的原则。他在介绍日本的大学体制时，主张中国将要创办的大学堂应该参照日本的经验，设立相对独立的评议会，以各科学长及教授为议员，由大学总长为议长。评议会的功能甚为完备，诸如各科的设置、各种规制的变更，学位的授予等都应该由评议会依据民主平等的原则公议而后定。这样，政府除了负责向大学堂拨款外，不必对大学堂的内部事务过多干预。
二是关于大学堂的选址。李盛铎指出，各国大学的规模都比较宏大，中国在创办之始，若稍存因陋就简之见，则以后的发展必将遇到很多困难。以中国本身固有学问说，如天算、與地、律例等均属很重要的学科，断不可废；至于将要在大学堂引进的各种西学，更是门类繁多。有一种学问，必当立一专门之所，似不宜含混牵并，聊以充数。即如兵、农、工诸学，皆为今日之要务，但是开设兵学，须有操练演习的大操场；创办农学，须有新技术、新手段的试验农场；至于工学，更需要有面积庞大的试验之区。此外，每一学堂中，要有图书馆、大礼堂、博物院等，凡此都是大学所不可或缺的设备。所以，李盛铎建议，中国在创办大学之初，必须要有长远眼光，有远大理想，有久远规划，应该将大学选在城外空旷之地，以为将来的发展预留足够空间。即使各种学堂不能同时并举，其暂时缓办者，也应该有长远考虑，为未来正式创办预留地址，以便将来条件成熟时予以扩充。应该承认，李盛铎的这些提醒是很有世界眼光的，可惜后来的主事者并没有充分考虑这些意见。
三是关于大学堂的功课设置。李盛铎指出，各国大学的课程设置都比较繁密，从早到晚，都有相应的计划与安排。中国的大学创办之初即或稍事变通，但也不能太过简单。大学堂设立后，除了录取6月11日诏书提及的那些部院在职人员外，举贡生监似可推广及之。但必须进行严格甄别录取，宁缺勿滥。已入仕获得相应工作经验者应该多习法科，因为他们已有相当实践经验；从未入仕者可以分别学习各种艺学，或者设立普通学科，以便使他们通过一定时间的学习，能够通达时务，成为有用之才。学生的年龄在30岁左右者，应要求他们阅读已翻译成中文的西方著作；其年仅20岁左右者，精力有余，应要求他们兼习各国语言文字，当然中文的要求不能降低。西方国家的大学每年春秋两季都安排一次大考，连续三次考试不及格者，则劝他们退学。至于不守学校规章制度或举止粗忽无礼者，或被开除，或被劝退。所以京师大学堂创立后，应该参照西方经验，尽快制定相应规则。至于选定教习，李盛铎建议，除了涉及所谓中学使用华人外，西学各门如华人确无专精者，可以考虑聘请日本人执教。日本的新学问最近若干年蒸蒸日上，人才辈出，几无不备。日本风气性情，亦易相习，当然日本学者的薪水也较西方国家为低。
第四个问题是关于筹款。李盛铎介绍了西方国家大学经费来源的主要渠道，强调东西洋各国对高等教育均极端重视，经费充裕。中国刚刚开始创办新教育，头绪万端，故不能很快将经费提升至东西洋各国水准。然而政府必须高度注意大学堂及全国新教育经费的筹措，应提供宽裕的筹资环境。如果经费太过紧促，比如学生的伙食太差，不要说那些部院人员不愿在职就学，即一般学子中有才有志者恐怕也未必愿意来就学，结果几年之后肄业者皆平常无聊之人，与其少费而多滥送，不如多费而得真才。或许有人认为现在国家经济状况并不是太好，经费筹措也不会太好，大学堂等新教育经费也不能有太高期望。这种说法在李盛铎看来是没有多少道理的。他指出，法国当年败给德国后，国家经济极端困难，但法国教育却在那些年获得了空前发展，法国人认为多费数千百万之帑，而多数十百人才，则取偿之数，固不可限量。现在中国政府既然将大学堂等新教育的发展视为“新政第一大举动”，那么其他方面的费用可以尽量节省，而教育经费独不可过于限制。中央政府及各省当局都应该设法为大学堂及各省将要创办的中小学大力筹措经费，开拓经费来源。
第五，李盛铎建议政府委派位尊望重大臣专门出洋考察教育，并具体建议先前曾奉旨管理官书局的协办大学士孙家鼐可以充任，并建议政府责令即将回国的出使大臣徐景澄途径各国时仔细考察教育状况，广泛收集各国现行教育章程，以备参考。
李盛铎的五项建议立意深远，构思宏大，具有极强的可操作性，因而在后来的实践中被广泛吸收，对于中国新教育的发展，对于大学堂的创办都起到了很大的促进作用。
有了李盛铎的规划，军机大臣和总理衙门大臣根据这些建议，并与各相关部门参照先前中外各家提出的各种方案进行研究，就京师大学堂的体制、规模以及所需人才、物质支持等方面于7月3日提出了一套比较完整的方案和详细章程，京师大学堂的筹备工作方才真正启动。
关于创办宗旨，总理衙门在7月3日的方案中强调，当中国更新之始，京师为首善之基，创兹巨典，必当规模宏远，条理详备，足以隆观视听而育人才。据此宗旨，总理衙门提出创办京师大学堂的四个原则：
一是宽筹经费。他们指出，学堂养士数百，购置图书仪器等都需要大量款项，如果没有政府常年拨款，断难持久。而开办之初，所需费用更为巨大，开办经费经初步测算大约需要35万两，常年经费大约不能少于18万两。这个数额孤立地看当然很大，但是与东西洋各国相比，尚不及人家在教育方面的投资千分之一。当然，东西洋各国教育经费的来源不止政府财政拨款一个途径，经费来源多样化多元化，也很值得我们效法。总理衙门建议政府决策层在经费筹集、划拨上应早有规划，尤其是常年经费更应早安排。至于将来规模扩大后的费用，届时由管学大臣与相关部门协商。
二是宏建学舍。总理衙门以为由政府划拨官地进行新建筑当然是件好事，但目前时事日殷，需才孔亟，若待从容进行大规模基础建设，恐怕又要延迟不少岁月。根据东西洋各国经验，总理衙门提出一个变通办法，即由政府先划拨一处已有建筑作为京师大学堂临时校舍，命官选士，克日兴办。同时，由相关部门认真选址，由政府划拨官地，进行京师大学堂新校址建设。这样，既可保证新建的京师大学堂规模宏大，又可以立即兴办，举事不滞。根据这个原则，政府后来划拨地安门内一处空闲官邸作为京师大学堂临时校舍，略加整修，准备招生。
三是慎选管学大臣。总理衙门强调，任事需人，大学堂设于京师，以为各省表率，事属开创，一切制度均需审慎精详，非有明体达用之大臣从事管理，不足以实现朝廷殷殷兴学的理想。况且随着风气逐步开放，各省已逐步设立了不少新式学堂。最近政府下令停试八股，讲求西学，各地随着这些情况变化，原来的书院等旧式教育机构都必然随之变化，新式学堂势必大规模增加，中央政府如果不及时建立统辖新教育的全国性专门机构，势必各分畛域，流弊无穷。总理衙门建议，由政府委派一位博通中外学术的大员负责管理京师大学堂事务，同时委派这位大员负责节制各省所设新式学堂。这样，京师大学堂就具有双重功能，既是一所新教育实体机构，又是全国新教育管理机构。
四是简派总教习。总理衙门指出，命官既需郑重，而择师尤关紧要。现在中国大多数读书人学无本原，不通中国政教之故，徒袭西学皮毛，这样的人当然无法满足国家需要。为了转移风气，也为了京师大学堂确实能够培养出一批有用之才，总理衙门建议精选一位博通中西学术的大学者出任大学堂总教习。按照总理衙门的设想，总教习综司大学堂的功课，功能尤重，果能选拔到一位学赅中外的学者担任此职，京师大学堂的成功也就有一半以上的把握了。
在总理衙门7月3日上报的京师大学堂办学方案中，还有一份京师大学堂章程。这份章程是梁启超执笔的。
章程共八章，第一章为“总纲”，规定大学堂性质、地位、功能、宗旨等。强调将成立的京师大学堂不仅为全国新教育的表率，而且将统辖各省所有的新式学堂；参照西方各国重视师范教育的经验，总纲规定大学堂必须格外重视师范教育，于学堂内专设师范斋，以便培养教习之才；总纲建议政府在上海等处开设一编译局，取各种普通学问及今人所当习者编为小学、中学、大学三级教材，以供大学堂及各省将要创办的中小学堂使用；教材的分类主要有中学及西学，中学荟萃经子史之精要及与时务相关者，西学为翻译西方学堂所用之教材；总纲还规定大学堂拟创设一规模宏大的藏书楼，广集中西要籍，以供士林浏览而广开天下风气；创立一个仪器院，集各种天算、声光电化、农矿等机器制造、动植物各种学问之应用仪器于一院，以为实力考求之助；总纲既规定大学堂为各省新式学堂的管理机构，又规定大学堂生源将来自各省中学堂肄业生，因此总纲的最后一条责成各省督抚要尽快创办中小学堂，务使一年内每省、府、州、县皆有学堂，庶几风行草偃，立见成效。
章程第二章规定学堂的功课。在这一章，章程对各省近年来所创办的新式学堂提出批评，以为这些新学堂并不完全符合维新变法的宗旨，这些学堂虽名为中西兼习，实则有西而无中，且有西文而无西学。除了让学生学了点“鸟语”外，对于西学其实根本就没有入门，反而将中学抛掷脑后。其原因主要是因为中西学问确实难以沟通，确实难以贯通掌握。所以，那些稍稍熟悉西学的人，往往鄙视中国旧有学问为无用。各省学堂既以洋务为主义，即以中学为具文。其所聘中文教习大多不通西学，所知道的只是科举考试中的八股文之类，因此学生视中学为赘疣，对儒家义理之学全不讲究，对经史掌故更不愿意下功夫。这实际上是一种本末倒置。
