从学校承担功能来看，学校更多的承担了政府的相关职能。例如，2007年8月，计生委、教育部和公安部联合出台了《关于高等学校在校学生计划生育问题的意见》，要求各高校应设立具有独立职能的计划生育办公室，负责教职员工、流动人口和在校学生的计划生育管理和服务工作。连“信访办”、“退管办”等这些在国外大学也无法寻觅的机构也在相关部门的要求下逐渐设立，不知道这些部门在学校的具体功能是什么，难道学生对学校的建议也要进行“上访”才能得到解决？长此以往，必然出现愈多问题。
首先，它偏离了大学的办学目标。学校这种不办学办政府的思维，必将导致高校片面追求业绩，忽视外延发展。在百度上随便搜索一所大学或者是直接点击学校官网，出现的是学校面积、招生规模、博士院士数，经费数、论文数等一系列数字，而这也成为了评价学校实力的重要指标，学校也在为达到更高的目标而不惜贷款圈地扩楼、修建豪华校门，我国高校中拥有5000亩校园的大学已不止10所，而我国高校的贷款总额亿已超过2000亿。不尊重学术规律，“计划学术”、“量化学术”盛行，通过给教师下达高指标让教师成为为“指标”而拼命的“学术民工”，造成学术泡沫和学术垃圾。统计资料显示，自1997年2月～2007年6月30日的十年零四个月中，在各个领域的前145个国家中，中国的论文总数排第6位，论文引用数排第13位，单篇论文的平均引用数排第117位；有些高校通过不正常的送礼请客等“公关”手段评奖、评院士、评学位点；不爱惜学校声誉，拿着学校的“学术资源”、“学位资源”去与高官、老板、明星“共享”等等。
其次，造成高校内行政机构臃肿的现状。理想大学的管理模式应是“学术自由、教授治校、学者治学”的“学术型管理”，但我国大学内部管理却是完全套用国家行政机关的组织模式，形成了“校长领导院（处长）、院（处长）领导系主任、系主任领导教研室主任、教研室主任指挥教师，一级管一级、下级对上级负责、长官决策的管理模式”。
中国大学具有一个规模庞大的行政管理体系，大学内部行政和教辅人员的数量远远高于专职教师和科研人员的数量，这种管理模式的弊端是显而易见的：它导致了学校管理机构臃肿，人浮于事，各职能机构各自为政，互相扯皮推诿，运转效率低下，庞大的行政管理员增加了学校的支出成本，加重了学校的负担。
高校庞大的行政人员队伍，单从基本薪酬上看，以每位行政工作人员年平均工资3万元计（2003年，高校教师年平均工资超过2.33万元），就将花费1000多万（高校行政人员的工资总额实际上远远高过这一数据）。除此之外，每个行政管理部门每年还将开支大量的行政事业经费，产生大量的接待费用。
4.3高校内职能部门权力过大
由于学校自上而下的权力结构，行政人员也凭借手中的权力而比教师享有更多优势，占有更多的资源，这种诱惑更使得一些专家学者招架不住而步入仕途，甚至存在几个教授竞争一个处长岗位的情况。而且学校的所有事物都是通过行政决议进行决策，导致那些缺乏行政权力的教授不能很好地参与评议与决策。就拿某高校“千人”教授申请课题经费来说，这一过程必须要通过学校各个处长的表决，来划定是否同意该课题或课题经费的多少，大多数处长对这些项目大多一窍不通，却还扮演着专家的角色。有些教授甚至说道：“能不能申请到课题、拿到钱的多少，要看你跟学校领导的关系怎样。”
现代大学作为一个功能日益综合和复杂的学术机构，其性质决定了其学术功能必然大于行政功能，治学才是其根本；然而，目前的现实是政治权力和行政权力独大。高校中教育问题、学术问题的决策，各项资源的配置，基本上通过党委常委会、书记办公会、校长办公会进行；学校常设的学术委员会、学位委员会、职称职务评聘委员会，很少在教育与学术决策中发挥作用，这些“学术机构”的人员构成，往往由行政领导兼任或指派，他们的活动也是应党委常委会、书记办公会、校长办公会“要求”而进行的，不过是行政活动的延续和修饰。
由于所有事务均通过行政进行决策，加之行政决策中一把手又起决定性作用，在办学过程中教授和学生的权利严重缺失，既无法参与评议，更无法参与决策。因此，近年来高校内部的民主管理风气日趋淡漠，教授与院长、学校领导的冲突加剧，招生腐败、学术腐败、财务腐败等教育腐败问题日益严重，高校的公信力持续下降。
4.3.1教授与行政领导的矛盾增多
继2004年底陈丹青辞职清华大学教授、2005年贺卫方罢招研究生之后，2007年，多起高校教授与行政领导的矛盾与纠纷，将大学行政化问题，更频繁地推到公众的视野。
此类教授与院长的冲突的矛盾，也给所有高校的教授们触动很大。在许多教师无奈地选择屈从行政体制的同时，也使许多学者对行政权力的渴求更为旺盛，从而导致高校行政化问题更加严重。
4.3.2教育腐败问题频发
在学校招生中，招生“潜规则”依然存在，各高校看似没有自主招生权，但是各种加分指标的出现也为学校领导掌握到一定的权利，保留了一定的操作空间，这样，使得社会对高校能否公平的自主招生存在诸多怀疑，在人才引进与职称评聘中，行政力量过分干涉，导致聘用、晋升无法按照学术标准实施，一些有真才实学的人才被行政力量通过貌似合法的程序排斥在外，而与领导关系亲密的人却往往得势。
在学术研究与教学过程中，学术论文发表、课题申请、学术道德等存在着诚信问题。据山东省公布的2006年度审计报告，对10所高校265个课题项目经费使用情况的审计发现，直接用于课题研究的费用开支仅占40.5%，而管理费用、人员经费等开支占近六成。有些高校还在科研经费中报销应由个人承担的家庭电话费、交通费、学费、私家车保险费和维修费等。此外，高校普遍存在科研项目“结题不结账”的情况，造成大量科研经费长期闲置。此次调查涉及的265个项目中，至审计时账面余额727.47万元，平均闲置率达到34.4%[湖州师范学院纪检监察审计.高校反腐败案例.2009.5.19]。
据北京市海淀区法院统计，近3年来，海淀法院受理的涉及高校教职工职务犯罪案件呈现迅速增长的趋势：2004～2006年间，共受理此类犯罪20件28人。其中，2004年1件1人，2005年4件6人，2006年15件21人，案件平均增长率为287.5%。涉及教职工职务犯罪的高校高达14所，占海淀高校总数1/4。在该20个案件的28人中，后勤服务、财务会计、行政管理等人员占近90%。前两年均未出现教学科研人员职务犯罪的案件，2006年却有4名教学科研人员犯案，其中博士生导师、教授1名，副教授1名，研究员2名[焦作师范高等专科学院纪委监察室.高校腐败案例选登.2010.4.15]。
2004年2月以来，四川省检察机关根据9个书商交代和检举的线索，从调查高校教材购销问题入手，统一部署开展了查处高校职务犯罪案件的专项行动。成都市有关区检察院、绵阳市检察院相继侦破了发生在辖区部分高校中贪污、贿赂、挪用公款犯罪案件。截止中纪委驻教育部纪检组派调查组进行调查时，总计涉及10所高校和2所中专的51起案件，共42人（含书商行贿案9件9人）。
