首届党代会上总结以往贯彻知识分子政策中片面强调教育、改造，对红的要求偏高偏急的教训，提出了改正和贯彻落实的措旋。首先要严格区分两类不同性质的矛盾，划清政策界限；其次是坚持团结—批评—团结的方针；三要正确认识和处理知识分子的红专关系。
1962年3月，周总理在广州召开的科学工作会议和戏剧创作会议上做了《关于知识分子问题》的报告，陈毅副总理在会上也讲了话。广州会议后，我弄到了一份材料，在南苑住宅二楼房间里，把王南寿、肖传卿找到一起连夜读了一遍，边念边议，心情激动不已。报告和讲话精辟地阐述了党的知识分子政策，批判了1957年以后出现的“左”的倾向，重申了我国知识分子绝大多数已是劳动人民知识分子的观点。周总理指出：“我们搞了这么多年社会主义，大多数知识分子都是建国后自己培养出来的，怎么能说他们是资产阶级知识分子呢？要给知识分子‘脱帽加冕’，就是脱掉资产阶级知识分子的帽子，宣布他们是劳动人民的知识分子。”陈毅副总理受周总理委托，也在会上讲了话，陈老总说：“今天的知识分子是人民的知识分子，是革命的知识分子，是为无产阶级服务的劳动者。工人、农民和知识分子是我们国家劳动人民中间的三个组成部分，是主人翁。我们不能把经过了十二年的改造、考验的知识分子还扣上资产阶级知识分子这顶帽子。”总理和陈老总的讲话极大地鼓舞了全所知识分子，他们心情舒畅，工作积极性空前高涨。
《科研十四条》明确指出：“对自然科学工作者红的初步要求是，拥护党的领导，拥护社会主义，用自己的专业知识为社会主义服务。”经过解放后多次政治运动的锻炼和考验，经过艰苦地自我改造，知识分子尤其是解放后党培养出来的青年知识分子，绝大多数已达到了“红”的初步要求，根据科研工作的迫切需要，当前应侧重于对专的要求，要鼓励他们用更多的精力和时间钻研技术业务，“红”更好地落实于专。
建立健全组织机构
六院成立大会纪要和院颁发的《航空研究所暂行条例》，为飞机设计研究所规定了明确的方向和任务，飞机设计研究所的一切工作都必须紧紧围绕这个总方向、总任务。为实现这一任务，首先必须建立健全领导制度。
建所之初，即建立了党委，设置了机关，实行党委集体领导下的首长分工负责制。基层设置了研究室、试验车间，建立了支部和总支。所党委是研究所的领导核心，党委的主要任务是正确贯彻执行党的方针、政策和上级的指示，领导党的建设和思想政治工作。
所长和政委同为研究所的首长。所长在党委的领导下，负责全所的行政、业务领导工作。政治委员是全所党的工作、政治工作的主持者，根据上级党委、政治机关的决定进行工作，保证党的路线、方针、政策和国家的法律、法令的贯彻执行，保证科研任务的顺利完成。研究所实行所、室两级领导体制，研究所执行师的权限，研究室执行团的权限。所设总设计师（首任总设计师为党外专家、著名的飞机设计师黄志千）和副总设计师（初期为蒋成英，稍晚又有顾诵芬）。总设计师协助所长和分管技术工作的副所长进行技术领导工作，副总设计师协助总设计师进行工作，分管某些领域的技术领导工作。实行以总设计师为首的技术责任制。
所的机关设办公室，科学技术处，航空器材处，行政处和基建处。基层按专业设置研究室，试验室和试验车间（后改为工厂）。研究所设政治部。政治部是党委的工作机关，是政治工作战线的指挥部。政治部在上级政治机关、所党委和政治委员领导下，主持和领导全所的政治思想工作。研究所政治工作的根本任务是从政治上、思想上领导和保证研究所出成果、出人才这一根本任务的完成。
基层研究室、试验室设党支部。党支部的作用，是一做好、两保证。聂总报告和《科研十四条》都明确指出：“研究所一级党组织（党组或党委）是研究所的领导核心。党的主要任务是贯彻执行党的方针政策和上级的指示，研究决定所内各方面工作中的重大问题，包括业务中的重大问题，进行全所的思想政治工作。”“研究所内各研究室或研究组一级的党组织，其性质一般类似机关支部，它的任务是做好思想政治工作，发挥党组织的堡垒作用，保证党的各项方针政策的正确贯彻，保证研究工作的顺利进行。”聂总报告和《科研十四条》中关于研究机构内党的领导方法规定研究室、组一级党组织不要包揽行政、业务工作，不要妨碍发扬技术民主，不要以党组织的名义决定技术问题。而主要任务应当是做好思想政治工作，发挥党组织的堡垒作用，保证党的各项方针政策的正确贯彻，保证研究工作顺利进行。对所在研究室、组的全面工作不再实施领导。
实施新的领导体制，阻力不小，要做过细的思想工作。阻力主要来自两个方面，一个是政治上的压力，一个是传统的习惯势力。当时，正是林彪鼓吹“突出政治”的时候，《科研十四条》取消研究室党支部的全面领导职能，就有“削弱党的领导”之嫌。所内就有不少议论，“三年争论”中也涉及这个问题。我觉得《科研十四条》的规定是正确的。实际证明研究机构内部基层组织过多的干涉技术业务工作，甚至出现技术方案由党支部委员会表决通过的现象，严重影响科研工作的开展。《科研十四条》总结了这方面的经验教训，纠正了不符合科研工作规律的做法是正确的。
这种领导体制，不同于一般单位，也不同于军队。一所的技术干部主要来自原112厂飞机设计室，政工干部则都是从部队调来的，多为工农干部出身，不少人在部队已经是团政委。因为一所的设计室属团级单位，所以这些同志就在设计室里当了政委（后改称政治指导员）。当团政委时，他们指挥一批政工人员开展工作。现在是单枪匹马，或只配一个政治干事，要像连队指导员那样，面对面地做下属人员的思想政治工作，有的人不能适应，难以接受。与知识分子打交道，这些同志缺乏经验，对知识分子的一些行为举止也很看不惯。有的放不下架子做具体工作。这种情况经过教育和工作实践，才逐步得到了解决。
当时副所长徐舜寿的家在112厂，他工作起来经常加班到很晚，我对他说，太晚了，就不要回去了，住所的招待所吧。有同志看到他晚上吃苹果、喝啤酒，就有意见，觉得他这是资产阶级生活作风，认为这样的知识分子怎么能当所党委的常委？我对这些同志说，徐副所长吃苹果、喝啤酒，这不应该是问题。应该想到，苹果、啤酒里面能出飞机。我们这个所是要出飞机的，出飞机靠谁？靠的就是徐副所长这样的技术人才。
当时国家对徐舜寿这样的知识分子待遇是很高的。徐舜寿同志是二级工程师，困难时期，在物资供应方面享受的是部队军级待遇。我这个所长才是师级。
行政业务工作，是在所长领导下由所、室行政机构和行政负责人通过贯彻领导、专家、群众三结合的原则进行。思想政治工作要讲究工作方法，适应工作对象的特点，深入到业务工作中，进行切实有效的工作，力戒空洞说教和形式主义的做法。
为加强党对科学技术工作的领导，更好地发扬技术民主，所设立科学技术委员会，基层研究室（试验室）设科学技术委员会分会。
所首届科学技术委员会成立于1961年，由徐舜寿、黄志千、叶正大、王南寿、蒋成英、顾诵芬、沈尔康、杜先宜、冯钟越、赵国士、肖声、胡除生、李文龙、詹心田、陈绍猷等十五人组成。徐舜寿任主任、黄志千、叶正大为副主任，肖传卿任所技术委员会技术秘书。北航徐鑫福教授被聘为所技术委员会特邀委员。第二届技术委员会由二十二人组成，叶正大为主任，王南寿、蒋成英为副主任。科学技术委员会统一指导全所科学技术工作和学术活动，对重大技术问题充分展开讨论，最后由科技委主任作出结论，在所长和党委作出决策中起到重要参谋顾问作用。
由于建立和健全了组织机构和领导体制，进一步巩固和加强了党的领导，有效地保证了科研工作正常进行。
我是学生出身的干部，做过学生和青年工作，受过抗大军事训练，干过军队和地方工作。进入空军技术部门和科研设计单位后，有个定位问题，也就是我在领导组织科研生产活动中，和专家、学者与广大工程科技人员之间的关系问题。我把我这个所长定为“条件所长”，即我是给专家们和广大科技人员创造条件的，使他们有用武之地，能充分施展他们的聪明才智，创造出辉煌的业绩。我曾不止一次地作过这样比喻，好比旧社会走江湖耍猴卖艺的戏班，我是那个敲锣吆喝场子的，无非是摇旗呐喊，跑跑龙套，敲敲锣而已。专家徐舜寿、黄志千是耍猴的，而真正登台表演的是广大科技人员。我的任务是创造好演出的一切条件，而要把这场戏演好，就得靠专家和科技人员。我给秘书定了一条，凡科技委开会，研究重要科技问题都要尽可能地安排我参加，我要直接听听专家们的意见，听不懂也要去听，听多了总能听出点门道。和专家、科技人员打交道、交朋友，以他们为师，向他们学习，为他们服务使我受益匪浅。
出成果、出人才
《科研十四条》的第一条明确提出：“提供科学成果，培养研究人才是研究机构的根本任务。”“研究所的一切工作，一切措施都必须保证这一根本任务的实现。”建所初期，所内有科技人员五百二十三人，其中大学生二百八十七人，占技术干部百分之五十四。他们中间在“歼教1”、“初教1”、“东风107”、“东风113”四种型号设计中，摸过两种型号以上的占技术干部总数的百分之六十六，其中既参加过飞机设计，又有生产经验的不到百分之十五。1960年以后的大中专毕业生迫切需要在工作中学习锻炼和提高。针对这种情况，我们采取了以下措施。
首先，大力开展技术业务学习。
大力开展技术业务学习，尽快提高科技人员的技术业务水平，以适应工作需要，是那时最为迫切的任务。当时所的主要任务是摸透米格-21飞机，因此，紧密结合摸透任务，按专业分工，本着干什么，学什么，缺什么，补什么的原则，区别不同对象，采用多种方法，大力开展科技人员的技术业务学习。
对研究室主任这一级的技术干部以及九级以上的工程师，主要是针对设计工作中的关键技术问题，组织他们深入研究讨论，并经过工作实践，在一二年内提出本专业有关方向性的报告和学术、试验研究、应用研究，以及学习文献等综合性报告，借以提高设计技术能力。
对初级技术人员（主要指1959年以后参加工作的大中专毕业生）没有或较少参加仿制生产工作的人员，则主要组织他们学习米格-21飞机生产图纸、技术条件、飞机说明书、计算资料等，或下工厂到车间学习飞机生产过程，参加米格-17ПФ的图纸测绘和米格-19飞机仿制、返修、优质过关等工作，以熟悉飞机结构和生产过程，提高技术水平。
对由使用维护研究转向设计研究的技术干部，则主要通过办培训班和在职学习的方法，使他们熟练掌握飞机设计、试验、试制程序，各个不同阶段的工作内容及特点，设计方法等专业知识，以及各设计研究室的职责分工及相互关系等。以便使他们能够在较短时间内掌握设计基本知识，迅速投入并适应新的工作。
对下放锻炼的青年知识分子，所里专门规定，要求下放锻炼过程中，必须抓紧可能利用的间隙时间，采取以自修为主的方式，有重点、有计划地复习自己的专业知识，要防止不适当地强调专业而影响锻炼，又要防止无计划、无重点或丢开不管。
我对他们说：“下去时，洋文要经常学，不能丢。”有的部队让下放人员喂猪，我告诫他们：“当饲养员，千万别把洋文让猪给吃了。”
对建所后新分配到所的大中专毕业生，则先分配到车间当工艺员或下空军部队当兵锻炼一年（按专业可充当机械兵、军械兵、电气兵或机械员、军械员、电气员、仪表员等）。前者主要是熟悉掌握飞机试制生产加工知识，后者主要熟悉外场飞行组织与实施，以及飞机的使用维护方面的知识。通过锻炼积累经验，将所学的生产工艺知识与外场的使用维护知识，灵活地应用在自己的设计工作中，从而提高技术水平，更好地胜任飞机设计工作。
此外，还采取多种形式对科技人员进行技术培训。如组织学术讲座，参加院内外技术交流，送有关院校进修或代培，聘请北航、西工大、哈军工等有关院校的教授来所讲学以及下部队调查、实习等。
