万历六年（1578年），发生了杀降报功之事。这年三月，辽东奏报长定堡大捷。当时，有七、八百土蛮部下的鞑靼武士，因盗牛马，事被发觉，畏惧惩罚，便逃向辽东投降。游击陶承喾误以为敌人诈降，遂率领部下冲杀过去，毫无防备的鞑靼骑士被杀470余人。捷报上呈京师，当时，张居正回乡葬父，不在北京。神宗和慈圣太后闻报，甚为欣喜，神宗祭告天地、祖宗，同时吩咐内阁颁赏。又着兵部派人，星夜赶往江陵，报与张居正，让他拟议优厚叙录。于是陶承喾升官，辽东总兵李成粱升荫世袭指挥佥事，蓟辽总兵梁梦龙、辽东巡抚周泳升级，兵部尚书方逢时及左右侍郎加级加俸，并内阁大学士吕调阳、张四维、马自强、申时行均加荫，尚有其余官员升赏不等。张居正远在江陵，无法调查和了解实际的情况，又有辽东的捷报、内阁的题稿、大学士吕调阳等人的信件、神宗的谕示，他便照旨拟议。但是心中不免产生极大的疑惑，以他的精明练达，他敏锐地意识到“辽左之功，信为奇特”。倘若七、八百骑士前来诈降，那么必然事先有备，为何陶承喾出一偏师，敌人即望风溃奔，未见抵抗，以至轻易杀敌470余人，而所缴获的牛羊等，又都是住牧家当，与入犯形势大不相同。张居正以为此事关系国家法纪，“功罪赏罚，劝惩所系，万一所获非入犯之人，而冒得功赏，将开边将要功之隙，阻外夷向化之心，其所关系，非细故也”。于是他决心调查事情真相。他一方面致函蓟辽督抚查究事实，一方面致函兵部尚书方逢时询问情况。辽东安巡按查实，土蛮部下确实来投降，陶承喾杀降邀功。张居正了解到实际的情况，他感到为难了。神宗已经祭告过天地、祖宗了，恩赏的涉及面颇广，不便由自己出面推翻。但他实在于此耿耿于怀，自己不在朝之时，内阁吕调阳等于事实竟不详加审核，便作处置，以至法度不行、赏惩失当。
不久，给事中光懋上疏，揭发此事，要求治陶承喾杀降罪，并请将大学士、兵部尚书、左右待郎、蓟辽总督、辽东巡抚、总兵恩赏一并剥夺。张居正决定清查此事，他致函安巡按，要他切实履行自己的纠察之责，不必畏惧，为朝廷明功罪。在张居正的支持和鼓动下，安巡按上疏具告，与光懋所言完全吻合。而兵部尚书方逢时、督抚梁梦龙、周泳等因与陶承喾同叙功，自然尽力加以掩饰。这一事件，涉及到张居正的内阁同僚，他所倚重的边将、推心置腹的好朋友、所赏识的门生，但是他将整饬纲纪、申明法度放在首位，便抱定了不怕结怨于人的决心，结果内阁大学士、督抚、总兵的恩赏一并革除。
隆庆六年，张居正在就任首辅之后，曾多方迎合慈圣太后，以巩固自己的权力。但是权力并不是他的目的，而是他实现自己政治抱负的手段。所以大权独揽之后，在涉及国家法度及一些有关国计民生的问题上，即使是慈圣太后、神宗皇帝，张居正也多所忤，敢于直言劝谏。当然，张居正身后，为此付出了惨重的代价。
万历二年（1574年）九月，按照例行公事，刑部秋审，判定死刑罪犯，予以执行。自从嘉靖末年以来，世宗由于崇奉玄修，又好祥瑞，故遇事常有停刑之举。慈圣太后崇信佛教，出于好生之德，她吩咐神宗，这一年的决刑概行停止。神宗将太后的懿旨传达给张居正，并征询他的意见，在张居正看来，一味地宽大，似有仁爱之心，但这是不负责任的表现，罪犯得不到应有的惩处，法度何以伸张？于是他对神宗说：“纵释有罪，无以惩恶，请如祖宗旧制，每岁一决囚。”神宗遂将张居正的意见奏明太后。十月，将应处死刑的罪犯执行处决。
万历五年，慈圣太后替神宗定下王伟的女儿为皇后，这是国中的一件大喜事，慈圣太后派司礼监太监孙得胜传口谕，今岁大喜，命内阁拟旨，暂停行刑。这又给张居正出了一个难题。张居正认定，法在必行，奸无所赦。于是他随即上疏，提出，“若弃有德而不用，释有罪则不诛，则刑赏失中”。他冉一次申明祖制：官吏军民人等罪犯，概依律处决。同时，为了说服慈圣太后，他又详细地列举了罪犯令人发指的罪行，有杀祖父母、父母者，有殴死亲兄，及同居尊属者，有杀一家三人者，有强盗劫财杀人者，有斗殴逞凶打死人者，均属灭绝天理，倘若法不加诛，反施怜悯，那么被害者的冤屈何以申明？对有滔天之罪的凶犯有不忍之仁心，而对无辜被杀的良善之人却漠然处之，这又是什么仁人之心呢？况且，法令不行，则犯罪者愈多，长此以往，国家不堪设想。张居正将道理讲得十分透彻，奏疏呈上去之后，文书官口传圣旨：今年照例行刑。
万历五年五月，宫内文书官邱得用传神宗圣旨：着该衙门整修慈庆、慈宁两宫。慈庆宫是仁圣皇太后的居所，慈宁宫是慈圣皇太后的居所。在那个时代，国家是一姓的天下，皇帝视之为私有财产，他们支配国家财产以满足自己的享受，便是理所当然的了。况且，万历五年，经过张居正的多方整顿，国家的财力已有相当的基础，而整修两宫又非十分浩大的工程。但是张居正认为，两宫在万历二年兴工，当年告成，使用不及三载壮丽如故，再行整修，是浪费国家资财、加重人民负担的奢侈之举，而且国家用财兴工之事尚多，边防费用尚巨。为君者省一分，则老百姓受一分之赐。在万历四年（1576年）十二月，张居正在文华殿，语重心长地对神宗说起：皇上“节一衣，民间有数十人得其暖者；轻一衣，民间有数十人受其寒者，不可不念也”。慈圣太后是当时政治生活中举足轻重的人物，整修两宫，实际上是她的主意。然而，为了国家，张居正再一次上疏，驳论此事，神宗又奏明慈圣太后，随即传旨，停止整修两宫的工程。
万历七年二月，神宗发疹，笃信佛教的慈圣太后，下令僧侣开戒坛，设法度众。张居正恐此端一开，生变坏俗，遂上疏谏止，他提出，戒坛奉皇祖之命，禁止至今，不宜再开。慈圣太后听纳张居正的意见，遂停止此事。
慈圣太后的父亲武清伯李伟，以次充好，贪污军饷。事情被揭发出来，禀告了慈圣太后。太后是一个要强的人，她觉得父亲丢了她的面子，生气之下，表示要以国法处置，而事实上，不可能这样做，张居正的解决办法是，由太后召李伟入宫，切责之。这些做法会产生什么后果，张居正似乎没有过多地留意。嗣后，张居正又乘机撤换了大批管理仓库、从中渔利的宦官。
扭转国家的财政危机，为国家理财，是张居正改革事业重要部分。他以考成法开源，要求地方按额完税，同时，他还从节流方面着手，以整顿和振兴国家的经济。隆庆六年，神宗命开馆纂修《穆宗实录》，按旧例，当赐宴。此举动至数百金，张居正上疏，请求免赐宴。冬日，张居正又建议神宗，正月开日讲，不必设宴，并免元夕灯火。内承运库太监崔敏上疏，要购买金珠，张居正在内阁看到这封奏疏，立即封还，不予批准。
当时，宫中的用度，每年100万两，由户部供给。万历六年以后，增加至120万两。万历七年以后，神宗六宫渐备，太仓所储，屡有宣进。万历七年三月，神宗发疹痊愈后，向光禄寺征10万金。张居正立刻上疏谏止，“财赋有限，费用无穷。使积贮空虚，不幸有四方水旱之灾。疆场意外之变，可为寒心。此后望力加撙节，若再征金，臣等不敢奉诏矣”。同时，张居正又将户部所进的御览钱粮数目，请神宗置之座位旁边，时时省览，以心中有数，量入为出。张居正指出，国家财赋正供之数，不过430余万两。万历五年，岁入4359400余两，而万历六年所入仅3559800余两，较上年少80余万两。但是万历五年的岁出为3494200余两，而万历六年岁出增加至3888400余两，较之上年多支40余万两。国家财政收支，计三年之出，必有一年之余，才能保持财政的稳定。况且财用只有此数，设法巧取，并不能使财富增加，只有节约用度，才可能使国用充裕，而民力亦得以少宽。经过张居正的劝阻，神宗在用度方面有所节制。
万历七年四月，神宗又想到了新的敛财方法。他以内库缺钱、赏赐不足为由，传谕内阁，命户部铸大钱以充实内库。明朝洪武年间，每千文钱兑换银一两，后来铸钱太多，加之私铸铜钱，至嘉靖年间，六、七千文钱才换银一两，后来整顿货币，规定嘉靖钱七百文换银一两，洪武以来各朝铜钱干文换银一两，古钱三千文换银一两、一切劣薄小钱禁止通用。神宗传旨铸钱，用工部工本，增加内库的钱财，但其后果却会使钱和银的兑换比例扩大，造成铜钱贬值，影响到国家的财政和人民的生计，这是神宗掠财的聪明做法。张居正感到自己对国家负有责任，即使得罪皇帝，他也必须加以阻止。四月卜九日张居正即上疏神宗，列举了万历年问铸钱大略，提出：“先朝铸钱呈式，非供上用也。万历二年，进钱一干万，其后岁半之，已非本意。若阙钱铸进，是以外府之储，取供内府，大失旧制矣”。并且再次劝神宗，凡无益之费、无名之赏，一概裁省。神宗接到张居正的奏疏，只得传旨罢铸钱。然面，对元辅的不满，却在他内心之中滋生着。
