隆庆二年（1568年），张居正在他的改革纲领《陈六事疏》中，提出矫治时弊的六个方面建议，其中一个重要的方面就是“振纪纲”，这是针对“纪纲不肃，法度不行”的官场腐败现象提出的整顿措施，张居正特别提出，“法所当加，虽贵近不宥；事有所枉，虽疏贱必申”。然而，隆庆二年还不是张居正的时代，这只能是写在纸上的文字、怀在胸中的抱负。隆庆六年（1572年）以后，张居正独执政柄，他的时代到来了，纸上的文字与胸中的抱负有了付诸实施的机会。秉公执法是整肃纲纪的最重要的内容，同时也是使他提出的各项改革措施得以切实贯彻执行的保证。他自己曾经说过，“秉公执法……但力行此四字足矣。至于浮言私议，人情必不能免。虽然，不容何病！不容然后见君子。不毂彀弃家忘躯，以徇国家之事，而议者犹或非之，然不毂持之愈力，略不少回，故得少有建立”。这是他对自己的心迹剖白，在人治的社会中，振纲纪不可能通过严密的法律程序的运行来实现，在很大程度上，需要依赖掌握权力的人秉公执法的决心和勇气，张居正正是那个时代和那种制度下产生的杰出人物，或者说，时代的变革要求与制度的整顿，正需要张居正这样的人来承担。他严于自律，勇于秉公执法，不怕因此触犯达官显贵的利益，这种作风和精神也是他改革成功的原因之一。
整顿驿递是张居正招致众多怨恨的一件事，驿递的整顿，有利于民生，同时，又抓住了法纪废弛、腐败作风较突出的问题，但是难度颇大，因为这一整顿触犯了一大批官僚的特权和利益。他们在腐败的空气下，久已习惯利用、滥职权力为自己谋取利益，现在，要对这种特权加以限制，便不能不引起他们普遍的不满和广泛的抵触。这些人是腐败的既得利益者，他们也会空喊整饬纲纪、矫治腐败，但是一旦触及他们的实际利益，便或者公开反对，或者敷衍推搪。这是一股从朝廷到地方的强大势力。如果张居正为自己考虑，为自己的身后着想，他便不会结怨于这些人，更不会以考成法严格地督责朝廷至地方大员务在实行。
当时，南京兵部主事赵世卿上疏，请求放宽“驿传之禁”，这代表了一批官僚的要求。张居正毫无通融余地，断然予以驳回。同时，对违反条例使用驿站的官员，张居正依法予以严厉的制裁，决不姑息。苑马寺卿赵悖以违例，被降职一级。按察使汤卿、参政李良臣搔扰驿站，被连降三级。甘肃巡抚侯东莱的儿子擅自使用驿站，被言官提出弹劾。甘肃地处北边，侯东莱又是抵御鞑靼得力的守边大将，但是为了维护国家的法规，张居正还是革去了侯东莱儿子应得的官荫。对于其他违例官员，张居正区别情况，或予处分，或严加告诫，务使诏令得以实施，“即达官显贵，亦不能少贷矣”。“内官勋臣，小有违犯，动被绳治”。可见法纪实施之严。
在整饬驿递之时，张居正自己带头奉法，身体力行。他自谓“仆忝在执政，欲为朝廷行法，不敢不以身先之”。他儿子回江陵应试时，张居正吩咐他自己雇车，不许动用驿站的车马、人夫。张居正的父亲过生日，他派仆人背着寿礼，骑驴回原籍祝寿，不许用驿。张居正府中的一个仆人，在外出办事时，擅自骑坐官马，此事被张居正知道了，他立即将仆人擒送锦衣卫，杖一百棍，连带同行之人，俱发回原籍，从重处罚。张居正的弟弟张居敬病重，南归休养，临行时，张居正给他带上充足的路资，嘱咐他自行雇车、住客店，不得甩驿。保定巡抚张卤知道张居敬南归乡里，为结好张居正，主动地送上一份勘合，张居正随即交还，并附去一信，加以批评、告诫，吩咐该官，以后凡张家人有惊扰驿站者，即行擒拿处置，不得宽宥。同时敦促张卤稽查违例官员奏报，不得拖延推诿。
万历八年，神宗派皇亲去武当山祈祷求嗣，都没敢使用驿站，往来沿途在客店食宿。
当时，按规定，孔子的64代孙衍圣公孔尚贤，每年进京朝贡一次。每年朝贡之前，衍圣公都对族人佃户，滥加科派，使之不胜劳苦，又将搜刮所得财物，夹带入京，在京淹留数月之久，待私货贩卖已尽，才启程返回孔府，孔尚贤因为是圣人的后代，享有特权，每年由曲阜入京，沿途使用官驿，骚扰驿站，百般生事，对沿途的老百姓强征滥索，所过之处，百姓如同遭到强盗洗劫一样，地方官对此亦无可奈何。山东布政使使将此事报告了朝廷，张居正闻报后，十分气愤，要求地方官严格执行法规，孔尚贤“若再行搔扰，亦宜一体参究，庶为持法之公也”。稍后，张居正与山东巡抚何赵鸣商议，修订衍圣公每年朝贡的惯例，最后订为三年入朝一次，减少了对沿途百姓的搜刮和骚扰。
在清丈土地时，张居正又率先严格执法。他让儿子张嗣修先认真地清查了自己家的田产，共清出隐占田赋500余石，均如实报告了官府，并且连同自己应当享受的优免田粮74石，均计算在内，与小民同样当差。
孟子曾经讲过：“为政不难，不得罪于巨室。”然而隐占土地者多为巨室，不得罪于巨室，清丈土地的工作便无法进行。当时，由于清丈土地触动了上至朝廷、下至富户的一大批人的既得利益，他们或自己出面，或通过代言人，以各种方式抵制和反对清丈。宗室镇国中尉廷璞和奉国将军俊椁等公然反对清丈，俊椁被下诏废为庶人，削夺其他人的宗禄。张居正又拟旨严申：“各该巡按丈田均粮，但有执违阻挠，不分宗室、官宦、军、民，据法奏来重处”。有些地方官员，或玩忽职守，或不愿意得罪巨室豪民，对清丈工作敷衍搪塞。以往，他们对朝廷的诏令，常常用这种方法处之，亦相安无事，现在不同了，一经发现，张居正决不留情，都予以严厉的处罚。如获嘉知县张一心以旧额充清丈数字上报，被予以降二级处分。河南上报的清丈数字也和旧额完全相等，巡按褚铁和巡抚赵楫被罚停俸严勘。
清丈时，张居正还下令各地官员严行督责隐占田地的豪右补交税粮，不论其地位多高，均不得额外优免。山东的阳武侯在地方上颇有势力，其祖先薛禄在明成祖时，因军功封侯，传到万历时，已经是第七代了。除了赐田之外，后来又陆续置办了很多田产，按照规定，自置田产应当纳粮当差，可是，在明中叶的社会中，国家的规定又有多少能够切实执行呢？而规定对于有势力的权贵之家往往成为具文，更是司空见惯的了。山东巡抚杨本庵对阳武侯之事犹豫不定，不敢擅作主张，于是向张居正请示，张居正在回函中，严申明法，责其秉公实行，功臣家除赐田按律不纳税当差外，“其余尽数查出，不准优免”。
正是由于张居正在万历五年（1577年）年底至万历九年（1581年）期间，不徇情面，不畏浮言，不避权贵，秉公执法，严厉督责，才使这次困难重重的清丈工作得以完成。同时，在权贵聚集的畿辅之地——北京、河南、山东，清出的隐占田地数额最多，达51万余顷，如果没有张居正秉公为国的精神，严格执法的果敢作风，清丈这项阻力巨大的工作是难以完成的，即或完成。亦不过草率敷衍，充报数字而已。
万历七年（1576年），发生了外戚封爵的问题。
神宗命文书官邱得用传旨，要内阁拟旨，晋封王伟为永年伯。王伟是王皇后之父，神宗的岳父。神宗担心张居正不同意，又传示了先德的典故。正德二年（1507年），武宗岳父夏儒封庆阳伯，嘉靖二年（1523年），世宗岳父陈万言封泰和伯，及各子男辈受官事例。有皇帝的旨意，又有正德、嘉靖朝的事例，张居正不便违抗，于是拟旨封王伟永年伯。但是，张居正自有他的处置办法，在这封呈给神宗的《论外戚封爵疏》中，他又提出了祖宗之制。他指出，外戚封爵的作法，并非高皇帝的定制，按照祖制，公侯伯爵，不得滥封。国初的魏、定两公，以佐命元勋，连婚帝室，彭城、惠安，亦半有军功。至宣德中季，始有外戚恩泽之封，弘治以来，遂为故事，这些作法都不是祖宗旧制，祖宗之制也便是国家的法规，所以张居正提出祖制问题。同时，他还提出，嘉靖八年（1529年），世宗曾经诏廷臣会议外戚封拜事，廷臣讨论后上疏，重申祖宗之制，以为爵赏乃是为了鼓励卓建勋劳之人，以昭有功，劝有德，如果椒房之属，与为国建大勋劳者同样授爵禄，则失去了爵赏的意义。建议外戚已封爵者，只准终其身而已，此后凡皇帝附马，不许攀附清封，亦不准妄引洪熙（1452年）以后的事例乞封，否则，予以举劾。这一奏疏得到世宗的批准，以后，在嘉靖的隆庆两朝，外戚封爵，只及其身，不许世袭。张居正还把嘉靖八年世宗皇帝的圣旨和廷臣会议二本俱附上，请神宗御览。前有太祖定制，有世宗宪章，神宗自然不便再提出别的要求，王伟的伯爵亦只能终身而止。至于皇亲子男辈的加恩，张居正以“姑且从容，俟后再有大喜庆事，然后加恩未晚也”，暂时搁置下来。这是张居正的策略，他不想加恩皇亲子男辈，便借故拖延，以图不了了之。
万历九年，神宗又派文书官邱得用传旨，要内阁拟旨，将王伟弟王俊、子王栋加恩授职，张居正便拟旨授王俊、王栋锦衣卫正千户。神宗对此十分不满，他随即又派邱得用传谕：正德间，皇亲夏助等俱授锦衣卫指挥使等官世袭，今为何只授千户，又无世袭字样？于是张居正上《议外戚子弟恩荫疏》，他指出，正德年间，攻体紊乱，其事例不足为后世法，所以世宗朝始对外戚加恩悉以厘革。张居正还将世宗以来三朝事例一一列举，世宗岳父为原配孝洁皇后之父，其子陈绍祖为监生出身，亦只授尚宝司丞，未尝世袭。隆庆间，仁圣皇太后父固安伯陈景行长子陈昌言，初亦只授锦衣卫干户，神宗登基后，上两宫尊号，方将陈昌言升锦衣卫指挥佥事，将次子陈嘉言授锦衣卫副干户。慈圣皇太后父李伟封武清伯，长子李文全授锦衣卫指挥佥事，次子李文贵授锦衣卫副千户，均无世袭字样，难道皇上优恤外戚还要超过两宫皇太后的规格吗？还要破坏三朝以来的成例吗？还要违背太祖之法、世宗之宪吗？在讲明了这些堂堂正正的理由之后，张居正又策略地作出适当的让步，他将王伟之子王栋授锦衣卫指挥佥事，王俊授锦衣卫正干户，与两宫皇太后的亲戚待遇相同。但是世袭一事，张居正是不作让步的。他考虑到，倘若允许外戚官职世袭，那么代代推恩，其数量必至泛滥，结果必然助长官吏的腐败之风，消糜国家的资财，加重人民的负担。在处理外戚加恩授职一事上，张居正表现出杰出的政治才干。他有理、有利、有节，神宗虽然“意示未”，但“居正固奏”，神宗亦不得不接受他的意见。
这令人想起了张居正对李成梁的屡次加官进禄，并予世袭伯爵、世荫锦衣卫指挥使等，多么鲜明的反差！这其中透露出张居正一心谋国的高风亮节，基于此，他宁肯开罪外戚。如果张居正为自身着想，他便不会这样做，得罪了外戚，自然会引起皇后的不快，也会使皇帝感到不满。
对权贵公卿犯法，张居正也依法处置，决不宽容。黔国公沐朝弼为开国元勋沐英之后，嗣爵镇云南，为人素骄恣，事母、嫂不如礼，夺兄田宅，藏匿罪人蒋旭等，又用调兵火符刺探京师情况，并有杀人通番诸不法事。以其多次犯法，论罪当逮，但是“朝议难之”，张居正果断地擢用其子沐昌柞袭封，并“驰使缚之，不敢动”，逮沐朝弼至，锢之南京。
