万历七年，江南发生水灾。礼科左给事中顾九思、工科都给事中王道成上疏，请罢苏松及应天织造，取回原差内臣。织造是由皇帝派内监去江南督造，由民间织作宫廷所用及赏赐所需的织品，内监在江南往往依仗权势，作威作福，民间深受其苦，派往江南的太监孙隆，颇为江南人民所怨恨。神宗不打算采纳二位给事中的意见，取回内臣，他派文书官到内阁传谕：御用袍服紧急织造，且未可罢，若取回内臣，改属抚按有司，则织造不精，谁任其责？于是张居正与内阁大学士张四维、申时行持工部奏疏见神宗于便殿，张居正奏道：“近日苏松等处，水灾严重，百姓困苦流离，朝不虑夕，甚至有聚众劫夺者。地方的钱粮，又十分困难，难以筹措。而且，前年星变之时，皇上明旨停止织造，让孙隆回京，至今尚未履行，这不是诏令无信吗？民惟邦本，请皇上留意恤民。”张居正所关心的，是国家的事务、百姓的饥苦。神宗皇帝所热衷的，却是自己的用度、享乐、织造之事。张居正把整个国家的责任担到了自己的肩上，神宗却对国家的事务抱着一种不负责任的态度。他推托说：“织造之事，不久即可完工了”。张居正紧追一步指出：“地方多一事，则有一事之扰；宽一分，则受一分之惠。现在，江南织造之工，大半未完，灾区的百姓，不堪催督，请皇上取回孙隆。应天灾情较轻，在应天督工的许坤可不取回。”于是神宗便提出，发内库银五千两，不完全从江南征收费用，织完最近发下的花样，即着孙隆回京。经过张居正的一番劝说，织造之事总算得到了解决。
这时，承运库太监孔成义上疏，提出赏赐夷人，段匹缺乏，请着南京、苏松、浙江等处增加织造，其中，又将皇上用的袍服等项统统加进去，共计73000匹。工科给事中王道成再次上疏，请停止加派。张居正看到王道成的奏疏，才知道又有加派之事，这样一来，减织造的谕旨又成具文了。于是，他义不容辞地再次上疏神宗，这一次，他又提出祖宗的法度。他指出，祖宗朝，每年织造段匹，原有定额。只是到了嘉靖年间，赏赐无时，才有添织，但也只是偶一行之，非为常例。万历三年（1575年），曾经降旨，于每年织造的数额之外，添织九万余匹，以至各地厍府，搜刮已尽，历时四年，至今方得织完。现在又下令添织，计其所费，须用四、五十万两白银，库府已竭，民力已疲。江南又遭水灾，民穷财尽，再加以赋重役繁，后果不堪设想。所以张居正建议，俺答的赏赐品及二卫爽人虎豹服色所缺，照数添织，其余皆停织造。奏疏呈上之后，神宗允准。
万历九年四月的一天，神宗御文华殿，日讲完毕，张居正将南科给事中傅作舟报灾的奏疏呈上，随即说到：“今江北淮、凤及江南苏、松连被灾伤，民多乏食，至以树皮充饥。或聚为盗，大有可忧。”神宗遂追问淮、凤地区多灾的原因，张居正回答说：“此地从来多荒少熟，元末之乱。皆起于此，今当破格赈之。”由赈灾一事，张居正便讲到积谷，只有国家仓库钱谷充裕，才有可能赈济受灾地区。由积谷之事，张居正又引申到宫廷的费用，他说道：“江南、北旱，河南风灾，畿内不雨，势将蠲赈。惟皇上量入为出。加意撙节。如宫费及服御，可减者减之，赏赍可裁者裁之。至若施舍缁黄，不如予吾赤子也。”张居正要神宗节省服御赏赐，同时又提到，与其将财物用于佛事活动，崇佛拜菩萨，不如施予百姓，解民倒悬之苦，这里，张居正显然是在批评慈圣太后，神宗对此不便说什么。但是在神宗看来，宫廷用度称得上是节省，赏赐也并不算多，这一切都是循旧例而已。张居正立刻指出：“皇上谓从旧，亦近例者。如今年暂行，明年即为例，非祖制也。臣不敢远引，如皇祖用度最繁，然内帑尚有余积。隆庆初库贮尚百余万，今岁入百二十万，犹称乏，惟皇上省察。”神宗亦不得不以张居正所言为是。由于张居正请神宗破格赈灾，神宗下诏：“动支各该州县库银仓谷，不足则南京见贮银米尽有赢余，足以协济，饬有司实力奉行”。
嘉靖年间，张居正入翰林院时，潜心研究国家典故。他觉得，明初太祖立国的很多纲纪，足为后世法，也是整顿法纪的重要而有利的依据。所以他揽大权、登首辅之后，便一再“劝上力行祖宗法度”，以正纲纪。
神宗皇帝即位之初，张居正作为神宗的老师，曾经将古代治乱之事编纂百余条，又绘图，成《历代帝鉴图说》，以俗语进行讲解，以使10岁的小皇帝明了其中的道理。万历八年（1580年），张居正见神宗耽于宴饮，于是让儒臣以累朝《宝训》、《实录》，分40余则为：创业艰难、励精图治、勤学、敬天、法祖、保民、谨祭祀、崇孝敬、端好尚、慎起居、戒游佚、正宫闱、教储贰、睦宗藩、亲贤臣、去奸邪、纳谏、理财、守法、儆戒、务实、正纪纲、审官、久任、重守令、驭近习、待外戚、重农桑、兴教化、明赏罚、信诏令、谨名分、裁贡献、慎赏赉、敦节俭、谨刑狱、褒功德、屏异端、饬武备、御戎狄。其辞多警切，在经筵之暇依次进讲。又请立起居注，记录神宗的言行与朝内外之事，同时，每日用翰林官四员入值宫中，以备顾问。在神宗的教育上，张居正倾注了极大的精力，煞费苦心。万历元年，张居正奏请开经筵，即除去寒冬、盛暑，每月逢二之口，由翰林院春坊等官及国子监祭酒讲解经史，此时，勋臣、大学士、六部尚书、都御史、翰林学士等均在场。隆庆六年八月，在文华殿开日讲，日讲的功课及皇帝的作息，都由张居正亲自规定，内容有儒家经典、《贞观政要》、《资治通鉴》，并练习写字、披阅奏章等。张居正以自己的政治抱负和治国原则，来教导神宗。张居正的理想是要做伊尹，伊尹曾五就桀、五就汤，一心要尧舜其君、平治天下。张居正在励精图治的同时，也希望神宗亲政以后，能继续他的改革事业，以身作则，维护法纪，保持国家的繁荣富强。所以他对神宗的教育很严格，多方规劝和约束，结果，一片为国之心，却种下了身后的祸根。
明中叶的政治生活中，充满了腐败的风气。收受贿赂，积习已久。“监司抚按，取受不严，交际太多，费用太滥，皆嘉（靖）隆（庆）以来积习之弊”。虽“屡拟严旨奖廉抑贪”，但贪污受贿之风，仍未得到根本扼制。张居正在整肃纲纪、法度时，亦时时感到积重难返。但他却没有因此而畏缩不前，他曾经自称，他的特点便是“耐烦”，在整肃法度、纲纪之时，他以“耐烦”的坚韧之力，对此不曾松懈过。
孔夫子曾经说过：“其身正，不令而行；其身不正，虽令不从。”这是圣人的治国之方，张居正是熟知的。他以为，整肃吏风，严肃纲纪，必须从上面做起。当着那些贪污受贿的上级，谆谆教诲下级清廉守法之时，这会有什么效果呢？无异于以肉驱蝇，只能引来更多的苍蝇，所谓上行而下效。因此，“司道之取与不严，欲有司之从令，不可得矣。督府之取与不严，欲司道之从令，不可得矣！”正风气、严法度有本有末，一方之本在于巡抚、巡按，而全国之本在于政府首脑。所以张居正整肃纲纪，严格地从自己做起，他自谓：“当事以来，私宅不见一客，非公事不通私书，门巷阒然，殆如僧舍，虽亲戚故旧，交际常礼，一切屏绝，此四方之人所共见，非矫伪也。”
当时，给张居正行贿的人亦不在少数，一种人是想迎逢巴结当权者，以图仕途通达。明朝，两广一带的腐败风气较其他省尤甚，仅两广之人馈赠张居正的礼金不下万金，张居正均予拒绝。他“若只照常领纳，亦可作富家翁矣”。他更为愤慨地指出，“若此类者，不取之于民而孰办耶”！张居正痛恨这些搜刮民膏行贿通关的贪官污吏。有一位知县，给张居正送来贿赂，张居正将礼金退回，知县不自反省，还以为张居正嫌礼金少，便又增添礼金，再行送上，张居正仍然是原数退回。于是这位知县竟借来一条玉带，连同礼金一同献上，张居正给他复信，以“守己爱民”相规，要其自励，同时，玉带及礼金再次如数退还。张居正还指出，玉带一物，非县令所宜有也，如借之于他人，则应该退还本人。还有一位解任的郧阳巡抚，以厚仪馈赠，活动张居正，得到的答复是：“若必欲如流俗所为，舍大道而由曲径，弃道谊而用厚贿，仆不得已，必将言扬于廷，以明己之无私”。
另外，还有一些张居正所重用的人才，对张居正的提拨、支持、信任充满了感激之情，在当时的风气之中，亦以馈赠礼金作为答谢方式。万历七年，在张居正的提议下，李成梁封宁远伯。心怀感激的李成梁派人到张居正家，馈赠礼金。张居正坚决拒收，他对使者说：“而主以百战得功勋，我受其金，是得罪高皇帝也”。戚继光由于张居正的多方支持、爱护和扶助，才得以施展其才略，不至为人所中伤，出于感激，他曾经派自己的兄弟到张居正家馈赠礼物。张居正重用戚继光镇守蓟州，是为了加强北边的防卫，而不是扶植私人势力、建立私人关系，但是，在明中叶的那种风气下，如果对戚继光的礼物断然拒绝，会使戚帅感到不快，影响两人的亲密关系，于是张居正象征性地收受了一小部分礼物，其余则付诸来使，退还戚继光。儒家讲“经”与“权”，有原则和法度，还需有变通。张居正正是那种善于坚持法度，又善于因时、因人而有所变通的人，以变通而求法度之行，这也是他在政治上取得巨大成功的原因之一。
