十月初五，在西南方出现彗星，苍白色的光芒，长数丈，好像一道白虹，由尾星、箕星，越过北斗、牛郎星，直通织女星。古代以彗星出现，为天示谴告，于是神宗下诏修省。翰林院编修吴中行乃上疏，提出孔子三年之丧的教诲，认为事系万古纲常，应令张居正回乡奔丧。当时，主张夺情的人提出，夺情起复，有前朝故事可循：成祖永乐六年（1408年）六月，杨荣丁忧，十月起复。宣德元年（1426年）正月，金幼孜丁忧，随即起复。四年（1429年）八月，杨溥丁忧，又随即起复。景帝景泰四年（1453年）五月，王文丁忧，九月起复。宪宗成化二年（1466年）三月，李贤丁忧，五月起复。吴中行指出，起复故事，亦未有一日不出国门，而遽出视事者。吴中行上疏之后，以副本进谒张居正，张居正愕然，问道：“疏进耶？”吴中行回答说：“未进不敢白也。”第二天，翰林院检讨赵用贤上疏，请令张居正暂还乡奔丧，抚棺一恸，甚至提到夺情“背公议而徇私情，蔑至性而创异论”。吴中行和赵用贤都是隆庆五年的进士，张居正的门生。赵用贤上疏的第二天，刑部员外郎艾穆、主事沈思孝又联合上疏，词颇激烈。言“居正贪位忘亲”。认为“社稷所重，莫如纲常，而元辅大臣者，纲常之表也。纲常不顾，何社稷之能安”？“位极人臣，反不修匹夫常节，何以对天下后世”？甚至指出，彗星的出现，是由于张居正夺情引起的。吴中行和赵用贤是请令张居正奔丧，葬毕还朝，而艾穆和沈思孝则请令张居正终制，即守制三年。艾穆是嘉兴人，与张居正有同乡之谊，张居正愤慨地对人说：“严嵩时还没有同乡攻击他，我连严嵩都不如了！”他觉得，这些人在借纲常之名攻击、排挤自己，这是他不能容忍的，于是这些人的命运便只能是廷杖。礼部尚书马自强为解救吴、赵、艾、沈四人，去张府拜会张居正，曲为解释，此时，张居正在家设孝帏，他跪在父亲灵位前，以一手捻须说道：“公饶我！公饶我！”马自强无奈，只得退出。翰林院掌院学士王锡爵邀集同馆十余人，拜访张居正。张居正不见。王锡爵性刚，情急之下，独自一人径至孝帏前，为吴中行等四人求解，张居正推托说：“圣怒不可测。”王锡爵针锋相对地说：“即圣怒，亦为公。”话未说完，张居正竟屈膝于地，举手索刀作刎颈状，激愤地说：“尔杀我，尔杀我。”遂径入不顾，王锡爵大惊，快步退出。侍读于慎行、田一隽、张位、赵志皋，修撰习孔教、沈懋学等上疏解救，俱不听。
十月二十二日，吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝四人，同时受杖。王锡爵持之大恸，以后，张居正归葬，九卿急请召还，王锡爵独不署名。杖毕，校尉以布将吴中行等人拖出长安门，再用门板将人抬走。这时，吴中行气息已绝，幸亏中书舍人秦柱带着医生赶来，经医生用药，吴中行才苏醒过来，割去大腿上的腐肉数十块，大者盈掌，深竟有达一寸者，一肢遂空。赵用贤身体一向肥胖，被杖后，肉溃落如掌，其妻将肉风干而藏之。吴中行、赵用贤即日驱逐出国门，当时气氛十分紧张，以至人们都不敢去看望他们。二人被逐出北京时，正以右庶子充日讲官的许文穆赠吴中行一只玉杯，上面锈刻着：“斑斑者何？卞生泪。英英者何，蔺生气。追追琢琢永成器”。又赠赵用贤一只犀角杯，上面刻着：“文羊一角，其理沈黝。不惜刻心，宁辞碎首。黄流在中，为君子寿”。
艾穆和沈思孝廷杖后，又加镣锁，关押在狱，三日后，才发配充军，艾穆遣戍凉州，沈思孝遣戍神电卫。
吴中行等四人的廷杖，引起了刚登第的进士邹元标的不胜愤慨，此时，他正观政刑部。于是上疏切谏，矛头直对着张居正，指责张居正“才虽可为，学术则偏，志虽欲为，臼用太甚”。又提出，张居正整顿学制、裁汰生员足进贤未广；诸道决囚，亦有定额，是断刑太滥；大臣持禄苟容，小臣畏罪缄默，有今日陈言而明日获谴者，是言路未通；黄河泛滥，民不聊生，而有司不报，是民隐末周。又提出，父死而不奔丧，不是丧心，便为禽兽。邹元标正当少年气盛之时，他的言论不仅激烈，甚至有些偏激，对张居正的施政多方进行攻击。奏疏写好之后，他怀之入朝，正赶上廷杖吴中行等人，待廷杖毕，邹元标取出奏疏，交给中官，他恐怕谏夺情疏不能上达，便说：这是请假的奏疏。张居正看到邹元标的奏疏后，大怒，这些人的用意是反对自己所进行的改革。三天之后，邹元标被廷杖八十，谪戍都匀卫，留下了终身不愈的腿疾。张居正去世后，邹元标召拜吏科给事中。以后，在熹宗朝，邹元标有感于此事，曾谈起大臣和言官的不同：言官风裁踔绝，大臣则非大利害，即当护持国体，怎么能像少年那样悻动呢？可惜，他当时没有认识到这一点的不同。
彗星的光尾，直亘长天，人情汹汹，多指日张居正。甚至在街上出现了张居正要造反的谤书。形势似乎有些严峻了。这使张居正更加确信：有些人在排挤他、攻击他，甚至置他于死地。于是，神宗下诏书，告谕群臣：“奸邪小人，藐朕冲年，忌惮元辅，乃借纲常之说，肆为诬论。欲使朕孤立于上，得以任意自恣。兹已薄处，如或奸党怀邪，必罪不宥”。这是一道措词严厉的诏书，诏书一下，谤言遂止。
这次夺情风波，使张居正感到，有必要进行一次清理。于是，十一月，张居正以星变考察百官，四品以上京堂官令自陈，庶官听部院考察。张居正借这次考察，清除异己。在夺情风波中论救吴中行等人的侍讲张位、赵志皋，修撰习孔教，相继被迁谪，南京御史朱鸿谟驰疏救吴中行等五人，斥为民，南京佥都御史张岳请令张居正奔丧，坐考察自陈贬秩。
不可稍离首辅的权力，与权力相联系的威严，对失权的畏惧，不堪推测的离职的后果，未酬的壮志，这些复杂的因索，使张居正对权力问题极为敏感。在夺情风波中，一些人只是出于维护传统的伦理规范与礼制，而极力主张张居正奔丧与守制，并无政治企图，其中还不乏对张居正治国的功绩颇多赞许者。但是张居正认为这是一股反对势力企图剥夺他的权力。所以他将主张奔丧守制的官员不加分析地一律视为政敌，采取了毫不宽容的做法，这也表现出张居正性格和作风中偏狭的方面。
万历六年三月，张居正要回江陵葬父，这是他同意夺情时提出的要求，曾经得到神宗的允诺。临行前，神宗依依不舍，赐路费500两，芝丝6表里；仁圣太后赐银300两，纻丝6表里；慈圣太后赐银500两，纻丝6表里。神宗又赐“帝赍忠良”银印一颗，如杨上奇、张孚敬例，若闻朝政有缺，即可密封奏闻，同时，叮嘱张居正五月中旬即回京，以慰悬念。三月十一日，张居正在文华殿向神宗辞别，神宗看着鬓染秋霜、终日为国事操劳的老师，心中有一种难言的痛惜之情，他嘱咐张居正节哀，又说道：“朕不能舍先生……国事至重，朕将焉依！”君臣话别之时，竟至感极而泣，哽咽难言。慈圣太后又特地派人传谕张居正：先生走了以后，皇上无所依托，到家事毕，早早归来。这时，国家的重要事务都依靠张居正处置，神宗又传谕次辅吕调阳：“有大事毋得专决，驰驿之江陵听张先生处分。”
三月十三日，张居正出京。神宗派司礼太监张鲸供帐郊外饯行，文武百官一同到郊外送行。
张居正这次回乡葬父，排场宏大。他的坐轿是特制的，要32个轿夫扛抬，前面是客室，后面是卧室，还有二名小僮焚香摇扇。随从的侍卫中，有戚继光派来的鸟铳手，鸟铳在当时尚属罕见的武器。沿途所经之处，府、州、县官皆长跪以迎，巡抚和巡按都越疆迎送，身为前驱。入河南界时，开封城内的周王早已派人在界上相迎，送上礼物奠品，张居正收下了果品，其余一概谢还。道经襄阳时，襄王出候，设宴款待张居正。故事，虽公、侯之等，谒王时皆执臣礼，但是襄王与张居正相会，执宾主之礼而已。过南阳时，唐王亦执宾主之礼以待张居正。四月初四，张居正回到江陵。四月十六日，张文明入葬于太晖山。会葬的有钦遣的司礼监太监魏朝、工部主事徐应聘、礼部主事曹浩，还有护送张居回籍的尚马司少卿郑钦、锦衣卫指挥佥事史继书，地方官有先任湖广巡抚、升刑部右侍郎陈瑞、抚治郧襄都御史徐学谟及司道官等。
张居正原来打算偕母亲赵夫人一同归京，因为天气炎热，母亲年迈，不耐长途跋涉之苦，于是上疏请求将归京日期宽限至八、九月份。三个月的离别，神宗已经体味到岁月的漫长，他急切地盼望着首辅归京。于是神宗立即传谕太监魏朝留在江陵，料理丧葬未尽事务，等待秋后，护送赵夫人由水道整装上道。
张居正南归葬父，时仅三月，但是这一期间，京城中的政府无法正常运作，例行公事由内阁的张四维处理，而稍许紧要的公事，均被驰送江陵，由张居正处置，其余的事情则留待张居正回京后处理，张居正成为国家机器运作的中枢。因此，不仅神宗一再催促他还京，而且内阁、六部、都察院、各寺，连同南京的院、寺、科，都联名请求催促张居正还朝。
张居正葬父之后，未事休息，拖着劳顿的身体，又匆匆地踏上了返京的归程。三月二十一日就道，三千里的路程，加上正值夏季多雨季节，道路难行，六月十五日才到达北京郊外真空寺，神宗已派司礼太监何进在那里等候，赐宴慰劳。两宫皇太后亦各派管事太监李琦、李用宣谕，赐八宝、金钉、川扇、御膳、饼果、清酒，文武百官俱在郊外迎接，第二天，神宗即召见张居正，情词恳切地加以慰劳，并准假10日，又赐白银、彩币、宝钞、羊酒，差司礼太监引张居正拜见两宫皇太后。张居正回京，神宗和慈圣太后感到国事有倚，自然十分欣慰。
张居正这次归葬，湖广的官员都来会葬，惟有巡按御史赵应元，自称出差已满，正与新任巡抚办理交接，所以没到。张居正因此对他颇有不满。按例，赵应元巡按事毕，应回都察院听候考察。但是赵应元请假回乡休养去了，佥都御史王篆是张居正的门客，一向与赵应元不睦，为迎合张居正，便指使都察院左都御史陈炌弹劾赵应元托病规避，赵应元遂被除名。这件事情发生时，张居正尚在江陵。但是人们还是以为，这件事情的处理，是秉承张居正的意思。户部员外郎王用汲不胜激愤，乃上疏提出御史赵应元之所以被陈炌弹劾，原因并不在于托疾规避，现在朝中大小诸臣，曾以病请假者甚多，御史陆万钟、刘光国、陈用宾等，皆以事讫引疾，与赵应元无异，陈蚧均不加弹劾，独劾赵应元，以其不会葬得罪首辅之故。王用汲又提出夺情风波中廷杖的吴中行等人、星变考察中挫抑的诸人，星变考察所挫抑的官员，多半是不依附张居正的人，如翰林习孔教，以邹元标之故，礼部张程，以刘台之故，刑部挫抑颇多，则以艾穆、沈思孝而推戈，赵志皋以吴中行、赵用贤之故。相反，潘晟虽屡经论列，但因得辅臣张居正之心，却得蒙恩。王用汲又言，“威福者，陛下所当自出，乾纲者，陛下所当独揽；寄之于人，不谓之旁落，则谓之倒持。政柄一移，积重难返，此又臣所日夜深虑，不独为应元一事而已”。王用汲的奏疏呈上之时，张居正还未回京。内阁中，吕调阳告病在家，于是张四维拟旨，将王用汲削职为民。
张居正回京后，了解到事情的原委，调阅了王用汲的奏疏，大怒。王用汲所讲的乾纲、威福，正是君主所最容易生疑的敏感问题。张居正立即上疏神宗，请求明辨忠奸，指出王用汲上疏的用心在于挑拨君臣关系，他剖白自己一心为国的心迹，说明遭刘台、王用汲等人攻击，是因为自己不肯“委曲徇人，凡所筹画，惟施一概之平；法所当加，亲故不宥，才有可用，疏远不遗；又务综核名实，搜剔隐奸，推彀善良，摧抑浮竞；以是不便于小人，而倾危躁进之士，游谈失志之徒，又从而鼓煽其间，相与怂勇撺嗾，冒险钓奇，以觊幸于后日，为攫取富贵之计，蓄意积虑，有间辄发”。他在奏疏中，还不无担心地说，这些攻击自己专擅的言论，日浸月润，恐致人主之疑，“小则使臣冒大嫌而不自安，大则使臣中奇祸而不自保”。神宗自然是下诏切责对首辅的讹言。但是，随着神宗年龄的增长，这些话在他心灵深处，感情深处究竟是不是引起了什么微妙的变化呢？他自己也许尚未有明确的意识。而张居正的担心却不无道理，“中奇祸而不自保”，正是他身后的结局。所以张居正的愤怒是完全可以理解的，如果当时他在北京，那么王用汲得到的只能是下狱廷杖。然而张四维已经处置完了，不便更动。张居正以张四维对王用汲的处置太轻，所以移怒于张四维，“厉色待之者累日”。
万历初年，朝中的内阁、六部、都察院，地方上各省的督抚，几乎全是张居正推荐的入，对张居正的措置和布署，无不听从，即使是历来难于协调的言官，也都听从张居正的指挥。
