明代每三年在各省省城及京师举行考试，称乡试，凡考中者为举人。次年在京师举行考试，亦为三年一次，各省的举人及国子监的监生皆可应考，称为会试。会试录取者为贡生，皇帝对贡生再行殿试，以定甲第。一甲三名，第一名称状元，第二名称榜眼，第三名称探花，赐进士及第；二甲若干名，赐进士出身；二甲若干名，赐州进士出身。万历元年，张敬修中举，第二年参加甲戍科会试，结果落第而归。这令张居正十分生气，竟移怒于及第者，这一年的进士竟至不选庶吉士。张居正对三子张懋修寄望尤殷，以为其少而聪颖，将来定有大为，而张懋修参加万历四年的乡试落第。万历五年，张敬修和张嗣修参加会试，张敬修落第，张嗣修中二甲第一名，神宗以张居正的缘故，特加恩将张嗣修拔为一甲第二名。张居正对此感到十分快慰，同时，仍殷切希望张敬修与和张懋修下科及第。万历八年（1580年）庚辰科，张懋惨以状元及第，张敬修同时及第。当时议论不绝于耳。
万历五年，在夺情风波中，神宗又给张居正以全力的支持。
从隆庆六年到万历十年，神宗完全仰赖于张居正治理国事，对他在政治、经济、军事等各方面的措置，神宗“无一不从”，“宫府之事，无大无小，咸虚已而属之于仆”。
在明朝的政治生活中，宦官是一股巨大的、难于驾驭的力量。宦官与朝臣的矛盾，往往导致大臣的去国。徐阶和高拱的教训，张居正时时在念。把司礼监掌理奏章的大权交还内阁，是高拱和张居正的共同主张，然而高拱失败了。而慈圣太后又“内任冯保”，甚至神宗对冯保也称为“大伴”，不敢直呼其名。张居正是精明而又讲究实效的政治家，他不想纠缠于明帝国长期以来难以解决的宦官专权问题，也不想拿自己的政治前途作赌注，在一场难操胜筹的政治斗争中，追求清名和德望。他只要做到使冯保不干政，便达到目的了。于足张居正多方结纳冯保。冯保在北郊郊祭时，传呼直入，北面拈香，张居正听之而已。冯保引用锦衣指挥同知徐爵入宫，代阅章奏，拟诏旨，张居正让仆人游七与徐爵结为兄弟，以资联络。冯保要在故乡深州建坊，张居正便命保定巡抚孙丕扬代为建造。冯保自建墓穴，张居正为之作《可礼监太监冯公预作寿藏记》，称其仁智忠远。万历元年，成国公朱希忠卒，其弟朱希孝奏请赠王爵，当时“郎中陈有年、给事中陈吾德执争。而冯保竟传中旨，张居正不敢争也”。刘台因此事攻张居正私赠王爵。
对于权宦冯保，张居正利用他的支持上台，又始终注意与他保持互相尊重的良好关系。历史上有些人批评张居正“媚王当”、“附王当”。张居正为与冯保协调关系，在有些事情上曲从迁就，但是这样做，不是依附了二宦官势力，同流合污，危害国家，相反，他以尊重和必要的迁就，换得了冯保的尊重、配合和不干政，因而控制了宦官势力对政治的不良影响。张居正当国之时，对于一些重要事务，冯保都尊从张居正的意见，“未尝内出一旨，外干一事”。在当时特定的历史条件下，结交宦官冯保，对张居正稳定地位、控制大局、实行改革是有利的。
自从嘉靖二十六年（1547年）张居正入仕以来，他目睹了内阁中一幕幕的争斗，夏言、徐阶、高拱都是有作为的首辅，然而在内阁斗争中，都在同僚的明枪暗箭之下，落得可悲的结局，或者身首异处，或者被迫去职，即使权臣严嵩，最终也成为内阁斗争的失败者。张居正本人在高拱的内阁，曾经怎样地感受到遭高拱猜忌的恐惧，又曾怎样地想取高拱而代之，他心中是清楚的。现在，他不允许内阁中再有同僚的攻击，也不允许再有一个能力、雄心与自己相类的阁臣。隆庆六年，高仪去世，内阁中只剩下张居正一人，他知道，内阁中需要的是忠厚老实的长者，这既能保持内阁的稳定，又能使自己大权独揽，于是他推荐礼部尚书吕调阳入阁。吕调阳外貌温和，“于事呐呐不轻为可否”。这是合适的人选。在与张居正共事的六年中，“居正专决，调阳不敢有所持诤”。万历三年，张居正疏请增加阁臣，神宗谕其推荐，张居正推荐了吏部左侍郎张四维及马自强、申时行。神宗传谕张四维升礼部尚书兼东阁大学士，随元辅等在内阁办事。张四维为嘉靖三十二年（1553年）进士，神宗要他随首辅办事，地位是明确的，同时，感于张居正的推荐，他对张居正颇恭敬。
万历六年，张居正回乡葬父，内阁中只剩下吕调阳、张四维二人，张居正疏请增加阁臣。此时，高拱闲居乡里，张居正自然不会推荐高拱，据说，他曾考虑过推荐徐阶，徐阶对他有提携之恩，又是有能力的大臣，但是如果徐阶还朝，那么他的官阶和科第都在自己之上，内阁首辅非他莫属，这样，自己千方百计维护的首辅地位岂不白白送予他人了？于是他打消了这个念头。他可以对恩师徐阶多方照应、维护，也可以对高拱有所关照，但是政治权力却不能拱手相让，他向神宗推荐了马自强、申时行，神宗即行批准。马自强为嘉靖三十二年进士，申时行为嘉靖四十一年进士，张四维、马自强都是三流人才，申时行虽然较为强干，但资历与张居正相差太远，对他的地位不构成威胁。马自强、申时行在万历三年曾与张四维一同被推荐过，他们对张居正的二次荐引十分感激。张居正殁后，在处理张家事务方面，申时行曾尽力加以维护。万历六年七月，吕调阳病重回籍，十月马自强病故，张居正、张四维、申时行的三人内阁一直维持到张居正去世。经过这样处心积虑的人事安排，在张居正任首辅期间，内阁中一直是安定的，张四维和申时行对张居正听命而已。几十年无法遏止的内阁争斗被张居正解决了。
对朝中其他要职的安排，张居正也颇费心思，吏部是主管官员人事的部门，吏部尚书的人选格外重要，张居正选择了杨博。杨博当时为兵部尚书，自嘉靖三十四年（1555年）以来，他三任兵部尚书，嘉靖四十五年（1566年）调吏部尚书，隆庆五年复以吏部尚书起用。杨博在当时颇有人望，又有较高的资历，所以张居正推荐他为吏部尚书。万历元年九月，杨博因病致仕，不久便故去。廷举吏部尚书，第一为左都御史葛守礼，第二为工部侍郎朱衡，第三为南京工部尚书张瀚，通常第三名是选不到的，但是张居正却用张瀚为吏部尚书，这完全出于张瀚的意料，他对张居正不能不抱着由衷的感激之情，以后，在官员进退方面，自然听命于张居正。兵部尚书的安排，仍按照高拱制定的由总督充任的原则，调蓟辽总督谭纶为兵部尚书，这也表明北边在边防中的重要地位。吕调阳入阁，礼部尚书出缺，张居正用声望颇重的陆树声充任。其他各部，也都按张居正的意图作了安排。以后，张居正在人事的调动和变更中，不断地清除那些反对自己的人。
万历五年九月十三日，张居正的父亲张文明去世了。九月二十五日，张居正接到江陵传来的讣闻。神宗立即下手诏宣慰，神宗及两宫皇太后赠赐甚厚，吊问之使络绎道路。明代的官员，遇到祖父母、父母的丧事，按丁忧制度须辞职回乡守丧27个月，期满以后，照旧做官，称起复。英宗正统十二年（1447年）诏令，内外大小官员丁忧者，不许保奏夺情起复。所谓夺情，即由皇帝下令，官员不许辞职。张居正照例，到吏部请假回籍守制。
户部侍郎李幼孜是张居正的同年，他首倡夺情议。御史曾士楚、吏科给事中陈三谟又上疏请留张居正，和者相继。神宗、慈圣太后和冯保都不愿张居正离开，于是神宗随即传中旨到吏部，要张居正夺情。张居正上疏请求神宗准许守制，神宗再下诏慰留，张居正又上疏，再乞守制，神宗仍是不准，张居正又上第三疏，请求守制，神宗还是不准。
现在，张居正面临着两难的选择，一面是深切的丧父之痛，传统的伦理观念，朝廷的礼制，另一面则是他苦苦追求了多年的权力，大权是不可以须臾离开的，明朝故事，首辅去位三日之后，次辅将座位从内阁的右边移至左边，翰林院后辈和内阁僚属都着红袍到内阁道贺，吕调阳虽未移座位，但还是接受了道贺。张居正还没有去位，就发生了这种事情，他一旦去位，27个月之后，内阁中还会有他的位置吗？失去了政权，他还能够做什么呢？平生的抱负必将付之东流。而且从隆庆六年以来，在他的苦心经营下，国家已经摆脱了严重的政治、经济、军事危机，吏治得到整肃，国家日渐富裕，在富国的基础上，军事形势发生了根本的改观，北边的严重边患已经基本解决，张居正富国强兵的改革蓝图正在实施当中。考成法实行了，驿递整顿了，学制改革了，水患在治理当中，一条鞭法尚处在地方试验阶段……谁能够继续这事业、支持起整个的局面呢？只有他自己！神宗才15岁，凡事仰仗张居正处理，正如神宗在慰留张居正的诏书中所说：“卿身系社稷安危”，“朕冲年垂拱抑成，顷刻离卿不得”，甚至说到：“朕为天下留卿”。张居正权衡轻重，慨然以国事为重，为了国家，“又何暇顾旁人之诽议，徇匹夫之小节，而拘拘于常理之内乎？且人之大伦，各有所重，使幸而不相值，则固可各伸其重，而尽其所当为，不幸而相值，难以并进，则宜权其尤重者而行之”。“既以身任国家之重，不宜复顾其私”。于是他放弃前请，提出“辞俸守制”，即辞免应支俸薪，又所有祭祀吉礼，俱不参与，在阁办事、入侍讲读时，着青衣素服、角带，章奏具衔，准加守制二字。神宗均予允准。七七之中，张居正不入阁办事，但内阁的公文都须送交张居正批阅、处理，国事一直在他的掌握之中。
张居正夺情，引发了一场风波。
先是，神宗夺情的手谕下到吏部，吏部尚书张瀚认为，人子为父母守制，乃是天经地义之事。孔子曾和弟子宰我就服丧期问题进行过讨论。孔子以为，父母死后，儿子应当守孝三年，宰我则以为一年足矣，孔子称其“不仁”。圣人的教导是张瀚及其同时代的士人所熟知的。所以，当接到夺情的圣旨时，张居正又致书张瀚，“风瀚属吏，以复旨请”。张瀚却佯为不理解。他和左侍郎何维柏商议此事，何维柏在张居正遭刘台弹动乞罢之时，曾经倡九卿挽留张居正，这次，他也以为张居正应当守制，便对张瀚说：“天经地义，何可废也”。张瀚从之，对神宗的谕旨竟不予理睬，谓：“政府奔丧，宦予殊典，礼部事也，何关吏部。”张居正又令人说之，张翰不为动。在群臣纷纷上疏请留张居正的气氛中，张瀚抚膺叹息：“三纲沦矣！”张居正对张瀚所为十分不满，于是指使给事中王道成、御史谢思启上疏弹劾张瀚，神宗降旨，以张瀚久不奉诏，勒令致仕。何维柏亦被罚俸三月。
