2008年12月1日，纽约州联邦参议员、美国前第一夫人希拉里被奥巴马正式提名为下届国务卿。
有美国媒体披露，奥巴马提名希拉里（纽约州国会参议员）当国务卿，违反了美国宪法，希拉里将成为一个“非法”国务卿。理由是，美国宪法第一章第6节第2条款规定：在美国参议员的任期之内，如果内阁官员加薪，那么参议员将不得受邀担任任何内阁行政官员职务——其中包括国务卿。在希拉里担任国会参议员期间，美国内阁行政官员的年薪已从18.66万美元增加到了19.13万美元。
有法律专家为希拉里辩护，称希拉里在参议员任期内并没有支持加薪，那是布什政府2008年出台的政策。专家认为，该宪法条款的目的是遏制腐败，希拉里担任美国国务卿并不违反美国宪法的立法精神。
12月1日，奥巴马召开记者会，介绍自己的国家安全团队。当时向6名记者开放提问，结果有4名记者揪住奥巴马与希拉里党内初选时的相互攻讦不放。有一个记者问：“希拉里在竞选期间强调她走遍全世界，与各国领袖讨论国际局势，您奥巴马当时讽刺她只是与外国领袖喝杯茶；还有幕僚讥笑希拉里自我吹嘘，在履历表里夸大自己。为何才几个月，希拉里的履历就都货真价实了？”面对这些刁钻的问题，奥巴马一时词穷，抱怨媒体就喜欢这种花边新闻，总是想炒作竞选期间的语言。
奥巴马为什么会找她当国务卿？而希拉里又为何甘心为昔日的对手和小字辈“打工”？
互相需要也许是个解释。奥巴马很清楚，提名希拉里是个明智的选择。启用昔日对手能显示大度，能借此弥和党内分歧——希拉里支持者的势力不可小觑，并能借用到美国前总统克林顿的外交资源。与此同时，这项任命也等于是化解了未来的政治威胁。复旦大学国际问题研究院常务副院长沈丁立说：“奥巴马用希拉里是智慧，而不是信任。”中国社科院美国研究所倪峰研究员指出：“奥巴马提名希拉里更多是出于政治方面的考虑。”
希拉里也很清楚，眼前来说国务卿的位子是个不错的选择。这位女强人虽然不愿放弃总统梦，但现在她只是100个参议员中的一个，要熬出头还有待时日。据说初选失利后，她曾找过党内大佬爱德华·肯尼迪和参院民主党领袖里德，请他们为她安排主持一个医疗保健委员会，却遭到拒绝。而当上美国国务卿，将给予她更大的政治影响力。
尽管反对之声甚高，但提名希拉里任国务卿，对奥巴马来说好处不少：
首先，党内支持希拉里的民众不少，提名她出任要职可以安抚这些民众，有助于弥合民主党的党内裂痕。其次，选择希拉里担任国务卿，可以用克林顿家族旗下的人马，帮根基不稳的奥巴马巩固统治基础。同时，也可防止熟悉外交的副总统拜登总揽外交，变成第二个“切尼”。再次，希拉里拥有较高知名度和较为丰富的涉外经验，在国际社会的人气和人脉都不错，将外交重任给她，可以让奥巴马有更多精力应对国内的金融危机。最后，奥巴马化敌为友，将对手为己所用，无疑比看着她在决策圈外呼风唤雨要好得多。同时这也化解了她对奥巴马的政治威胁，4年后奥巴马争取连任总统时，就不用太担心希拉里跳出来争锋。
不过，除了这些好处外，也有人担心奥巴马不能驾驭希拉里这种强势的国务卿，担心她越俎代庖，让奥巴马政令不出宫门。事实上，是美国国家安全的决策体制让奥巴马敢剑走偏锋。
其一，国务卿必须服从总统意旨，否则就辞职，这决定了奥巴马和希拉里发生冲突时，希拉里只能听总统的。
其二，美国国家安全委员会是总统的核心幕僚机构，它统筹国家安全重大决策。该委员会的主席是总统，其成员包括副总统、国务卿、国防部长、中情局长、参联会主席、国家安全事务助理，必要时总统还可拉其他部门负责人进来。从这个名单可以看出，国务卿在外交上要受到诸多限制，不可能一意孤行。
其三，奥巴马也暗中布置好“刀斧手”，他提名亲信斯坦伯格出任副国务卿，目的就是制约希拉里，以在希拉里“不乖”时取而代之。
很快，奥巴马和希拉里两人已就提名一事进行过深入交谈，正式提名希拉里的进程正在“沿着轨道进行当中”。
据奥巴马的助手透露，奥巴马认为，希拉里担任国务卿将有助于改善美国的外交形象，提高美国的信誉。舆论认为，如果奥巴马最终正式提名希拉里担任国务卿并且被希拉里接受，将标志着两名旧日政治对手进一步携手合作，有助于巩固民主党的党内团结。
2009年1月21日，希拉里·克林顿在美国首都华盛顿宣誓就任美国国务卿。美国参议院当天以94票对2票的绝对优势，批准奥巴马总统关于希拉里担任国务卿的提名。
在参议院的全院投票中，奥巴马关于希拉里出任国务卿的提名以94票赞成2票反对顺利获得确认。投反对票的两位议员分别是路易斯安那州共和党议员大卫·威特和南卡州的共和党参议员吉姆·德敏特。在全院投票之前，民主党领袖呼吁参议员通过奥巴马新政府的这一重要任命，以便新政府可以尽快从事重要的外交布局。参议院民主党领袖说，美国新政府现在急需在伊拉克和阿富汗两个战场、中东暴力冲突和伊朗核计划等敏感问题上开展工作。
2月2日，美国国务院，希拉里在丈夫克林顿和女儿切尔西的陪同下宣誓就任国务卿。
