锦衣卫这类机构虽然并不是起源于明朝，但却是在明朝发扬光大，并且成为大明王朝的一大特色的。这个机构表面上是皇帝的耳目，可实际上却是清除威胁皇权的机器。
直属侦察机构
朱元璋没有正式做皇帝之前就想尽一切办法使自己能够取得更高的权势。如今朱元璋做了皇帝，事情就截然相反了，他要用自己的权谋和武力，想尽一切办法铲除异己，以维护自己的最高权力不被其他人破坏。那些对他不忠，不听他差遣的人统统都要受到镇压。
对朱元璋来说，洪武初年的法律和刑罚还是不够全面的，他需要通过一种方式发现那些不忠于自己的人，从而将他们治罪，这就需要一批经过严格挑选和训练的侦察兵，同时还要建立与这批侦察兵相配合的特殊监狱及特殊的刑处方法，这些侦察兵们会散布到所有场合，包括军队、政府衙门、学校，甚至一些民间集会的场所和私人的住宅，总之是无孔不入，整个大明帝国所统治的地区，都有这样的特殊的侦察兵存在。
这些直接对皇帝负责，专门做一些收集情报工作的特殊侦察兵，并不是朱元璋发明的。早在汉代就有这种人，当时被称做“诏狱”和“大谁何”，三国时称“校事”，唐朝时称为“丽竟门”和“不良人”，五代时称“侍卫司狱”，宋代时称“诏狱”和“内军巡院”。到明朝洪武时期，朱元璋将特训的这批人称为“检校”和“锦衣卫”。
检校的职务是用来探察在京大小官员们不法勾当的，最著名的人物有高见贤、夏煜、杨宪、凌说等，高见贤是头目，他们的本职工作就是告发他人的隐私。
无处不在的耳目
检校的身影无处不在，朱元璋曾经派人去探听一些将官的秘密。有一次，傅友德出征赐宴，朱元璋派叶国珍前去作陪，并派了十几名歌妓前去助兴。酒过三巡，喝得正在兴致上，叶国珍就让那几名歌妓脱去舞衣，换上华丽的服装与诸位将官陪酒。这件事被朱元璋暗插在其中的检校告发了，朱元璋听了之后大为震怒，当即派人把叶国珍给绑了过来，把他与那些歌妓一起锁在马棚里，并割去了歌妓的鼻尖，用来羞辱叶国珍。叶国珍不堪羞辱，怒问朱元璋：“死就死，为什么与这些歌妓锁在一起？”朱元璋也不客气，喝斥道：“正因为你不分贵贱，才这样对你。”最后，叶国珍被用鞭子打了一顿，发配到瓜州做了坝夫。
大学士宋濂为人最为坦诚、严谨，有一次他请客喝酒，被朱元璋发现了，叫人偷偷地去看看。第二天见到宋濂，朱元璋便问他昨天喝酒了没有？都请了谁？备了什么菜？宋濂不敢隐瞒，老老实实地回答了，朱元璋这才笑着说：“全对，没有骗我。”
吏部尚书吴琳告老还乡，朱元璋不大相信，派人到他家乡去调查。那人来到吴琳的老家黄冈，放眼尽是稻田，不知从何找起，正巧看到不远处有一个老农正在插秧，样子很和善，使者便凑上前去向那老农打听吴琳的下落。哪知那个老农听了之后，起身相认，原来这就是告老还乡的吴琳。使者回来把这件事上报给朱元璋之后，朱元璋听了非常高兴，了去了一块心病。
弘文馆学士罗复仁操一口江西腔，性格朴实，朱元璋对他印象很好，称他为老罗，但又怕这人是在做表面文章。有一天，朱元璋一个人乔装到罗家，想看看这个老罗是真朴实还是假朴实。罗家住在城外一个不起眼的小胡同里。在一条破破烂烂的巷子里面，有许多东倒西歪的民房，其中一间就是老罗的家。也巧，那天老罗正搭着梯子粉刷他家那面破墙，看到皇帝亲自来访，慌了神，忙叫老婆拿过一个小板凳请皇帝坐下。朱元璋万没有想到老罗家穷到这步田地，非常过意不去，回去之后，即刻赏赐了罗复仁一所大宅院。
有进无出的镇抚司
锦衣卫的前身是朱元璋还是吴王的时候就设立的拱卫司，到洪武十五年（1382）才正式改为锦衣卫。
锦衣卫中最高头目称为指挥使，设一人，正三品官衔；下设同知两人，从三品；佥事三人，四品；镇抚两人，五品；十四所千户十四人，五品；副千户从五品，百户六品。锦衣卫统有将军、力士、校尉，掌直驾侍卫、巡察缉捕等，分南北镇抚司两个部门，北镇抚司最为可怕，专门受理诏狱。
直驾侍卫其实只是锦衣卫中形式上的职务，巡察缉捕才是中心工作。锦衣卫主要针对那些散布反对大明王朝言论的人，以及那些以宗教为名的集团组织，如弥勒教、白莲教和明教等都在此列。朱元璋早年做过红巾军，喊了好几年的“弥勒降生”、“明王出世”的口号，没有人比他更明白这些口号深入人心的作用，他很清楚这些邪教聚众结社对他的统治地位的威胁。不过朱元璋最为担心的还是身边这批曾经一起并肩作战的将军们，害怕他们会在这些邪教的煽动下有所行动，或是在他死后对朱家的子孙有所影响。朱元璋很了解自己的长子是个被儒化了的柔仁太子，如果他现在不趁着自己大权在握，替子孙们除掉这些有潜在危险的角色，实在是难使自己安心。
锦衣卫成了朱元璋手上最得力的工具，这个工具被用来剪除他认为会威胁到自己子孙社稷的人，配合这个灵活工具运行的是律法之外的酷刑。
全国各地的重刑犯都要押解入京，送到北镇抚司狱里来，这里备好了几十套刑具以及早已安排好的罪状，编写妥当的供词。进来的人，没有申诉的权利，更没有翻供的可能，犯人们唯一能够减轻痛苦的方法，就是马上认供，不然就是接连的酷刑，一直用到招认，用到死为止。不论是谁，只要进了北镇抚司这个衙门口，能再活着出去，绝对是奇迹中的奇迹。
削了权的锦衣卫与廷杖
到了洪武二十年（1387），朱元璋认为那些应该杀的人基本上都杀完了，锦衣卫已经失去了它的作用，于是下令焚毁锦衣卫的所有刑具，在押犯人全部移交刑部接管，说是要依法治国，实行法治国家。锦衣卫没有了以前的威风，他们的最高头目指挥使此时能够起到的最大作用，就是为皇帝脱罪，指挥使一死，似乎这么多年的屠杀责任就都清了。
又过了六年，胡党、蓝党该杀的都已杀干净了，胡须已经花白的朱元璋总算松了一口气，他下令从今以后所有案件都交由朝廷法司处理，内外刑狱公事不允许锦衣卫再行插手。这道手令之后，大明王朝的皇权似乎就可以永固了。
廷杖和锦衣卫紧密相关。锦衣卫这个机构主要效仿的是前朝的诏狱，而廷杖则是学习元朝。在元朝之前，君臣关系不太疏远，三公可以与皇帝齐坐谈论事情，他们和皇帝的关系是亦师亦友。
到了宋朝，臣子们在殿廷
之上虽然没有了座位，但表面上还是很客气的。到元朝的时候，由于蒙古人马上得天下，政府的大臣们也多是军中将校，皇帝的金銮宝殿成了中军帐，大臣们一旦有过，随时杖责，打完了继续办事，甚至就连中书大臣这样的当朝一品都有殿前受杖的时候。
朱元璋建立大明帝国之后，样样都恢复汉人从前的规矩，唯独廷杖这一件，却被他继承了下来。廷杖刑罚之中有许多著名的例子，皇族朱文正就是死于廷杖之下的，还有功臣永嘉侯朱亮祖父子也被当廷鞭死，重臣工部尚书薛祥也是被廷杖所杀。从那时起受人尊敬的士大夫们，不但可杀，而且还可辱，君臣之间的距离一下子被拉到一个天上，一个地下，此时哪里还有君臣之间的礼貌，就连最起码的那点主仆恩情，也被廷杖打得荡然无存了。
