朱元璋之所以有时间力挫群雄，发展自己，主要是因为元朝内乱不止，无暇旁顾。现在南方平定，北伐之势已成，大军北上的一纸檄文更是起到了极大的宣传作用，所过城镇望风而降。随着大都、汴梁等重镇的相继失陷，元朝在中国的统治彻底结束了。
内战正酣
就在义军四起、群雄并立的时候，元朝内部更多的兵力和精力都在忙于内战，这为各地义军首领壮大自己争取了时间。朱元璋正是在这个时期，从一个小兵逐渐成为称霸一方的吴王的。
说起元朝内战，要追溯到几年前。红巾军大起义之后，元朝正规军全无作用，清剿义军的主力部队均是一些由大地主组织的民间队伍，能与红巾军正面作战的部队只有两支，其中一支就是起兵于沈丘（今河南沈丘）的察罕帖木儿和李思齐。他们相继夺取河北、关陕，攻克汴梁，平定河南，号令最远到江浙，并重兵占据太行山，在计划兵进山东的时候，与元朝的另一支部队发生了冲突。这个部队就是正面对抗刘福通，重占襄阳、亳州的答失八都鲁。答失八都鲁死了之后由他的儿子孛罗帖木儿接管了兵权，以大同为根据地。
元朝这两支队伍内战的起因是由于孛罗帖木儿趁察罕帖木儿东征的时候，强占了晋冀之地，导致双方为此展开了历时几年的争斗。元朝政府屡次遣使从中调停，直到至正二十年（1360）双方才勉强同意停战。察罕帖木儿遇刺身亡以后，他的部队由他的养子扩廓帖木儿接管，兵进山东，孛罗帖木儿又一次带兵前来争夺晋冀之地，元朝内讧又起，与此同时还夹带着元朝的宫廷政变。脱脱丞相死后，哈麻接任了丞相一职，没多久，他密谋废元顺帝，立皇太子，结果走漏了消息，招致杀身之祸。太子生母高丽奇皇后和太子仍在密谋废帝之事，他们让宦官朴不花和丞相太平相辅，太平不肯，为太子所害。宫廷里分成了两派，太子一方拉拢扩廓帖木儿，顺帝一方只好拉上孛罗帖木儿。
太子一方先下手，他假传圣旨陷害孛罗帖木儿意图造反，至正二十四年（1 3 6 4）四月诏命扩廓帖木儿出兵讨伐。孛罗帖木儿带兵直接攻陷大都，平定之后，班师回大同。太子一党逃出大都后不甘失败，令扩廓帖木儿再度出兵攻打大同。孛罗帖木儿依照前法，再入大都，做了中书右丞相。太子败走太原，仿效唐肃宗灵武自立为皇帝。至正二十五年（1 3 6 5），太子调扩廓帖木儿集诸路兵马杀入大都，孛罗帖木儿战死，扩廓帖木儿接任丞相。高丽奇皇后派人来让扩廓帖木儿拥立太子进宫，逼顺帝让位，扩廓帖木儿的主要目的是除掉孛罗帖木儿，让他叛君，扩廓帖木儿当然不肯，这样便与太子母子结下了深仇。后顺帝封他为河南王。
至正二十六年（1366），扩廓帖木儿用檄文调关中四将会师，引起李思齐等人不满，再度爆发大规模内战，孛罗帖木儿旧部也倒戈讨伐扩廓帖木儿，顺帝借机削了他的兵权，这样内战才算稍作平息。
北伐战略
朱元璋打下江南之后，决定出兵北伐，此时的元朝内讧刚刚告一段落。大军出发之前，朱元璋先与刘基商议了基本作战计划，又找来诸将召开军事会议。常遇春提出的作战方案以攻坚为主，他认为南方平定后再无顾忌，当以全力直取元大都，攻克大都后，再分兵荡平其他城池，那时诸路元军必然不战而降。
朱元璋的计划却恰恰相反，他认为，大都乃百年都城，防御工事坚固，大军孤军深入，攻坚不下势必被其他元军切断归路，困于大都外围。故攻取大都应该去其枝叶，再挖老根，路线应该先取山东，移师河南，再进据潼关，拿下这些要地，将元军困于晋冀，孤军无援，方可取胜。朱元璋的战术比较稳重，步步扩大战果，后方相对稳固许多，诸将均赞同这个部署。
在几年前的池州大战中，常遇春不听徐达劝阻，活埋了陈友谅的三千降卒，导致陈友谅大举来犯，险些攻克应天。这次北伐关系重大，徐达作为大将军无人不服，用来节制诸将也最为合适。常遇春适合攻坚，面对敌军从不胆怯，任为副将军。出发之前，朱元璋担心他好斗轻敌，再三约束告诫，并叮嘱徐达，如遇大敌，可以常遇春为前锋，参将冯胜为翼，又任薛显为右丞，勇冠三军的傅友德为参政，关键时刻，也可独当一面。朱元璋再三申明军纪，告谕将士北伐意义重大，战斗的主要目的不是攻城夺地，而是要彻底摧毁元朝政府。
北伐檄文
在讨伐张士诚的时候，朱元璋亲眼看到了文字宣传的作用，他要让北方人民明白北伐的意义，同时也解除北方官僚和地主阶级对红巾军的恐惧心理，从根本上瓦解元军的军心。
这篇北伐檄文，由朱元璋手下第一大文豪宋濂执笔，体现了几千年来的儒家正统思想，中心紧紧围绕两点：第一是民族斗争，檄文特别指出了少数民族与汉族人的分别，强调汉族百姓要由汉族人自己来统治，曾经不幸被异族统治，现在要“驱逐胡虏，恢复中华”。这两句口号比之前小明王所提出的恢复赵宋政权更为实际，赵家政权早已灭亡百年，老百姓对他们的感情早已淡化，现在朱元璋提出的口号，是从一个狭隘的王朝恢复，扩大到整个民族的自主。这一百年来，汉族人民备受欺压，早就盼望有这样的一天。檄文一出，大获民心，受到了全民的支持，也赢得了儒生、士大夫们的心。
檄文中第二个重点是提出复兴道统，恢复旧有的文化思想理念，君臣父子夫妇长幼之伦，这些都是纲纪，这一套正是儒家的中心思想，是千余年来封建王朝维护统治的根本。这些思想上的东西，在元朝中期以后，早就被破坏得乱七八糟，如今要恢复这个世代相传的文化生活习惯，比之前红巾军宣传弥勒教和明教更得民心，也比传教更加高明。
但凡檄文常以斥责为主，北伐檄文先是痛斥元朝的统治破坏传统文化，跟着又骂元将，指斥扩廓帖木儿原为汉人，后来成了母舅察罕帖木儿的养子，元朝拿出抬举他的派头，赏他蒙古姓氏，又指出李思齐等关中四将制造内乱，不忠于国。
为了澄清自己与原红巾军的不同，檄文公开指斥韩林儿为妖人。这种说法是想表明朱元璋的队伍是讲礼的，不同于元军和红巾军。末了，还说明了拯救苍生、逐虏雪耻的使命。为了缓和蒙古人和色目人的反抗心理，檄文中声明只要他们知礼，当等同于汉民对待。
这也是以刘基、宋濂为代表的儒生们的又一次胜利。
攻克大都
北伐檄文的宣传作用是成功的，北方的儒生、士大夫们心向着朱元璋，北方的农民更是如此，那些官吏们和蒙古人、色目人知道只要顺从就有生路，谁也不肯再拼死抵抗，整个北方除了蒙古皇室，似乎全无斗志。人们主动放下武器，甚至调转枪头去杀元军。
北伐大军徐达部作为先头主力部队，邓愈由襄阳北进南阳，起到策应作用，目的是分散元军兵力。从军事形式来看，徐达正按照预定计划，顺利执行着，没有半点差错。计划第一步，从出师到洪武元年（1368）正月，三个多月之内，收复山东。第二步由山东取河南，一路由南向西，连克归德（今河南商丘）、许州（今河南许昌）。与邓愈部队会师之后，切断汴梁后路，一路北上，走郓城渡黄河直抵陈桥，将汴梁钳击于中部，汴梁守军不战自降。后又击败洛水元军，平定河南全境。
另一路冯胜部攻克潼关，李思齐、张良弼遁走。仅仅两个月的时间，朱元璋的大军就已经完成了初期预定的战略目标，占领潼关，堵住了关中元军的出路，完成了三面合围大都的最后一步。五月，朱元璋的北伐大军准备对大都展开攻击。
当时元朝一方，扩廓帖木儿被解除了兵权，退兵泽州（今山西晋城），元顺帝想借机除掉他，令诸将围剿泽州。这就大大激怒了扩廓帖木儿，他引兵占据太原，杀死元顺帝派来的关保大军。同一时间的朱元璋已经拿下了河南汴梁，元军潼关也占领了。元顺帝急了，把所有过错推到太子身上，恢复了扩廓帖木儿的官职，令其救援大都，但一切为时已晚。
北伐大军展开了第三步攻势，闰七月，徐达率领部队连克德州、通州，元军毫无抵抗能力。元顺帝惊惧不已，于二十八日三更时分，率后妃、太子逃奔上都。八月初二，北伐大军在没费吹灰之力的情况下进入大都，元朝统治从此结束。
