《伤寒论》以正邪胜衰来概括六经，决定的因素是正气的强弱。“太阳有表虚”“阳明有津虚”“少阳有血弱气尽”，三阴以虚为主，由此可概言之，六经以虚证为多。从所用112方与93味药来看，补多于泻，热多于寒，里多于表。
一、药物运用
《伤寒论》中，所用药物次数最多的有：甘草70次，大枣40次，桂枝40次，生姜36次，芍药30次，附子23次，人参22次，干姜21次，这些药物多以扶正为主。同攻邪药相比：汗法之麻黄用13次，下法之大黄13次；攻血之水蛭、虻虫，攻水之甘遂各用2次；吐法之瓜蒂，峻泻之巴豆以及商陆各用1次。从上两组数字说明，扶正之八味药应用次数远远大于去邪药，且超越八倍之多，可知书中立意扶正用心良苦。
扶正固本在药物煎煮法中的体现：如炙甘草汤，书中要求清酒7升，水8升，先煮八味，取3升，去渣，内胶烊消尽，温服1升日三服。显然，酒与水共15升，煎煮为3升，要挥发掉4/5水分，非短时间内所能煮取，说明需文火浓煎细煮，补药久煎以取其味。再如154条大黄黄连泻心汤，此方是主治邪热入胃壅滞成痞之症，大黄在量上仅有承气一半，且不取煎煮，而用麻沸汤浸渍，三黄清扬轻淡，气味皆薄，取其清下邪热，攻邪而不伤正。
从煎煮法看，补益全力以赴，泻下慎审周详，谨防伤正。扶正固本在服药中的体现：如12条桂枝汤方后语：“……服已须臾，热粥1升余，以助药力。温覆令一时许，遍身微似有汗者益佳，不可令如水流离，病必不除。若一服汗出病瘥，停后服，不必尽剂。进热粥使谷气充，以资汗源，鼓舞卫气，解肌祛邪，覆被助药力，达解表祛邪目的，以遍身汗出为度，防止过汗伤正，掌握分寸。若初服汗出，表解邪出，则停药勿须服完，忌生冷以防有碍药力，影响化源，有损正气。
又如三承气汤：调胃承气汤是“……少少温服之。”取凉药热服以缓其性，少少者不伤胃气也；小承气汤是“……分温二服。初服当更衣，不尔者尽饮之；若更衣者勿服之。”一服不利，则止后服，不利者再服，得通利后停服。大承气汤“……得下，余无服。”通则停药。仲景谨防通下太过，含义深刻。再如瓜蒂散是“……温，顿服之。不吐者，少少加。得快吐，乃止。诸亡血虚家，不可与瓜蒂散。”不吐者，少少加，快吐即止，其意均在于涌吐祛邪而不伤正。
汗吐下三法方后语中，以细致入微的护理方法，谆谆告诫保胃气、存津液之旨意。
二、方剂组合
扶正法：温阳13方，占总方115%；补方15方，占总方13%，其中补阴4方，补阳2方，补血2方，补气6方，气血双补1方。调和阴阳法：和方19方，占总方17%；寒热互用16方，占总方14%；攻补兼施9方，占总方8%。祛邪法：共36方，占总方32%，其中下法15方，汗法4方，清法16方，吐方1方。
补与和为主的方剂，占去二总方70%左右，以祛邪为主方剂，仅不过占总数的30%左右。和前面药物相比，有共同之处。
补方：补气如建中汤；补血如当归四逆汤；补阴如黄连阿胶汤；补阳如四逆汤；还有气血双补的炙甘草汤。炙甘草汤通阳复脉滋阴补血。以炙甘草为主调养脾胃，培补中气；以人参、生地、阿胶、麦冬、麻仁滋阴补血；再以生姜大枣调和脾胃，用桂枝以通心阳更以清酒通利经脉，动悸自止，全方则有“阳布阴施，阴生阳长”的作用。
和方：和是和解，邪未出于表又未入于里，处于表里之间，出于阳争则发热处于阴争则恶寒，故寒热往来为其特殊热型，以和里解表之法。和里是杜其邪气内犯，解表使邪有出路，小柴胡正是具有和里解外扶正祛邪之方。其他如泻心汤、白虎加人参汤等方寒热互用攻补兼施，也是消阴回阳、扶正祛邪，促阴阳自复的方剂。
泻方：以逐水峻剂十枣汤为例，芫花、大戟、甘遂均能利水而性峻，三味合用其力尤猛，主以大枣健脾和中，兼以制水，使邪祛而不伤正。方后语“平旦服”即空腹服，使药力速行，快利后，糜粥自养，借谷气以补养正气。
三、禁语禁例
统计条文禁语23处，禁例26条，这些条文主要为汗吐下而设。如15、23、27、29、38、63、76、142、265等条指出，凡属正气不足，阴阳两虚，中焦虚寒不可汗以及少阳病不可汗吐下，目的是防虚虚之弊和亡阳之变。23、199、208、209、212、213、214、251、259、264等条文中反复提出，下法注意不可下早、不可过量，不可过下。对三承气的使用方法要准确得当，非承气证不可妄攻。48、106、164此三条禁语为表里先后的治疗法则，并在145条中谈到无犯胃气及上二焦。从上面禁语中尽可看出，仲景处处防微杜渐，时时扶正气，固根本。
四、传变转归
《伤寒论》中认为，阳气来复向愈之佳象；23、94、109、116、192、245、361等条。如94条：“太阳病未解，脉阴阳俱停，必先振栗汗出而解。阳气不回，阳气衰弱，为预后不良，283、296、298、352、364等条。正如296条：“少阴病，吐利，躁烦四逆者，死。”即是阴寒独盛，虚阳欲脱危候。
传变与否，是由正气的强弱所决定。如第5条：“伤寒二三日，阳明少阳证不见者，为不传也。”正盛邪不内传；正气不支即内传入里的如269条：“伤寒六七日，无大热，其人躁烦者，此为阳去入阴故也。”则此可见正气的重要。
五、扶正观点
仲景首创八法：汗、吐、下、和、温、清、消、补，用以扶正祛邪或祛邪扶正，这在书中得到了广泛的运用。不论祛邪还是扶正总以扶阳气，保津液，护胃气，调和营卫为宗旨。
以阳明清泻为例：白虎清热之中寓有育阴之药；承气急下是为了存阴。在太阳以益气回阳为重，阳明以保津液为首。仲景护胃气思想禀承了《内经》的经旨，由于脾胃是气血生化之源，所以誉脾胃为后天之本，足证仲景扶正观点是源流深远的。
仲景在长期的医疗实践中，在古代天人相应的观点下，以人的整体观出发，经过深入细致的观察，对疾病的正邪斗争，进行了广泛的研究，创立了系统的理法方药辨证论治规律。其中标本邪正的概念，阐发的详尽透彻，对祛邪，仅仅是手段，而对于固本才是治疗的目的，这种扶正观点对后世“扶正固本”学说的发展有着深远的影响。
