康熙初年，特别重视整顿吏治，在发展生产方面投入了很大的精力。康熙曾多次讲道：“民生大计的关键在于官僚的贪婪还是清廉”。在整顿吏治方面，康熙帝采取了一系列着实有效的措施，并取得了良好的效果。
康熙亲政以后，逐渐发现当时的官场弥漫着一种浮夸、懈怠的风气，康熙说，“大臣们办事都很懈怠，不愿意直接决断，要么是请教巡抚，或者是转移到别的部门，一件案子往往要经过很久时间才能够了结，对于民间疾苦根本没有放在心上，只知道推诿职责，办事效率低下，而且伴随之的还有腐败现象。”康熙二十年（1681），康熙便对臣下直言，“总督和巡抚，这些人中，贪婪的人比较多”，“天下官有才者不少，品德和操守清廉的人确是很少”。
各级官吏巧立名目，向国家和百姓攫取财富，发展成为了普遍的风气。不但如此，官员之间还相互包庇，拉帮结派。朝中的大臣在推荐官员的时候，往往极力推荐自己的亲朋、同乡以及门生。官员之间互为党援，性质十分恶劣。例如，山西巡抚穆尔赛贪污舞弊，劣迹斑斑，但当康熙向大臣等问其居官的情况时，大学士勒德洪竟然敢于包庇穆尔赛，措辞欺骗康熙。
为了解决这些官场弊习，康熙首先着手于充实和严格官吏的考核制度。顺治时期，国家多事，考核常流于形式，起不到监督官员的作用。康熙当政以后，便重点开始整顿吏治。康熙二十三年（1684）以后，官吏的考核制度越来越严格，随后的三十多年里，大批不合格的官吏及时受到处理，累计有一千五百多人因“才力不济”和“浮躁”被降职调用，另有相当一部分的官员则被革职。康熙按制度定期考察官吏，严格奖惩，这些措施对防止官吏腐败，提高政府效率起到了积极作用。
为了使官员队伍变得廉洁、高效，康熙还花大量的时间亲自引见获得委任的官员，当面予以指示。康熙十年（1671），康熙询问左通政使任克傅：“你是哪里的人？”任克傅跪着回答说自己是山东人。康熙接着问：“你以前做过御史吗？”任克傅回答：“臣向承乏科员，条陈三十二事，弹劾一总督、一侍郎，又发科场大弊。”问询结束后，康熙称赞他非常能干。
不但如此，康熙还规定，凡是被任命的地方督抚等四品以上官员离京赴任前都必须向他亲自告别，这在形式上叫陛辞。康熙二十四年二月十三日（1685），康熙在乾清门接见了漕运总督徐旭龄。康熙向徐旭龄传授了为官和治理漕运的方略，“源洁则流清，你作为大官，是下面各级官员的表率，因此，你必须要正直无私，做好模范作用，这样才可以使你的手下的官吏们不贪赃枉法各自为奸。你需要励精图治克勤克俭，安抚军民，这样可以得到民心，可以顺利地完成任务，才不会辜负了我对你的期望。”徐旭龄向康熙皇帝提出了一套方案，康熙看了之后大加赞赏，他说：“这些方案有益于快速执行，你到任之后就可以上奏给我，我自然会同意。你举荐人才的时候，一定要仔细观察，找到廉洁公正的人之后再举荐，一定让军民知道，起到模范作用。至于管理官僚的方法，不要过于苛求，有时候你会遇到难处，应该用平常心来对待，这样的话，你手下的官吏自然会对你心悦诚服。”
康熙能从实际出发，从官员的奏本中发现问题，及时发现问题，起到了很好的作用。康熙力斥浮夸、不切实际的工作作风，他甚至能发现奏章中的错误字句，并加以改正，由此可见康熙皇帝对于工作的认真严谨程度。
康熙还常利用出巡的机会考察官吏，不放过一个机会。康熙二十三年（1684）九月，康熙第一次南巡的目的就是“体察民情，周知吏治”。十一月十一日康熙南巡到达了淮河沿岸的宿迁，他发现漕运总督邵甘自从到任以后，并没有太大的功绩，而且做官的时候并不谨慎敬业。邵甘辩解说自己是满人，所以会遭到汉人的忌讳，因此治理的时候存在一些困难。康熙帝后来通过各种渠道了解到邵甘怠政属于事实，便立即给予他撤职处分。康熙二十八年初（1689），康熙帝第二次南巡回京之后，根据自己在南巡过程中的观察，先后任免了一大批文武大吏，整顿吏治，一时之间，朝野之中上下清明。
康熙利用出巡视察的机会，亲自接见各级官员了解当地的政务情况，并注重与民众接触，察访实情。他曾讲道：“看一个人是否做官贤能，通过舆论可以看出来，如果问老百姓，老百姓大力称赞这个官员，那么他肯定是个贤明的官员；如果问老百姓，老百姓含糊其辞，那么，这个官员肯定不是很有贤才。如此便可以判断一个地区的官员的好坏了。”在亲察过程中，康熙还常把他所发现的案例加以剖析，总结经验教训，并将自己的发现针对性地反馈给下级官员。第二次南巡结束后，康熙说：“今见直隶各省的文武官员，大多数虚糜廪禄，怠玩因循，事务废弛，行武虚冒。船只腐朽败坏，器械全不整理，而且对于船只器械的数目多少茫然不知道。对于自己分内的事情漫不经心。”
为了全面准确地了解吏治民生的情况，康熙帝还下令一批心腹大臣把了解到的情况写成奏折直接向他如实报告。这个办法到雍正朝时更进一步发展为奏折制度，风行天下。康熙帝讲：“我让大臣们奏密折，有一定的原因，这样可以使我明目达聪知道天下的事情。密折中所奏的事情，或公或私，我全部都知道；凡一切奏折，全部由我亲自来审批”。而且他认为密奏可以对官吏产生约束之意，“诸王文武大臣等，知道了有密折，而不知道密折里面所说的是什么事情，他们自然惊惧万分从而反省自己。”。
康熙还多次对臣下讲：“朕惟致治雍熙，在于大小臣工，悉尚廉洁，使民生得遂。内外满汉文武官员，各守职责，必律己洁清，屏绝馈遗，乃能恪共职业，副朕任使”。“人臣服官，着重康耻之节；人臣服官，惟当靖共匪懈，一意奉公”。“为政的精要全在于管理的人员，如果你们愿意洗心涤虑，公而忘私，国而忘家，各衷协恭，实尽职业，那么民生的事物怎么可能治理不好？国家的忧患怎么可能不平息？”他通过诏谕、谕旨、训示、廷议、密折朱批等各种方式对各级官员进行教育，以确保吏治的清明公正。
可以说，康熙朝的前期是吏治清明、国库充实的，不然也不足以应对庞大的军事开支，取得如此多的丰功伟绩。但康熙朝中期以后，玄烨崇尚“宽仁”的治国之道，极力强调“和平”、“安静”，认为“多一事不如少一事”、“凡事不可深究者极多”，不能严禁浮费和规银，这些措施使本已相当严重的钱粮亏空问题积重难返。到了康熙晚年，整个清王朝吏治废弛，贪贿公行，个别地区甚至出现暴动和骚乱，统治秩序奏出了不和谐音符。这些问题，只好留给继任的皇帝来处理了。
