蒋经国形容此时期是“山雨欲来风满楼”，“中华民国的危急存亡之秋”。由于众叛亲离，在国民党大溃败的生死关头，蒋介石所能倚重者只能是自己的儿子。蒋经国虽被任命为台湾省党部主任委员，但并未去就任。他随侍在蒋介石身边，形影不离，从此成为蒋介石最有力的助手。
1949年春节前夕，蒋介石、蒋经国父子返归故乡溪口。在丰镐房，蒋氏父子度过了自1921年安葬王采玉之后38年来的第二次“居家守岁”的春节，当然，也将是最后一次了。蒋氏父子自知滞留家乡来日无多，何日方归遥不可期，因此，抓紧一切时间，祭扫祖坟，遍酬族中父老，流连于家乡的湖光山色，做辞别故园的准备。当然，蒋介石同时也并未真正做到“个人进退出处，绝不萦怀”，而是隐而不退，继续以国民党总裁的身份遥控危局，以溪口取代南京成为新的政治中心，国民党的军政要员，纷纷就道。李宗仁空有头衔，而无实权。
此一时期，蒋经国以蒋介石全权代表的身份，全面介入国民党军政要务，无论是大西南组织反攻，还是东南、华南撤退，蒋经国往返奔波，台前幕后，亲自操纵指挥。1948年12月25日，中共中央公布内战战犯名单，蒋氏父子均赫然在列。4月15日，国共和谈代表在北平举行第二次会议，中共代表团提出《国内和平协定》最后修正案，并指出4月20日为最后签字期限，逾期不签字，将表示谈判破裂，人民解放军将立即过江。是日，正值蒋经国40生辰，蒋介石特书“寓理帅气”四字匾额，蒋介石又题：“立敬立极”、“法天自然”8个字。蒋经国接到父亲的题词，显得非常激动：“凡此所言，希望于我愈深，亦鞭策于我愈力，此后修养治事，定以此为准绳。”
1949年4月21日，中国人民解放军百万雄师分3路强渡长江。23日占领南京，蒋家王朝在大陆的统治正式宣告覆亡。
4月24日，也就是南京失守的第二天，蒋介石决意永别溪口。他嘱咐蒋经国安排妻儿飞台，以绝后顾之虑。25日，蒋氏父子悄然辞去家乡，至象山港登“太康号”军舰，驶往上海。
5月27日，上海失守。7月16日，蒋介石在广州成立国民党非常委员会，自任主席，由幕后转至台前，公开指挥国民党军队残余最后一战。蒋经国亲侍其父左右，频繁往返于大西南和台湾之间，组织抵抗和反攻，力图保住这“最后一块反共堡垒”。无奈大势已去，补天有心，回天无术！随着昆明、重庆等重镇相继为中国人民解放军所攻占，国民党政权在大陆已无苟且之地，只得败居台湾孤岛。12月10日，蒋介石、蒋经国父子由成都飞往台北，永别了中国大陆。
三、蒋介石着力培养
蒋经国到台湾后，先后以“国防部政治部”主任和“总政治部”主任身份插手军界，并负责情治和向大陆派遣游击队。掌握了台湾的特务和情治系统。
国民党政权败退台湾之初，形势至为险峻。政治上，众叛亲离，人心涣散；经济上，百业凋敝，入不敷出；军事上，残兵败将，防备废弛。尤其严重的是，长期以来一直是蒋家王朝后援的盟友美国“落井下石”，公开发表抛弃台湾的宣言：“美国此时不想在台湾获取特别权利或建立军事基地。它也不利用武力以干涉台湾现在的局势。美国并不采取足以涉及中国内战的途径。同样地，美国政府也不供给军援与军事顾问于台湾的中国军队。”坐待“尘埃落定”，而中国人民解放军重兵集结于台湾海峡对面，万事齐备，只欠“台风”。借用江南的评点：“就全盘形势而言，台湾只是个等待爆炸的火药库。”
然而，天有不测风云。1950年6月朝鲜战争突然爆发，美国派出第七舰队开赴台湾海峡，蒋家王朝在台湾的命运也就出现了历史性的转机。江南云：“朝鲜战争的爆发，把已经患了癌症的国民党政权，从病榻上起死回生。中美关系，最后因兵戎相见，冻冷三十一年，所谓‘台湾问题’，了无尽期。其最大的受益人，自是国民党政权，因势利便得以在夹缝中生存下来。”
当然，台湾国民党政权的“生存危机警报”并未解除。朝鲜战争的历史契机，美国对台湾政策的转变，只不过暂时性地阻滞了中国共产党解决台湾问题的进程，使得国民党政权有了偏安孤岛的可能，但是国民党政权退居台湾时所面临的一系列从历史到现实的问题，并没有得到解决。国民党政权能否在台湾立住脚，并重建蒋家王朝，这是蒋介石、蒋经国父子从经营台湾之日起就开始反复思考的问题。
为了稳定人心，蒋介石不惜弃自己亲订的“中华民国宪法”于不顾，于1950年3月1日在台北自行宣告复“总统”职，“名正言顺”地走到台前，大权统揽，再建独裁统治。痛定思痛，蒋介石也曾从政治、经济、军事各个方面总结过国民党政权大陆惨败的血的教训，认为要“守得住”台湾，并进而“反攻复国”的，首先必须在经济上建设台湾，而要发展经济，又必须改革政治，改造已腐败不堪的国民党。正是在台湾国民党的改革运动中，蒋介石重建蒋家王朝于台湾的最重要的战略部署——“父业子承、培植蒋经国接班”计划，开始逐步实施。
大陆时期，虽然蒋介石也曾安排蒋经国多方磨砺，全面介入党、政、军、青、团要务，以树立形象，网罗班底，并且也积累了一些政绩，毕竟由于资历太浅，根基不深，加上国民党内派系错综复杂，蒋介石把蒋经国摆在决策圈内之措，阻力重重。偏安孤岛之后，因蒋介石年事已高，传子之策已呈刻不容缓之势。蒋家王朝大陆覆亡的激烈动荡，对蒋经国的异军突起，反倒是因祸得福，“党中有党，党外有派”的国民党经过大动乱的淘汰、清洗，能够与蒋介石相抗衡的各种力量均已溃不成军，蒋介石说话再也无人敢违。此种情形下再推荐蒋经国出台，可谓天时、地利、人和，各种有利条件俱备。
国民党政权败亡台湾后，关于政权核心的人事安排问题，蒋介石曾煞费苦心。行政院长一职，由心腹陈诚出掌，当在“情理”之中。而吴国桢就任台湾省政府主席兼保安司令职，孙立人就任陆军总司令职，明显得益于他们与美国朝野关系密切的特殊背景。这3人无论计资历、计声望、计才干就此三职也可说适人适事。但是，“新人”蒋经国的位置怎么摆？则颇费斟酌。
蒋经国在台湾国民党政坛正式亮相的第一个职位，是“国防部政治部”主任，后改“总政治部”主任，编阶为二级上将。此乃蒋介石让蒋经国全面涉足军界、抓枪杆子的精心安排。江南讲：“政治部主任，交给经国，当时环境下，众望所归。青年军时代，经国已初试锋芒，仅限于浅尝辄止，配合政工改造，环顾国民党的高级军政干部中，只有这位共产党出身的小蒋，能够胜任。这年，经国四十初度，年龄、体力、经验，均属黄金时代。一般相信，只有他能对国军的再生赋予活力和希望。”
由于蒋经国在国民党军队中资历甚浅，素无军功，高官陡升，自然有人不满、不服。原“空军”总司令周至柔与蒋经国“总政治部”主任任命令发布的同时，晋升为一级上将参谋总长。据传周至柔曾对前来“贺喜”的人发牢骚：“现在连老百姓都可以当上将，我在沙场拼了几十年命才升了这么一个一级上将，想想也没有什么可喜。”这话后来传到蒋经国耳中，他始终在“总政治部主任”的任期，从未穿着上将军服在公共场合露面。
蒋经国深知自己涉足军界，根基不深，因而采取了稳打稳扎、步步为营的策略。为了培养自己的子弟兵，蒋经国上任后不久即开始筹划建立政工干校。1952，蒋经国的“黄埔”——政工干校在台北北投的复兴岗正式开学。任命嫡系胡伟克、王永树、王升先后出任校长，为他培养门生，准备干部。蒋经国对于政工干校，一直抓得很紧，从不容他人染指。以总政治部副主任的身份出任第一任政工干校校长的胡伟克，一度曾“忘记”了自己蒋经国副手的身份和地位，将政工干校搞成了“胡记”的“势力范围”。结果，蒋经国不得不经常到政工干校去上班，主持升旗仪式，进行训话，并进而设“总政治部主任办公室”于政工干校校内。最后，胡伟克只得交出校长位置，退隐赋闲去了。
蒋经国就任军职之时，正值台湾国民党政权内外交困、朝不保夕的危难关头。从大陆败退下来的国民党残兵败将，人心涣散，武备废弛。为了“挽狂澜于既倒”，蒋经国秉承蒋介石的旨意，对国民党军队进行全面整肃，淘撤冗枝，强化精干，在全军重建政工系统蒋经国还模仿中国共产党在人民军队中的政治教育和思想工作方法。用“三民主义”来训练国民党官兵，要求他们明确“为谁而战？为何而战？”他喜欢以“士兵利益的维护者”面目出现，经常出现在“海防”第一线和各基层单位，和士兵们同吃同住，一起“谈心”。当一江山岛被中国人民解放军攻占，以及国民党被迫主动放弃大陈岛时，身为“总政治部”主任的蒋经国都坚持到最后撤离，赢得了国民党官兵的折服。几年工夫，蒋经国就在国民党军队中奠定了自己的不拔之基。
除了“总政治部”主任的任职外，蒋介石复职“总统”后赋予蒋经国另外两项重要的使命：负责监督筹划情报业务和对大陆游击活动的指挥派遣。
1949年7月，蒋介石在高雄成立以唐纵为召集人包括蒋经国在内的“政治行动委员会”，基本任务就是“统一所有情报工作，并使之充实、强化”。1950年蒋介石将“政治行政委员会”改组为“总统府机要室资料组”，由蒋经国出台总负责，举凡一切党政特务机构，统归其管辖调动。为了统揽全权，排解异己，蒋经国采取打拉结合的战术，建立起“惟我独尊”的特务王国。
在蒋经国之前，台湾最权势炙人的特务头子是彭孟辑。彭孟缉以台湾“二二八事件”之后长期主掌警备司令部、保安司令部，直接指挥台湾最大的情报单位保安处。蒋介石1950年复职“总统”当日亲笔所书的3个手令，其中一道就是给彭孟缉的。这3个手令的主要内容是：派蒋经国负责主持军中政工重建，迅即恢复“国防部总政治部”；派俞鸿钧负责设计台湾财政、经济秩序，成立“财经联席会议”，由俞鸿钧为召集人；派彭孟缉为“台湾情报工作委员会”主任，负责协调指挥各情报单位在台之工作。但彭孟缉很乖巧，居安思危，知道“势威震主”非万全之道，所以很早就将大权拱手让于蒋经国，向太子输诚，将保安处变成了蒋经国“总统府机要室资料组”的执行机构。
50年代初，为防止中国共产党在台湾的渗透而实行的“杀戒大开”笼罩全台的白色恐怖，就是由蒋经国在幕后、彭孟缉在台前一手策划和导演的，彭孟缉替蒋经国背足了骂名。1954年，彭孟缉“急流勇退”，向蒋介石力辞“台湾情报工作委员会”主任要职，竭力荐举由蒋经国出掌台湾特务全权。这样，蒋经国领导的“总统府机要室资料组”就按管了“台湾情报工作委员会”。
在此之前，蒋经国已经通过总政治第四处主管保防，实际上等于夺取了一向对自己介入情报系统不买账的毛人凤“保密局”的业务。对其他戴笠旧部，则对愿归顺效命者，收容己用，对拒不从命者，则排斥打击。最典型的例证，是“输诚”的彭孟缉官运亨通，最后竟爬至一级上将参谋总长的显赫之位，而“不服气”的毛人凤则被架空，几近赋闲，时值壮年，竟抑郁病亡。
几年时间，蒋经国就全面掌握了台湾党、政、军各个领域内控外防的特务组织的大权，呼风唤雨，生杀予夺，一统天下。“保密防谍”的口号，在蒋经国统掌情报系统的时代，竟“普及”到全岛的每一个角落，妇孺皆知，人人不寒而栗。所以，有人评论说：“由此时开始，蒋经国真正掌握到威势显赫的权力之柄。”后来，蒋经国也意识到“特务头子”的名声，毕竟有损日后“父业子继”的形象，干是报请蒋介石成立“国家安全局”统辖之，由郑介民出任局长在台前，自己则退居幕后操纵，以避嫌疑。
在蒋介石的精心安排下，蒋经国在国民党党内的地位也稳步上升，开始全面介入到决策层。1950年七八月间，蒋介石酝酿已久的“中国国民党改造方案”正式公布，开始实施。这场“改造运动”的领导机构“中央改造委员会”，摒弃了国民党的元老级大员，大多以“新生代”充任，16名成员中，最引人注目的新人，则属年方四十，党龄仅12年的蒋经国。与此同时，原来人数庞杂的“中央执行委员会”和“中央监察委员会”撤消，改以25人的中央评议会代替。
为了在台湾建设“蒋家天下蒋家党”，蒋经国步入国民党决策圈后的第一个举动，就是向多年把持常务的CC系开刀。由于有蒋介石的直接撑腰，班底已散的陈果夫、陈立夫二兄弟自然得败下阵来。陈果夫有病卧床，膺选中央评议委员，姿态多于实质，真正的CC系巨头陈立夫则被蒋介石以5万美金，打发到美国新泽西州休闲养鸡。行前，陈立夫向宋美龄辞别，宋美龄赠以《圣经》一本，说：“你在政治上负过这么大的责任，现在一下子冷落下来，会感到很难适应，这里有本《圣经》，你带到美国去念念，你会在心灵上得到不少慰藉。”陈立夫的反应，则颇出宋美龄的意外，他指着墙上挂的蒋介石肖像，言语低沉地表示：“夫人，那活的上帝都不信任我，我还希望得到耶稣信任吗？”
赶走了CC系的势力，蒋经国在国民党党内当权的阻力也就随之破除。1952年，国民党“七全”大会召开，蒋经国被推选为国民党中央委员。随后的七届一中全会，蒋经国又被蒋介石指定为国民党中常会委员。至此，蒋经国在国民党的权力中枢享有举足轻重的发言权。
蒋经国一向是以“青年领袖”自诩，大陆时代曾长期经营三青团。国民党败退台湾后，蒋经国为了配合乃父蒋介石的“反共抗俄总动员”运动，再次把手伸向青年。1952年10月“中国青年反共救国团”成立，蒋介石兼任团长，蒋经国亲任主任。为什么要成立这个组织？蒋经国在第一次台北救国团的宣誓典礼上的讲话表达得非常清楚：
三十八年（1949年）大陆的失败，大家只看到军队给人家打垮了，虽然这也是事实，但是要注意，除了军队，我们的青年也被中共解除了精神武装，青年组织也被瓦解。我们感到军队的整顿非常重要，这三年以来，我们集中全力在整顿军队上，但是我们领悟到三十八年（1949年）失败的教训，更知道要打倒中共，复兴国家，还需要组织青年，团结青年，给他们一种新的教育，灌输他们新的精神。
国民党大陆时代，中国共产党领导下的青年运动尤其是学生运动风起云涌，乃至最后形成推翻蒋家王朝的“第二条战线”。对此，蒋经国有“切肤之痛”。因之，他决意通过“救国团”这一组织在台湾青年中牢固树立起“三民主义信仰”。蒋经国为“救国团”规定了“信仰三民主义”、“拥护领袖”、“服从命令”、“严守纪律”、“自立自强”、“实践力行”、“自助合作”、“服务牺牲”8款信条。同时，在蒋介石的支持下，蒋经国将所有学校的军训由“救国团”统揽下来。所以江南评判“救国团”的性质：“这是第二个三民主义青年团，是国民党的预备队。”
