他首先想到的是自己的弟弟曾国荃，但此人打仗绰绰有余，可在处理人事问题上却不怎么样，到上海，并不是去打仗，而是和当地人打交道。况且，若派他去，必要带走一部分湘军，而眼下的形势，这样做并不合适。权衡良久，他想到了李鸿章，他也该想到李鸿章了。
于是，他上奏朝廷，请求派李鸿章招募一批淮军前往上海。在奏折中夸奖李鸿章才大心细，并说，李完全有能力担任江苏巡抚一职。
他的这段话已经告诉朝廷，江宁必将被攻破，而江苏巡抚的职位也必李鸿章莫属。朝廷批准了曾国藩的上奏，李鸿章辞别老师，回到家乡安徽淮南地区去征募新兵，一年后，他带领新招募的淮军到达上海。
这是一只很奇怪的军队，一方面他们操着合肥土话，穿着脚穿草鞋，身着大脚裤，头裹破布，浑身散发出恶臭的“叫花子”般的异味，另一方面却在虹桥之战以三千对太平军十万的绝对劣势取得了大胜。自这场战役后，东南战场被彻底扭转，以前的大清军队在此地战必败的记录被洗刷，官兵和朝廷都看到了与太平军作战必胜的希望。
过不久，李鸿章又与洋人联合，再创太平军，收复了苏州。与此同时，他被任命为江苏巡抚。这样，李鸿章便成为江苏省的最高行政长官，他可以充分地利用江苏的财力和物力，来精心打造自己的淮军了。
李鸿章在江苏站稳脚跟的同时，另一位帝国将才左宗棠也在浙江安下身来，作为最高统帅的两江总督曾国藩便有了两支新的军队配合他的主力部队，他率领着自己的湘军沿长江向东推进，太平军的末日到了。
1864年，曾国藩与兄弟曾国荃向江宁发起进攻，李鸿章则按兵不动，曾国荃顺利攻下江宁，曾氏兄弟因此获得剿灭太平军“首功”。江宁城攻下不久，李鸿章前去拜会，曾国藩亲自出城到下关迎接。李鸿章滚鞍下马，要行参见大礼，曾国藩急忙跑上前去，用手挽起说：“我们兄弟的薄面，都是靠你保全的，真正应该感谢的是我们。”
至此，浩浩荡荡延续了14年的太平天国宣告覆灭。李鸿章和曾国藩一起受到了朝廷的嘉奖，曾国藩被封为一等毅勇侯，加太子太傅，赏双眼花翎。李鸿章被封为一等肃毅伯，赏戴双眼花翎，其地位已与曾国藩不相上下。这一年他42岁，他离开安庆才两年时间而已。
太平天国失败后，在各自军对的去留问题上，师徒两人采取了不同的做法。曾国藩在攻下天京后，就将湘军大部分遣散。当朝廷以北方还有捻军作乱，必须要他去镇压的借口时，曾国藩毅然不顾，坚决裁军。后人认为，这是身受传统文化熏陶的曾国藩担心自己功高震主才这样做的。而他徒弟李鸿章非但不裁淮军，反而用西方武器来装备这支军队。在这位当时的江苏巡抚看来，太平军虽已被消灭，但天下大局仍未稳，保留军队是为了保卫大清江山。
他保卫的大清也并没有亏待他，太平军被歼后接下来的五年内，朝廷对李鸿章的官职一升再升，先是两江总督，再是钦差大臣，接下来是湖广总督，后又加太子太保，升协办大学士，到1870年，已经是直隶总督兼北洋大臣了，集外交、军事、经济大权于一身，终成洋务派领袖。
4、曾、李瓜代
曾国藩的晚年过得并不好，他有两块心病，一是剿捻无功，一是处理天津教案违心失当丢了直隶总督，而两件大事代之者均是他的弟子李鸿章。
1865年4月24日，在山东负责剿捻的统帅僧格林沁被捻军击毙。清廷大震，立即命时任两江总督的曾国藩为钦差大臣，北上督师剿捻。同时命李鸿章署理两江总督，负责调兵、筹饷等后勤事宜。
但曾国藩并没有还能为朝廷立功的喜悦，因为此时的湘军大部已裁撤。他弟子帮了他的忙，把大部分淮军交由他统治。曾国藩一到前线，即采用李鸿章拟定的方针，决定“以有定之兵，制无定之寇”，在安徽临淮、河南周口、江苏徐州、山东济宁四镇屯扎重兵，一省有急，三省往援。不久，他又在运河、黄海、沙河和贾鲁河一带分兵设防，实行“画河圈地”之策。
但这一切努力都是徒劳，曾国藩剿捻之所以不成功，有两个原因，第一：淮军并不像他自己的湘军那么听他指挥，往往擅自行动。第二，当时捻军正值势旺，作战快速多变，枯守堵御一时难以奏效。从各种剿捻史料来看，曾国藩所用的战术还是对付太平军那一套。这位伟大的战略天才不明白，太平军的愚蠢与捻军的聪明是泾渭分明的。
一年多过去后，捻军依旧活动在山东。这就证明了一件事：曾国藩督师无功。1866年11月，朝廷改命李鸿章为钦差大臣，接办剿捻事务，令曾国藩仍回两江总督本任。
李鸿图章到达山东后，先扩充淮军，接着调整战略方针。虽然他仍坚持老师的“以静制动”战略方针，但鉴于老师分防太广，难以奏效的教训，改为“扼地兜剿”的战法，即力图将捻军“蹙之于山深水复之处，弃地以诱其入，然后各省之军合力，三四面围困之”。
1868年六月，最后一支捻军被消灭，李鸿章获得了胜利。被清廷赏加太子太保衔，授湖广总督协办大学士。
1870年5月，法国天主教育婴堂的婴儿由于传染病死了30多个，民间迫不及待地有了谣言，说是教会的人雇人用迷药拐骗儿童，然后把孩子弄死，挖出心肝做药。
一天，对异教怀着莫大愤怒的群众抓了一个拐骗儿童的人贩子叫武兰珍。武兰珍在被打得鼻青脸肿后交代说，卖给自己迷药的是一个名叫王三的教徒。群众们马上就跑到教堂去要人，结果教堂里说，没有王三这个人。群众们就围了起来，意思很明显：你们今天必须要有这个人！
闻讯赶来的法国驻天津领事丰大业气势汹汹地要求当时的三口通商大臣——崇厚镇压，崇厚不答应。丰大业气急败坏，拿枪就打崇厚，但没有打中。过不久，天津知县刘杰前来劝和，丰大业又向刘杰开枪，还打伤了刘杰的助手。群众见丰大业如此蛮横，一股脑地冲上去打死了丰大业和他的秘书。然后，冲进教堂，打死了20名洋人和传教士，并放火烧毁了法国教堂望海楼和育婴堂、法国仁慈堂、美国布道堂、英国讲经堂等多处。这就是天津教案。
事后，法国联合美、英、俄、德等多国向清政府提出抗议，各国军舰聚集于天津和烟台，进行武力恐吓。清廷马上就想到了当时任直隶总督兼北洋大臣的曾国藩，派他前去处理此事。曾国藩和从前一样，临行前，给儿子写好了遗书，并买好一口楠木棺材，准备以死赴任。
到达天津后，经过简单审理和外国人的压力，曾国藩就把处理天津教案的结果拿了出来：判死刑20人，流放25人，天津知府、知县革职并流放黑龙江“效力赎罪”；支付抚恤费和赔偿财产损失银49万两；派崇厚作为中国特使到法国赔礼道歉。
这哪里是断案，简直就是“卖国求荣”。一时间，舆论果然哗然，纷纷指责曾国藩。曾国藩当时真是有求死的心，只好向朝廷求救，希望能另请高明再审天津教案。
朝廷马上就想到了李鸿章，命他火速从南方带兵到京畿一带备战，并任命他为直隶总督以接替曾国藩。
据说，李鸿章到达天津后去见老师，曾国藩满脸愁容，说：“我遇困境，咸赖汝继，汝才胜我。我聊以自解者，汝究为我所荐也。”
李鸿章急忙说，不敢，不敢。
曾国藩又问，你怎样跟洋人打交道？李鸿章答道：“门生也没有打什么主意，我想，与洋人交涉，不管什么，我只同他打痞子腔。”
曾国藩听了，以五指捋须，良久不语，徐徐启口说：“呵，痞子腔，痞子腔，我不懂得如何打法，你试打与我听听。”
李鸿章一听老师对答话不满，连忙改口说：“门生信口胡说，错了，还求老师指教。”
曾国藩又是一阵捋须不已，并久久注视李鸿章，说道：“依我看来，还是用一个‘诚’字，诚能动物，我想洋人也通此人情。虚强造作，不如老老实实，推诚相见，想来这比痞子腔总靠得住一点。”所谓痞子腔，是皖中一带的土语，说明白了就是流氓腔。籍隶合肥的李鸿章大概是想用他家乡的青皮流氓的混办法来对付洋人。
曾国藩的头脑虽然清楚，但他忘了，靠“诚”是根本打不动洋人的。他自己的失败就是例子。李鸿章虽然口口声声答应，但他并没有这样做。在经过几天筹备后，他从新对天津教案做了判决。他在给朝廷的奏折中明确提出，第一，说教堂拐卖儿童、挖心肝、挖眼并没有确凿的证据。第二，崇厚平时对外国人献媚的行为早就深深引起了百姓的不满，所以此事是个导火索。第三，丰大业开枪射的朝廷命官，也是罪不可赦。第四，群众仅打死20个洋人。可见中外双方各有不是。所以处理时应本着和平解决的原则，一是必须捉拿凶手，一个是应当赔钱。但是，赔钱一定要有限度，更不能以割地为要挟。
最后，李鸿章说，如果我方在于情于理都站得住脚的原则下妥善处理之后，洋人还敢无理取闹，我们就和他们决一死战。
朝廷为之一震，因为好久没有听到这样振奋人心的话了。朝廷支持李鸿章和外国人谈判。最后，李鸿章凭借着“痞子腔”，跟洋人巧妙周旋，把死刑犯人数减少了4名。
无论如何，与他老师相比，他处理的就算成功了。天津教案之后，李鸿章开始担任直隶总督兼北洋通商事务大臣，他在这个位子上整整坐了25年。在这25年的时间里，李鸿章开始了他的多方面的活动。其中包括政治活动、洋务运动，军事活动和主理清朝的外交事务。
1872年3月12日，曾国藩去世。临死前，他对“天津教案”一事的处理悔恨交加，自责不已。曾国藩一辈子都讲究处事原则，讲究品德和修行的重要性，未料到自己晚节不保，心中的苦楚可想而知。李鸿章闻讯悲痛不已，热泪盈眶，他提笔写下挽联：
师事近三十年，薪尽火传，筑室忝为门生长；
威名震九万里，内安外攘，旷世难逢天下才。
两个人的关系，一方面反应了中国官场存在几千年的提携规则，另一方面，两个人处在中国风雨飘摇的时代，其所作所为更让世人瞩目，特别是曾李瓜代的两件事。有人说，没有曾国藩就没有李鸿章，没有曾国藩、李鸿章就没有清王朝，此言并不为过。
