蒋介石重点进攻战略失败后，他在长江以北的军队大都固守于各大城市，成为一个个孤立的点，再也谈不上发动、组织什么进攻了。此时的蒋介石，心中充满了仇恨与凄凉，但他决不甘心失败，在军事助手们的协助下又制定了分区防御计划，即将战区分为22个绥靖区，每区保持3~5个旅的主力部队，与当地的地方部队、保安部队一起，集中固守区内的主要城市和交通线。但这与中共方面一次性消灭国民党军几个旅恰好相对应，在解放军的凌厉攻势下，战略要点纷纷丢失。石家庄、开封、四平、桂林、洛阳等城市的防守，尽管蒋介石分外重视，甚至还亲临现场上空指挥，但均无回天之术，一个接一个丢失。到1948年8月，蒋介石不得不放弃分区防御计划。
一、何为“分区防御”
“分区防御”，是国民党军全面防御失败后，被迫采取的“联省剿匪”的防御办法。
1948年1月17日，蒋介石给国防部下达手令：“（1）肃清江南散匪；（2）确实注重联防；（3）加强自卫队；（4）采用军事体制；（5）划江南为警备区，江北为绥靖区；（6）沿江及沿太湖构筑防御工事；（7）不必拘泥平常法令；（8）严密管制沿江防务，绥靖重于清剿。”根据这一精神，国民党统帅部在几个重要区域分别设立了“剿匪”总司令部，分别指挥各区军事。
在华北，撤销保定、张家口两个绥靖公署，成立华北“剿匪”总司令部，以傅作义为总司令，指挥华北5省军事。在东北，任命卫立煌为东北行辕副主任兼“剿匪”总司令，以逐步取代屡吃败仗的陈诚，统一指挥东北军事。在华中，合并国防部九江指挥所和武汉行辕，设华中“剿匪”总司令部，由国防部长白崇禧兼任总司令，主持鄂豫皖赣湘5省军事。后蒋介石为牵制白崇禧，又在徐州另设一个“剿匪”总司令部，以刘峙为总司令，负责豫皖苏鲁的军事，并在长江以北黄河以南划建了20个绥靖区，实行分区防御，由绥区司令官掌握辖区内的军政大权，加强所谓“轮训民众，扩大地方武装”的工作，并直接掌握3至5个旅的兵力，作为本绥区的骨干力量。同时又编组成若干整编军或兵团，直接由各战区最高指挥官掌握，往来应援。此外，又恢复每旅3个团的编制，抽调若干个旅部作为“后调旅”进行整补，另组成若干个编练司令部，在后方组训新兵，扩建二线兵团，并加强后方的守备。
二、“分区防御”均遭挫败
国民党实行上述方针的目的，是为了最大限度地调动各战区各绥区的军政经济力量，加强军事“围剿”和政治欺骗，以实现其战略目标。
但是，在人民解放军的强大攻势面前，国民党统帅部精心设计的“分区防御”的结果是丧师失地，其战略上的被动态势日趋严重。
在东北，民主联军发动了“冬季攻势”，经3个月作战，国民党军先后丢失了彰武、公主屯、新立屯、辽阳、鞍山、营口、法库、开原、四平、吉林等地，损失了新5军、新3军、第49、第52等军8个师共155万人，被压缩在沈阳、长春、锦州等几个孤立地区。
在华北，华北野战军先后进行了察南、绥东、临汾、晋察冀、晋中等战役。国民党军来往奔波，四处救援，丢失县城40余座，损兵折将15万余。太原等城陷于华野的包围之中。
在陕北，西北野战军从2月至5月进行了宜川、西府、陇东等战役，胡宗南部第29军等部5万余人被歼灭，宜川、洛川、延安等要地亦被西野收复。蒋介石闻讯“甚为震怒”，当即给予胡宗南以“撤职留任”的处分，并哀叹：“宜川丧师，不仅为国军剿匪最大之挫折，而且为无意义之牺牲，良将阵亡，全军覆没，悼恸悲哀，情何以堪。”
在华东，中共山东兵团和苏北兵团对胶济路、津浦路和陇海路东段地区发起一连串猛烈攻势，使山东和苏北的国民党军防不胜防，丢失城镇数十座，损失兵力17万余人，国民党军在山东、苏北的“清剿”计划完全破产。5月2日《大公报》评论说，鲁省军事已达“剿匪以来最严重关头”。
在中原，中原野战军和华东野战军也频频发动攻势，相继进行了洛阳、宛西、宛东、豫东、襄樊等战役。国民党正规军和地方团队被歼27万人，连国民党自称“固若金汤”的洛阳、开封、襄阳等坚固设防的城市也被解放军攻占。至此，蒋介石的中原防御体系被打得支离破碎。亲自参加中原诸役的黄百韬不得不承认，国民党军在中原的局势“遂进入最严重的阶段”。
经过半年来的攻守作战，国民党军的“分区防御”均告失败，不但“联防”不成，而且各绥区各战区原有的联系和防御体系也被打得七零八落，被迫又由分区防御退而为重点防御，而重点防御的点线也被迫逐渐收缩，最后只能重点防守一些孤立的据点。如东北的长春、沈阳、锦州；山西的太原、大同、榆次；山东的济南、青岛、烟台、临沂；华北的张家口、归绥、包头、承德和北平、天津、唐山等。面对“处处受制，着着失败”的战局，蒋介石忧心如焚，夜不能寐，只能以“凡事不能必其成功，亦不能过虑其失败”来聊以自慰。
三、蒋介石承认：失败情绪笼罩着整个国军
到了1948年秋，中国的政治、军事、经济形势更不利于国民党军。
蒋介石发动全国内战时，自恃军队人多、枪多，人力、财力、物力都占优势，以为很快就能消灭中国共产党及其军队并彻底摧毁解放区。但战争的结果，同蒋介石的预料和期望恰恰相反。国民党军是处处受挫，着着失败。
战争第二年国民党军队损失情况分类统计如下：
营以上建制部队
正规军被歼灭的有：3个兵团部（绥区部），20个军部，49个整师，11个师部，77个整团，170个整营。起义的有：1个整师，2个整团。
非正规军被歼灭的有：17个整师，1个师部，128个整团，169个整营。起义的有1个整团。
正规军非正规军兵力
正规军被俘虏559850人，被毙伤364270人，起义11930人，合计936050人。
非正规军被俘虏393150人，被毙伤175930人，起义16270人，合计585350人。
高级军官
正规军中被俘虏的有130人，被击毙的有16人，合计146人。
非正规军中被俘虏的有59人，被击毙的有11人，合计70人。
国民党军在两年的时间里，总共损失兵力26414万人。其中，被俘163万人，毙伤9662万人。被俘的为其损失兵力总数的617％，毙伤的为其损失兵力总数的365％，起义的为其损失兵力总数的18％。这还不包括其溃散、逃跑的兵力。到1948年6月底，其总兵力只有365万人左右。其中正规军105个整编师（军）、285个旅（师）198万人；非正规军53万人；特种兵及海、空军共45万人；后方机关及学校69万人。而能部署在第一线的正规军仅有249个旅（师）共174万人。其中，东北战场卫立煌集团34万人，连同非正规军共449万人；华北战场傅作义集团284万人，连同非正规军共397万人；西北战场胡宗南集团268万人，连同非正规军共314万人；华中战场白崇禧集团276万人，连同非正规军357万人；徐州战场刘峙集团504万人，连同非正规军共705万人；山西阎锡山集团7万人。
东北、西北、华北、华中、华东5大战场上的国民党正规军大部分只能担任战略要点和交通点线的守备及在其附近地区作战，能够进行战略性机动的兵力所剩无几。这些部队中，大多数又是被歼灭后重建或重创后补充起来的，兵员素质低下，官兵士气低落，战斗力不强。置留长江中下游和大巴山山脉一线以南，兰州和贺兰山山脉一线以西广大地区的正规军仅有36个旅（师）238万人。
最使蒋介石痛心的是国民党军队的指挥机关、建制部队，尤其是216名高级军官被俘虏、被击毙，这对于国民党军是严重的打击，是无法挽回的损失。蒋介石说：“自从前年底国军开始勘匪作战以来，我们遭受的损失，真是十分的重大！在去年一年中，我们有许多部队被匪军消灭，有许多高级将领遭匪军俘虏，真是我们革命军有史以来所未有的耻辱！我们简直可以说去年这一年，乃是我们国民革命运动遭受到最严重障碍的一年。”
军事上的接连失败，使国民党军队中的失败情绪、厌战心理，油然而生，并且不断发展蔓延。许多国民党高级军官和党政要员，对战争的前途感到悲观、失望。连蒋介石也不得不承认：许多高级将领“对于剿匪军事的前途，表示悲观，以为没有胜利的希望”。“一般中央同志对于时局怀着种种忧虑，甚至感到惶惑不安”，“许多同志，都丧失了革命的信心，忘却了自己革命的立场和责任，心里面笼罩着一片悲观的心理”。他说：各级指挥官对战争前途忧心忡忡，直接影响所属部队“官兵在心理上受到刺激与侮辱，以致精神上转为沉闷、消极、无法振作起来”。
为解决军队中特别是军官们的信念、信心等问题，蒋介石曾多次举办军官训练团，分期分批轮训团以上军官，不断训示各级官长要“效法先烈，前仆后继”，“忠勇牺牲”，还下令在军队中实施“连坐法”，严厉执行战场纪律等措施。然而，国民党军队官兵士气衰落的状态不但没有解决，反而日趋严重。连美国驻华大使司徒雷登在给美国政府的报告中也称：“国民党指挥长官都是避而不战，在战斗胁迫时放弃阵地。南京的中国最高司令部承认开封已为共产党所得，守军未做抵抗，而且进攻的军队中甚至还有若干国民党部队参加。在最近山东南部的军事活动中也呈现相似的情况，我们不得不做结论，以为除了个别的例子外，政府军队是不可再倚赖它来作战了。”
四、南京“军事检讨会议”
蒋介石面对这种风雨飘摇的形势，心灰意冷，不得不进行自我反省。
于是，根据蒋介石的决定，顾祝同于1948年6月16日电告各“剿匪”总司令部、绥靖公署、兵团、绥靖区及各整编师：“为加强戡乱起见”，国防部将召开军事检讨会议。会议内容主要是：“（一）剿匪军事之总检讨；（二）对匪军战法之研究及我军战法之检讨；（三）我军机械化装备及后勤之检讨；（四）华中作战之检讨；（五）总体战之检讨；（六）兵员征补之检讨；（七）提高士气之方法。”电报要求各部进行充分研究，并于6月24日前准备提案完毕。此后，国防部有关厅局分为军政、军令两组，就政略方针、战略方针、指挥机构调整、解放军战法及对策、情报、补给、兵役、编制、装备、训练、政治工作如何与作战配合等问题，先做讨论，后形成提案。
对这次会议，国民党军总部做了充分准备。7月16日后，国防部长何应钦主持召开了两次预备会议。何应钦强调：本次会议“对当前剿匪应有全般性之重要决策，对于政府各部门需要如何协力应主动提出切合实际之办法。过去剿匪失败，由于没有实行总动员，仅系纯军事的剿匪，虽有完备之总动员法令，但无执行机关，以致政治经济各方面均未动员。今后如何运用全国人力、物力，以及政治经济用以配合军事行动，应提出完善方案”；“针对匪军战略战术装备训练，检讨我军战略战术应如何改善”。预备会议综合各单位提案，确定了政略、战略、战法、指挥、情报、编训与装备、后勤、兵员征补、政工、提高士气等23个决定草案，提交军事检讨会议审议。此外，涉及步兵、骑兵、炮兵、工兵、通讯兵等具体提案共248件，均经预备会议审查通过，责令各主管部门通令实施。
8月3日至7日，军事检讨会议在南京国防部礼堂举行。参加会议的有蒋介石、何应钦、顾祝同、白崇禧、林蔚、刘斐、肖毅肃、关麟征、周至柔、王叔铭、桂永清、郭忏、汤恩伯、范汉杰、杜聿明、宋希濂、黄维、李默庵、霍揆彰、孙立人、黄百韬和刘峙的代表李树正、胡宗南的代表沈策及军长等，加上国防部厅、署、司、局长，总计参加会议的有120余人。
南京军事检讨会议是国民党军统帅部召开的一次重要会议，也是蒋介石在大陆最后召开的一次军事会议。外电评论：“与会将领系蒋介石召来决定对共产党作战的全面战略——这是一个因黄河以南有40万共军活动而愈来愈加紧迫的问题。”（美联社南京1948年8月2日电）军事检讨会议虽然是在极其秘密的情况下召开的，但会议的主要内容仍被一些外国通讯社记者获悉，并加以披露和评论，中共方面也通过各种途径获得会议的基本情况。这次会议审议通过了政略方针、战略方针、战法研究等若干个决定。
（一）关于政略方针
军事检讨会议认为：共产党有理论、有组织、有根据地，尤其能以党的力量控制政治和军事，可称是党政军一元化；而国军“剿匪”，单凭军事的力量，备感不够，必须军事、政治、经济、文化紧密配合，全面动员，发挥总体战的力量。会议确定了“动员全民积极实施总体战，发挥政治经济军事及一切力量之总和，全力进剿共使党政军民经济一元化，以期步调一致，早日消灭共匪”的政治战略总方针。为贯彻这个总方针，《政略方针之决定》规定：要在全国深入“实施全面动员，确定戡乱第一，以政治配合军事，强化政府机构组织，提高各级职权”；要“提前缩小省区，长江以北每一个省为一个绥靖区，使政治区分与军事区分密切配合，灵活运用”；要“加强县以下各级组织并提高其职权”，“达到地方自卫自救”。经济方面要“改革财政，促全税收制度，以高度累进税率征收各种直接税”；要“加强金融管制，实行银行国营，黄金白银国有，抑制通货膨胀，改革币制”；要“全国上下厉行节约，首以各大都市实行定额配给制度”。
（二）关于战略方针
军事检讨会议鉴于“剿匪”军事处处受制，着着失败，决定改变过去的军事战略，实行新的战略。《战略方针之决定》规定：军事应做久远之计，充分准备。增强军需生产，加强后备军之组训。进剿并进，目前应彻底集中兵力，并用歼灭战与消耗战；确保辽东热河，以巩固华北，确保华北，以利黄河以南之作战。黄河以南各绥靖区国军配合地方武力堵剿兼施，国军主力则编组强大之“进剿兵团”，“捣毁匪军根据地，猛烈追击使成流寇，然后依后备兵团之增强，迫匪于绝地而歼灭之”；陕西须建立一骨干部队支配战场，确保汉中并于四川及汉中及时建立一个坚强兵团，以应陕甘之急需；长江以南成立绥署，培养地方武力，争取人力物力，“廓清散匪，俾总动员实施有利”。
