尼采在学校里勤奋学习，为了促进学习还建立了一个文学艺术小团体——“日尔曼尼亚”。参加这个团体的除了他本人外，只有他的两个朋友：平德尔和克鲁格。团体的章程规定，每个成员每月必须交一件作品，并互相评判。他们还利用很少的会费订了一份《音乐杂志》。不久，尼采又结交了一位新朋友——保尔·多伊森。他们友谊的基础是因为都喜爱古希腊诗人阿那克里翁的诗歌，1861年复活节，他们曾一起去受基督教的坚信礼。多伊森在他1901年出版的《回忆弗里德里希·尼采》中记载了当时的情况：“当受坚信礼的青年一对一对地走向祭坛跪下受礼时，尼采和我这两个最亲近的朋友并排跪在那里。现在我还清楚地记得，我们在行坚信礼前和行礼期间，充满着神圣的与世隔绝的心情，我们本来做好准备，为了同基督在一起而立即离开人世，我们的一切思想、感情、活动，在天国的欢乐面前显得黯然失色。”
经过自己勤奋、刻苦地学习和学校十分透彻的传授，尼采的语言文学知识和鉴赏能力有了长足的进步。这种进步，可从他的一封信中窥见一二。1861年10月19日即尼采来普福塔学校的第四个年头，他为了向人推荐他十分喜爱的但当时还不出名的荷尔德林的作品，写了一封题为《向友人推荐我喜爱的作家的作品的信》，信中说：
这些诗（仅就其外形而言）流露出最纯洁、最温柔的情感；这些诗就其朴素自然而言，使普拉滕的艺术和熟练的表现手法黯然失色；这些诗一会儿在最崇高的宗教热情中波动起伏，一会儿消失在最柔和的悲音之中。这些诗，除了一个浅薄、平常的词“很成功”，此外，你不能用一个别的词来赞美它吗……请允许我对荷尔德林的丰富思想再说几句，你好像认为他的思想是混乱的、模糊不清的。虽然你对他在发狂时期所写的几首诗的指责确定是正确的，甚至在较早的诗中深远的思想也在同临近的疯狂之夜进行苦斗，但是为数甚多的诗仍然是我们诗歌艺术的纯洁、珍贵的明珠。我只举出像《还乡》、《被束缚的河流》、《日落》、《盲歌手》这几首诗，你自己从《傍晚的幻想》中引用最后几节吧，其中表现了最深切的忧伤和对安静的渴望。
在其他诗中，特别在《纪念》和《漫游》中，诗人把我们带到最高的理想境界，我们同他一起感到这种理想境界是他的故乡的要素。最后还有一系列的诗是值得注意的，在这些诗中他把痛苦的实情告诉德国人，只可惜这些实情往往太有根据了。在《太阳神》中，他用尖刻、锐利的语言反对德国的“野蛮人习性”。这种对于现实的憎恨往往同最伟大的爱国之心是一致的，荷尔德林也确实有高度的爱国心。他所惜限的德国人是空洞无物的形象，即庸人。
……我只希望——我把这一点看作是我写这封信的目的——你通过这封信对这位几乎不为大多数人所知的诗人有一个认识并对他作出毫无偏见的评价。
17岁的尼采的这封信，不仅显示出他高超的专业知识才能，显示出特有的热情和有启发性的语言风格，显示出对一种不寻常的语言的理解，以及对浪漫的理想主义的理解，而且表明了他比德国人发现荷尔德林要早50年。
尼采，不仅精通专业知识，而且兴趣广泛，学问渊博，在众多的方面都有独到的见解。
他不只是赞赏古典音乐，也喜欢同时代的德国作曲家理查德·瓦格纳的作品。他用节省下来的钱买了瓦格纳的《特理斯坦和伊索尔德》钢琴演奏总谱。他研究了编年史和古代冰岛文学，对古代英雄故事产生了浓厚兴趣。他也注重思考现代舞台上的每一个角色，写了题为《作为总统的拿破仑三世》的短文，认为拿破仑三世是个天才，但难以从道德上评判他的作为。
他十分关注哲学，1862年发表了第一篇哲学短论《命运和历史》。他对“自由意志和命运”的哲学问题很感兴趣，在给平德尔和克鲁格的一篇杂文中说：“绝对的意志和独立的命运会使一个人臻于完美的境地，而宿命论的原则却是使人成为丧失自我的机械人。”他在1864年复活节期间写的《心绪论》中说：“我们的心境取决于旧世界与新世界的矛盾冲突，而心绪就是我们所说的这场冲突的现状。”
他学习理论知识，紧紧和德国的历史、现状联系起来进行评判，他对德国的现状表示不满；他通过研究古典问题，认为德国戏剧起源于史诗；他在1861年间建议伊丽莎白读莎翁的作品时说：“莎士比亚向你展现了如此众多的强者，他们粗犷、刚强有力而且意志坚定。我们的时代正是缺少这样的人才。”他把6世纪时的热情拥护贵族制的希腊诗人西奥格尼斯与普鲁士容克贵族作比较研究，1864年7月完成了这篇论文。
除了紧张的学习、探索之外，普福塔学校的生活有时也唤起尼采的欢乐。尼采偶尔也和同学们一起散步、唱歌、洗澡。他曾作过这方面的描述：在天气过于闷热时，水中生活就取代了书斋生活。200多个学生就会唱着歌，跳着合拍的步子到河边去。他们跳进水中，依照原来的队形顺流而下，直游得筋疲力尽，却依然兴高采烈。然后，随着老师的哨令，这些孩子爬上河岸，穿上由一艘尾随的渡船送过来的校服。接着仍然唱着歌，秩序井然地列队回校，继续做各自的作业。“这实在太棒了！”
尼采也常常接受这一个或那一个教授的宴请，这样，他也尝到了一些世俗的享乐。有一次，在一个导师家里，他遇到了一位可爱的姑娘——安那·莱德尔，禁不住对这位姑娘看了又看。这是尼采一生中第一次坠人情网。在之后的好多天里，他梦见的全都是这位姑娘向他借书，同他一起演奏音乐。他的情感是美妙的，然而，这位姑娘不久就离开了普福塔。
这些片刻的欢乐，并没有改变尼采忧伤的心绪。在普福塔学校里，尼采的忧伤除了以往的因素之外，又增添了新的诱因。
首先，他严重的头痛症和眼疾经常发作，病因难以确定，他猜测可能是由神经系统引起的。
其次，他无法接受这个学校粗暴的约束，他一直写详细的日记，这些日记有的是指责老师无聊的豪言壮语，有的是写自己时而顺从、时而痛苦地屈服校方的某种戒律，有的是对自己的学习、娱乐、阅读以及令人沮丧的疾病的描述……他一直强迫自己做痛苦的听命，可这种听命的时间太长了，他终于厌倦了。他渴望从日常课程中解脱出来。他总想独自聆听心灵的倾诉，并且理解从头脑里涌溢出来的幻想。
最主要的是，尼采似乎对基督教产生了怀疑。由于学校的出色的逻辑学和语文学的训练，以及他本人对众多领域的涉猎和思考，使他不知不觉地同祖先的信仰产生了严重的分歧。尼采在1862年发表第一篇哲学短论时，就对基督教投以冷眼，对上帝的存在、灵魂不朽、《圣经》的权威、神灵等教义产生了怀疑，并试图进行深入探讨。他说：“我们现在甚至不知道人类自身是否仅仅是整个宇宙、整个进化过程中的一个阶段或一个时期，也不知道人类是不是上帝的主观表现形式……人类自身是种手段呢还是一个结局？”“难道经过植物世界、动物世界这些中间形态的进化，人类与石头相比无所长进吗？从此之后他是否成了一种完美的存在？历史又为他保存了什么呢？这种不断发生的是否永无止境？这个巨大的生命之钟其发条又是什么？”但是，“仅仅以一种小孩子的思索结果为武器，就胆敢抛弃所有那些深深渗透于历史之中的宗教的极度痛苦和祝福：这，难道可能吗？？？？”这一连串的问号和忧伤动摇了尼采为宗教献身的决心，他断言，宗教是“幼年人类的产物”。
1864年9月，尼采从普福塔学校毕业。学习结束时，除数学外其他成绩优良，古典文学成绩最为优异。
在毕业仪式上，尼采向老师奉献了哀婉动人的书面感谢词：先是向上帝致意：“我首先感激上帝，是他赋予了我一切。除了发自内心的强烈感激以及对其爱的诚信，我还能向他奉献什么呢？是他允许我度过了一生中这段美好的时光。愿他，这个慷慨的万物之主，继续监护我。”接着感谢国王：“由于他的仁慈，我才得以进入这所学校……我希望有一天能为他和我的祖国增光。这是我的决心。”然后向老师和同学们致辞：“我特别要感谢你们，亲爱的朋友们，在即将分别的这一瞬间，我对你们说什么好呢？我知道，当要把一棵植物从滋养它的土壤里挖出来时，它会怎么样，它只能被慢慢地连根取出，小心地移植进新的土壤。难道我还不习惯于你们？难道我会习惯于另一个环境？再见吧！”最后他以几行小诗结语：
就这样吧——这是世人之路，
让人生对待我，就像对待其他人一样：
他何时出发了，脆弱的轻舟被砸成了碎片，
没人能告诉我，我们那沉没的地方。
再见吧，再见！汽笛在召唤，
船长催促着，我不能再迟缓，
向着暗礁、风暴和巨浪，勇敢去撑船。
再见，再见啦！
10月中旬，尼采同多伊森家人庆祝自己20岁生日后，与多伊森以及本校同级的几个学生一起到波恩大学注册入学。
