进入大学的尼采，首先遇到的是专业和学习环境的选择。他放弃了神学，选择了古典语言学；他放弃了波恩，而选择了莱比锡。在大学求学期间，叔本华的著作震撼了他那悲观抑郁的心灵；瓦格纳的音乐似乎使他看到了欧洲文化复兴的希望，这两位大师使他的人生发生了根本的转折。
1.选 择
经过普福塔学校的严格约束之后，尼采进入大学生的世界，他好像是获得了解放，觉得自己置身于最广泛、最美丽的自由之中。
在去波恩大学的路上，尼采和多伊森等几个伙伴骑着马，兴高采烈地穿行在乡间小路上，当行至莱茵河边的一个小酒店时，他们小憩并过量地品尝了啤酒。这时，尼采有些忘乎所以，他对着自己坐骑的长耳朵断言道：“这是一头驴。”多伊森说：“不，这是一匹马。”尼采重新打量了一下，固执地坚持道：“这是一头驴！”一直到傍晚时分，他们一行人还在大声嚷嚷，慷慨激昂，尼采还用柔和的颤音唱情歌，使得一些女孩子被引到窗边、门口窥视这队人马。对此，居民们非常愤慨，一个长者特意出来斥责这些喧闹者，并且以恐吓的口气赶他们上路。经过一场恶作剧之后，他们终于在波恩大学安顿下来。
波恩大学在古典语言学方面享有国际声誉，因此首先为尼采所选中。
在这里，尼采学习古典语言学和神学。
应该说，选择古典语言学是尼采自己的志愿。早在中学时代，尼采就深深爱上了有关古希腊的课程，并以优异的成绩独居榜首。他试图把语言学作为在自己爱好之间寻求平衡的工具，作为自己防卫固有的浪漫主义素质的手段。他说：“我渴望得到一种抑制至今为止变化多端的、不稳定的意向的工具，渴望一种科学，人们可以用冷静的深思熟虑，无情的逻辑和同样的形式的工作使它得到发展，但它并不以其成果使人立即动心，当时我相信在语文学中可以找到这～切。而一个普福塔学校的学生已经完全具备了研究语文学的先决条件。”
可是学习神学，是来自家庭的希望。尼采的祖父是个写过神学著作的勤勉的信徒，他的外祖父和父亲都是牧师，直接抚养他的那些虔诚的女家眷们，当然希望他继承祖业，将来献身神职。而尼采早在中学里就对基督教发生了怀疑，认为耶稣基督与酒神狄俄尼索斯是难以相容的。就在进入中学的第二个月，尼采读了施特劳斯的《基督一生》，经过慎重考虑后，他确认希腊精神与基督教精神是势不两立的。尼采在日后的自传中曾经说到：
为什么我知道得比别人多些？一般说来为什么我这样敏锐？因为我从未在一个不是真实的问题上作思考。我从未浪费过我的精力。例如，我没有实际宗教难题的经验。对于“原罪”之感，我完全不熟悉。我也缺乏一个可靠的标准来决定良心上的忏悔：我觉得良心的忏悔是不必加以重视的……良心上的忏悔在我看来是一种“罪恶的眼光”……
“上帝”，“灵魂的不朽”，“拯救”，“超越”，这些只是概念，我并不注意这些，也从不在这上面浪费时间……我根本不把无神论视为一个结果，更不把它当作一件事：我的天性原是如此。我太好问，太多疑，也过于自大，致使我自己不满于事物的粗浅的解决。上帝则是如此一个粗浅的解答。
到波恩大学后，尼采进一步发现：“这儿有个严重的后果——你若放弃基督，你就不得不同时放弃上帝。”他在1865年给妹妹的信中说：“难道我们应该恢复那些我们所熟悉的关于上帝、现世与赎罪的种种观念吗？对于真的探索者，他辛勤努力的结果难道不会显现出全然不同的东西吗？我们寻求的是什么？是安宁和幸福吗？不，除了真理，什么也不是，尽管他也许是痛苦的，可怕的。……这就是业以划分出来的众人之路：假如你祈求心灵的安宁与幸福，那就去信仰吧！假如你想成为献身真理的人，就得去探索！”不仅如此，尼采的这种认识还在行动上表现了出来，他不愿意参加任何宗教仪式，他不顾母亲的劝说拒绝接受复活节圣餐……于是，尼采在进入波恩大学仅仅半年，就断然放弃神学，专修古典语言学。
尼采潜心攻读，但他也同时发现自己离群索居、沉默寡交的弱点十分不利于学业，所以他努力改变自己的天性，开始与外界广泛接触了。他听任新生活秩序的摆布，于是学术讨论、水上荡舟、在河边小饭馆里轻松愉快的时光、以及傍晚路上的即兴合唱等，这种单纯无邪的交往和乐趣，尼采都很好地利用了。
尼采为使自己成为一名完美的学生，甚至希望进行一场决斗，因为没有对手，他便选择了一位同学。他对这位同学说：“我是新生，我想你比较合适，让我们开始吧。”对方说：“非常乐意。”1864年12月两人展开决斗，结果尼采鼻梁受伤，三天后才痊愈。
1865年2月，尼采去科隆游览，其间发生了一件偶然的事。他请了一个仆人带路去找一家饭馆，但领路人却把他领进了妓院。多伊森在他的《回忆尼采》中记叙了当时尼采的情形：
我突然发觉自己被半打浓妆艳抹的动物所包围，她们都以期待的眼光凝视着我；在这刹那间我完全惊呆地站在她们面前。后来，好像本能的驱使，我走到钢琴旁边，那是在这一群中惟一有灵魂的东西，我弹了一两个和弦。音乐恢复了我四肢的活动，在这瞬间，我跑出户外。
尼采这个举世闻名的反女权主义者，是否与此有关？这只能是个猜测。
为了更便于同外界广泛接触，尼采加入了一个大学生组织“法兰克尼亚”，当时的这个组织失去了鲜明的政治色彩，只具一种社交团体的性质。尼采认为通过它更便于直接了解世界和人。尽管如此，他的这一行动，对于他本人和他的家庭来说都是不可思议的。所以，1864年10月24日至25日尼采用一种请求原谅的语气给母亲和妹妹写信说：“现在我已经看到，你们十分奇特地摇着头，发出惊讶的叫声。这一步骤也确实有许多不可思议之处，因此我不能抱怨你们。例如几乎在同一时期有7个普福塔学校的毕业生参加了‘法兰克尼亚’，也就是说除了两个人外，在波恩的所有普福塔毕业生都参加了，其中有许多人已经在读第四学期。我给你们举出你们大概认识的几个：多伊森、施特克特、毫斯哈特、特佩尔曼、施特德费特、施洛伊斯内、米夏埃尔和我本人。”“当然对于这一步骤我是经过深思熟虑的，考虑到我的天性，我认为这一步骤几乎是必要的。我们大多数都是语文学者，同时也都是音乐爱好者。一般来说，在‘法兰克尼亚’里笼罩着一种非常有趣的气氛，我们也十分喜欢那些老人。”在这种有趣的气氛里，虽然尼采对种种庆祝活动、击剑、决斗、舞会、同妇女交际还感到满意，但是，他很快就觉得这种肤浅的活动不能吸引他，反而使他生厌。他痛斥自己浪费的时间，从而确定了一种更严谨、更专注的生活。这时，尼采选修了一门难度相当大的三年级课程，并决定和朋友们坦率地谈一下，试图对他们产生某种影响，从而使他们的生活日趋高尚。尼采设想从这里开始行使自己的天职，并且想有朝一日把这种影响扩大到整个德意志。于是，他建议改革“法兰克尼亚”的一些规则，要求减少那些使人深恶痛绝的吸烟饮酒会。尼采的建议没有发生作用，反而招来了讽刺挖苦以及“怪人”的名称，并被请出了这个联盟。尼采尝到了最痛苦的孤独，一种被击败后所特有的孤独。
在第一学年即将结束时，尼采给家里写信说：“在这里的大学生圈子里我被看作是音乐权威，此外还被看作是奇特的怪人……我决不是不受欢迎的人，尽管我有点喜欢嘲弄别人，并且被认为是讽刺。也许你们对这种根据别人的评判所作的自我的特性描写不是不感兴趣的。作为本人的评判，我可以补充一下，第一点我不同意；我常常不高兴，有过多的脾气，是个有点讨厌的人，不仅对自己，也对别人。”
这时，尼采决意要在学年结束时离开波恩。1865年8月30口，他住给朋友赫尔曼·姆萨克的信中说，再在波恩呆下去是一个错误，在我看来，波恩大学里的人没有什么政治判断力，他们完全服从领导的意见和看法，我觉得他们表现出的行为既粗俗又令人作呕。
在波恩大学所度过的一年时光里，除了他所作的关于德国政治诗人的一个报告，一个关于北美德国人宗教活动状况的讲座，以及他关于西奥格尼斯的补充研究之外，就再没有什么值得骄傲的了。惟感幸运的是，他结识了一位好老师——里奇尔。
这位好老师有很高的威望，尼采认为他是一个艺术大师，他的学术思想不仅精湛，而且具有深刻的美学意义。尼采很尊重这位教师的为人和学识。里奇尔也很器重尼采的才华。当尼采准备离开波恩去莱比锡继续读书时，里奇尔也接受了到莱比锡大学任教的聘请。
1865年10月18日，尼采终于离开了波恩。他在给家人的信中说：“我像亡命之徒一样离开了波恩。子夜时分，我和我的朋友M君一起站在莱茵河的码头上，等候从科伦开出的轮船。在即将离开如此繁华的乡村、如此美丽的城市和一大批青年伙伴的时刻，我没有感到丝毫的痛苦。事实上正相反，我是从那里逃出来的。我不想再像以前那样对他们作出不适当的评判。可是处身其中，我的天性丝毫不会感到满足。我仍然对自己太缺乏自信，并且无力在这么多正在对我发生影响的人们中间始终扮好自己的角色。一切都干涉我，因为我无法有效地主宰周围的一切……我觉得自己对于科学无所作为，对于生活无所事事，只是在以各种谬论充塞自己，想到这些，我就感到心情沉重。轮船驶来，载我离去。在潮湿的夜色中，我一直站在驾驶台上，注视着那些勾勒出波恩城河岸的小灯渐渐消失，一切都给我一种逃亡的感觉。”
尼采在莱比锡大学学习语言学。他牢记在波恩几乎荒废的第一学年，重新按照适应于他的方式生活，专心致志地进行学习和研究。尼采认为：我的目标是成为一名真正的教师，而且首先要能够在青年人中激发起必不可少的深刻思维与培养他们自己的评判能力，这样在他们心里就能不断提出为了什么要学习研究，什么是他们的研究对象以及怎样去研究这样的问题。在里奇尔老师的指导下，尼采这个名字很快闻名于古典语言学界。他第一次关于梅格拉的《西奥格尼斯》的新版本的讲演，获得了极大的成功，里奇尔老师认为他的讲演是低年级大学生作品中最为生气勃勃，而且结构严谨的。他们师生之间因此建立了友谊，并约定每周两次午饭时间彼此讨论问题。从此，尼采的作品多次在报刊上发表，还获得了该大学研究课题的奖学金。于是，尼采的名字在语言学界很快传开，获得了优秀的科学家的声誉。在成功面前，尼采感到赞扬的刺激作用，他说：“在这个场面之后，我的自负同我一起飞上了天。中午我们几个朋友一起散步到戈利斯去。那天，天气晴朗，我的幸福挂在嘴边。在旅馆里，我们面前摆着咖啡和薄煎饼，这时我终于忍不住了，给感到惊讶而不嫉妒的朋友们讲我所遭遇的事情。在一个短时期内我好像昏头昏脑地跑来跑去；这是我成为语言学者的时期，我感到赞扬的刺激作用，对我来说，在这种事业的发展过程中是应该争取这种赞扬的。”
与此同时，尼采也进一步增加了对哲学的兴趣。他阅读了1866年刚刚出版的新康德主义者朗格的《唯物主义的历史，兼评唯物主义对现实的意义》一书，并作了摘记及推荐。尼采认为，这是一本近百年来最有意义的著作。朗格从生理学角度发挥了康德的不可知论思想，把认识完全归于人类的生理构造，否认自然之物的存在，认为物本身只是一个极限概念。在此基础上，尼采开始了撰写他的第一篇哲学论文：《康德以来的目的论》。他还认真研究了古希腊唯物主义哲学家德谟克利特，认为德谟克利特是一位想把人类从对上帝的建议和恐惧中解放出来的革命者。通过对哲学问题的研究，尼采指出：“我们用怀疑主义为传统思想掘下了坟墓。”这应该说是尼采以后关于一切价值重估思想的胚芽。
以上这些成功、荣誉和探索，对于在莱比锡求学的尼采来说，并不是什么至关重要的，因为这都不是他真正要寻求的东西，都不能治愈他心灵的哀痛，不能解除他内心深处那个从未消失的疑问——对人生的疑问。
在莱比锡大学4年中，使他最为关注和感到安慰的，也是对他影响最大的就是叔本华的哲学和瓦格纳的音乐。
2.偶遇叔本华
在大学里，尼采时常用孤独的散步来安慰自己，他说：“当时我正在孤独无援地经历着某些痛苦的体验，极其失望，没有原则，没有希望，没有亲切的回忆。从早到晚，我苦思冥想。”
由于特殊的人生机遇和天性，少年时期的尼采就带着忧郁和伤感的心情思索着“我们是谁”、“我们为何而来”、“我们向何处去”等人生问题；16岁的他就呼唤出“我为何这样忧伤”、“我真想随心所欲，飞向憧憬的地方”，呼唤出我“又忧戚，又孤零”：20岁的他就明显表现出“我要认识你，未认识者”。这种忧伤中包含着追求、飘摇而不安的心态。尼采在普福塔学校时就读了许多浪漫主义作家的作品，特别是莎士比亚和卢梭的著作；在波恩大学他读了古希腊哲学家苏格拉底和柏拉图的书籍。苏格拉底的神学目的论以及柏拉图的理念世界论，与内心充满忧伤、思索现实人生的尼采是不相容的。现在，21岁的尼采已经进一步思索是否放弃基督，是否放弃上帝的问题，他认为，放弃什么东西，总是伴随着思想上的苦闷、斗争和追求，虔诚的信仰也可能使你感到幸福、满足，但不能为你追求真理提供帮助。他从自身的体验中已经感觉到，从小相信灵魂的拯救者是基督耶稣，如同相信拯救者是伊斯兰教教主穆罕默德，结果并无两样。这样，原有的信仰彻底崩溃了，失望和痛苦，探索和追求，使尼采正处在十字路口。他向何处去？
正是在这种心境里，尼采发现了心灵的知音叔本华。
