恶人先告状，由江青安排，张春桥、王力和姚文元先后走进了毛泽东的书房。他们详细地汇报了老帅们和副总理们的言论。起初毛泽东还轻松哂笑，觉得老帅们还是“很不理解”。汇报到陈毅的“黑话”时，毛泽东脸色阴沉下来，随即越听越火，雷霆震怒。周恩来力图缓解事态的愿望未能实现。
19日晚，毛泽东召来李富春、李先念和叶剑英等作了十分严厉的批评。于是，林彪和中央文革一伙，立即扯大旗当虎皮，向这批开国元勋发起围攻。
在那些动乱的岁月里，陈毅无私无畏，仗义执言，尽一切可能保持与老同志、老战友的来往和联系。然而，这样一来更加激怒了林彪、江青一伙。他们对陈毅的迫害更疯狂了。但陈毅是硬骨头。在批斗他的大会上，他质问道：“我有什么罪？我要有罪还当外交部长？我革命40年，这样我死了也不甘心，也不服气！”
1968年，林彪、“四人帮”一伙搞突然袭击，把陈毅等6位老同志分别隔离出来，每个人都成立了一个专门小组，不断地围攻批斗，最后把陈毅赶出北京，到外地去搞所谓“调查”、“蹲点”，剥夺了他的一切权利。
从1970年5月起，陈毅就时时感到身体不适。7月以后，又常感腹痛，并腹泻。医生给他吃止痛片，不管用。10月21日，经周恩来同意，陈毅从庐山回到北京治病。
当天，陈毅给三一医院三部主任去电话，要求入院治疗。要知道，自从1968年以来，总后勤部部长邱会作多次说陈毅、徐向前、叶剑英都是“二月逆流”的黑干将，并布置三一的人整理他们的“黑材料”。现在陈毅要来住院，他立即回答：没有床位，等候通知。（详见曹卫东：《红病历》，山西人民出版社）那时，三一医院南楼六病室只住着黄永胜一人，还有4张空床位。三部主任接到陈毅的电话后，直接向黄永胜“请示”此事。黄永胜说：“他来我走。”
该主任又把陈毅的电话和黄永胜的指示向该院院长汇报。该院长说，等黄永胜走了，陈毅再来住院。
黄永胜于10月23日出院，陈毅于10月26日入院。
陈毅住院的第二天，林彪安插在海军的亲信李作鹏也住进这里。陈毅住在第一套，李作鹏住进走廊尽头的最后一套。当天晚饭后，陈毅在寂静的走廊里散步，刚巧走到西头电梯旁，电梯门缓缓开了，里面走出邱会作、吴法宪。邱会作虽然心里有鬼，但反应很快，面露微笑，还向陈毅行了军礼，伸出双手捧握着陈毅的右手，语调格外关切：“陈老总，最近身体怎么样？住在这里还有什么困难？您尽管提出。”
吴法宪勉强挤出点笑容，挥挥手，便朝李作鹏的房间走去。
第二天，医生查房时，就奉命来“动员”陈毅搬出六病室，到五病室，理由是病人集中起来好管理，便于治疗。
陈毅不计较这些，很快搬出了六病室。他心里很明白，自己住在这里“碍事”。
的确如此。原来邱会作在走廊里碰到陈毅，当时强装笑脸，走进李作鹏病房后，立即板起脸，派人叫来医院的副院长。邱会作背着手在屋里踱着步，下着指示：“我告诉你，李富春、陈毅、聂荣臻这些人又活动起来了，这次我们开会，这些人在会前会后串来串去，陈毅串得最厉害。你常接触他们，你得注意些。因为你作这个工作，常和他们在一起，我提醒你掌握。”坐在一旁的吴法宪说：
“这些事大家都知道。他从井冈山反对毛主席一直反对到现在，老毛病改不了。”
李作鹏也随声附和。
邱会作又说：“现在外交部有些群众不放他，他不敢回去，又躲到这里来了！
那边有空床吗？”邱会作指指五病室，指挥着：“把陈毅搬过去。”
在场的一位部主任听了这些话以后，立即对给陈毅看病的医生××说：“陈毅这次住院，主要是治疗高血压和一般查体，血压降的差不多就可以出院。”
那位部主任把他听到的机密告诉了医院院长。
院长当即指示：“南楼三层那几个病人（指聂荣臻、陈毅、李富春）常在一起谈话。这些人都是‘二月逆流’的黑干将，你要了解他们在一起谈些什么，有什么问题立即告诉我。”
那位部主任马上对给陈毅看病的医生××和护士们作了传达。后来，每当陈毅到朱德、聂荣臻、李富春的病房里去之后，护士马上尾随而入进行监视，连陈毅出外散步也得问护士：“院子里可以去吗？”
陈毅住院56天，病情明显严重。上面提到的两位医院领导，他们作为当时分管高干医疗保健的负责人，对陈毅的病情漠不关心，未组织过一次集体会诊。
相反，黄永胜因胃病住院18天，他们组织大小会诊16次，其中请著名专家会诊达7次之多。
到了1971年1月16日，陈毅大疼难忍，才再次赶到三一医院。接诊医生在病历上写道：“右下腹隐痛一周，不腹泻，不发烧，大便每天一次，黄软成形，右下腹可触及拳头大小之包块，有压痛，无反弹痛。”那位部主任在后来交代他们迫害陈毅的罪行时说：“陶××告诉我：‘陈老总肚子疼住院了。’中午我在南楼问陈老总患什么病？他们说是阑尾炎。当时，我的精力放在林彪那里，没把陈老总放在心里。曾诚富主任提出要去看看陈老总，我说：‘不要进去，进去出不来。’我的错误是相当严重的，如果曾诚富进去摸一摸，很可能摸出来，也不会误诊的。我是执行了林彪反党集团这条路线的。”
当天下午4时，陆主任个人邀请北京医院外科周主任来给陈毅会诊和手术。
他们在给陈毅检查中发现右下腹有拳头大的包块。由于医院领导末组织会诊，加之没作必要的钡餐灌肠检查，即轻易排除了癌症，误诊为“亚急性阑尾炎”。
下午6时15分开始给陈毅做手术，手术中才发现是直肠癌造成的肠梗阻。
手术进行了5个多小时，年已70岁的陈毅，以顽强的毅力，承受了这次大手术。
在手术中，因为提前无准备，临时慌乱，找血找人找药品，又找消毒器械。而此时那位主任却离开了手术室，跑到林彪那里去了。
陈毅手术后，该主任担心周总理查问陈毅误诊的事情，就找院长商量：“陈老总误诊的事，我是有责任的，你看是不是给总理写个检查报告？”
院长说：“有啥写的？陈老总手术当中，我们已给周总理报告了，要写你先给邱部长写信报告吧！”
那位部主任写了一份不足百字的检查报告，承认重视不够，发生差错，以此搪塞周恩来。
1月19日，那位部主任把写好的检查报告上送邱会作过目。邱会作看了看，冷笑道：“陈老总手术发现癌是好事，你们有什么错误？！陈老总要长瘤子，你能让他不长吗？！”说毕，他在该主任的检查报告上批示：“暂不要写报告，以后需要写时，再研究。”
陈毅回到病房后，经过四五天的时间，就下地活动了。医生们被陈毅的精神所感动，不得不如实地把严重的病情向陈毅讲了。听罢，陈毅笑着对医生说：“你们不告诉我，我也猜到几分。不要紧，是癌症就把它切掉，再长出来再切除。你们治去，可以拿我作个实验，找出经验来！”
周恩来听到陈毅的病情，十分难过，亲自指示：将陈毅转到北京日坛医院。
于是，陈毅于11月26日转入日坛医院治疗。周恩来每天都在注意陈毅病情的变化。他根据汇报的情况，签字同意日坛医院为陈毅做胃肠短路手术。该院对陈毅的病情十分重视，12月3日给陈毅做了胃肠吻合和胃造口等手术。
林彪也很“关心”陈毅这些老帅的健康。自庐山败下阵来，林彪一伙已经预感到风雨欲来，加紧勾结，陆续回京治病的朱德、李富春、陈毅、聂荣臻等老帅也似乎对他们构成新的危险。近半个世纪的共事，从井冈山到北京城，从作战到建设，林彪对这批老革命可谓太知情了。只要有利于维护党中央的统一，有利于保护领袖的威信，任何个人委屈他们都能忍受。他们又是最容不得阴谋的。任何一点风吹草动，或是蛛丝马迹，一旦被他们识破，他们的名字就是军旗，就是号令，他们会义无反顾地制止任何形式的反叛。
1969年因为战备老家伙们都离开了北京，林彪他们心里无比痛快。因为他们的年纪都比他大，不是心脏病就是高血压，这一折腾肯定能减他们的寿，他要看着他们从政治舞台上消失。
可这帮老家伙非但没有被折磨死，反而又陆续回来。连陈毅这样的“老右”还登上了五一节的天安门城楼，真像嘴里吃了颗苍蝇，心里真不是滋味。
五一节后的一晚上，叶群请三一医院那两位负责人到家中看电影。叶群几次夸奖他们工作做得好：“你们给陈毅同志开刀开得很及时，开得很好嘛！”
林彪在一旁插话说：“是嘛，陈毅同志做那么大的手术，恢复得很快。我在五一节看到他，他身体好，吃得很胖呀！就不像个病人！”
叶群又说：“陈毅同志体重恢复正常了。我们一起开会，大家都很奇怪，都说他跟健康人一样。”
这太出乎林彪一伙的意外了。心里老大不高兴。
陈毅自己则像往常一样，越是艰难困苦，他越是乐观顽强。陈毅尽量设法快些恢复体力，争取为党多做些工作。在医治期间，仍抓紧时间看文件，读书，写东西。真正使他高兴的事情终于到来了：1971年“九·一三”林彪反党集团武装叛乱的阴谋败露，林彪带着他的几个死党，从北戴河仓皇出逃，摔死在温都尔罕的沙漠里。陈毅听到这个事件的正式通知时，虽然仍是重病在身，但却毅然投入了这场斗争。他当即提议，在场的同志为我党粉碎林彪反党集团的重大胜利举杯祝贺。为了揭露林彪的反革命罪行，陈毅抱病参加了党中央召开的老同志座谈会。在座谈会上，他作了两次长篇发言。会后，他又认真修改自己的发言稿，还亲自写下了一百多页重要材料，揭发林彪的反党罪行，并认真仔细地作了第二遍修改，充分表达了他对党的一片赤诚之心。他豪迈地说：“我倒要看看，我的生命力究竟有多大！”
为了锻炼身体，陈毅每天都到医院走上三圈，每圈足有3000米。他的体力增强得很快，不久就出院了。正当大家都为陈毅体力增强、精力充沛而高兴时，万万没有想到，时过不久，陈毅的病情又突然恶化了。在医院里，他曾深情地对张茜说：“在长期的革命斗争中，不知有多少革命同志在咱们前头牺牲了，对我们来说，只是工作做得太少了。”有一位熟识的医生来看望陈毅，他严肃地问：
“你看我还能活多久？”医生难过地说不出话来，两眼含着泪花直瞪瞪地望着他。
陈毅却爽朗地说：“现在对癌症没有什么好办法，我们是唯物主义者嘛！估计一下时间，好为党再做点工作。”
直到临终，陈毅还在热切盼望能为党再做些工作。当周总理来看望他时，他仍满怀信心地说，等我好了，有些工作还要去做。就在他逝世的前一周，他还满怀希望地对他的孩子们说，新年一过，我还要下地走一走。
1972年1月6日，奋斗了半个世纪的革命家陈毅元帅的心脏停止了跳动。
78岁高龄的毛泽东主席亲自参加了陈毅的追悼会，这也是毛主席最后一次出席老同志的追悼会。八宝山休息室里，毛泽东泪洒两行，喃喃道：“林彪是反对我的，陈毅是支持我的。”他握着张茜的手，话语格外缓慢、沉痛：“我也来悼陈毅同志，陈毅同志是一个好同志！”又对陈毅的子女们说：“要努力奋斗哟！陈毅为中国革命、世界革命做出贡献，立了大功劳的，这已经作了结论了嘛！”
勉励陈毅的子女，要继承父亲未竟的事业，努力奋斗，为人民服务。
陈毅元帅是一棵高耸挺直、万古长青的劲松，如他自己诗中所言：“大雪压青松，青松挺且直。”
