1.合理利用农业自然资源，提高资源利用率
东部沿海地区、大中城市郊区和经济发达地区，由于教育、科技较发达，应着重发展资金和技术密集型的高科技农业、高附加值农业和出口创汇外向型农业，建立优质农产品出口基地（我国出口农产品中的75%来源于东部沿海地区），大力发展贸工农、产供销一体化的农业产业化经营，对农产品、水产品进行深加工、精加工，提高农业的经济效益，率先实现农业现代化。中部地区气候温和、土地肥沃、雨量充足，有利于粮食和其他经济作物的生长。中部地区应继续发挥粮食生产和经济作物的优势，大力开发和推广优良品种，淘汰劣势品种，提高农业的劳动生产率，推广水、肥、农药高效利用技术，降低农产品生产成本。同时，中部地区还应建立优质高产高效大型商品加工专用粮、饲料粮和经济作物基地，发展粮食和饲料加工业，促进粮、经、饲“三元”种植结构的真正形成；大力发展养殖业，建成全国最大的畜产品生产基地；优化畜禽品种，积极发展草食性畜牧业；加快发展农产品加工业，对粮食产品进行精加工，提高农业的综合能力。西部地区和生态脆弱地区则应当以农业生态环境建设为中心，坚决制止乱开发、乱开垦，有计划、有步骤地退耕还林、还草、还湖。西部地区资源丰富、气候宜人，应发挥这些资源、气候优势，因地制宜地发展生态农业、特色农业和旅游观光农业等，把环境的潜在价值变成现实效益，力求实现生态效益和经济效益的双赢。此外，西部地区应有规划地发展畜牧业，改良草原牧区草场质地，建立优质饲料基地。总之，西部各地应立足本地资源和市场条件，突出区域特色，培育支柱产业，发展名、特、优、新、精的拳头产品，将一乡一业、一村一品、多村一品作为优化区域布局的重点，以形成真正的经济优势。
2.建立农业产业化经营体系
所谓农业产业化经营体系就是将农业生产的产前、产中、产后诸环节整合为一个完整的产业系统，实行种养加、产供销、贸工农一体化经营，提高农业的增殖能力和比较利益。发达国家现已形成了从“农田到餐桌”的完整产业链条，其农产品加工产值与农业产值之比约3：1，美国已达到5：1，而我国仅为0.5：1。发达国家的初级农产品上市比例越来越小，农产品的产后加工能力达到70%以上，加工食品约占饮食消费的90%，农产品加工业已进入向食品加工密集转移的阶段，成为国民经济发展的支柱产业，而我国的农产品加工能力仅为25%左右；发达国家的食品加工产值约为农业产值的1.5～2倍，而我国还不及1/3；发达国家的水果商品化处理率几乎达到100%，而我国水果商品化处理量还不到产量的1%；发达国家经过深加工的肉类占本国产量的30%，有的占到70%，我国则是高达90%以上的肉类未经任何加工就直接上市销售或出口。由于加工能力太低，我国的大量农产品不能及时消化，每年的损失高达800多亿元，这是导致我国农产品“阶段性过剩”的一个重要原因。此外，我国农产品加工工艺、技术水平较低，农产品增值额低。例如，价值1元的农产品经过加工处理后，在美国可增值3.72元，而我国仅可增值0.38元，相差悬殊，这是导致我国农产品在国际市场上缺乏竞争力的主要原因。面对这一状况，我们必须积极发展农产品加工业，把农业的产、供、销各环节连接起来，形成种、养、加一体化的综合产业体系。当今世界国与国之间的农业竞争不仅仅是农业生产和产量的竞争，而是整个农业体系的竞争，即农业生产，农产品品种、品质，农产品加工转化以及农业科技发展的竞争。美国农产品生产环节的价值仅占农产品全部价值的24%，加工、运输、批发、零售各环节的价值则占农产品价值的76%，大量的利润蕴含在加工、运销环节中。我国农业和农村的经济效益低，主要是由于农产品加工业不发达。所以，我国当前的农业结构调整一定要注重提高农产品的加工能力，向农产品的深加工、精加工要效益。因此，运用现代科学技术的研究成果，以科技、教育支撑和推进农业产业化经营，大力发展农产品加工业是农业结构实现战略性调整的本质所在。
3.推进农业科技进步，全面优化农产品的品种、质量，提高农业经济效益
促进我国农业发展的一个重要手段就是将先进而有效的科学技术，通过一定的推广组织和传导机制，注入农业生产过程，并将其转化为新的生产力，推动农村和农业经济发展，使资源优势转变为产业优势和经济优势。随着我国农产品总量问题的解决，人民生活水平从满足温饱向小康型发展，必然引起农产品从“数量增长”向“质量提高”转变。市场对优质、营养、安全的绿色农产品十分青睐。市场需求格局的变化要求农产品的生产必须适应市场多样化、优质化的需求。从农业内部结构来看，土地密集型的粮食作物的比较优势正逐渐让位于劳动密集性的经济作物，在这种情况下，根据市场需求调整农业产业结构和产品结构是十分必要的。就我国农业的比较优势来看，我国应当大力发展经济效益好，竞争力强，附加值高，出口创汇多，发展潜力大的蔬菜、水果、花卉、畜产品、水产品、蚕桑、茶叶、中药材等经济农产品；应适当压缩缺乏比较优势的粮食作物，尤其是那些质量低，营养价值不高，经济价值不大的农产品；应该对农产品进行深加工、精加工，增加农产品的科技含量和附加值，提高农业的经济效益。据专家研究，如果中国应用现代科学技术建设0.67亿公顷高产稳产粮田，其中2/3达到高产，就能满足将来16亿人口的食物需求。从农产品的价格比较来看，优质农产品的价格比普通农产品的价格高出几倍。比如，优质大米的价格为每公斤4元，而杂交稻、早籼稻只能卖几角钱；1998年，优质麦的价格为每吨1500元，比普通小麦高出17%。因此，种植和养殖优质农副产品具有很高的回报率。我们应在农业科技的研究和开发上下功夫，注重开发、推广优质高产高效技术，农产品深加工及综合利用技术，农产品储蓄、保鲜、包装技术；注重优质新品种选育技术和疫病防治技术的研究、开发和利用。特别是我国加入WTO以后，应当尽快建立农产品的质量和安全性标准体系，以及农产品的品质检验和检测体系，使我国农业按照国内外市场的需要，生产出优质、安全的农产品，以提高农业的经济效益和国际竞争力。
五、建立科学合理的生态环境补偿机制
人类在对自然索取、利用的同时，应对自然进行建设和补偿，使大自然通过自我修复功能得到恢复，从而达到保护生态环境，减少自然灾害的可持续发展目标，实现人与自然的双盛、人与社会的双赢。
1.建立生态环境政府补偿机制
英国经济学家阿瑟·庇古（A.C.Pigau）在福利经济学中提出的外部效应（Externalities）理论认为，生态系统是一个有机的整体，具有很强的外部性特征，生态系统也是一个国家最大的“公共产品”。因此，公共产品的提供和改善是政府的重要职责，政府通过征税和提供补贴的方式来纠正外部性。政府用于矫正外部效应（或者说是实现外部效应内在化）的财政措施大体分矫正性的税收和矫正性的财政补贴两类。将外部性概念引入环境保护领域，是为了寻找促使外部性问题内在化的有效方式，以解决日益严重的环境问题。所以，从公共财政理论的角度讲，我们认为中央政府对生态环境建设的补偿投入应承担主要部分，这主要因为现在地方政府的政绩观非常强烈，除非不得已，基本上不会主动加强生态环境建设，再说地方政府往往没有多余的资金进行大规模的生态环境建设。如果中央政府不下大力气治理生态环境恶化，而是等、靠地方政府和企业来治理，必将导致生态环境不断恶化，进而产生灾难性后果。当然，地方各级政府也应加大对自然保护区、生态功能区的保护力度，增加财政预算和人、财、物的投入，提高对生态环境的补偿力度。此外，中央政府可以通过财政转移支付、银行贷款、政策倾斜等渠道给予资金补助，并加强资金管理和使用情况的监督，从而建立一个中央与地方协调统一的投资管理体制，解决国家生态环境建设投入短缺的问题。2000—2005年，我国已投资1100多亿元用于改善生态环境。根据退耕还林还草的规划，中国还将用十年时间初步遏止西部生态环境恶化的趋势，到2050年再造一个山川秀美的西部，并实现全国范围内的生态环境优化，从根本上减少农业自然灾害的发生率和危害度。
2.建立流域范围内的生态环境补偿机制
一般而言，流域的上游地区不仅为本地区居民而且也为中下游地区居民提供支持生存的自然资源和流域生态系统。就现实看，我国目前已初步建立了江河流域中下游地区补偿上游地区生态环境建设的机制。但是，现有的补偿制度主要是通过行政手段分摊、道义上的支援等来补偿生态环境治理和建设的成本。仔细考量，我们不难发现这其实是一种流域的中下游发达地区对流域的上游地区的同情或扶贫。本来流域中下游地区的发展就建立在上游地区的生态环境之上，其对上游生态环境的补偿自然是理所应当，而绝非出于道义和怜悯。从经济学的角度来讲，即是双方达成“赎买生态功能”的交易行为，既然是交易关系，其补偿就应是平等、互惠的，按照庇古的设计就是通过税收的形式使“外部经济内在化”。然而，我国目前生态环境补偿机制的价格体系尚未健全，补偿缺乏科学的定量标准，此种情形下，环境税的征收也就没有可操作性，达不到征收生态补偿资金的目的。目前世界上一些国家和地区采取污染物排放的配额许可证制度，即超标排放的城市、企业等可以通过购买排放配额的形式来补偿对整个流域内生态环境的破坏，这一制度很好地解决了生态环境建设资金短缺的难题，并且做到了经济学意义上的公平交易，该方法现已取得重大成效，得以在一些国家普遍推广，值得我们在建构生态环境补偿机制的过程中予以借鉴。
3.建立保护生态环境的产业补偿机制
随着工业化的发展，农业产业逐步变为工业产业的一个车间。由于工业发展总是伴随着对生态环境的破坏，从而影响到农业产业的发展，所以，建构生态环境补偿机制的一个重要方面是建立保护生态环境的产业补偿机制。针对我国的具体现实，这一机制的建立可以从以下几个方面着手进行：一是征收资源使用税，提高资源税率。我国现有的加工产业和基础产业大都以农业自然资源为原材料。因此，国家应当征收资源使用税，并适当提高现行资源税率，扩大资源税的征收范围，把资源成本、环境成本纳入企业的效益核算指标体系，最后国家再以转移支付的方式对农业产业进行补偿，达到以工补农的目的。二是建立明确的治污权和被污染的赔偿索取权。对于污染大、危害广的工业产业，政府应通过公共政策的制定，限制其发展；同时，明确产权关系，将责、权、利有效地结合起来，强化生态环境所有者的权益、义务和责任，明确治污权和被污染的赔偿索取权等。例如，一条河流被一家造纸厂排放的污物污染，致使鱼类大量死亡，损害了渔民的利益。对于这一问题，我们可以通过界定河流产权的方式来解决。渔民可向造纸厂索要污染费用，即造纸厂必须从渔民处购买污染河流的权利，由此造纸厂必须计算污染的成本。如果将河流产权归属于造纸厂，造纸厂等于同时经营造纸生产和捕鱼两种生产活动，造纸厂势必比较造纸产生的污染成本和渔业生产的收益，从而将河流污染控制在一个比较适度的范围内。这也是著名的科斯定理所阐释的解决外部经济问题的方法。三是以立法的形式进行刚性约束。中央和地方各级政府应通过国家立法或区域立法等刚性规定来进行强制性约束，以实现产业补偿机制和补偿行为的形成。如果没有刚性约束而仅有柔性管理，生态环境的建设和生态环境的改善是难以实现的。国家应通过政策鼓励、扶持和培育生态“友好型”的产业或生态型企业，以开辟新的经济增长点。
