1401年1月9日和10日，燕王进攻山东境内运河之西的东昌，但遭受了重大的失败。帝国的大将军盛庸这一次又使用了火器，打死了燕王军队中的几名将领和数万士兵。燕王在撤退回北京的时候，几乎被平安的骑兵所生擒。皇帝被这次捷报所鼓舞，在1月31日又恢复了齐泰和黄子澄的职务。燕王下决心要控制北直隶的南部，他在2月28日恢复了攻势。4月5日和6日，他的军队重创了德州附近滹沱河以北夹河上的盛庸的军队。
这个月的晚些时候，燕王又击溃了平安的援兵。皇帝在失望之中于4月17日重新罢免了齐泰和黄子澄，而以茹瑺取代齐泰——茹瑺（1358~1409）和遭贬的李景隆现在是朝廷里的主和派领袖人物。
这种重新组合的方式形成了人们熟悉的格局。当胜利似乎在望时，齐泰和黄子澄被官复原职；当战局不利时，他们又被罢了官。这不仅是意在安抚燕王的一种只有象征意义的人事变动；它表现了皇帝周围存在着严重的派系斗争。在政府新班子的领导下，皇帝向燕王做了一些最后遭致夭折的和平试探。但是，他继续支持他的这两位主要的顾问，而且委托他们去长江中游组织民兵队伍，以取得对他的帝业的支持。
在整个这个夏天，燕王不断袭击通往真定和德州的运河供应线，捣毁了从北直隶南部到山东南部的仓库和运输设施。
1401年7月初，盛庸未能切断燕王沿运河的供应线；这条线路使山东北部的帝国部队面临很大危险。8月末，平安从真定对北京发动一次胜利的反击，迫使燕王又一次回师北上。但是，平安和他的僚属们在10日末又被遏阻，燕王则在11月底回到了北京。与此同时，建文朝廷从朝鲜输入战马，想以此增强它的战斗力，因为朝鲜国王李芳远（1400-1418年在位）公开表示支持皇帝打燕王。但是这些办法未能影响战争的结局，因为军事领导太无能了。1402年1月，燕王离开他的封国，开始对南京发动一次新攻势。
他听了给他当间谍的皇帝宫内太监们的劝告，绕过了运河沿岸、安徽和南直隶的淮河沿岸的设防堡垒，集中进攻那些防御甚差的城市和县。他的部队绕过了德州，渡过了黄河，并在一个月之内拿下了山东西北部的几个咽喉据点，完全切断了帝国政府通往北方的供应线。朝廷马上派已故徐达将军的长子、同时又是燕王妃的兄弟徐辉祖带兵增援山东；但是他没有能够挡住燕王的军队。燕王一直南进，在3月3日拿下了南直隶西北部的徐州。这时，皇帝的军队从北京地区和德州撤回，想保住南京畿辅地区。
1402年4月初，燕王进入安徽北部的宿州，打败了平安的骑兵，后者是被派来拦截他的。但是，5月23日燕王在安徽灵壁南面的祁门山受到严重挫折，被徐辉祖所率皇帝方面的优势兵力打败。燕王在这次战事失利中幸免于难，在5天以后，他利用徐辉祖突然被召回和援军到来的机会，对在灵壁驻兵的平安发动突袭，拿获了平安本人和其他几个重要将官。他的军队在6月7日攻破了淮河上盛庸的防线，并在绕过了淮河附近的凤阳和运河上的淮安（在洪泽湖附近）这两座坚固设防城市之后，以闪电的速度直下淮河，于6月17日攻占了扬州。7月1日，燕王的部队被盛庸的水军挡在南京对岸的浦子口。两天以后，指挥长江舟师的都督佥事陈瑄（1365-1433年）叛投燕王，因此燕王的军队有了渡过长江的船只。他们马上过了江，未遇抵抗地直抵南京城郊。
在此以前，建文帝曾经把他的军队从北方召还，并纠集南京附近的新兵来保卫京师，但是朝廷的政策迄至最后一刻也没有定下来。6月20日被召回的齐泰和黄子澄力主不惜一切代价保卫京师；李景隆和茹瑺则倾向于通过谈判解决问题。7月9日，皇帝派李景隆和洪武帝的第19子朱橞（1379-1417年）到南京城外的龙潭向燕王提出议和。他们回来报告说谈判失败，但是他们显然利用这次使命想用别的办法终止战争。5天以后，即7月13日，李景隆和当时防守金川门的朱橞私下密谋；他们不经战斗，大开城门，欢迎燕王入城。在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后发现了几具烧焦了的尸体，据说它们是皇帝、马皇后（于1395年结婚）和他的长子朱文奎（1396年生）的尸体。
皇帝最后的真正命运仍然是一个谜。不能肯定他是否真的被烧死了；后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。官方历史学家当然只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王就不可能称帝了。皇帝的第二个儿子朱文圭当时只有两岁，他和皇帝家中其余幸存的成员一起被生擒。他被免于一死，但和其他家人一起被长期监禁，直到1457年他56岁时才重获自由。燕王在礼仪上拒绝了他的支持者们反复劝进之后的几天，于1402年7月17日即皇帝位，但不是继承建文帝的帝位，而是继承太祖高皇帝的帝位。
次日，他下令给据说是建文帝及其家属的遗体安葬如仪，但是，他没有给这位死去的皇帝以谥号。接着他发了几道文告，把他的登极遍告国内和国外。1402年剩下的几个月被称为洪武35年。新皇帝用这种办法明确地否定了建文帝的合法性；他把次年称为永乐元年。开国皇帝的所有法律和制度一概予以恢复。另外，新皇帝命令销毁建文时期的档案，只留下关于财政和军事问题的档案，同时他又禁止关于这个时期的事件的一切论述。
新皇帝把最暴烈的手段专门用来对待忠于建文帝的官员们——像齐泰、黄子澄和方孝孺。他曾经希望那个不易收买的方孝孺现在会俯首承认他的胜利并给他效命，以此操纵士大夫阶级来支持他的事业。方孝孺对他破口大骂，因此他和另外一些人一起被残酷地处死，他被说成是曾经错误地引导皇帝的大奸臣。这是一次恐吓中国有独立思想的知识分子的血腥行动。在此期间，和从前建文皇帝的官员有牵连的成千上万无辜的人民都或者被处死，或者被监押，或者被流放；这一次血腥清洗的猛烈程度只有明太祖所实行的****可与之相比。
不管建文帝是被焚而死还是为了逃避而乔装成和尚，他的结局很凄惨，失掉了九五之尊。为了实行报复，永乐时期的官方历史掩盖了建文的年号而人为地把明太祖的统治时期延长了4年，即从洪武32年延长到洪武35年（1399-1402年）：这个时期曾经被历史学家称之为“革除”时期。建文的年号迟至1595年10月才被万历皇帝恢复，那是作为编纂明王朝历史的流产的计划的一部分提出来的。可是，要到242年以后的1644年7月，南明君主福王朱由崧（1646年死）才定建文帝的庙号为“惠宗”，谥号为“让皇帝”。这后一个尊号之所以被选用是为了适应民间传说，即建文帝并未死于宫中大火，而是为了解除内战的普遍苦难而自愿逊位给他的叔父的。
福王的统治不过一年，这个统治及其敕令均未被清政权所承认。只是到了1736年9月当乾隆帝（1736~1796年在位）封建文帝为“恭愍惠帝”时，他的皇帝地位才完全恢复。由于这种种情况，他在明王朝的正史（《明史》，1736年）中被称为“恭愍惠帝”，但在由王鸿绪（1645~1723年）在1723年完成的更早一些的《明史稿》中还是直截了当地被称为“建文帝”。
建文皇帝和他的顾问们在他们的真诚而勇敢地致力于提倡仁慈的文官统治和推进群众福利方面，留下了一笔重要的遗产。他们放弃了明太祖的政策，并且与燕王发生了冲突，因为他们是在不同的背景下掌权的，同时又公开承认有不同的统治概念。燕王的权力是建立在北方边境上，而且依靠的是军官们的支持；建文帝及其左右与此不同，他们是以南京为基地，他们依靠的是长江下游的儒家精英阶层。他们认为搞像洪武帝时期那样的极权主义的和军国主义的统治，会大大地危及王朝，因此他们相信只有提高儒家价值观和文官的权威，去掉有权势的和半自治的诸藩封王子，才能使之得到纠正。他们没有成功，倒不是因为他们在兵力上次于燕王，而是因为他们没有多少实际经验，在战场上缺乏果断的领导、周密的计划和首尾一贯的战略方针。
这次内战对于明王朝所产生的结果已经超出了争夺帝位的阋墙之争。洪武帝封建半自治的藩王已经对王朝的稳定造成了严重的威胁；同时，用军事势力压过文官制度的办法来支撑独裁统治，这就在无意中挖了皇帝权力的墙脚。燕王的胜利不仅是一个藩王对皇帝朝廷的胜利；它也是军人权力对文官政府的胜利。燕王——即永乐帝——无限期地延续了开国皇帝的军事遗产；这份遗产使文官政府黯然失色，还使帝国达到了权力和影响的顶峰。可是，建文帝的文官之治的理想并未丧失殆尽。它仍被继续在永乐帝手下供职的前洪武帝和建文帝时期的官员们所珍惜；而且当永乐帝死后，他们再一次提倡儒家关于文官政府的原则，并在洪熙和宣德两朝取得了具体结果。
在通俗性的历史着作中，建文之治通过关于这位命途多舛的皇帝的大量传奇故事而受到人们的怀念——这些传奇之所以产生是由于人们同情他的苦难遭遇，以及被他的有神秘色彩的命运所吸引。这一传统最初之所以形成，是因为人们天真地相信，在南京陷落时皇帝并没有死于宫中之火，而是乔装成和尚设法逃离了京师；后来情节变得越来越复杂了。1440年末的一个稀奇古怪的事件表明了这个传说有多少人信以为真。有一个90岁的老和尚利用这个传说来到了正统皇帝的朝廷，自称他是从前的皇帝。这个骗子后来被揭露并处死了，但这个事件却助长了人们的幻想，也激发了其他相关传说的产生。
在16世纪以后关于这个题材的小说演义中，建文帝和他的殉难的随从人士都逐渐变成了悲剧式的英雄人物。这些作品都把这位皇帝描写成为一位勤于政事的和仁慈的君主，对他的叔父慷慨大度，并自动地提出把皇位让给了后者。它们还渲染一个故事，说在京师失守之****逃脱了叛变者的耳目，当了一位高寿的和尚，死后仍然留有后代。它们也同情地描述建文的殉节者，如齐泰、黄子澄和方孝孺，说他们是忠臣义士，声称他们的身后也仍有许多后嗣，尽管他们受到迫害。这些无奇不有的传奇故事不仅反映了人们对建文帝及其所信奉的理想的同情；它们还表明了对于永乐皇帝的不公正所要倾泄的被压抑的愤怒以及对他的暴虐政策的不满情绪，同时也是对他篡夺合法继承权的否定。
说建文帝自动地让位给燕王，这种故事越来越受到人们的欢迎；此说甚至被郑晓（1499-1566年）认为有可信的历史真实性，并把它收于他的《建文逊国记》（约1566年）中。它因此助长了人们给建文帝重新树立形象的心理，并导致在1595年正式恢复了他的年号的行动。关于建文朝代的幻想故事和传闻轶事在下一个世纪仍然不断地出现。这些传说变成了人们发泄压抑情绪的通风口，是他们在极权统治下对要求仁慈和正义的呼吁。它们不仅戏剧化了这位皇帝的英雄业迹，使他成了悲剧式的人物；由于它们进而想纠正不公正，它们谴责永乐皇帝及其支持者们是一伙叛贼和恶棍。人民群众对这位先前的皇帝的同情是如此普遍，致使它被明末清初的许多叛乱领袖所利用，他们都伪称自己是他的合法的后代。在学者精英阶层中，从明代中叶和末叶起，也一直增长着这种谴责永乐皇帝的倾向（虽然只是用掩盖的词句来写的），因为他们把社会问题看成是他的专制政策的后果；所以在这种倾向中也存在着类似的对他的同情心。乾隆皇帝在1736年决定恢复建文帝的合法地位，其部分原因便是人民和士大夫精英怀有这样的情绪。
相传，朱允炆逃离京城后，颠沛流离，千方百计逃避追杀，后隐居于湄江的观音崖一带。诚心向佛，终了一生，着名的藏君洞也因此而得名。朱允炆在当皇太孙时，太祖朱元璋曾出联“风吹马尾千条线”，要他和燕王朱棣以对。朱允炆对曰：“雨打羊毛一片膻。”朱棣则对曰：“日照龙鳞万点金。”朱棣之对太祖较为满意。从中也看出了朱允炆的懦弱、平庸和朱棣的野心勃勃。太祖驾崩后，皇室想了一些方法来巩固朱允炆的皇帝宝座。但毕竟人算不如天算，后来江山终究被朱棣所得。而上面的对联却成为二人命运的谶语。话说朱允炆在湄江隐姓埋名，自称应文和尚，留下了许多对联诗话。其中对观音崖风光的描写联“峰如巢风彩，崖似卧龙文。”使观音崖群山之秀美，崖峰之深奥玄妙跃然纸上。在长期的流亡过程中，朱允炆一直以晋公子重耳的故事鞭策自己。希望有东山再起的一天。但后来他慢慢地发现，朱棣管理国家的能力比自己实在要强得多，也就慢慢地打消了这个念头。有联为证：“有梦难圆，尘世着魔迷木性；无风易醒，洞泉悟道静凡心。”轻风吹拂着平静的心，沉醉于大自然之中，哪还管什么皇权富贵，都只不过是过眼云烟。
多年以后，朱允炆触景伤情，咏联一副：“家从京畿而来，回首五岳峨眉，此等山川甲天下；帝似尧舜以后，伉怀秦皇汉武，如我王孙旷古今。”这既是对湄江美丽风光的衷心赞美，也是对自己一生坎坷命运的高度概括，更是对无奈现实的宣泄、壮志难酬的遗憾的真实写照。
