那时的燕王只有10岁，直到他成年以后才于1380年4月去北京就国。到了这时，他在宫廷已经接受了优秀学者和佛教和尚们的最好的通才教育。他在明王朝头等将领们的辅导之下也已经开始表现出军事领导才能；特别是徐达（1332~1385年）对他的教导更有效，因为1376年他在皇帝的意旨下娶了徐达的长女。在往后的数十年中燕王守卫他的藩封时，他经常指挥对蒙古人的战斗，在老将们的辅弼之下很会打仗。他的功绩赢得了他父亲的好评，但也引起了后者的烦恼，因为他越来越变得心志不凡、目中无人和闹独立性。当1392年洪武帝册封他长兄的儿子朱允炆而不是指派他为皇嗣的时候，燕王显然是异常失望的。
1398年末，即建文帝即位之初的几个月中，皇帝开始考虑怎样增强自己的权力而同时削弱诸封建王国的权力，并且利用或有或无的罪名对那些较小较弱的藩王采取激烈的行动。周王朱橚（1361~1425年）是第一个倒台的，接着另外四个王子也垮了下来：代王朱桂（1374~1446年）；湘王朱柏（1371~1399年）；齐王朱榑（1364~1428年）；以及岷王朱楩1379~1400年）。一年之内在五个举足轻重的藩封被废之后，燕王便成了下一个目标。朝廷承认他是最棘手的敌人，因此在行动上很小心谨慎；可是，这样一来反而给了燕王集结部队和作准备的时间。
现在不能肯定，燕王何时才开始下定决心对抗朝廷。据有些材料说，他在道衍和尚（后名姚广孝）的影响下很早就有和朝廷对着干的意思；按，道衍是明太祖派到他的王府里来任事的，并博得了他的信任。道衍据说在朱允炆被封为储君以后曾向燕王进言，说他注定会有九五之分；他并且鼓励燕王谋划进一步实现他的雄心壮志。当建文朝廷开始清洗他的兄弟们的时候，燕王马上觉察到他的地位危殆，因而他就商于道衍（这时道衍已是他的主要顾问和谋略家），应该采取什么步骤来对付这一威胁。燕王已经用招降蒙古士兵的办法扩充了他的部队，同时他又和那些对新皇帝已不再抱幻想的宦官内外勾结起来。可是他还无意立即行事，因为他的三个儿子正在南京作为人质，以保证他不乱说乱动。与此同时，双方的间谍和代理人来回打报告。燕王在1398年和1399年搞了许许多多鬼把戏，又是装病，又是装疯，请求遣返他的儿子们。直到1399年6月建文帝才准许他的几个儿子回到他们父亲身边——历史学家们把这一决定称为愚不可及；燕王这才决心用军事行动抗命朝廷了。
敌对行动爆发于1399年7月末；那时有个忠于建文朝的军官抓到了属于燕王藩国的两名下级官员，并把他们送往南京以煽惑罪处死。燕王抓到了把柄，利用这个机会在8月5日向邻近几个州县发动军事进攻，借口要清除朝廷里的奸佞官员。这标志着在朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对抗；后来这场战争被掩饰而说成是“靖难”之役。
为了给他的叛乱设词辩解，燕王在后来几个月内精心策划了几篇文告：它们包括在1399年8月和12月致朝廷的两封信，以及后来给官民一体知照的宣言。这位藩王坚持说，他正在进行的是终止内乱的正义行动，而且无论衡之以儒家的孝道，还是衡之以规定诸藩王义务的《祖训录》中的条款，他的行为都是对的。他指责皇帝，特别是指责他没有把他父皇的病情告知他，没有让他奔临丧葬；另外，还指责他毁坏先皇所居之宫室，从而背弃了洪武帝的祖训。
他还指责皇帝受齐泰、黄子澄等宵小之臣的诱惑，对诸皇子进行了迫害，并且错误地指控他在做军事准备来反对皇帝。他争辩说，他所采取的行动是正当的自卫，同时他要求皇帝去掉左右的奸诈顾问们，恢复太祖皇帝的法律和制度。除此之外他还声称，他有义务来执行这次惩戒使命，因为他是马皇后所生的最年长的健在儿子，就责无旁贷；他指天誓日地否认他对帝位感兴趣，只是说他是本着《祖训录》中的规定而开始清除朝廷中的小人官员的。
根据现代历史学家所提供的材料，他的任何指责是否有充分的事实根据，或者他是否真正能够在当时就把这些论点公诸于世，是值得怀疑的。可是，这些指责对燕王来说却是关系成败的问题；最终地它们要使他对抗朝廷的行动站得住脚，并且还可帮助他纠集能够抗命的人马。这就是为什么这位藩王在篡夺皇位以后要篡改历史记述，把那些和他的言论相矛盾的记载统统去掉，换上支持他的合法继承权力的一些历史说辞。
建文帝朱允炆是明朝的第二代皇帝，其父朱标是明太祖朱元璋的长子，早年立为太子，不幸中年早逝。朱元璋按封建礼法传统，立朱允炆为皇太孙，朱元璋死时，他已21岁了。继位后改“洪武”为“建文”，史称“建文帝”。但在位仅仅四年，即被他的四叔燕王朱棣用武力推翻，而下台后的建文帝下落，却又成了千古疑案，众说纷坛。主要有：隐居说。永乐二年（1404），何福之弟何禄，携子魁二、魁五与何福季子魁六，祖籍湘潭、原任左军都督顾成之孙顾兴国，战殁鄱阳湖的旗武将军齐成之子、千户齐兴（世界文化名人齐白石宗族之始迁湘潭祖），护送建文帝朱允炆由江西抚州临川来湘潭，护送人的眷属亦在随行之列。朱允炆始藏银塘，先后移居县城东隅之金泥湾和西乡之碧泉，改姓名为何必华，字汝川，娶银塘四甲土着何氏何惠之长女为妻，终年87岁。据湖北麻城龟山族谱记载何必华乃水部堂何姓二世祖，其后有何应瑞为明朝工部尚书，第二十三代孙何畅（有待考证）****说。据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役”。不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中****，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已****，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。
削发为僧说。清代名人吕安世和近人蔡东藩等则认为燕军破城后，建文帝无可奈何，遂想一死了之。此时少监王钺告诉他：你祖父临死时，给你留下一个铁箱子，让我在你大难临头时交给你。我一直把它秘密收藏在奉先殿内。群臣急忙把箱子抬来，打开一看，里边有三张度牒，就是做僧人的身份证，上面写好了建文帝等三个人的名字。还放着三件僧衣、一把剃头刀、白金十锭、遗书一封，书中写明：“建文帝从鬼门出，其它人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。”据此，建文帝三人剃了头，换上了憎衣，只带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城一扇小矮门。仅容一人出入，外通水道，建文帝弯着身子出了鬼门，其他八人随之出了鬼门后，就看见水道上停放着一只小船，船上站着一位僧人，僧人招呼他们上船，并向建文帝叩首称万岁，建文帝问他怎么知道我有难，僧人答道：“我叫王升，是神乐观住持，昨夜梦见你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入观为僧。”至此，建文帝似削发为僧，继承了祖业。
此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝****而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。他就把建文帝的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落。并派郑和下西洋“欲寻踪迹”，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻建文帝下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。胡濙访得建文帝离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年（1423），建文帝死于江苏吴县穹窿山，终年46岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
也有人指出，建文帝****身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。建文帝也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝。朱棣为了不留下“杀侄夺位”之臭名，故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的用心之机。综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实。但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。的学者认为，朱允炆并没有死，而是走了后门，到了山中去做了和尚，红崖天书就是他写下的在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有10万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有丰富的资源，并且已经废除了几个封建藩国。但是，这种简单的比较会把人引入歧途。燕王的强大表现在这样几个方面：他自己有领导能力；他的军队素质高——包括来自兀良哈诸卫的蒙古骑兵大队人马；他的战略高超；他又有不可动摇的必胜的决心。反之，皇帝的军队因指挥上无决断和协同作战不好而大受损害；同时朝廷又分散精力去搞那些甚非急务的政府改组工作，这当然也影响了战局。
从1399年末到1401年中叶是战争的开始阶段，它主要限制在北京（北平）府的附近州县和山东济南附近的据点。战争正式开始于8月末，那时建文帝派遣耿炳文（约1339-1404年）这位退休的高级军官为大将军去平定叛乱。9月11日，耿炳文想把叛军限制在北京附近，便在北京西南的真定部署了13万人的大军，但在两个星期之后便受了重创，被打败了。于是已故的将军李文忠（1139-1184年）之长子李景隆接过了指挥权；但是，他也同样无能。10月中旬，燕王离开他的封地去寻求新兵；李景隆便乘他不在北京的机会率领讨伐军从南京地区开往北京。他在11月12日合围北京，但是燕王马上回师并击败了李景隆；因为李景隆的士卒大多数是南方人，不耐北方的苦寒，因此他被迫在三个星期以后退兵到山东西北的德州。
12月6日，燕王又送了一封信给朝廷，指责齐泰和黄子澄。作为战略上的姿态，皇帝正式罢免了他们两人的官职，用茹瑺（1409年死）代替了齐泰。可是，事实上他继续依靠他们出谋划策。在1400年1月月中，燕王又在西北发动了攻势，攻入山西；他在山西攻取了一个关键的府城之后就直趋首府大同。李景隆拖延了时日。当他的援兵在3月份到达大同时，燕王已经回师北京，李景隆便拖着疲惫和深受北方寒冻之害的军队返回德州。
1400年5月，双方在北直隶中部保定附近的白沟河岸上展开了一场大战。李景隆这一次想用钳形攻势一举粉碎燕王的军队，但是他在5月14日因大暴雨和洪水而失败了。四天以后，两军约60万人马打了一场对阵战。李景隆的军队拥有火器装备；但是他再一次受重创而溃败，在5月30日先退到德州，然后又退到济南。燕王现在却受到平安将军（1409年死）部下一支帝国骑兵队伍的威胁；幸而他的次子朱高煦从北京率援军来到才救他脱离了险境。6月1日，燕王恢复了攻势，第一步进攻德州。
在开赴德州的途中他击败了李景隆劳顿不堪的军队，并于6月8日围困了该城。德州由平安和盛庸（1403年死）防守；后者是帝国最能征善战的将领之一。燕王对守军的攻势没有取得什么进展，而且在帝国军队手下连吃几次败仗，因为皇帝的部队有时出城袭击他的后方。9月4日，当燕王得知从南京正在开来一支救援部队时，他解围而去，退回了北京。皇帝的军队再次控制了德州。朝廷对李景隆的表现不佳感到沮丧，就在6月后期免了他的职，而以盛庸为大将军来负责平定叛军。在1400年秋天到1401年春天之间，燕王从逃离南京的宦官和将军们那里得了些消息，他便借此机会决定打一场消耗战。他采用游击战术，在北直隶的南部和山东西部进行一些牵制战和佯攻战，同时他找出了能绕过许多设防据点的南进路线。这就揭开了内战的新的一页。
