明代的第二个皇帝朱允炆生于1377年12月5日，即他祖父时代的洪武十年。这个年幼的皇孙被描述为早慧、孝顺和正直，据说他的祖父很钟爱他。如果不是遇到意想不到的事变，他可能会一直默默无闻地下去。1368年2月，洪武帝开始为王朝定下传统，即立朱允炆的父亲朱标为太子，因为朱标在名义上，也许事实上是他的嫡妻马皇后所生之子。洪武帝的目标是为皇位的合法继承树立一个正式的原则，希望以此杜绝将来在皇位继承问题上的纷争。朱标在许多方面都不像他的父亲：他是一个性情温和而有教养的人，但不很勇武。明太祖虽然对他的第四子朱棣的军事才能有很深的印象，但为了王朝的利益，他仍把朱标看作他恰当的继任人选。
使皇帝震悼不已的是，朱标在他的盛年37岁时即于1392年5月17日死去。可是，接班的次序是很清楚的：朱标的嫡妻所生的长子已在10年前死去。因此，皇帝只好找朱标一系的次孙朱允炆——即朱标的活着的最年长的合法儿子——为储君。这个未经过考验的男孩被立为皇嗣时不足15岁，他绝不能与他的祖父或他的叔辈相比肩，他的指定只不过是长子继承制原则的体现而已。虽然朱棣后来声称，他本人可能被入选为嗣君，只是因为那些儒士们的横加干预才未成功，但洪武帝事实上没有考虑把他的其他儿子立为太子。
在他的祖父死去后几天，朱允炆于1398年6月30日在南京即位，时年21岁。他确定下一年为建文元年，并尊封他的母亲——二皇妃吕氏（1402年死）——为皇太后。关于朱允炆的个性和他在位时的国内发展情况现已无可信材料，因为在他死后，他那一朝的记录都被篡改或销毁殆尽。建文帝时期的档案文献和起居注全遭毁灭，而幸存的私家记述又概遭禁止。
在建文帝继任者在位的时期，朝廷史官关于建文帝的行事写了一些歪曲真象的、极尽批判之能事的报道，想以此证明永乐帝夺权是有理由的。他们谴责建文帝和他的顾问们行为放荡和品行不端，把建文帝形容为不孝、奸恶和邪淫的人，指责他玩忽职守并犯有大不敬罪。后世同情这位被废黜皇帝的学者们关于建文之治则写出了一些与此截然相反的谀词，说这位皇帝又是孝子，又是仁君，称之为遵循儒士劝告和缓和明太祖苛烈行政的一位完美无缺的人物。他们谴责燕王大逆不道的篡弑罪行。这些残缺不全的、互相矛盾的材料要求人们必须进行最细心的审查。建文时期许多方面的事实真相将始终弄不清楚了。
年轻的建文皇帝书生气十足而又温文尔雅，他继承了他父亲的温和和好思考的脾性。他腼腆，且又毫无国政经验；且不说和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父们，他也没有那种自信心和坚强的性格，甚至也没有那种能力。这位年轻皇帝的温顺性格和儒家教育，使得他真正关心他祖父的高压行政措施对平民百姓的影响，因此他衷心向往的是实行理想的仁政。因此之故，他在政府的言论和行事上努力实行一些较大的变革，但这些变革却招致了灾难性的后果。
建文帝即位以后，他对这几位儒家师傅言听计从，发起了一些政治上和制度上的改革，看来其意图是大大背离了太祖高皇帝所做的安排。1380年因裁撤中书省而使中央一些行政机关被取消，它们在现在已部分地有所恢复；制度被修改，以加强文职行政功能和减轻政府的专制作风。为了贯彻这些改革，皇帝把黄子澄、齐泰和方孝孺都提升为行政负责官员。1380年裁掉中书省以后，明太祖曾经决定，国家一切事务都必须由他一人作为行政首脑来裁决。因此之故，翰林学士们和六部尚书只有建议权和在政府中执行命令之权。当新皇帝召集这三位士大夫来“参国政”时，这种局面就结束了。如果这些重建活动或多或少地不是虚构的话，这些皇帝的顾问们就不是只领干薪了，而是实际地在管理政府。这样做就大大地离开了第一位皇帝所定下的制度，因为皇帝的顾问们现在被置于在六部之上施政的地位。他们现在又制定政策，又执行政策，极像从前某些王朝中的丞相的所作所为；他们仅仅缺少丞相的头衔。没有这个头衔只是形式上尊重明太祖的《祖训录》，因为《祖训录》是严格禁止任命丞相的。
皇帝还做了一些改革，对帝国政府内部的权力进行重新分配，也使他自己能实施他的新政策。这些发展变化的确切性质至今很难说得清楚，因为大多数改革的记载已被销毁。但是，例如《皇明典礼》这种关于建文时代典章制度的书（1400年），以及此后另外编订的几种书至今仍可见到，它们可以帮助我们大致了解到这个时期政府中已实行和计划要实行的革新的梗概，并对它们的意义作出评价。1398年末，新皇帝听了方孝孺的话把六部尚书从二品提到了一品，又在尚书和侍郎之间加了一个侍中之职。这种制度上的改变把六部尚书提到了与都司同级的地位；自从废除丞相之后都司比任何文官的品级都高。因此，在他有意识地把政府牢牢控制在文官手中时，六部尚书的地位和权威提高了。
在政府官署的大小和数目方面以及在一整套官员的设置上，也都有了改变。户部和刑部的所属司从12个减为4个；都察院中的两个都御史合并成了一个；同时，国子监和翰林院的各项职责和人员编制大为提高和扩大。这最后两项改革表明，重点放在儒家教育上和翰林学士在政府中的顾问作用的加强上。在詹事府也设立了某些新职位，使翰林学士在教育和训练太子及诸年幼王子方面能发挥更大的作用。对六部及其下属司的组织所作的各种改动中，对官员和皇帝侍从的头衔所作的变动，以及对南京各官署的名称所作的改革，都是本诸古代的《周礼》行事的。这些变易不单是象征性地恢复古代的模式，也不像朱棣和他的历史学家们所说的那样是任意变更祖制。它们都是有目的的变革，意在搞一套新的建制，使权力归到皇帝信任的顾问的名下，加强文官之治，以削弱将军们和皇子们的权势。
为了贯彻他们设计出来的这些政策，黄子澄、齐泰和方孝孺都被擢升，握有空前大权，这就大大地背离了明太祖所定下的制度的模式。他们在国事中起着特殊的作用，简直就是皇帝的化身。他们即使不对内战负主要的责任，也要负直接的责任，因为他们对朝廷的控制和他们正在推行的变革给了燕王以发起叛乱的口实。燕王说，对建文的顾问们发动的惩罚性战役是忠于王朝的行动。⑤随着建文朝廷的消亡，所有这一切政治改变和制度上的革新都付之流水，它们只是作为复古和反动的背离祖制的失败的尝试留在人们的记忆中——是书呆子皇帝和他的不通世故而迂疏阔大和抱负不凡的，或心怀野心而又有煽动性的顾问们的一个愚不可及的消遣之作。
建文朝廷还有一些国内政策和措施值得注意；它们都偏离了洪武时代的既定安排。第一个措施是改进了明太祖所实行的严厉的法律制度。洪武帝曾经颁行了一整套法典，使之成为全帝国的法律准则。他有时用“诰”的形式来给法典做补充，有时又用“榜文”的形式来发布典型的案例。榜文第一次出现在《大诰》中；这种《大诰》在1385年和1387年之间曾经编纂、修订和扩充。它们出现在1397年版的《大明律》中；《大明律》把这些诰和榜文都收在它的附录中。建文帝认为他祖父的律令法典的某些部分过于苛严，特别是那些在诰和榜文中所定下的惩罚条款更是如此。据说，他在他祖父生前即已敦促洪武帝从他的法典中取消73条这样的条款。在他即位以后，他禁止以诰文为根据来进行审理和判案，同时停止张贴榜文，这就使他用正式遵守律令的手法，巧妙地掩盖了他事实上对他祖父的指令的否定。这些变革后来被永乐帝一扫而光；他恢复了太祖的所有严厉的诰文和榜文中的法律效力。 在财政方面，建文朝廷也制定了一些新措施，以减轻前朝某些过重的税收。
其中最重要的是减少了江南的过度的土地税，尤其是减少了富庶的苏州和松江这两个府的土地重税。这些减税措施是继续了洪武朝即已开始的减免政策，但是它们大大超过了以前的办法。富庶而人口稠密的江南地区自王朝开国以来就被课以重税，从而使这里提供了主要的财源。原来的税款意在实行惩戒。1380年4月洪武帝曾下令减税20%，但是即令如此，这里的土地税仍然过于沉重。例如在1393年，仅苏州一地就得全年交纳281万石粮米，这就是帝国2940万石全部土地赋税的9。5%。这样是太不平等了：苏州仅占帝国登记在册的耕地的1/88。由于这样过重的苛索，当地人民往往不能交足规定的税额，特别在凶荒年代更是如此；他们抛荒了土地，变成了游民，从而更加加重了纳税居民的负担，同时也减少了每年的税收。
1400年初，建文帝因有人申诉南直隶和浙江等地区赋税不公而采取了行动。他下令按每亩地收一石粮的统一标准在这些府里收土地税。洪武帝曾经禁止苏州或松江人氏被任命为户部尚书，借此防范出身于这些富庶州府的人们把持财政，偏私家乡，从而牺牲了国库的利益——现在建文帝也解除了这种禁令。很可疑的是，这些新措施是否得到了贯彻；到了1400年，建文朝廷已经深深地卷入了和燕王对阵的军事行动之中。
另外一项财政改革是限制佛、道二教寺观所能拥有的免税土地的数量。这项政策是特别针对佛、道僧侣们在江南富庶州府的情况而发的，因为在洪武帝的庇护下僧道们都攫夺了大量的肥田沃土，从而变成了有权有势的地主。他们的财富激起了人们的不满，因为宗教界的僧侣职事们不仅享有免除土地赋税和徭役的权利，甚至还把不法负担强加给当地居民，即占用他们的土地，强迫他们给自己服劳役。朝中的官员上了两份奏疏，请求限制佛教和道教的土地占有数量，建文帝在1401年8月发出的一道诏旨中批准了他们的建议。这一新命令只准每一名僧道拥有不超过五亩免除赋税的土地；多余土地应分给需要土地的人民。
这个政策又使得燕王找到了另一口实，说他的侄子如何违犯了《祖训录》；它进一步为他提供了对皇帝进行“惩戒行动”的理由。这些命令未必都曾经付诸实施，因为建文朝廷此后不久就夭折了。但是，由于它们攻击了佛教和道教僧侣们的既得利益，这些政策无疑地疏远了宗教界，特别是得罪了佛教徒。因此，许多佛教僧人都为燕王叛军效劳是不足为奇的：他们的领袖是这位僭主的顾问，即和尚道衍，此人自1382年以来即已为燕王服务（他后来名姚广孝，1335~1418年）。
对诸藩王国度里的行政也进行了一些改革：设置了宾辅和伴读，并让翰林学士以儒家的为政传统教育和辅导诸幼年王子。王子们还进一步不准参与文、武政事；这个命令显然与《祖训录》中的规定大相径庭。这些加强了皇帝对藩王控制的新条令是意在取消半自治性质的封国的总战略的一部分。
削夺世袭封国的政策的产生是由于担心几个有野心的皇叔可能要发难，特别是担心燕王朱棣。1370年以后，明太祖陆续分封了他年长的九个儿子（其中包括朱棣），把他们封在西北边境和长江中部，王位世袭；这些藩属王国都是用来作为抗击蒙古侵略和镇压叛乱的支柱。王子们都享有巨额年俸和广泛的特权；虽然他们在法律上对境内平民百姓不享有直接的行政权力，但他们每人都节制三支辅助部队，其人数在3000到15000之间。
为了确保他对分封诸王国的控制，开国皇帝在他的《祖训录》中曾定下了一系列条令规章来管束诸藩王的行为；《祖训录》首次发布于1381年，后来又在1395年做了修改。其中有一条规定：在新皇登极以后的三年时间内藩王们不许来朝廷，只能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷当道，诸王得准备他们的兵力，听候新皇帝召他们来“拨乱反正”，而在完成了他们的任务和驱逐了奸佞以后，他们仍应返回封地。
对于合法的继承原则定下了一条重要的规矩；它既适用于藩封王子的继承，也适用皇位的继承。其中主要的一条原则是继承人应该是长子，并为嫡妻所生。如果这一点已不可能，嫡妻所生的第二个儿子将成为合法继承人。为了使这些家法垂诸久远，明太祖对后嗣下了严厉的警告，禁止他们对他的训示有一丝一毫的改动；而且他告诫诸王，对任何违犯者，甚至皇帝本人，他们可以群起而攻之。这位开国皇帝的想法是很不现实的；制度上的调整总是不可避免的。新皇帝现在企图削夺诸王的权力，这就使他与他的叔父们——特别是燕王朱棣——发生了公开的冲突。
然而可以理解的是，在这些藩王看来，他想削夺分封诸王一向享有的权利和特权的行动严重地违反了《祖训录》。人们向来认为削藩的政策是黄子澄和齐泰所出的主意，但是，它也可以说是出自皇帝的圣裁。黄子澄是这一政策最积极的拥护者，据说他使皇帝对采取这项政策的重要性获得了很深的印象，因为他向皇帝讲述了公元前154年汉代的七国之乱反对汉景帝（公元前157-141年在位）的故事，而且也一般地提示了这些强大而又拥有半自治权力的藩封所特有的潜在危险性。他们曾经考虑了两种行动路线：一是彻底废除藩封诸王国；一是减少他们的政治和军事大权。主要的目标是燕王；到了这个时候，洪武帝的二子和三子均先已故去，只剩下燕王是现在健在的最年长而又权势最大的藩王，同时他也是皇家礼仪上的尊长。
几经斟酌之后，建文帝决定走完全废藩的道路。这样便激起燕王举兵反对皇帝，他表面上是要恢复王朝原来的制度，实际上却是要保持他自己的权力和影响。
令人难以对付的燕王朱棣生于1360年5月2日，他的生母也许是洪武帝的一位贡妃。他不是像他自己后来所说的那样为马皇后所生；他的这种说法是想在他从他侄子手中夺取了帝位以后按照嫡长子继承原则使他的即位合法化。他长得坚强有力，同时也精通武艺，而且据说在学习儒家经典和文学方面也是出色当行的。他的文学功底在正史中有所表述，因为这种成就符合一个儒家君主的公开的形象。1370年5月，洪武帝把他封为燕王，定他的封地在北平（今北京），让他坐镇北方边境，以保证国内的安全和抵御蒙古人的入侵。
