唯识宗认为，人有八识，即眼耳鼻舌身意识六识、末那七识以及第八阿赖耶识，而现象世界就是由阿赖耶识摄藏的种子变现而成。比如说你眼中看到的山，并非说山的本来面目就是如此，而是说你眼中呈现的山是由你阿赖耶识中所含藏的山的种子变造而成。这里的种子和造，都不能以普通的含义去理解，它与植物的种子与植物生长的概念都不同。确切地说，种子是指成见，有分别心，而造则是指呈现。就是说阿赖耶识是人的有分别心，在阿赖耶识有分别心的呈现下，宇宙万物体现出它的虚假的表相，并没有呈现出本来的面目。唯识宗告诉我们，人只有转掉有分别心，断掉阿赖耶识，从而获得无分别般若智，才能看到世界的真相，世界的本来面目。唯识宗还讲三性，即遍计所执性，依他起性，圆成实性。依他起性是指现象世界的事物都是由各种因缘条件所构成，其直接原因就是阿赖耶识，正因为现象世界是因缘条件合成的结果，所以虚幻不实；遍计所执性是指人不知现象世界为幻有，而执之为实有，所执之实有之性就是遍计所执性；圆成实性，就是佛家讲的真如实相，它是指人在转识成智后，由般若智呈现出来的清净佛土，也是世界的本来面目。
玄奘大师所要解决的问题就是当时的真心唯识学与无明心唯识学之争。早在玄奘大师翻译唯识经典之前，陈、隋之际的高僧真谛就已经译了几部唯识经典，比如《摄大乘论》、《摄大乘论释》等。真谛在译这些论典的时候加进了自己的一些理解，比如唯识宗讲阿赖耶识是无明妄心，属世俗的有分别心，是虚幻的现象世界总的根源。但真谛却在阿赖耶识无明心之上增加了一个如来藏清净心，认为只有这样，才能为人寻找一个成佛的最后的根据（成佛的标志就是转掉阿赖耶识无明心，恢复如来藏清净心），而且更为重要的是人人本有的如来藏清净心，也为人人都可成佛找到了理论根据。如来藏，就是指每个人心中都有成为如来佛的宝藏，只是不被人知道而已。如来藏清净心也就是真心。真心唯识宗也就形成了中国佛教史上的一个派别。
宗门
在唐代中叶，佛教发生了一个改革运动，形成了一个新的宗派，这就是禅宗。禅宗认为，它自己接受了佛教经典以外的释迦牟尼的直接的秘密的传授，以本心作为自己的根据。
在唐代中叶，佛教发生了一个改革运动，形成了一个新的宗派，这就是禅宗。这并不是同唯识、华严等宗派并行的一个宗派。它自称为“宗门”，称别的宗派为“教门”。“宗门”和“教门”是对立的。禅宗盛行以后，其它宗派都逐渐式微，甚至消失，“禅”成为佛教和佛学的同义语。
冯友兰指出，“禅”是从印度的“禅那”这个词译过来的，是“禅那”的简称，意译为“思维修”或“静虑”，指的是佛教中的一种修行的方法。如佛教中所说的参禅打坐（凝神静坐）之类，其实禅宗是反对参禅打坐的。不过它更反对从文字上学习佛教和佛学，可以说是注重“思维修”。禅宗讲，当初释迦牟尼创立佛教的时候，除了说“教”之外，还有一个“教外别传”，“以心传心，不立文字”。“教”是靠文字言说来传授的。所谓教门，都是这一类的传授，每一类的教门都有自己所尊奉的经典。照禅宗的说法，真正的佛学不能靠这样的传授，也不尊奉任何一部经典。禅宗认为，它自己接受了佛教经典以外的释迦牟尼的直接的秘密的传授，以“本心”作为自己的根据，它自称为“宗门”，以别于那些“教门”。禅宗为了说明自己是释迦传法的正统，就拟定了一个佛门传法谱系。照禅宗的传法谱系所说，释迦的“密意”或“心法”在印度经过二十七代的传授，到梁武帝的时候，经过达摩传到中国。又经过五代，传给慧能。
慧能本姓卢，其父本来是北方的一个官僚，后来被贬到广东。慧能幼年以卖柴为生。后来听说禅宗的五祖弘忍在湖北黄梅宣扬佛教，他就到弘忍所主持的寺院去见弘忍，弘忍说：你是岭南人，又是少数民族，怎么能做佛？慧能说：人虽有南北，佛性本无南北，少数民族的人虽与和尚不同，但心中本有的佛性是没有差别的。弘忍叫慧能在寺里砍柴，舂米。有一天，弘忍叫庙里的和尚们每人作一个偈，如果作得好，就把法、衣（继承权的象征）传给他。神秀当时是弘忍门下“十大弟子”之首，已经年逾半百，众弟子都瞩望于他。他在墙上写了一首偈。偈说：“身是菩提树，心为明镜台；时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”弘忍知道后，告诉神秀：“汝作此偈，未见本性，只到门外，未到门内。”
慧能在舂米的地方，听见有人念这个偈，就说：我也想好了一个偈，但是不会写。他托了一个会写的人把他的偈也写在墙上，偈说：“菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃？”弘忍见偈，强抑惊讶，只淡淡地说：“亦未见性。”当夜潜入工房，问慧能说：“米熟也未？”慧能应道：“米熟久矣，犹欠筛在。”弘忍不复言语，杖击三下而去。慧能会意，三更天偷入内堂，接受了弘忍衣钵。
我们说过，寺庙有寺庙的政治规则。慧能虽然得了五祖的真传，但毕竟人微言轻，一个目不识丁的勤杂工，靠了四句话、二十个字，一夜间变为住持，让“十大弟子”作何感想？弘忍深明人心惟危，让慧能连夜逃往南方，而且叮嘱“三年勿弘此法”，以免为人所害。慧能遵命，隐遁五年之后，来到广州法性寺，听印宗禅师讲《涅槃经》。有一次，众僧就风吹动旗杆上的幡这一现象展开辩论。有人说是风动，有人说是幡动，相持不下。慧能朗声说道：“不是风动，不是幡动，仁者心动。”印宗大惊，得知慧能是弘忍传人，就请他登台“说无上道”。有了这个山头，慧能的南方禅才慢慢宏扬开来。
弘忍圆寂后，神秀主持着北方禅，一时风光无限。据《旧唐书》载，武则天对他恩宠有加，京都王公士庶，闻风争谒，望尘拜伏，“日以万数”。慧能的弟子神会不甘寂寞，大概是主张“国师轮流做，明年到我家”的，所以他积极游说宫廷官府，刻薄地批评（甚至诽谤）神秀，塑造慧能的金身法像。他的政治手腕成功了。
慧能和神秀的两首偈，反映了他们各自所创立的南方禅和北方禅的差别。神秀的那首偈意思是说，人的身子比如一棵智慧之树，人的心比如一面光明的镜子。要时时刻刻勤加擦洗，别让它落上尘埃。北方禅主张人本有清净心体，它是人成佛的根据。北方禅主张修佛要参禅打坐，凝神静思，反观心体，目的就在于消除杂念，保持住清净心体。这反映了《起信论》的如来藏清净心的思想。而慧能的那首偈的意思是说，本来没有什么智慧之树，也没有什么光明的镜子，本来什么东西都没有，有什么地方可以招惹尘埃呢？这是南方禅的思想。南方禅反映的般若经系空宗的思想，空宗认为一切皆空，不仅现象世界是空，连清净心体也空，所以慧能的偈中才说智慧本空，如明镜之心也空。
关于禅宗的思想，下一章再详细论列。
概念解释：
二谛：指真谛和俗谛。俗谛是指众生迷情所见世相，是顺凡俗迷情之法，故称俗；真谛是指佛教最高真理。佛为了教化众生，不仅讲真谛，而且也讲俗谛，以此接引众生进入佛界。
八识：佛教唯识宗认为人有八识，即眼耳鼻舌身前五识，第六意识，第七末那识，第八阿赖耶识。前六识即五官感觉与意识；第八阿赖耶识在佛教中，指轮回主体，它是外在世间的根源，外在世间由阿赖耶识中所含藏种子变现而成。种子又叫习气，也就是人说话、做事以及意念所留下来的业。此业使人堕落于六道轮回，不得解脱。第七识叫末那识，它执持第八阿赖耶识为真实的自我，而自我又是一切欲望、痛苦的根源。
圆寂：在佛教中，把得道高僧的去世叫圆寂。寂，即寂灭、摆脱生死轮回；圆，即功德圆满。
