前已叙述,在佛教传入日本列岛伊始,虽然所谓的崇佛·排佛之争把佛和神置于对立的位置,但是从佛被称为“蕃神”(外来神)这一点可以看出,佛与神之间从一开始起就存在相互融合的可能性。律令制国家成立后,佛教成为镇护国家的宗教,佛与神同被放在护佑国家的位置上。另一方面,随着佛教在民间的广泛传播,佛与神有了更多的直接接触的机会。这些都为神佛融合提供了前提。
8世纪以后,各地开始出现神宫寺。所谓的神宫寺,是指设在神社近旁的、供奉神的寺院。成书于8世纪后半叶的《藤氏家传》中记载了位于越前国(今福井县)的气比神宫寺的由来:
改和铜八年为灵龟元年,公(藤原武智麻吕)尝梦遇一奇人,容貌非常。语曰:“公爱慕佛法,人神共知。幸为吾造寺,助济吾愿。吾因宿业,为神固久,今欲归依佛道修行福业,不得因缘,故来告之。”公疑是气比神,欲答不能而觉也。仍祈曰:“神人道别,隐显不同,未知昨夜梦中奇人是谁者,神若示验必为树寺。”於是神取优婆塞久米胜足置高木末,因称其验。公乃知实,遂树一寺。今在越前国神宫寺是也。
即,越前国的气比神某日托梦给藤原武智麻吕,表达欲脱离作为神的宿业,归依佛道的愿望;为此,藤原武智麻吕在越前国建立了神宫寺。毋庸说,上述记事中含有传说的成分,但是脱离神身、归依佛法的思想,在不少神宫寺建立的缘起中都有所体现。例如,位于若狭国(今福井县)的若狭比古神愿寺的缘起,养老年间(717—724),“疫疠屡发,病死者众,水旱失时,年谷不稔”,若狭比古神对和赤麻吕讬言:“我禀神身,苦恼甚深,思归依佛法,以免神道无果斯愿致灾害耳。汝能为吾修行者”;于是,和赤麻吕建道场、造佛像,号称神愿寺。又如,位于伊势国的多度神宫寺的缘起亦是与神讬言有关,根据延历20年(801)成书的《多度神宫寺伽蓝缘起并资财帐》,多度神宫寺由僧侣满愿于天平宝字七年(763)建立。其时,满愿禅师居住在多度神社以东的道场,敬造阿弥陀佛像,有人来称神讬言:“我多度神也。吾经久劫作重罪业,受神道报,今冀永为离神身,欲归依三宝。”于是,满愿禅师在多度神社所在的多度山的南边,建造小堂,供奉神像,称之为多度大菩萨。
为希望脱神归佛的神建立神宫寺的说法,实际上是僧侣们借助人们对神的信仰以达到传播佛法的目的,即在佛教的传播中融合了神祇信仰的因素。如,前述的若狭比古神愿寺是为“大神修行”;多度神宫寺则是“种种所修功德,先回施于多度大神,一切神等增益威光,永隆佛教,风雨顺序,五谷风稔”。
神佛的融合不仅体现在供奉神祇的神宫寺,而且还表现在欢喜佛法、守护佛法的诸神的出现。其中,最为有名的是宇佐八幡大神。宇佐八幡神是诞生于丰前国宇佐(今大分县宇佐市)地区的神,镇座于宇佐八幡宫。根据成立于承和十一年(844)的《宇佐八幡宫弥勒寺建立缘起》,由于祭祀宇佐八幡神的小山田社“其地狭溢”,神龟二年(725),始造宇佐八幡宫,同时在宇佐八幡宫之东建造弥勒禅院;天平三年(731),宇佐八幡宫正式成为官币社。天平十二年(740),藤原广嗣之乱时,朝廷派往九州平定反乱的大将军大野东人曾向宇佐八幡神祈愿胜利。翌年(741),为了感谢神的护佑,圣武朝廷不仅称宇佐八幡宫为“八幡神宫”,而且向宇佐八幡宫奉纳了“秘锦官一头,金字最胜王经、法花经各一部,度者十人,封户,马五疋”及“令造三重塔一区”。显然,从赋予神宫以佛典、三重塔、得度人数等来看,宇佐八幡神已被朝廷定义为欢喜佛法的神了。天平胜宝元年(749)十二月,宇佐八幡宫的神职——祢宜尼大神社女乘坐紫色轿,参拜东大寺的大佛,孝谦天皇、圣武太上天皇、光明皇太后一同前往;同时,朝廷还授予宇佐八幡神一品的品位,理由是在东大寺的大佛建造出现困难时,宇佐八幡神讬言:神我率领天神地祇佑助大佛造立完成。8世纪末,八幡大神被授予大菩萨称号,成为既是神又是佛的佛神——八幡大菩萨。
宇佐八幡神宫的周边也建有神宫寺,例如前述的弥勒禅院。天平十年(738),弥勒禅院移建至宇佐八幡宫的境域之内,成为八幡宫弥勒寺。根据弥勒寺建立由来的传说,天平九年(737),宇佐八幡神讬言:“我当来导师弥勒慈尊,欲崇,迁立伽蓝奉安慈尊,一夏九旬之间,每日奉拜慈尊者。”于是,依照大神的愿望,奏报朝廷,于翌年(738),将弥勒禅院移至宇佐八幡宫,由此弥勒寺成立。显而易见,八幡宫弥勒寺的由来传说,没有宣扬脱神归佛的思想,而是强调宇佐八幡神对佛的守护。因此,神佛融合的形态并非是单一化的,有些神宫寺甚至与神社无关,只是与自然神信仰相结合。
进入9世纪以后,神佛融合进一步发展。贞观元年(859)二月,朝廷派遣的奉币八幡大菩萨使前往宇佐八幡宫,奉纳币帛、财宝、神马,告知清和天皇即位。同年(859)四月,奈良大安寺的僧侣行教奉太政大臣藤原良房之命参拜宇佐八幡神宫,在八幡大菩萨前不停地诵读佛经3个月,行教返回平安京后,奏请朝廷,声称八幡大菩萨向他讬宣:“吾深感应汝之修善,敢不可忍忘,须近都移坐,镇护国家,汝可祈请者。”于是,朝廷下令在男山(位于今京都府西南部)造立六宇宝殿。翌年(860),宝殿造成,安置八幡神像,石清水八幡宫成立。在男山,原有一所寺院,名为石清水寺,佛堂面朝东向,石清水八幡宫成立后,朝东的佛堂被改造为面朝南向,寺名则更改为护国寺,成为石清水八幡宫的神宫寺。石清水八幡宫,在创建之时,没有设置神职,宫寺的事务由僧侣掌管,至贞观十八年(876),始置神主,但是实权依然掌握在僧侣的手中。此后,如同石清水八幡宫与护国寺一样的神社·寺院一体化的宫寺盛行,成为神佛融合的重要标志之一。