明朝制度，司礼监权力极大，所有题奏事情，都要先总报司礼监，它还控制着最大的特务机关东厂和西厂，可以说是集行政权和监察权于一身。可是刘瑾仍不满足，他不愿意小皇帝对自己发号施令。他有两个“征服”小皇帝的“秘密武器”：一个叫“快活”，一个叫“烦恼”。
小皇帝从3岁起就在他的眼睛里长大，他的性情没有刘瑾不了解的。少年天子爱玩爱乐，刘瑾就极力迎合。刘瑾命人修建太素殿，修建天鹅房小码头，还投资巨款在皇宫外修建了一座新式漂亮的宫院，起名叫豹房。小皇帝在这所新宅里，与刘瑾选拔的无数色目——北方西方少数民族的女孩子淫乐，观看优伶作戏，走马乘舟，日不足则继以夜，他哪里还有功夫管什么军政奏章或民间疾苦？这就是刘瑾送给小皇帝的“快乐”。
在他玩得兴致盎然甚至光身嬉戏之际，刘瑾捧来了大叠文件请他到大殿里，让读章官员慢声细调地读，再一本一本地请他批示。起初，皇帝倒还忍着耐性应付，后来，章奏越来越多，终于有一天，他大怒了：“我用你干什么的？事事都来烦恼我！”刘瑾要的就是这句话，从此以后，刘瑾便可以堂而皇之地裁决各种奏章了。这是刘瑾送给小皇帝的“烦恼”开始。刘瑾还按规定把拟行的旨意——即他的意见送到内阁起草圣旨。后来刘瑾干脆不再理睬内阁，而和松江市侩张文冕和妹夫孙聪在家中研究拟旨。其实3个人一对半墨水瓶不满，弄不明白，就叫焦芳提笔润色。可惜焦芳也“粗鄙无学识”，所以，那几年的圣旨，大多“狗屁不通”。刘瑾的权力早已超出了人臣的权力，而成了真正的皇权拥有者。
五储六部长官每天候在刘瑾的门前，等候召见汇报；三品官以下，都要跪着请示；外出公干的京官离京还京都要到刘瑾家告别和报告，而且渐渐成为制度。所有奏章先用红本呈给刘瑾，然后，才用白本送通政司，呈报皇帝。都察院奏章写上了“刘瑾”的名字，他便大怒——也难怪，这几年，谁都哆嗦着称“刘太监”，而没有直呼姓名的。直到向来以整顿纲纪自诩的都察院御史们跪趴着谢罪刘瑾才罢休。可见刘瑾的势焰是何等厉害。还有一个邵宝官至总督漕运副都御史却从未给刘瑾送过礼，刘瑾派人暗示也不承意。及至召见，“瑾大怒”，吓得邵宝蹲倒在地，而且撒尿于地下。刘瑾觉得很威风，向人指处说：“这是邵宝撒的尿。”什么公卿大臣，在刘瑾眼中，鸡毛不如。他骂祭酒（国立太学校长）王云凤“你算什么东西祭酒，一嘴猪毛”。络腮胡子王云凤吓得请他视察太学（太监为人士所不齿，只有唐朝鱼朝恩破例视察过太学）来取悦刘瑾。
明太祖朱元璋曾对子孙有遗训：“士大夫不为我们所用者，当杀身灭家。”刘瑾也心领神会，残酷地排除消灭异己分子。
正德元年十月，围绕大学士谢迁、刘健退休，形成了一系列冤狱。给事中御史刘玉、左都御史张敷华、工部尚书杨守随、十三道御史薄彦徽、戴铣等上书，请求“留用刘健、谢迁，把‘八虎’明正典刑。”刘瑾大怒，派缇骑把他们逮捕，有的罢官流放，有的廷杖致死。南京兵部尚书为此一声叹息，被迫退休。颇有名气的理学大师王守仁（当时是兵部主事），上书替薄彦徽等争理，刘瑾假传圣旨痛打50廷杖死而复苏，贬谪贵州，旋又派人跟踪谋杀。幸亏王守仁聪明，把草鞋帽子扔在钱塘江边，写诗稿塞在鞋里，诗曰：“百年臣子悲何在，夜夜江涛泣子胥。”特务们看了，以为王已投江自杀，方回京复命。而守仁已逃入了深山，他的父亲也被迫退休。
不久，首倡公卿弹劾刘瑾的工部尚书韩文的库房里发现了假银子，刘瑾便以韩不尽职务将其罢官，韩文骑匹骡子连夜逃命。
大规模的迫害发生在5个月以后。正德二年三月，颁示奸党名单，包括王岳等3名内臣、两位大学士、3名尚书、两名都御史、1名郎中、4名主事检讨，16名给事中、25名御史，共53人，说他们颠倒是非，彼此勾结。命令“吏部查令致仕”。全体朝臣跪在金水桥南听读诏书。由此可见，一时被骂做奸臣的，或许正是被奸臣骂的忠臣。
正德三年，刘瑾又以雍泰事件，消灭了一批异己。雍泰也是陕西兴平人，是很有干才的闲住都御史，大家纷纷推荐，刘瑾觉得既是同乡必能三分向，就起用了他。可是雍泰偏不买账，说是“进退在天，刘瑾能把我怎么样！”刘瑾听说后就把任南京户部尚书仅4天的雍泰罢官，把先后推荐雍泰的前朝重臣马文升、刘大夏和尚书许进等都削职为民或者充军。刘大夏已经退休，逮捕他时，正在园中锄草，闻命即骑驴上路。发配甘肃时，雇骡车出都门，百姓追送，父老涕泣，不少女子挎篮送果。这样得民心的人居然遭到如此的迫害。
刘瑾的打击面很大，凡不投心对意的都不能见容。
正德三年，不肯给刘瑾送礼见面又不跪的御史涂祯被锦衣卫廷杖伤重死在大狱，还征索其子涂朴代父充军。三边都御史杨一清治边有功，因与刘有隔阂而被罢官。当年夏天，为追查一封攻击刘瑾的匿名信，竟下令朝官跪在赤日炎炎的奉天门外。连太监李荣都看不过，偷着扔冰块给朝官解渴。晒昏的拖走，中暑死了3人。当晚，300名五品以下官员，都被关进监狱。在数千年封建社会史上这都是绝无仅有的。刘瑾又把同情朝官的太监李荣、黄伟撵出北京。刘瑾通知兴华知府要求少年进士戴大宾离婚，好把侄女嫁给戴，知府不愿意，也被罢官。
为了进一步迫害异己，刘瑾强化了专政机构和刑法。正德三年，刘瑾设立了外行厂和内行厂，亲自统领；加上东厂西厂锦衣卫，爪牙遍布京城内外。创立一个犯法，四邻连逮制度，连隔河而居的也算邻居。江南人赛龙舟，东厂太监谷大用，竟诬说造龙舟是御物而大肆抄家。廷杖朝臣，明初施刑时都要裹盖厚毡，不过表示羞辱而已。自刘瑾开始让犯官脱衣赤体受杖血肉横飞，露筋见骨，打死人是常见的。南京给事中戴铣立毙杖下。蒋钦3次上疏，3次被杖90，死在狱中。刘瑾并开创制作150斤巨枷，让犯官大枷立于街头示众，数日至一月不等。因小事儿而受枷者也非常之多。因违规坐轿，因赴任迟到，都会被套上重枷，在苦雨炎日或寒风大雪中受刑，不死也得吐血残废。厂卫为求得到刘瑾欢心，搜罗侦缉，到处逞凶，连市井磨工、卖水的也被特务们赶出城外，无法为生，还命令寡妇都要嫁人，停柩没葬的都要烧掉，直闹得人人谈厂色变，惶惶不可终日。
正德四年一月，刘瑾采纳走狗李宪的建议，削夺了刘健、刘大夏等675人的诰敕。诰敕是皇帝给予功臣的殊荣或某种特许（如免死、免刑、免钱粮、准子孙继承官职），这就从根本上削夺并打击了他的反对派。刘瑾如此倒行逆施，草菅人命，使得天怒人怨，有一次他对一个心腹说：“我摧折的仕人太多了，天下的仇怨都集中到我身上，我不知往何处退身？”那个心腹劝他趁皇上无子的机会，选一个“幼而弱者”将来为帝，可以使他“长保富贵无忧”。然而他却妄想自己当皇帝。那个心腹觉得时机不成熟，因而不赞成。由此可见，杀人不眨眼的刘瑾也是虚弱的。
