第二阶段从1949年4月至8月止。大陆局势吃紧后，不少知识分子先后流亡港澳，也有不少自由派知识分子来到了台湾。这些人莫不以“国家兴亡，匹夫有责”而自许，接过了胡适等人在上海倡议办刊的号召。这一阶段《自由中国》半月刊的筹办工作就由这些人在操作。主要人物大都与胡适有着密切的关系，如他的学生毛子水 ，张佛泉 、崔书琴 等人是北京大学教授，王聿修则是华北大学教授兼政治系主任，都属于胡适先生民主理念中的“自由学人”。可王聿修等人对于这份刊物究竟在哪里办（原定于上海，后又想在香港）以及参与者的资格问题而意见不一，再加上经费毫无着落而陷入了僵局。
6月18日晚，台湾省政府教育厅长陈雪屏约餐，参加的人有雷震、毛子水、张佛泉、崔书琴、王聿修等人，再次讨论了《自由中国》半月刊“是否接受省府津贴”的问题。崔书琴表示不赞成，“认为省府可自办，我们的刊物应在香港举办，张佛泉之意见亦大致相同；毛子水赞成，只要我们独立举办，不受省府之干涉，因筹款不易，接受省府辅助，可使刊物早日问世……” 雷震显然是愿意赞成接受台湾省府资助的，从他当时的身份来看也顺理成章。两个月后，雷震赴厦门协助汤恩伯军事防卫，无力过问此事。因此第二阶段的筹备工作实际上是无果而终，王聿修等人虽有一番民主事业的改革之心，却因没钱而“心余力绌”，这是马之骕先生的断语。
10月19日，雷震从厦门返回台北，再次接手这项工作，《自由中国》进入名副其实的第三筹办阶段。10月26日，雷震、傅斯年、陈雪屏、毛子水、王聿修、张佛泉等人在聚餐时商议，预定先出两期，预算为五千新台币，即教育部三千、空军总司令部一千，剩余一千由雷震负责筹措。11月14日上午，雷震拜访陈纪滢、梁实秋二人，请其为《自由中国》半月刊撰稿；11月20日，《自由中国》创刊号正式出版，从策划、组稿、清样、印刷乃至出版，前后只用有一个月时间，从中可见雷震的办事效率。“下午竟有人上门定购或购买，闻有一家书店，十本立刻销售，可见对外声誉之隆。其原因当归发行人（指胡适，作者注）之大名也。” 从这一天起，至1960年9月1日发行最后一期，《自由中国》共出刊二百六十期，总共存活了十年九个月又十天，横跨上世纪整整一个五十年代。《自由中国》半月刊创办初期，一切从简。
分设编辑、经理两个部门，另有一个编辑委员会。按当时照法律规定，发行人负责向有关主管部门申请登记，并作为法定代表人，负有相关法律责任。《自由中国》社第一任发行人为胡适先生，此时他仍在美国，有关发行人责任问题，均由雷震一人代表。雷震身为社长，系杂志社的权利主体。编辑委员会当时有若干人，定期开会讨论内外时局问题，督促国民党政府进行全面改革，并确定其言论方针。编辑部设总编辑一人，第一任总编辑为毛子水，副总编辑为王聿修；经理部经理承社长之命办理总务、发行等业务，其经理为马之骕。不过，在毛子水、王聿修、张佛泉、崔书琴等人看来，“雷震是国民党里的强人，也是政治核心人物，所以对雷震存有戒心，惟恐受政治人物的利用，要划清界限，于是私下计议确定一原则，就是《自由中国》刊物，如果能办成功，一定请胡适先生做发行人。……否则就不参加。” 其实这也是雷震本人的意思。在这之前，雷震等人去奉化找蒋介石时，说好就是“请胡适先生出面领导”的。
《自由中国》创刊初期，编委会共有十七人，也是人数最多的时期。在大的理念上基本一致，但还是呈现出多元的态势。编委许冠三回忆说：“……不管大家如何争辩，若干批评政府的文稿，不是给改成温吞水，就是整篇见不了天。当争到无词以对时，他（指雷震）总是与毛子水劝我们年轻人莫动火气，须以大局为重。他从不大声说话，只是慢慢地跟大家磨，更不发脾气，几个月下来，我们终于明白，他那‘各党各派之友’的绰号得来绝非偶然。” 以马之骕的观察，当时编委们大致可分成三种思想路线，“第一是由胡适为首的‘自由主义’的思路；第二是以雷震为首的‘三民主义’的思路；第三是所谓少壮派的‘唯我主义’的思路。
”其中以“少壮派”最为壮怀激烈，他们认定国民党之所以沦落到今天这个样子，完全是由于贪污、腐化、独裁的结果……编委们之间确实也存在过一些矛盾，再加上雷震一度对编辑职权和制度等考虑不周，引起过一些不快。杂志社在借用雷震私宅的“外客厅”作为编务场所时，有读者投稿，雷震见着就顺手拿到自己的书房里拆开看了。副总编王聿修对此不以为然，当面提出过异议。王聿修是最先一位辞职的人。他在向雷震和编委会提出请辞时，再三说明完全是因受其香港方面朋友之邀前去主编《前途》杂志，盛情难却。马之骕则以为“这看起来是因缘巧合，其实并非完全如此，也有一些情绪上的问题”。不过，在《自由中国》半月刊风雨十年中，编委们的进出离合，并没有影响这本刊物的正常出版。编委张佛泉先生说过：“在筹备期间，我们对雷先生都有戒心，现在证明他是一心一意地要把《自由中国》办好……”这是《自由中国》创刊一年后，张佛泉受台中东海大学之聘出任文学院院长，就任前请马之骕在他的泰顺街寓所便餐时所说的一番话。
就创办《自由中国》而言，开始时确实得到过国民党高层的鼓励和资助。虽然筹办初期有关人士拒绝了台湾省政府的资助，但依靠教育部每月所提供的三百美金，终于如愿以偿地运转了起来。《自由中国》半月刊创刊不久，在赠送军队的同时拥有军方的大量订户，此时正是雷震及《自由中国》半月刊与当局合作的蜜月期。1951年，陶希圣 在任国民党改造会第四组组长时，每月拨出一千五百元新台币以作为邮寄费，后因《自由中国》与当局发生言论冲突，接任者自1952年停止了接济。教育部的经费，自陈诚1950年担任行政院长后，由程天放接替杭立武为教育部长，陈诚以“军事优先”为由决定停止补助，后经雷震多次交涉，仅一次性提供补助新台币一万元。从1949年11月至1950年底，教育部补助的经费约在新台币三万元左右。1987年8月11日，马之骕与杭立武有过一次录音谈话，杭立武回忆说：“……那个时候由教育部补助的有两个杂志，一个是《自由中国》，一个是《反攻》。
按月由教育部补助他们三百美金，为什么给美金呢？因为那个时候的币制常常波动，而且变动得太快，恰好教育部当时存有相当数目的美金，所以我就指定每个杂志一个月，给三百美金的补助费。不少了！一年就是三千六百美金嘛。” 1949年，美金与新台币兑换率为一比五，三百美金折合一千五百元。除此之外，吴国桢作为雷震的好友，自接任台湾省政府主席后，从1951年3月至1953年春，每年也资助二万元，这是无条件的支持，没有丝毫想介入办杂志的意图。
这时王聿修已离开《自由中国》社去了香港，崔书琴自担任国民党改造委员会设计委员会主任委员后也离开了杂志社，没有人会对此再提出异议。从当时的情况看，来自国民党方面的资助实际上于在953年春天时就已完全结束了，军方更是停止了对《自由中国》的订阅，至此《自由中国》社与官方已然没有任何关系，真正成为一本民间的政论刊物。此后就是雷震利用私人关系四处寻求赞助，以维持杂志的运转，其中以旅日华侨张子良开办的民营侨丰实业公司支持最多；其他热心者如吴铁城、柯俊智等人负责向菲律宾华侨进行募捐；陆根泉、刘梧桐、吴开先等人负责向香港工商界进行募捐；杨管北等人负责向台湾工商界进行募捐，这些人都是雷震的旧雨新知，“他们对于《自由中国》的成长，都是功德无量的”。
二，政治上的抉择
1949年12月7日，“中华民国政府”迁至台北；11日，国民党中央党部也迁至台湾，标示着国民党在大陆的执政时代彻底终结。这时国民党政府与美国的关系也跌入了低谷。12月29日，美国总统杜鲁门在白宫召开国家安全会议，研讨台湾问题。会上分为两派：一派以参谋长联席会议主席布莱德雷为代表，坚决主张派军事顾问团赴台，帮助蒋介石防守台湾，否则菲律宾、日本等国也将受到威胁；国务卿艾奇逊予以驳斥，认为共产党在事实上已经控制了全中国，其原因是国民党自己的崩溃，美国必须正视这一现实。杜鲁门最后支持艾奇逊的意见，决定抛弃蒋介石和台湾。1950年1月5日，美国总统杜鲁门召开记者招待会，代表美国政府发表《关于台湾的声明》。声明再次确认《开罗宣言》、《波茨坦公告》中关于台湾归还中国的条款，宣告美国政府无条件地认为台湾是中国的领土。蒋介石政府决定以低调回应，雷震参加了这次在台北草山由蒋本人亲自主持的计设委员会会议。会上决议对美国的这份声明“蒋介石本人暂不说话，于十日内或两周内由政府发表一篇扼要之答辩，政府人员不可随便发言……”等策略。
