就在立法院否决李宗仁提名的这一天，雷震从广州飞回了台北。在这一段时间里，雷震除参加各种会议之外，为创办《自由中国》半月刊多次与诸同仁进行商议。两个月后，雷震与方冶又从台北赶赴厦门，再次协助汤恩伯守卫厦门。到达厦门的当天下午，雷震与方冶视察了厦门的防御工事。以他个人的看法，厦门岛“四周筑有公路，年久失修，应予加筑，以防万一之用。此岛只守据点，配备相当机动部队，如某处发生问题，可用汽车动兵堵截，如此可节省兵力。本岛四周环海，最狭处仅五百公尺，故守此岛，须守对江之桥头堡，需要相当海军力量，控制海中活动之渔船。” 这不过是雷震的书生之见，军人汤恩伯大概不会这样想。这时解放军已逼近金、厦，台北方面的援兵迟迟未到，“兵力单薄，无钱无兵，等于空城之计”，汤恩伯“夜眠不安”。8月27日，汤恩伯亲自返台与陈诚面谈。
因请台湾方面增兵却又无兵可增，于是汤恩伯建议改调刘汝明 部前来厦门协防。然而刘部军纪一直不佳，所到之处，骚扰不堪，厦门人不独闻而畏之，且逃避一空。雷震曾再三提醒汤恩伯要考虑这一点，然出于无兵之奈，汤不得不出此下策。9月1日，雷震因受寒而浑身无力，在寓所休息一天。警备司令部逮捕厦门大学一教授，同时还有学生六人、工友四人。该校校长汪德耀先生及训育长、总务长直接找上门来，请雷震出面过问此事，“若无证据迅予释放”。雷震答应帮忙，第二天与毛森司令联系，请他按照法律程序办事，不可乱来。9月15日，平潭告急，汤恩伯率舰前往救援。谁知汤到后，发现军队早已溃逃，至为恼火。而陈诚答应的援救物资如粮、饷、弹药等迟迟未到，汤认为如此下去，于己固然是一个失败，而于国家更无利。汤恩伯决定让雷震去见蒋介石，以求得蒋对自己的谅解。
9月19日，雷震一行到达广州，即订下前往重庆的机票。这时有消息传来，说蒋介石将于不日抵穗。雷震立即向重庆方面求询，答复是：9月21日若能抵渝则可去，之后就不必去了……9月21日晚，雷震在重庆林园见到了蒋介石，向他报告金厦军政现状、汤所遇困难以及有辞职的念头等，希望蒋能去厦门视察一次。蒋对雷震说，汤在此时不能辞职，至于是否前往厦门视察则未加任何说明。9月24日，雷震回到厦门。汤告诉他，九十六军和六十八军均不能战而退至岛上，保安团也溃退至小金门一带，目前只有五十五军在抵抗。汤这时又想派人返台与陈诚商量其援救方案，让雷震与方冶二人中去一人，究竟谁去由他们自己定。方冶并未与雷震商量，就自行决定前往台北，对汤则说这是与雷震商量好的。雷震多少感到有点不快，在日记中写道：方冶“公然造假话，我见其如此作为，做人的条件还不够，遑论作事。
我与恩伯友谊数十年，他愿去当然让他去，但应当明言，天下事都可以商量，尤其这类小事，我绝不会与之争也” 。此时汤恩伯遭到了内讧，《中央日报》刊有总统府发言人的一个谈话，指责汤“在戡乱诸役，军纪废弛，失土丧师，应予惩罚，故对福州绥靖主任（一职）不能同意，请行政院另提”。汤恩伯阅之大怒，说“李德公如此作法，似有与介公破裂亦所不惜之意……大敌当前，内讧不已，前途之危险，殊难逆料也。”汤恩伯一气之下拟离开厦门，想让雷震与方冶代其维持几天。雷震认为不妥，劝其“先到台北与总裁说明，不可偷偷离去”。10月17日，蒋介石一行乘商船“华联号”至厦门附近海面，汤恩伯、雷震、方冶三人登船面晤。下午四时，蒋众人登岸，分别召见团以上干部及厦门市市长、商会会长、党部人员。临上岸前，蒋单独召见雷震，雷震为汤恩伯说不少好话。这时中华人民共和国已宣告成立，蒋介石的心情显得更加暴戾不安，“今后革命一切听命于党，党有主义与领导，由党指挥政治与军事”，似乎又回到了行宪前的训政时代，雷震深感国民党的政治前景不妙。
1949年10月16日，厦门失守。
10月19日，雷震、方冶离开金门经高雄返台，汤恩伯亲自送行。汤写有二封信，一封给蒋介石，另一封给陈诚，让雷、方二人代为转交。汤在给蒋介石的信中详述10月15日之战的经过，以及刘汝明、曹福林 等人如何不肯反攻，建议二十九师保留其番号，其余均予撤消，送至火烧岛管训。至于他本人未能完成交达的任务，请求加倍处罚……信中还有“雷震、方冶二人任务已告一段落，现为军事休整，二人可返台休息”之句。雷震总算结束了协助汤恩伯军事防卫工作，尽管上海、厦门先后失守，雷震已是尽了全力，蒋介石并无责备之意。
到台后当天，蒋召见雷震，让他转告汤恩伯不可在船上指挥，尤其不可住在船上。雷震以人格向他担保汤在十六日之前绝无住在船上之说。蒋不信，说根本就不应当上船的，不可老是逃跑，名誉要紧，将部下丢下，太不成话……说完，蒋介石独自走进内屋，雷震见状只好退出。因厦门要塞失守，国民党内部对汤恩伯微词颇多，包括王世杰在内对此也有所不满。直至10月26日，金门一战汤恩伯取得大捷，雷震这才感到“恩伯及予等亦可稍为抬头”了。四天之后，汤恩伯返台，雷震、方冶、陈大庆、宋英等人去机场迎接。这时，《自由中国》半月刊正在积极的筹办之中，最初定在11月15日出版第一期；后因排印不及，至1949年11月20日才正式出“创刊号”，胡适任发行人，雷震为社长。
缘起与创办
经历了上海、厦门之战后的雷震，其时心情十分低落。
1949年10月22日，雷震回到台北的第二天，即与当时的教育部长杭立武商谈筹办《自由中国》具体事宜，杭立武也是最早在上海发起创办此刊的要角之一。由于资金尚未落实，杭立武允诺教育部分担其部分经费，即每月支付二百美金。10月23日，杭立武从台北前往香港，然后转机拟前往重庆，雷震等人去机场送行。雷震觉得办刊经费仍不够，让杭立武再追加至三百美金，杭答应了，嘱其办公室人员胡秉正按月付给。这时雷震才算真正介入了《自由中国》半月刊的创办工作。在此之前，除这一年春天在上海与胡适、王世杰、杭立武等人议过此事外，雷震就一直忙于协防上海、厦门军务，以及应付党内各种大小会议和琐事，根本无暇来推动其创办的实际进程。这一期间，主要是由前华北大学教授王聿修负责此事。然而书生办刊往往意见不合，又因一时无法筹到应有的经费，这件事在雷震正式接手之前实际上就已搁浅。
《自由中国》半月刊的筹办实际上经历了三个阶段。
这三个阶段伴随着一个时代的变迁，真实地反映出人们在面对政治大变局时的复杂心态。这时的中国知识分子在政治上大致有这样几种选择：“一，对国民党、中共均不支持，如张君劢等。二，不支持国民党，并不反对中共，如梁漱溟、罗隆基、储安平、陈寅恪、沈从文等（动机不同但行动相近）。三，不支持国同党，支持中共，如‘救国会’诸人。四，支持国民党，反对中共。如胡适、傅斯年、殷海光、雷震等。其中选择第一者与第四的知识分子，他们均反对共产主义，但二者的行动路线并不相同，影响因素则在于其对蒋中正的态度。如张君劢、黄宇人（国民党团派人物）在徐蚌会战后即力主蒋应下野，对由蒋领导政府来改造现状不抱希望。
他们在国共战争中国府失利后，就选择非蒋控制的港澳地区，其中多人被列入入台黑名单，之后他们成立‘中国自由民主战斗同盟’，形成日后所称的第三势力，寻求在国共之外的解决之道。” 雷震身为国民党高官，又有着在国民参政会及政协会议的经历，自然会想方设法召集在他看来是可以团结的一切知识分子，并号召信仰民主自由的知识分子之间的团结，以抵制当时的“投降论调”。1949年3月底，他与许孝炎、傅斯年、俞大维、王世杰、杭立武等人在上海聚会，设想成立一个自由中国大同盟。之后，又与胡适、王世杰、杭立武等人动议创办《自由中国》杂志或日报事项，这实际上就是《自由中国》半月刊创办的第一阶段，雷震后来回忆道：
胡适之先生看到南京住不下去，亦于一月二十二日晨到沪，住八仙桥上海银行里，他和上海银行董事长陈光甫是老朋友故也。我和王世杰住在上海贝当路十四号章剑慧先生家里，时杭立武先生亦在沪，不久由胡先生推荐就任教育部长了。我们经常见面，对于时局应该如何来尽国民一分子之力量来图挽救，因为中国还有半壁江山存在也。我们集谈结果，主张办个刊物，宣传自由与民主……以之挽救人心。……以《自由中国》为报刊的名字，亦系胡适命名，盖仿照当年法国戴高乐之《自由法国》也。我主张办日报，因为在影响沦陷区人心上，定期刊物已经时间来不及了。胡适倒是主张办定期刊物，为周刊之类，他说：‘凡是宣传一种主张者，以定期刊物为佳，读者可以保存，不似报纸一看过就丢了。’结果，由我决定如何进行，我决定筹措十万美金在上海办日报。
实际上，以雷震的回忆，他与杭立武和胡适谈话之前，曾拟过八个刊物的名字，如《自由论坛》、《北辰》等，“胡适一概不予采用，谓这些名字，在今天毫无影响北方人心的作用，为要表示办理刊物的目的，故用《自由中国》这个名字……” 在当时，以雷震的身份和地位，确实可以筹措到这一笔资金。一方面，他与银行界的关系素来不错，同时兼任中央银行监事一职，另一方面，他本人也相信蒋介石也会给予一定的支持。雷震从溪口回到上海后，即开始筹措资金，他的第一位筹款对象就是老友汤恩伯。
1949年4月11日，宋英陪雷震去汤恩伯处，对汤说明来意，希望立即予以支持，“俾可即时工作”。汤一反常态，称警备司令总部根本没有什么钱，即使这时向外筹措也不是那么容易的，并责怪雷震前向他来筹款，是“以其有钱，似以军阀待之”。雷震“闻此语至为愤慨”，因为在此之前，他已对汤恩伯说过此事。当时的具体方案是，由王世杰向陈诚筹款，杭立武向胡宗南筹款，雷震负责向汤恩伯筹款。雷震对汤说：“我们认为你们是我们的至友，而此工作又为救中国，救中华民族之工作，故请你筹款，绝非认为你们有钱，不应有此误会。”雷震坚持让汤筹措五千美金，并于三日内交款。宋英也很不客气地教训了汤恩伯一顿，“恩伯连连认错，当即下条拨吉普车一辆予‘自由中国’社”。
