玄武门的战斗临近尾声，李世民就叫尉迟敬德向李渊报告情况。敬德一身戎衣，杀气腾腾地走到朝堂，跪在李渊面前说：“陛下，秦王这么多年南征北战，为江山社稷做出这么大的贡献，可谓居功至伟，但他从来没有半点异心。而太子总是嫉妒秦王的功劳，不仅多次在您面前诬陷秦王，今天还想带领人马杀死秦王，幸亏秦王及时得到了消息，迫不得已之下把太子和齐王都杀掉了，现在秦王让末将来向您请罪，请陛下惩罚！”李渊听了尉迟敬德的话，大为震惊，不知道该如何应对，便问身边的裴寂等怎么办，看到秦王已经掌握主动权，萧瑀、陈叔达等人进言：“太子和齐王本来就没有参与起兵夺取天下的伟大计划，也没有平定天下的功劳，他们因为嫉妒秦王功高望重，勾结起来想谋害秦王。现在秦王已经把他们诛灭，功盖宇宙，天下归心，陛下如果把秦王立为太子，把国家大事委托给他管理，将会天下太平！”李渊看到木已成舟，自己没有丝毫选择的余地，无奈之下就写了“手敕”，命令天策府司马宇文士及从东阁门宣读诏令，命所有的军队一律听从秦王的处置。同时，派黄门侍郎裴矩到东宫晓谕诸将卒，事变最终平息下来了。随后，李渊召见李世民，李世民跪在李渊膝前，李渊抚摸着他的头说：“这几天我就像曾参的母亲一样，被谣言迷惑，居然不信任自己的儿子了。”李世民则号啕大哭，李渊也哭了起来。过了几天，在玄武门之变中追随李建成的将领冯立、谢叔方等主动投降，薛万彻藏了起来，经过李世民多次劝说，也归顺于李世民。李世民夸赞他们说：“你们都忠于自己的主子，是义士”，还赦免了他们的罪过。
六月七日，唐高祖李渊下诏立世民为皇太子。诏文说：“皇太子世民夙禀生知，识量明允，文德武功，平一宇内，九官惟序，四门以穆。朕付托得人，义同释负，遐迩宁泰，嘉慰良深。自今后军机兵伏仓粮，凡厥庶政，事无大小，悉委皇太子断决，然后闻奏。”李渊规定从那以后军国庶事，不分大小，一律先由皇太子处决，这就表明李世民实际上开始执掌唐帝国的政权了。
八月，李渊又提出：“朕当加尊号为太上皇。”表示了要早些退位的意愿。八月癸亥，李渊正式传位于皇太子李世民。甲子，李世民即位于东宫显德殿，史称唐太宗。李世民是唐帝国的第二个皇帝，登基时年仅二十九岁。武德十年（627）正月，唐太宗正式改年号为“贞观”，紧接着唐朝历史上最辉煌的时刻就要到来了。
唐太宗李世民登上帝位后并不轻松，他面临着几个非常严峻的问题。首先，玄武门之变虽然杀死了太子李建成和齐王李元吉，但他们集团的残余势力四处逃窜，他们在社会上有很大的影响，对初掌政权的李世民是个巨大的威胁。其次，李世民的皇位从唐高祖手上接过来，而高祖当时的宰相和重臣都支持太子和齐王，如何处理这个问题，也成为难题。最后，李世民靠其党羽夺取天下，现在贵为皇帝，怎样封赏这些功臣还不至于引起其他大臣的嫉妒和不满，也是一个问题。处理好这三个问题，成为唐太宗能否稳定时局和巩固统治的关键。
玄武门之变以后，东宫、齐府的余党纷纷逃亡。对于东宫和齐府的敌对势力，李世民刚开始是不遗余力地铲除。太子李建成的五个儿子和齐王李元吉的五个儿子，都被杀。其他将领都主张斩草除根，对东宫、齐府的残余势力进行全力追杀，尉迟敬德坚决不赞成，敬德说：“罪责都在太子和齐王两个人身上，现在他们已经被杀，如果再追击诛杀他们的下属，这不是安定天下的明智之举！”李世民同意了尉迟敬德的意见，下诏大赦天下。诏书说太子和齐王因为谋逆已经被杀，其他的党羽亲信，都不予追究责任。针对有些地方不执行诏书的情况，李世民根据谏议大夫王珪的建议，又重新下命令强调不追究太子、齐王党羽责任，这才奏效。李世民采取的这些宽大政策，消除了敌对情绪，争取到了多数人的拥护，稳定了人心。
不仅如此，唐太宗还对东宫府中杰出人才大胆地加以启用，甚至引为知己。例如，召回流放在外的东宫官属王珪、韦挺等人，授以谏议大夫之职。为了消除玄武门之变兄弟相互残杀的不良影响，唐太宗特地追封太子李建成为息王，谥曰“隐”；齐王李元吉为海陵王，谥曰“剌”。这样，既申明了在玄武门之变中李世民站在正义的一面，又能表明唐太宗的仁爱之心。甚至在太子与齐王葬礼那一天，唐太宗在千秋殿西边宜秋门痛哭致哀，并以皇子赵王李福为建成后嗣。通过一系列行之有效的政策，使得原来矛盾十分激烈的秦府与东宫、齐府，关系渐渐缓和，矛盾误会开始冰释。
唐太宗对于高祖当朝的几位宰相的处理也相当巧妙。唐高祖时先后有十二位宰相，几乎都是皇亲元勋或者是贵族、士族。其中最受重用的，就是和高祖私交最好的裴寂。可是，李世民却和裴寂有很大的矛盾。在皇位的激烈争夺中，裴寂不但公开袒护李建成，而且把李世民的重要谋士刘文静诬告致死。尽管如此，唐太宗也没有立即杀掉或者直接罢免掉裴寂，而是在缓慢的过程中夺掉了裴寂的权力。在贞观元年，裴寂食封一千五百户，比所有的功臣都多，居位第一，但是被剥夺了预议政事的实权。贞观三年，发生沙门法雅案件。据侦查，裴寂和法雅有牵连，唐太宗就罢免了裴寂的官职，但尽管如此，裴寂还享有一半的食邑。不久，有人密告太宗，裴寂谋反。太宗知道后，愤怒地宣布裴寂的四大罪状，但仍旧没有杀他，将其贬于静州。高祖留下的宰相中也有支持李世民的，如陈叔达、萧瑀和宇文士及等。这三位分别出身于陈朝皇族、梁朝皇族及北周宗室，思想上比较守旧，缺乏进取精神。唐太宗即位后，就逐渐地把他们从宰相的职位上调换下来，做了妥善的安置。
对于一直跟随自己的亲信，唐太宗也渐渐把他们提拔到最重要的岗位上，并鼓励他们和东宫中的杰出人才一起去治理国事。武德九年六月，李世民还是太子的时候，就封宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程咬金为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。这些人除了宇文士及外，其他人都是李世民的亲信，而且大多在玄武门事变中做出过贡献。贞观二年（628）正月，长孙无忌辞官，杜如晦检校侍中，摄吏部尚书。李靖检校中书令。同年十二月，又把原东宫旧属王珪提拔到相位上来，守侍中。贞观三年，唐太宗以房玄龄为尚书左仆射，杜如晦为尚书右仆射，左仆射房玄龄明达政事，右仆射杜如晦引拔士类，人称“房谋杜断”。太宗还任命李靖为兵部尚书，魏征守秘书监，参预朝政。但是，这个调整也不是一帆风顺，也曾遇到阻力。淮安王李神通是太宗的叔父，当他得知唐太宗对房玄龄、杜如晦等一大批人授予要职时，很不服气，便去找太宗：“想当初高祖在太原起义反隋，臣第一个起兵支持，历经数百仗，才保我大唐有了今日江山。而房玄龄、杜如晦等人，从未上过战场，官职却比我高！还有魏征，他本为东宫旧人，没有被杀已属万幸，现在竟也位极人臣。这实在不公！”太宗听了淮安王的话，笑答：“叔父您是朕的至亲，更是朕的长辈，朕怎能不信任您？但是，治国不能以私废公。”然后就说起往事，回忆起李神通在战争中被窦建德打败，后来又败给刘黑闼，仓皇出逃，说得李神通一时语塞。还有一些将领，本是秦王旧部，早年跟随李世民南征北战。李世民即位后，因为没有得到高升，这些人便大为不满，私下抱怨说：“我们这些旧人多年来鞍前马后，随皇上出生入死，今天反倒不如那些李建成手下的人！”太宗得知此事，就把这些人叫到身边，安慰说：“朕选拔人才，不能按照新旧和先后的标准，如果新人贤明，旧人愚笨，朕只能用新人，而不用那些没有才能的旧人。你们心中有怨言，那是因为没有为国家着想啊！”旧部遂哑口无言。
经过几年的调整，唐太宗通过一个缓慢而又细致的过程，完成了最高决策集团的重建工作，极大地巩固了自己的统治，也为将要到来的“贞观之治”打下了坚实的政治基础。
