突然接到卫王宇文直起兵叛乱的消息，宇文邕不顾王谊、姚僧垣等人的一再劝阻，连夜便从歧州出发，返回了长安。
当他人不解甲地回到长安宫，听太子宇文员、执掌禁军的内史大夫王轨和曾与叛军交过手的司武大夫尉迟运详细禀报罢宇文直率军强攻肃章门的经过，不由得勃然震怒，当场传命通令缉拿宇文直回京受审。
一直随侍在宇文邕左右的王谊见此情形，不得不硬着头皮提醒他道：“目下关中人心不宁，倘若陛下对外公布卫王起兵造乱一事，无异于火上浇油，对朝廷将行灭佛一事不利。况且臣方才听太子和尉迟运所言，事情经过尚存在诸多疑点。因此，臣斗胆提请陛下，暂不对外声张，可下秘旨传令山南诸州暗查卫王去向，将其秘捕解送长安为宜。”
宇文邕骑马赶了一夜的路，体力有些不支，面色苍白地冲王谊点了点头，改口向王轨吩咐道：“王谊提醒得是，你即刻派心腹得力之人赶赴山南诸州秘密缉拿宇文直，在捉拿宇文直回京之前，暂且不必查封他的府邸。同时，务必从速查清，在长安城内是否还隐藏有宇文直的同伙。”
说到这儿，他忽然想起就在几天前，宇文直还曾上章举荐嗣任燕国公于实出任雍州牧，正欲开口要王轨着重查查于实是否卷入了宇文直叛乱一案，因抬眼瞧见姚僧垣正一脸关切地望着自己，不由得回忆起了老燕国公于谨临终荐医的一段往事，遂轻轻叹了口气，忍住了没说。
仅仅过了三天，王轨派出的心腹将佐便在襄州总管于翼的配合下将逃窜至荆州境内的卫王宇文直秘密捉拿，押解回了长安。
宇文邕在宇文直被押解回长安的当天，即在长安宫文安殿亲自主持了对他的秘密审讯。
宇文直率军强攻肃章门遇阻未遂，本打算带领着一千多名亲兵卫队取道荆州逃往南陈避难，却不曾料想到手下的这帮残兵败将们一见他大势已去，连声招呼都不打，便纷纷做鸟兽散了。及至他狼狈不堪地总算骗过了层层关卡，逃至了荆州境内，身边只剩下不到一百人了。
宇文直在破口大骂这些无情无义之辈的同时，也不禁开始对自己如此草率地起兵造反产生了悔意。于是，便在被捉押解回长安的一路之上暗暗打起了编造谎话欺哄宇文邕，以求保全身家性命及卫王爵位的主意。
“臣自知有负陛下厚恩，罪在不赦，不敢奢求陛下开恩免死，唯愿死后能与母亲合葬于一处，得于异世尽孝......呜呜......”被王轨亲自押解着一走进文安殿，宇文直就一头扑倒在宇文邕脚下，痛哭流涕地打起了亲情牌。
几天来，宇文邕盛怒之下心头始终索绕着一个百思不得其解的疑问：他自问从未亏待过这位同胞兄弟，却不知已位极人臣，在朝中要风得风，要雨得雨的宇文直为什么要起兵发动叛乱？
“朕只有你这么一个一母同胞的兄弟，是不会轻易处死你的。”宇文邕听得宇文直张口便提到了刚刚去世不久的母亲，嘴角掠过一丝冷笑，有意先给他吃了一颗定心丸，话锋随即一转，警告道，“但若你仍不知悔悟，心存侥幸，虚言欺君，就算是朕容得了你，只怕母后的在天之灵也容你不得，你可明白？”
“罪臣明白，罪臣不敢。”宇文直连连叩头道。
宇文邕起身走至近前，亲手将宇文直搀扶起来，观察着他的反应问道：“明白就好。你既自称有罪，但不知所犯何罪呀？”
宇文直生怕被宇文邕瞧出脸上的破绽，再次跪下俯首答道：“启禀陛下，罪臣一不该贪杯误事，二不该受人挟持参与作乱，三不该负罪潜逃。臣有负重托，唯愿一死以报陛下。”
“呵呵，贪杯误事？受人挟持？负罪潜逃？你一桩一桩地详细说说。”宇文邕稍见缓和的脸色立马撂了下来，冷冷地命令道。
“三天，不，四天前，臣接到陛下命臣留意防范佛寺僧众的那道诏旨时，因饮酒过量，已有了八分醉意，不曾及时禀报太子，以至被身边的奸佞小人勾结不法僧众于次日一早趁臣外出巡城之际将臣强行挟持，发起了叛乱。臣当时既不能为国死节，事后又惧于朝廷查究臣的罪责，被人裹挟着潜逃到了荆州，自感无颜面对列祖列宗，有负陛下对臣的殷殷嘱托......”宇文直说着说着，又嚎啕痛哭起来。
宇文邕听着他这鬼话连篇，“一派胡言”四个字本已到了嘴边，可转念一想，又生生咽了回去，只借着他的说法问道：“你所说的奸佞小人指的是谁？”
“是臣的卫队长郭充！敬请陛下明察，郭充全家信佛，因对朝廷即将灭佛的举措心怀不满，在臣接到陛下诏命的当晚便与长安城内的不法僧众串连谋划，欲通过挟持罪臣强行攻占长安宫，以达到逼使朝廷取消灭佛打算的目的。”宇文直在被押解回京的路上经过反复思量，最终决定用自己的卫队长，已战死于肃章门下的郭充来背锅，来为自己开脱罪责。
“哼，即便你所说属实，想必那日郭某人也对你许下了承诺，事成之后要推立你为大周的皇帝，借你的口来下达取消灭佛的诏命吧？”尽管宇文邕心中顾念手足亲情，已有意放宇文直一马，可听到他为了自保，竟然不惜出卖已为他战死的卫队长郭充，仍忍不住开口揶揄他道。
宇文直面对宇文邕的椎心之言，低头沉默了片刻，随即似是鼓足勇气劝谏道：“陛下有所不知，仅是臣的亲兵卫队之中，就有一半以上的将佐军士平素信佛，更何况在朝居官的成千上万名王公大臣及他们的僚佐、部属。据臣所知，这些人对佛陀菩萨的信仰甚至胜过对朝廷的忠心。兄长莫忘了，母后的灵位如今还供奉在万善寺的大殿内，无论您听信了什么谗言，欲要下达灭佛的诏命，难道就从来没有考虑过不利的后果吗？”
