福田净寺系继承松江泗泾地区宋真宗大中祥符元年（1008）御题“东田禅寺”和初建于清乾隆四十一年（1776）北张泾“严家庵”等数家寺院的重建菩提道场。松江水乡佛国，泗泾佛根久远。早在吴越王室正元年（926），陆宝庵由陆宝山三迁至吴淞之曲的盘龙塘横塘口（今泗泾淀浦河归龙桥西首），得吴越王御赐《妙法金字莲华经》，从而成为泗泾地区最早的礼佛道场。
40年后，又因水淹，于乾德末年（967）由主持僧信迁至七宝，此后信士张泽舍宅而为七宝教寺。陆宝庵东迁十里后的十年，高僧应瑞筚路蓝缕，募化择地，以启山林。至宋真宗大中祥符元年（1008），寺成请真宗皇帝赐额，御题颁额“东田禅寺”，同时颁题“七宝教寺”，使东西梵宫并峙，誉起龙廷。至明初洪武年间，又增观音阁，铸铜塔（迎阳塔）藏经。至明万历年间，同时建造普渡、福连、武安三座三孔大石桥，每桥跨拱券石上皆刻“南无阿弥陀佛”，被远近客商礼敬为“水乡佛国”。东田禅寺西侧桥上也因焚香点烛而留下“香花桥”之地名。民谣颂为“三弓（三桥）一箭（铜塔）安一方”，即指当年胜景，亦成为六百多年后重建泗泾安方塔的契机偈语。
原泗泾上海温度仪表厂东至沪松公路边近百亩间，就是当年东田禅寺的遗址所在，东田禅寺的遗迹直至1958年尚存。建国后上海最早出版的乡镇志《泗泾镇志》载：“泗泾地区自宋朝真宋年间始建东田寺起，即有佛教传播……本镇规模和影响最大的是东田寺（即小普陀）”。除此之外，泗泾地区史载还有龙兴庵、北田寺、谷雨山庙、朱庄庙等寺院，但均已先后湮没。
1994年，初建于清乾隆四十一年（1776）年并始终有所流传的尼庵“严家庵”获准成为泗泾镇的临时宗教活动场所，时负责人为慧清师太，其址在泗泾镇北张泾6号。2000年6月，由松江区佛教协会会长、西林禅寺方丈性修老和尚提议，经上海市民族和宗教事务委员会、松江区人民政府批准，改为比丘道场，并将泗泾镇上原有八个小庙的土地集中，迁址到今址（即原城隍庙旧址）重建，同年圆通宝殿落成，性修法师慈念应瑞等东田寺历代高僧大德在泗泾的之功，激励后贤之志，将此寺正名“福田净寺”。
2003年4月起，受松江宗教办泗泾镇人民政府、松江佛协邀请，兼获玉佛寺觉醒法师委派，上海佛学院首届毕业生、原玉佛寺库房副寺明非法师成为古镇泗泾福田净寺的监院。在其主持下，福田净寺着手恢复丛林制度，完善寺院建设，倾心于名镇名刹的规划。至2006年8月，念佛楼、天王殿、钟鼓楼、东厢房、功德堂、斋堂先后竣工；至2008年1月，法乳堂、西厢房、生活楼等也0竣工，足具千年名刹气势。2008年4月，福田净寺举行开光落成庆典，信众数千人观礼参加。
福田净寺共有三进院落，山门建在石径牌坊的尽头，左侧门题“不二门”，右侧门额“三摩地”，山门为双层重檐建筑。山门后左右各立钟鼓楼各一阁，山门正对为天王殿，殿后题额“庄严慈护”。殿后为福田净寺的主殿圆通宝殿，殿内供奉观世音菩萨，殿后额匾“寻声救苦”。圆通宝殿后东侧有镇寺之宝，一株五百多年的古银杏树；西侧掘有放生池，池旁建有观赏回廊，廊内设有方亭，内供观音一尊，是为“大悲亭”。圆通宝殿后为厢房式建筑“千佛堂”，其左右各设有圆型拱门，设“般若”“解脱”两门，各通寺后园林幽处。圆通宝殿两侧各建有步行观廊建筑，廊内有十八罗汉和释迦佛祖成长说法等传达故事的彩绘石雕画，其姿态各具神通，甚为传神。
在天王殿的东西两侧各建有一组厢房建筑群，东侧有观音殿，也是素斋馆和法物流通处所在地。整座福田净寺以供奉观音菩萨为主题，黄墙红门、灰瓦银杏，环境优雅，堪与山门外泗泾古镇的喧闹形成鲜明对比。
