皇上确实给杨锐发布过一个密诏，也曾与林旭讨论过康有为的问题，他确实接受了杨锐的建议，康不得去祸不得息，确实期望在大格局不变的情形下化解危机。然而，现在将这些事情全部翻出来，皇上还是吓懵了，他真的不知道应该怎样回答了，于是在不经意间，皇上推说这些都是杨锐的意思。这句话当然也是真实的，因为这个建议确实就是杨锐给出的。只是皇上在这个时候抛出杨锐，多少有点不够意思。
其实，随着对康广仁等人的审问，随着荣禄根据袁世凯的报告而提供的消息，皇太后也越来越倾向于认定皇上确实没有介入什么诛杀荣禄、劫制皇太后的阴谋，皇上只是被康有为利用，皇上本身也是一个受害者。根据袁世凯的报告，康有为的围园弑后的计划，是谭嗣同告诉他的。而根据荣禄的分析，这个计划可以肯定与皇上无关，尽管皇上可能会成为这个行动的直接受益者，但这绝不是皇上的意思。袁世凯用这个思路说服了荣禄，荣禄再用这个思路说服皇太后，并不是一件不可能的事。皇太后最终接受了荣禄的解释，对皇上也就比较释然。当事情大致弄清后，皇太后并没有在这方面过分指责皇上，因为他们毕竟是在一条船上，利害攸关。
各种线索越来越明晰，涉案人员也越来越具体。至9月24日（八月初九日），朝廷终于下发第一个比较完整的惩处方案，第一批的惩处名单有张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同和刘光第等。清廷命令将这几个人先行革职，交步军统领衙门拿解刑部治罪。
朝廷对张荫桓的怀疑已经有一段时间了，但没有多少真凭实据，也只能对他批评训斥而已，无法作出组织处分，更没有办法治罪。现在康有为跑了，张荫桓也就成了替罪的羔羊了，因为在过去几个月，康有为之所以能够在北京得势，在朝廷兴风作浪，比较可信的说法，在很大程度上就是因为张荫桓举荐的功劳。他们不仅是小同乡，而且在政治观念在对外事务等许多问题的看法也比较一致。
张荫桓将遇到麻烦的传言一再被事实所否认。9月20日那一天，他不仅是中方接待伊藤博文的主要成员，而且是那场会见中最出风头的中国大臣。这一点令出席庆亲王午餐会的伊藤博文、林权助都感到非常奇怪，张荫桓不仅没有失势，反而显得非常活跃，谈笑风生，丝毫看不出有什么问题。中国政治真的让他们这些外国人看不懂。自信对中国国情有很深理解的伊藤、林权助推测，中国方面之所以郑重其事作出这样的安排，其真实用意大约就是为了平息那些传言，看来张荫桓确实没有什么事，依然是皇上依赖的重臣，特别是在李鸿章被排斥出局后。
然而到了第二天，清廷下令革除康有为的职务，并命步军统领衙门拿办。到这时，张荫桓的麻烦才真的到来。
当步军统领衙门的官兵前往南海会馆捉拿康有为时，张荫桓的官邸也被包围和搜索。根据各方面情报，康有为经常留宿在张府，因而京城中很快有人传言张荫桓在这一天被捕。
其实，张荫桓在这一天并没有被捕。步军统领衙门在21日上午10时许确实包围了张荫桓位于锡拉胡同的官邸，封锁了胡同东西两头，并对张荫桓的官邸进行了一次颇为严格的搜查，并带走了张家的一位亲戚，也就是刑部主事区震。待区震被这些官兵带到步军统领衙门，许多人以为区震就是为康有为。这终于使区震明白是怎么一回事。区震于是知道这是一场误会，步军统领要抓的人既不是他区震，也不是张荫桓，而是康有为。区震遂托人将这个消息传到张家，张荫桓始知崇礼带人查抄的目的只是为了搜捕康有为。张荫桓为此虚惊一场，然后出门至其本衙门户部继续上班。
9月21日当天晚上，张荫桓应邀参加同僚的一个宴会，席间遇到庆亲王及总理衙门大臣廖寿恒等。庆亲王见到张荫桓时显得格外高兴，他拍着张荫桓的胸脯说，你老兄尽管放心，康有为的这些事情与你无关，不要害怕。廖寿恒接过庆亲王的话语劝慰，张荫桓心中非常恼怒，不禁脱口而出，你廖寿恒就不是什么好鸟，这些事没有牵涉你，你自然不害怕。那么多人弹劾我，我能不害怕吗？从这简短对话可知，查抄张宅以逮捕康有为，张荫桓虽然提前不知道，但庆亲王却一清二楚，似乎参与了决策。
根据张荫桓的回忆，9月22日（八月初七日）他依然如常，并没有什么不正常，一大早他照旧随班朝见，甚至看到皇太后在帘内与皇上在台前共同处理政务的情形，还看到皇太后责成皇上命廖寿恒草拟拿办康有为党羽的谕旨，估计这个谕旨就是痛斥宋伯鲁滥保匪人。但是不管怎么说，张荫桓在这一天依然无事，他似乎庆幸自己或许能够逃脱，因为他自认并没有作出什么叛逆之事。他虽然是康有为的朋友、同乡，欣赏康有为的才华和政治思想，但现在揭露出的这些谋反行为，张荫桓自认是真的一点都不知道。
然而仅仅过了一天，到了9月23日（八月初八日），张荫桓的麻烦终于来了。那天早上8时许，步军统领崇礼派遣翼尉率缇骑数人至张宅，“邀请”张荫桓到提督衙门接旨。张荫桓心知有变，然因尚未吃饭，遂令翼尉稍待片刻。饭后正准备走时，翼尉觉得张荫桓毕竟是朝中大臣，不忍心张荫桓就这样离开家，这毕竟很可能就是一去不复返，忽然好心劝告张荫桓入内室与其夫人告别。至此时，张荫桓终于明白已经获罪，心中难平，不愿意接受这个好意入内与家人告别，决然而去。
至提督衙门，并没有什么官员找张荫桓问话，更不存在审讯。张荫桓一个人在那儿孤独地坐着想着，他似乎感到前途不妙，但也不知道自己究竟错在哪儿。天色渐晚，依然没有确切消息，是罪是罚，张荫桓不明所以，也不知究竟到何时方有准信。为了度过这个难熬的夜晚，张荫桓令人回家取行李，他就在提督衙门度过了这个不平常的一夜。第二天（9月24日，八月初九日），朝廷下旨将张荫桓正式收监，交刑部审讯。张荫桓终于从软禁改为逮捕。
与张荫桓同时收监的高官还有徐致靖。翰林院侍读学士徐致靖字子静，江苏宜兴人，生于1826年，时年72岁。进士出身，历任侍读学士、内阁学士，署礼部侍郎，也就是礼部代理副部长。徐致靖在当时算是老一代政治家，按理说不应该与康有为这些政治新锐搅和在一起，至少不应该搅和这样深。徐致靖的政治态度当然比较开明，在甲午战后是急于变法和政治改革的一派人物。更重要的是，徐致靖的长子徐仁铸是当时有名的维新人物，出任湖南学政，与陈宝箴、黄遵宪、梁启超等人相互尊重，连带着与康有为、谭嗣同等新派人物都有关联。徐致靖的另一个儿子徐仁镜也是翰林出身，也属于当年维新阵营，与康有为等人也打得火热。徐致靖还有一个侄子徐仁录，也是当年一个比较重要的人物，与谭嗣同交情最深，少年气盛，意气风发，对康有为的许多事情都有很深的介入。康有为新用事，徐仁录就受其委派前往小站找袁世凯及其幕僚进行串联。基于这几个方面的原因，徐致靖在1898年多次被康有为、梁启超等人借用大名，向朝廷上书。也就是说，1898年许多署名徐致靖的奏折，其实并不是他亲笔所写，而是康有为、梁启超，或其他什么人借用了徐致靖的名义，当然徐致靖对于这种借用也是欣然同意的。在这些最重要的奏折中，影响最大，也是后来使徐致靖最说不清的就是新人保荐，在那短短的一百天，徐致靖竟然上折子保荐了康有为、梁启超、谭嗣同、袁世凯等五人，名副其实成为康有为政治变革的重要推手。当康有为阴谋败露后，徐致靖首先成为政治上的怀疑对象，成为最先被剔除出局的高官。
9月24日（八月初九日），九门提督奉旨到徐府抓人，正值徐致靖外出未归，抓人的官兵久等不回，以为徐致靖畏罪潜逃，只好回去复命。其实，徐致靖根本没有畏罪潜逃的意思，一是其年龄太大，无处可逃；二是他似乎根本不认为自己犯了多少弥天大罪，他虽然介入了康有为的一些政治阴谋，但他并没有什么私心，而是一心为国、一心为朝廷，即便为了维护皇权至上性，参与了康有为围园弑后的政治阴谋，那也是为国家、为朝廷，并不是为自己。所以，大丈夫敢作敢当，现在既然阴谋败露，那只能说人算不如天算，只能说明本不该成。因此，徐致靖回家之后不仅没有逃跑，反而坦然自行前往刑部投案。
至于9月24日（八月初九日）第一批逮捕名单中的杨深秀，其被捕的原因不仅因其与康有为等人关系密切，而且其思想中始终抱有莫名的皇权中心主义，始终反对皇太后对大清王朝政治运作的介入，始终主张由皇上大权独揽、乾纲独断。
