朝廷9月17日的明发上谕看似突然，其实是一个必然环节，是朝廷在给康有为等人打招呼，康有为如果听从这个命令前往上海督办官报，后来的事情肯定将是另外一个样子。然而，康有为实在太过偏执，他完全按照自己的意志行事，结果事情就越闹越糟，最后将自己给绕了进去，并连带着害了一批人，结束了一个时代。这一点，估计杨锐、林旭，还有皇上都没有想到。
按照杨锐的建议，应该是比较果断、比较决绝地与康有为划清界限，而朝廷后来的处理，估计加入了林旭的因素，因为林旭毕竟与康有为关系更深，有着师生情谊，不愿将事情做得太绝。所以，皇上在与林旭谈话后，并没有像杨锐所建议的那样，果断决绝与康有为划清界限，将康有为推到相反方向去，或者将康有为抛出来以化解官场的不满。这个比较带有柔性的做法，考虑到了康有为的感受，当然也是因为朝廷毕竟没有抓住康有为等人什么把柄。
奇怪的是，康有为看到上谕后，并没有向深处去琢磨上谕背后的故事，没有按照上谕要求去行动，恰恰相反且莫名其妙，康有为自作多情地考虑皇上的安危，以为这个上谕足以表明宫廷政变已经发生或即将发生，皇上明诏敦促他康有为出京，其实只是用隐语向他转达宫廷内部复杂斗争的信息，康有为依然被自己丰富的想象力所激动。
多年后，康有为对这份上谕的解释依然是，9月17日这份明发上谕引起了北京知识界、政界极大的震动，许多人认为这个上谕表明朝廷内部发生了巨大变化或分裂，因为按照惯例，没有非常重大事情不会向他康有为这样的小臣发布明谕，即便皇上有什么事情要找他，也都是由军机大臣传谕。这是康有为分析问题的起点。
这个明发上谕不让他在京继续逗留，责成他火速前往上海办报，在康有为看来也非常荒唐。他康有为既非将帅，也非重臣，断无明降谕旨火速离京的道理。督办官报区区小事，何劳朝廷明发御旨郑重其事？皇上既然在上谕中严责诧异，便当革职，为什么又在御旨中说，欲得通达时务之人与商治法，闻康有为素日讲求云，这不等于夸奖他康有为吗？皇上还在这份上谕中郑重声明仅仅召见过康有为一次，这是什么意思呢？皇上有必要声辩自己召见过什么人吗？还需要如此说出次数吗？康有为认为，这种种迹象表明朝廷中的分裂，表明朝廷已有或将有重大事情发生。这个奇怪的明发上谕引起了康有为无端无尽的联想，这里面确实有着许多漏洞和说不通的地方。从康有为的立场上说，这些质疑存疑都有道理。不过事实毕竟不是这样。
话虽然如此说，但这个不明不白的明发上谕还是引起了康有为的内心恐慌，毕竟谁的病谁知道。康有为毕竟心中有鬼，毕竟不是那么坦然，所以他在一般性地安抚了那些追随者之后，还是有点心慌地找他那几个老哥们商量，这几个人就是宋伯鲁、徐致靖、李端棻等，他们到宋伯鲁家喝酒唱歌，以此掩饰内心的失落与苦闷，猜测还会发生什么样的事情。低沉的昆曲，哀伤的唱词，几个大老爷们大约觉得末日来临，竟然声带变徵，曲终哀恸，满脸忧戚。谈及事变，相与忧叹。
康有为等人突然被掐断了与朝廷的正常联系，朝廷究竟发生了什么事情，他们一概不知。他们几个人在宋伯鲁家里呆到很晚，以为会有人跑来传递什么消息。其实，他们真的错过了一个重要机会，就在他们喝酒唱歌时，林旭在退朝后就匆匆前往南海会馆，找康有为通报情况，可惜他在那里等了很久，不见康有为的踪影，而南海会馆中康有为的朋友，也不知康有为跑到哪里去了，林旭只好留下一张纸条而去。纸条上说有要事相告，但始终不见踪影，只好明早来见，希望明天早上务必不要外出，在此等候，不见不散。
明降谕旨毕竟只是一份官样文章，皇上与林旭都意识到仅仅凭借这份官样文章，可能还不足以说服康有为，更不会促使他迅速出京，因为委派康有为督办官报的谕旨一个多月前就已下达，可是固执的康有为就是有办法，找出种种并不是理由的理由继续留在京师，介入新政。这是康有为的本事。
为了促使康有为这次必须尽快出京，皇上或者责成林旭退朝后去找康有为当面说说，当面敦促；或者是林旭认为明发御旨并不足以说服康有为，也主动在退朝后前往康有为寓所，当面劝说康有为。由此情理而推断，皇上在召见林旭时，可能并无成文密诏交给林旭，即便从保护林旭的角度也不再需要如颁给杨锐那样的密诏了。否则真有这份密诏，那么经过百年沉淀后，这份密诏也应该如皇上颁给杨锐的那份密诏一样由林旭家人或朋友传布出来。
关于皇上给林旭密诏的真伪与有无，学术界几十年来争论不已。即便承认有此密诏者，也以为必经过康有为改窜，以为康有为在道德上不诚实。其实，平心静气考虑康有为的心情与处境，他没有必要冒如此大的道德风险去伪造或改窜这么一份重要文件。更何况经历此事过程的人并没有全部被杀掉。所以，我们不必先以道德的偏见遮蔽了眼睛，我们相信包括康有为在内的这些当事人所言都是事实，只是他们都有自己的视野局限，都只看到了局部，而无法如在百年后我们那样看到更多资料，有可能重建一个全新的历史场景与历史过程。
林旭那天晚上没有在南海会馆等到康有为归来，这也从一个侧面证明林旭手中没有皇上成文谕旨，否则他应该于当天无论如何也必须找到康有为宣旨。由这个细节还可证明，皇上及林旭虽然觉得康有为应该迅速出京，但也没有急迫到必须当天就执行的程度。
及至深夜，康有为返回南海会馆，他看到了林旭留下的字条，但他没有将林旭前来与那份明发上谕联系起来，所以当天夜里也就无话可说，康有为在醉醺醺的状态中究竟是安然入睡，还是辗转反侧，大概只有他自己才知道。
第二天（9月18日，八月初三日）一大早，林旭如约前来南海会馆拜见康有为，他先是向康有为重申朝廷明发上谕的精神，希望康有为尽快动身前往上海，如旨督办官报。
康有为对这个明发御旨有着自己的理解，他对林旭的劝说与解释肯定不会信服，因而也就为继续留在北京寻找理由。不得已，林旭向康有为转述了皇上9月15日颁给杨锐的御旨大意，试图说服康有为认识到形势危险，应该接受朝廷的指派，尽早出京。
对于林旭的一切解释，康有为大概始终处于半信半疑状态，他认为政局或许真的开始恶化，但他实在不能认同林旭所说的那些理由。林旭眼见得自己的劝说毫无效果，且有可能向相反的方向发展，又是一个不得已，林旭向康有为通报了自己昨天面前皇上及谈话情形，紧接着郑重其事向康有为宣读了皇上叮嘱康有为的一份口谕：
朕今命汝督办官报，实有不得已之苦衷，非楮墨所能罄也。汝可速外出，不可延迟。汝一片忠爱热肠，朕所深悉。其爱惜身体，善自调摄，将来更效驰驱，朕有厚望焉。特谕。
从用词与语气看，正如许多研究者已指出的那样，这个御旨绝非成文朱谕，而只能是一份口谕。这个口谕，或许是皇上亲口对林旭说的，或许是林旭概括皇上谈话大意，自己组合的。所以这段文字不仅在后来的引用者那里出现不少文字上的差异，即便是当事人康有为本人在后来历次引用中，也有文字方面的不同。凡此，不能说都是康有为有心伪造，如果真的要伪造，凭借康有为的智慧与聪明，他势必会在各个版本中保持一致。这是最起码的常识。
皇上的口谕也是上谕，特别是这个针对康有为个人的口谕，不管怎么说也表达了皇上对康有为的关心与爱护，因此对这个口谕，康有为再也没有怀疑的理由。他一方面草拟谢恩折请林旭带回复命，刻意强调自己对皇上无限忠心，誓死捍卫；另一方面奏报自己必将遵循皇上的指示，肯定将在第二天也就是9月19日启程前往上海，督办官报，并决定启用官报局关防，开始办公。这都是康有为亲口对林旭说的，当然也是希望林旭这样向皇上转达的。康有为希望朝廷放心，他一定会听从皇上的命令尽快出京，朝廷不必继续费心敦促。然而，康有为不仅没有这样做，反而走到了一个根本相反的方向。
康有为本来就很敏感，他一直以为在朝廷中有一个对他虎视眈眈的反对派、守旧派，现在皇上接二连三催促他离开北京，又是明发御旨，又是让林旭专程赶来发布口谕。这里面的背景康有为固然不知道，只是他根据自己的思路相信形势已非常危急，反对派可能已经动手了，皇上的地位可能已处于风雨飘摇之中了。只是这些话，他此时不敢也不便通过林旭对皇上说。
想象中的判断使康有为感到恐慌，也使他感到亢奋。他觉得历史性决战终于到了，这和他先前的判断及准备相吻合，因为他早就知道和平改革不可能成功，他很早就准备借助于军事手段解决政治纷争，以非和平手段推动和平改革。现在机会终于来了，康有为遂与其弟子、追随者及同党徐致靖、谭嗣同、梁启超、康广仁、徐仁镜、徐仁录以及袁世凯的幕僚徐世昌等人密谋怎样挽救时局，拯救皇上。问题就从这里有了开始，有了转折，而不是转机。
康有为凭着记忆向这些门徒、追随者夸张转述了皇上几道密诏的大致情况，其实更详细的情况康有为可能也不知道，他只是凭借着想象大胆猜测，大胆夸张，以为朝廷中的那个反对派已经早于他们动手了，圣明天子可能已被干掉，或者即将被干掉。现在，他们最重要的任务不是逃跑不是自救，而是设法救皇上保大清。康有为将想象中的危险无限夸张，同时不忘为自己将要进行的行动作正义的包装。
在康有为声情并茂的动员下，这些门徒弟子真的不知道究竟发生了什么事，为什么一个非常正义的变革引起了这样的结果，他们抱头痛哭，顿足捶胸，如丧考妣，以为真的大祸临头，国将不国。
激于义愤，康有为和这些门徒弟子发誓不惜牺牲自己去和反对派进行斗争，拯救皇上，保我大清。他们将皇太后、荣禄等一大批人设想成坚定的反对派，罪大恶极，是他们扼杀了改革，堵塞了中国和平发展、和平改革的道路。现在既然这些守旧派不仁，那么也就不要责怪我们这些改革派不义。讨论的结果是尽快准备武装力量，尽快与江湖朋友联络，随时准备发动军事攻击，用武力解决问题。
经过9月18日上午一番密谋，康有为等人很快确定了下一步行动纲领，准备以武力手段去消解和平改革所面临的压力，甚至准备动用袁世凯的军队，动用毕永年、唐才常等江湖英雄，包围颐和园，劫制皇太后，孤注一掷，背水一战。只是他们在做这些行动之前，觉得还有必要进行一些和平尝试。假如能够以此达到同样目的，岂不更好？即便不行，至少也可迷惑朝廷的耳目，迷惑反对派。于是，他们想到了李提摩太，想到了伊藤博文，他们都在北京，他们是那么同情改革，同情改革派，他们一旦知道保守势力如此残忍，改革危在旦夕，难道还会无动于衷，隔岸观火？李提摩太、伊藤博文等，都不是一个人在说话，他们代表着自己的国家，代表着列强，一旦能够赢得他们的支持，相信包括皇太后在内的清廷高官，都会礼让三分。
政局变动中的日本因素
伊藤博文是清政府的客人，他在9月14日抵达北京后，一直忙着与各方面应酬。当天下午，总理衙门大臣张荫桓前往伊藤博文的寓所拜访，双方所谈的内容大概是一般性寒暄及此后几天行程安排等。是日晚，日本驻华代理公使林权助在使馆为伊藤博文设宴洗尘，邀请各国驻华使臣出席作陪，与伊藤见面。
第二天（9月15日）午后1时半，伊藤博文应约赴总理衙门拜见王大臣，与庆亲王奕劻及崇礼、廖寿恒、张荫桓等进行会晤，日本方面出席此次会晤的有林权助、郑永昌等。
在会晤开始，庆亲王对伊藤说，阁下现在虽然卸去政府职务，但想必也是天皇所倚重的人，还经常过问政事吗？
伊藤答，是的。鄙人住所离东京仅15里地，此次来华访问前夕，特地到东京拜谒天皇辞行，面见天颜达三小时之久。
庆亲王说，阁下能够得到天皇如此信任，则再次出任政府要职，恐怕也只是时间问题。显然，庆亲王和中国方面希望得到伊藤肯定答复。
伊藤并没有直接回答这个问题，他说，鄙人不论在朝，还是在野，但对天皇的忠心未改，惟以奉答御咨、披沥陈言为荣。在宦与否，总为君臣，自有亲疏之分。况我日本为立宪政体，庶政多由议会协助，若是则政见歧异，政党林立，势所难免。初涉政党时，颇感难于驾驭。日本政府的组成，均由天皇陛下允裁，授意组阁。就此而言，在下的责任只是设法巩固现内阁，得以完成辅弼之任而尽力。
对于日本的政治体制，庆亲王等人似乎并不真的理解，他们总以为像伊藤博文这样为日本发展作过重要贡献的老臣，一定始终能够获得天皇信任。所以，庆亲王对伊藤这番话，只能感慨系之，称此真乃老臣言。
