根据这个原则，军机大臣强调对于政治体制的改革必须慎之又慎，既不能任意纷更旧有体制，亦不敢执守成见，墨守旧规。他们通过对康有为改革方案的分析，获得一些有益启示，也觉康有为的一些看法还有进一步讨论的空间。概括而言，康有为的那些建议有应行变通者，有已经举办者，有尚须推广者，有应请缓办者，有不便施行者。军机大臣们的这种评价有肯定，有否定，但从接受学的角度去观察，这种做法与评判，在皇上那里当然比较容易获得理解，因为这些大臣并没有完全否定康有为建议的价值与意义，而是作了相应的分类处理。
抽象的肯定，具体的否定，这是军机大臣们想好的应对策略。根据这一策略，他们对康有为的建议逐条作了讨论。关于大誓群臣、开制度局、设待诏所三问题，军机大臣们并没有直接反对，而是提出了三个变通的建议。他们认为，皇上在宣布明定国是时，已强调国是不定则号令不行，中外大小臣工各宜发愤为雄，以成通经济变之才。这实际上就是康有为所说的大誓群臣，宣布天下维新更始的意思，也就是新政正式开始。因此，皇上似乎没有必要再次大誓群臣，宣布天下。
至于制度局的设立，军机大臣提出的变通办法是建议皇上在接见廷臣时于各部院司员也就是中层官员中注意观察和选拔那些具有真才实学且深信其忠诚者，对于这样的政治新锐，皇上可以随时召对，参酌大政。翰林院、詹事府、都察院轮值之日，应该注意加派这样的年轻中层参加，皇上可以当面考察，随时召见，借以观察其人之学识与气度，以备任使。果如此，就没有必要叠床架屋，专门在内廷创设制度局。
至于是否应该设立待诏所，军机大臣们认为，我大清自创制以来，言路宏开，体制完善，中央各部院中层官员需要向朝廷提出建议，从来没有什么滞碍，各部院主管无不按照相关条例顺畅提交，从未发生言路不畅的事情。至于一般民众的政治表达，我大清固有体制也有相关安排，并没有禁止一般民众上书言事，准许他们直接将书面文字提交给都察院，由都察院转呈朝廷。迩言必察，询及刍荛。这既是前圣往贤的政治教诲，也是我朝列祖列宗信奉且力行的政治原则。现在需要进一步强调的，只是中央各部院主管应该增强政治责任心，注意引导中层官员就新政事项发表意见；注意社会舆论的引导，注意从一般民众的政治表达中发现有价值的东西。因此从这个意义上说，固有体制已有民意表达的渠道和制度安排，所以也就不必另起炉灶，创设待诏所。
如果根据军机大臣的办法，康有为所提出的这些建议虽然有新意、有价值，但不必付诸实践，因为经过适当变通，我大清固有政治体制已经具备这方面的功能，只是没有充分开发而已。军机大臣毕竟是军机大臣，就是比那些总理衙门大臣要高明，他们没有像总理衙门那样否定康有为的建议，但其后果却比否定还要严重。
按照这些原则，军机大臣对于康有为设新政局及其十二分局的建议，一样不客气地予以拒绝。他们宣称，康有为建议设立的十二分局，在过去一段时间里，获得了各方面广泛反响，影响巨大，并引起出使大臣伍廷芳等人的后续建议，皇上对此也有相关批示。这些建议有一些已经提上议事日程或正在办理，如关于教案方面的法律，关于印花税的设立和征收，关于设立农商局统一全国农商政策，关于造币局的设立，关于继续派遣学生、官员出洋游历等，政府都已有相应计划，正在进行。至于铁路、矿务，确为新政最要之关键，现在各省办法未能统一，甚或牵涉洋商，动多窒碍，拟请在京专设一矿务铁路总局，附属于总理衙门，仿同文馆体例，特派总理衙门两名大臣总理其事，以示慎重。此后，无论何省开矿筑路，俱归其统辖以一事权。至于工务，前经户部议复并由总理衙门奏请将制造各局招商承办，已令行各省斟酌办理，迄今尚无成议。不久前有上谕奖励士民制造新器新艺，准给专利。凡此，都应该进一步推广。由此看，康有为设立矿务铁路等专门机构的建议并不具有前瞻性，而是政府已有规划，只须继续推广而已。
对于康有为那些具有“前瞻性”的建议，军机大臣也有办法予以拒绝。如康有为在十二分局规划中有设立社会局的建议，其理由是，泰西政艺，精新不在于官而在于会，以官人寡而会人多，官事多而会事暇。故西方近代社会那才是真正的社与会，到处都是各种各样的社与会，什么学校会、农桑会、商学会、防病会、天文会、地舆会、大道会、大工会、医学会、各国文字会、律法会、剖解会、植物会、动物会、要术会、书画会、雕刻会、博览会、亲睦会、布施会等，不一而足。
这些社与会对西方社会的发展当然起到非常重要的作用，实际上起到了政府无法起到的行业自律自组织功能。现在，我大清既然开始学西方，既然鼓励各种社与会的发展与发达，那么就应该成立相应的管理组织，这就是康有为建议成立社会局的理由。按理说，这个理由是相当充分的。按照康有为的规划，社会局的功能就是鼓励人民立会讲求各种各样的新知识新技能，使社会中间层能够获得很好的发育。在这个过程中，社会局要将各种各样的社会团体纳入自己的管理体系，为它们的成立提供方便和帮助，比如制定社会团体的章程样本以供民众参考，比如协助他们到社会局备案等。这都是相当重要的事情。
鼓励人民创办学会，聚众讲学，是康有为、梁启超在戊戌年间的一个重要思想，其创设社会局也就是这个思想的应有之义，应该说是有价值、有意义的。军机大臣对于康有为的这个建议，并没有采取绝对的拒斥态度，他们在肯定了康有为这一建议价值时，却提出目前条件并不成熟，应该缓办。其理由是，现在学堂初设，风气未开，一般民众孤陋寡闻，社会团体的创建并非那么急迫，建议将发展重点依然放在教育上，待各省新式学堂蓬勃发展，教育普及，民众的知识水准有了一定提升，到那时再鼓励民众创办各种各样的学会、社团，鼓励、帮助他们利用社会团体的力量追求新知，自我管理。这就是军机大臣缓办的理由。毫无疑问，这些理由是为了反对而反对，因为按照常理，民众不知道利用学会、社团的好处，才需要启发他们帮助他们；正因为这些社会团体还没有大规模发展起来，才需要预先成立社会局制定章程，规范发展，鼓励发展。然而，这些理由被军机大臣向相反的方向进行解释，结果也就完全不一样了。
通过军机大臣技术性分析，康有为十二分局建议，或已经举办，或应该继续推广，或只能缓办。这样一来，军机大臣既没有完全否定这些建议，但实质上已将这些建议消解在大清既成体制中，即便这些机构已设立或将要设立，但其结果已与康有为原来的设想和目的南辕北辙。
而且，军机大臣判断，康有为所谓新政十二分局在固有政治架构中并非一片空白，这些功能其实分解在六部及总理各国事务衙门中。新政并非一定要设新机构，按照新政的精神，其实就是办实事，而不是创设没完没了的衙门。中央各部院官员只要能够重建新政精神，各司其职，各勤其业，按照各自的职责，就一定能够将各项新政办理裕如，不必更立名目，转滋纷扰。道理非常简单明白，多设一局，即多一繁费。这还是小事，大事如宋代王安石变法，创制置三司条例司，拉开变法帷幕，实际上也就奏响了天下骚扰不宁的序曲；明初朱元璋创设二十四衙门，原本是为了管理太监，提高行政效率，结果却是太监宦官的组织机构遍天下，大权旁落。这些前朝教训不可不记取。军机大臣表示，一切改革，但在行其事之实，而不在袭其局之名，斟酌至当，执两用中。
现实的困境、历史的教训、经费的困难，所有这些都摆在皇上面前，如果皇上执意要接受康有为的建议，设立什么新政局及其十二分局，那不是真的有点脑筋不正常了吗？
至于康有为提出的省以下行政体制改革，军机大臣们更明白地表示反对，以为这项改革根本不便施行。其理由是，康有为对省以下官吏队伍的判断根本不对，即便有个别官员不合格，但不能从总体上说省以下官员尽属冗员，与民无关。如果接受康的建议，将省以下行政官员改官为差，安见官则必不得人，差则必得其人？此其一。
第二，康有为提出将厘金抵作各地所谓新政局经费，更是不可行，即不免任意开销，造成新的浪费。况且各州县并不一定都有厘金，其有厘金的州县，亦多寡不等，岂能一概笼统，漫无限制？窒碍既多，更非政体，这项改革建议根本就没有多少参考价值。
军机大臣们的“切实筹议”有理有节，有张有弛，既没有完全否定康有为建议的抽象价值，且将个别有新意的建议容纳至大清固有政治架构中。这样一来，即便皇上有心继续采纳康有为的建议以分解军机处和总理衙门的权力，他也无法继续从这个方面予以突破。所以康有为关于制度局、新政局及省以下行政体制的改革方案除了被提出来争论一番，徒添纷扰外，并不具有实践价值，仅仅具有思想史的意义。
康有为创设制度局以统筹改革大计的规划，在军机大臣的谋算下终于成为一场春梦，军机大臣用简单的智慧温柔拒绝了康有为重组权力架构。对于这样的结果，康有为或许事先就有预感，或许在事情进行过程中，他所获得的各项情报，使他对此有了足够的心理准备，所以当一计不成，康有为并没有像别人那样灰心那样懊恼，而是迂回突破，寻找新的攻击点。
正如许多研究者已经指出的那样，康有为在戊戌年间所提出的改组中央权力架构的方案，固然有重建清王朝政治体制的宏大理想，但仔细想来，这项改革似乎并不是那样急不可耐，火烧眉毛。因此从私的方面说，康有为或许真的像恭亲王所判断的那样，有从权力重组过程中捞取个人好处的企图，期望以终南捷径直趋最高权力中心。也正是从这个方面说，康有为等人需要权力结构重新组合，期待在重新组合过程发生奇迹，期待进入权力中心，至少能够成为帝王师，那可是传统中国读书人梦寐以求的最高理想。
为了这个最高理想，康有为并没有在军机大臣温柔拒绝后而放弃，他反而在这之后加大了努力的力度。7月24日，当康有为的建议被皇上批转军机处会同总理衙门再次慎重讨论而尚没有结果的时候，他就指使其弟子梁启超以李端棻的名义上了一份奏折，建议朝廷循我大清成例，在内廷开设懋勤殿，选派各方面优秀人才在皇帝身边以备顾问，参与议政。
李端棻生于1833年，时年65岁，贵州贵阳人。历任学政、刑部侍郎等中央各部院官职。1889年秋，李端棻以内阁学士的身份出任广东乡试主考官，慧眼识珠，发现并提拔了少年英才梁启超。这一年，梁启超仅16岁，尚未婚配，李端棻欣喜有加，遂将堂妹李蕙仙许配梁启超为妻。此后，梁启超与这位妻兄一老一小相互影响，梁启超在官场的人脉由此开启，而李端棻对西学的理解因梁启超而不同于一般官僚，自是颇纳启超议，娓娓道东西洋各国政治制度。1896年，李端棻建议朝廷设立京师大学堂，各省府州县遍设新式学堂，并建藏书楼、仪器院、译书局，广立报馆，加大选派留学生的额度。凡此，内中不难看到梁启超的影子。王照大闹礼部后，礼部六堂官集体下岗，李端棻与满洲人裕禄很快被任命为礼部满汉代理尚书。由此可见李端棻与康有为、梁启超的关系非同一般。所以他的这份创设懋勤殿的建议，不能说就是康有为、梁启超的手笔，但肯定有非常密切的关联，是康有为整体计划的一部分。
从制度史的视角说，懋勤殿最早创设于明嘉靖十四年，也就是1535年，最初设在乾清宫西庑小殿，藏以书史。“懋勤”也就是“懋学勤政”的意思，这个地方也就是帝王朝会和居住的所在。清承明制，懋勤殿的架构依然保留，依然是帝王处理政务尤其是与文人雅士讨论一些非直接政治问题的地方。同治以来，两宫垂帘，皇帝年幼，无法与文人雅士讨论学问和治国之道，懋勤殿的功能在不知不觉中自然减弱。现在，李端棻旧事重提，只是要恢复懋勤殿的功能，以懋勤殿容纳那些政治新人，这应该说是一个比较方便的办法。
对于李端棻的建议，皇上并没有表示倾向性意见，他一如惯例将这个建议批转总理衙门大臣庆亲王奕劻及孙家鼐会同军机大臣研究可行性，并提出具体方案。
根据皇上的指示，庆亲王与孙家鼐于7月28日分别向皇上报告了各自研究结果。庆亲王对恢复懋勤殿的功能未置可否，但似乎倾向于赞成皇上可以选择那些博通时务的俊杰以备顾问，并建议循现有体制，由中央各部院择优保荐，由皇上亲自召对，直接考察其人品学识，择优录取，以作为近臣顾问，朝夕侍从，讲求治理，这应该是一件好事。
