军机四章京的保荐时间并不一致。陈宝箴保荐杨锐、刘光第为8月5日，王锡蕃保荐林旭为8月29日，而徐致靖保荐谭嗣同则远在6月13日，而他们四人的合并任命则为9月5日。从很多迹象上看，四军机章京的任命应该与礼部六堂官的革职有着重要的因果关系，是皇上感觉到原先的旧人已很难适应新形势的需要，不能实力奉行朝廷的新政意旨，已严重影响了新政进程，因此有必要用一批政治新锐去影响他们、替换他们，从而推动新政健康发展。皇上的这些心迹在9月5日之前一系列上谕中都有所表现，不难体察。
皇上任命年轻的军机四章京协助处理军机处日常事务，绝对没有挑起新旧冲突的任何意思。作为大清帝国名义上的最高领导人，他虽然在权力运转上可能部分受制于皇太后和满洲贵族王公大臣，但从个人性格以及所受教育上说，都不是一个具有明显独裁倾向的强势人物。皇上之所以在改革之初黜旧人、擢新人可能在客观后果上引起了所谓新旧势力剧烈冲突，但在本意则是为了大清王朝整体利益，为了政治高层已经达成共识的新政能够如期顺利推行。
军机四章京获得任命的第二天，皇上特别交代他们四人要尽心尽力协助朝廷推行新政，且要与各位军机大臣们搞好团结，并在程序上规定军机章京的所有建议都不存在着绕开原先体制进行运转的可能，而是一律如先前一样，由军机大臣们呈递。皇上语重心长地说，昨天已经任命你们四位年轻人在军机章京上行走，并令参与新政事宜。你们应深刻认识到时务艰危，凡看到想到有什么应该注意、应该进行的事情，都要知无不言、言无不尽，如实反映，据实条列，由军机大臣呈递，听候朝廷的裁决，万不可稍有顾忌，欺上瞒下，谎报瞒报，更不准违反原有行政运作体制另起炉灶，另搞一套。皇上衷心希望四位军机章京精诚团结，帮助朝廷共度时艰。
很显然，皇上任命军机四章京的本意是期待这些年轻官员能够给暮气沉沉的官场带来新气象、新变化，能够与那些原有官员和睦相处，形成合力，克服困难，协助朝廷将新政顺利推展。所以，如果从这个视点去观察，我们很容易看到，军机四章京的任命并没有在政治高层引起什么不良反应，皇太后即便真的不知道有军机四章京任命这回事，也不能因此而引发她与皇上的冲突。更何况，这四个军机章京的品级确实不算很高，任命他们既是皇上的权力，也不需要特别报批备案，更不需要皇太后去关注。这四个军机章京也不需要到皇太后那里谢恩。
军机四章京的任命没有在清政府政治高层引起怎样大的分歧，但这四位具有特殊身份的军机章京与他们的旧有同僚不可避免地发生冲突。这是实际利益使然。
按照当时的行政体制，军机处是辅助皇帝处理日常事务的重要政务部门，当时的六名军机大臣每日都有机会面见皇上，就一些重大的国际国内问题提出对策，用面奉谕旨的办法向各部门各地方官员发布指示。其地位与作用颇类似于现在秘书职能的军机章京，则负责缮写谕旨，记载档案，查核奏议，以及接受皇帝或军机大臣委托，就某些重大问题进行调研并提出方案。
由于这些军机章京较军机大臣之外的一般大臣有更多机会与皇帝相处，当然更容易知道那几个军机大臣的思考和态度。他们的地位实际上相当特殊，很受中央各部院行政首长及各省督抚重视。现在突然由皇上直接任命四位年轻的军机章京，而这四位年轻的军机章京又确实是具有相当才气和影响的年轻官僚，具有明显的政治新锐特征，他们的到来不能不引起原有章京的恐惧和不安，即便出于最简单的男人式的嫉妒心理，军机处原有章京也不可能与这四位政治新锐和平相处，他们之间的冲突必然发生。
同时应该承认，由于四军机章京相对说来比较年轻，官场上的经验也不够老道，他们以为有了皇帝的特别委任，就可以不顾军机章京们先前一直延续下来的规矩或者说是传统。
按照多年来军机章京习以为常的规矩，新任章京在正式上任前必须先到军机王大臣私邸谒见，只有完成了与各位军机王大臣私下拜见后方可正式到任。而四位年轻的军机章京自恃有皇上的特别御旨，所以根本不愿沿袭旧有习惯，先去那些军机王大臣的私邸拜见联络感情，而是在任命的第二天直接到军机处上班。
就政治层面而言，四位军机章京的行为倒是体现了新政新气象，但这种行为在习惯势力浓厚的官场上必然受到排斥。军机王大臣对四章京礼节上的不满影响了原有章京的态度，原有章京在四章京上任之初处处刁难。据记载，谭嗣同与林旭上班的第一天来到被称作“南屋”的章京办公室，狭窄的一间办公室16位满汉章京的办公桌分列，似乎并没有新来章京使用的办公桌。谭嗣同、林旭面对旧章京的不欢迎乃至冷漠毫无办法，他们息事宁人，寄希望于那些汉章京能够宽容和理解，希望这些汉章京能够腾出一两张办公桌给他们使用。不料，这些汉章京根本不买谭嗣同、林旭的账，毫不客气对谭嗣同、林旭说：我们这些旧人是专门办理旧政的，你们这些新人是专门办理新政的。请你们不要占据我们的地盘，请他往。
不得已，谭嗣同、林旭只好走到满章京这边，指望这些满章京能够给他们提供一点方便。不料这些满章京也不咸不淡地说：我们这些满股，你们最好不要掺杂进来。请他往。
谭嗣同、林旭闻言甚怒，立即离开了这间章京办公室。后经王大臣调停，为这几位新任章京在章京办公室设置了几张办公桌，但他们与原先那些章京之间的隔阂隔膜乃至敌对敌视，都没有因为王大臣出面调解而化解，反而日趋严重，不共戴天，誓不两立。
按照皇上的设想，新任四章京与原来的章京们并不构成利益与工作方面的冲突，新任四章京的工作职责主要是参与新政，而原来的章京们还继续已有的文秘工作，他们的分工至少在皇上那里是相当清楚的，而四章京也是这样做的。
问题在于，四章京的这一特殊分工使他们介于军机大臣与章京之间，他们虽然没有军机大臣的名分和地位，但其功能却与军机大臣相仿佛；他们虽然也被称为章京，但实际政治地位却又比那些原先的章京高得多。所以，在实际工作过程中，他们不仅与原先的章京们发生冲突，即便是与那些军机大臣们也很难真正和睦相处，再加上皇上确实对那些暮气沉沉的军机大臣推行新政不力严重不满，许多事直接交代给四章京而有意或无意忽略了军机大臣们的存在，军机大臣对许多重大事务茫然无知，这自然恶化了四章京与军机大臣之间的关系；而四章京年轻气盛，自恃有皇帝特谕，对于皇帝交代的事务自然尽心尽力，但他们却很少或根本不与军机大臣们沟通，与皇上一样忘记了皇帝自己在最初交代的行政规则，就是四军机章京的任命并不是在军机处之外另设一新的行政中心，许多重大事务和重要文件依然应该通过原有的管道呈递。这样一来，四章京原本与军机大臣并不构成矛盾，现在却也成为对立态势，这都为后来的政治变动留下了空间。
新进军机四章京的政治品格无可挑剔，就其政治倾向性而言，也基本上都认同于以皇上为主导的新政改革，他们受命于皇上，效忠于皇上，这是他们一致的地方。但是，由于年龄、性格、出身以及各自复杂的人际关系的影响，他们四人在行为方式等方面还是有着比较大的差异。相对说来，谭嗣同在政治上比较坚定与坚持，自然也就比较偏激与激进；由于张之洞的影响，杨锐比较稳重与老成，在政治上比较倾向于稳健改革，主张用新人而不弃旧人，举凡涉及人事变动，强调以稳妥为主，不要人为地制造改革的对立面，不要将那些原本并不坚定反对改革的人推到了改革对立面；刘光第属于另外一种类型，他本性淳朴，富有正义感和事业心，但由于久居京师，熟悉官场，所以他在政治上和杨锐一样，不主张采取激进的变革措施，更没有康、梁式的凡事必须分出新旧的思维逻辑，而是强调任何改革都应该尽量团结所有的人，所有的改革措施都应该循序渐进，以社会的承受力为衡量改革力度的尺度。
四军机章京中年龄相对比较小，也比较盛气凌人、恃才自傲的可能是林旭，皇上的赏识，陈宝箴、张之洞，特别是荣禄赏识，王锡藩的推举，康有为的看重，都使林旭觉得有一种舍我其谁的自负，这势必在有意无意中恶化四军机章京与各方势力乃至四军机章京内部的关系。据杨锐在家书中所述，根据分工，他经常与林旭一起值班，谭嗣同与刘光第经常是另一班。他们每天的工作十分繁忙，对于所有发下来的条陈都必须仔细阅读，签署意见，拿出解决办法，提出修改意见，然后决定是否进呈御览。这些工作相当繁重，他们四人与其他章京的关系也相当紧张，但他们四人之间也并不能够很容易获得一致，而每每发生不必要的分歧。据杨锐的看法，谭嗣同与康、梁的关系最好，处处按照康、梁的意思去办，不过谭嗣同为人尚算正直，在值班或处理公务时还是比较平和比较安静，注意按规矩办事；而林旭则年轻气盛，恃才自负，而不愿吃苦，不愿深入，随事都欲取巧，对于所批阅的文件、条陈总是不那么上心，签署的意见往往有许多不太妥帖的地方，令人头痛。杨锐说，他曾三番五次强迫林旭修改，有时甚至强令修改三四次方能通过。杨锐比林旭年长，多负点责任也是应该的，只是他担心这样下去，恐怕与林旭的关系很难长久相处。
杨锐的担心是有道理的，不过由于四章京上任不久就发生了非常重大的意外变故，他们四人一起登上了断头台，所以他们之间的冲突并没有如杨锐所担心的那样发生。在他们共同协助皇上推行新政的那半个月里，他们之间的密切合作应该说是主流，也有流传至今的佳话。比如9月8日，湖南举人曾廉上书弹劾康有为、梁启超创邪说舞文诬圣，聚众徒假权行教，觊觎非常，大有像罗马教皇那样培植信徒，教化中国的政治企图。曾廉郑重建议朝廷，为保证大清王朝政治上长治久安，必须斩康、梁以塞邪慝之门，堵塞各种错误思想的传播和影响，以快人心，以申天讨，以保障大清王朝的江山万世永固。对于康有为、梁启超的思想学说，曾廉作了最恶毒的估计和批判，认为康、梁学术不仅迂谬，而且诡诞。建议朝廷从重从快严惩不贷。
曾廉的举报事关重大，如果这些举报果真属实，那么康有为、梁启超，甚至可能还有其他相关人员必遭杀身之祸。大约为了保护康有为、梁启超，或许也是因为皇上实在不想在新政刚刚开始，就闹得纷纷扬扬，满城风雨，期望大事化小，小事化了，不了了之，于是只将曾廉的举报批转军机大臣裕禄，并示意裕禄转交与康有为、梁启超关系非同寻常的谭嗣同拿出处理意见。
谭嗣同看了曾廉的这封举报信非常愤怒，以为曾廉真的很无耻，真的是欲加之罪，何患无辞。他根据自己对康有为、梁启超等新人物的了解与认识，对曾廉举报信中所涉及的问题逐条驳斥，最后建议皇上为了保证新政顺利推展，保证改革不间断进行，应该杀曾廉以谢天下。
皇上当然没有同意谭嗣同的建议。皇上不希望朝廷刚刚下诏求言，开放舆论，就立即发生因言获罪且被杀的事情发生。他真的担心如此会引发不可遏制的党争，会消耗掉改革的动力，更重要的是因言获罪，无论怎样解释，都不符合新政的精神，不符合言者无罪的政治原则。
对于皇上的宽大决定，谭嗣同似乎怎样都难以理解。他在皇上决定的第二天，继续顽强地向皇上重申诛杀曾廉的这个要求。然而皇上开放言论，不想让大臣们继续担心因言获罪的事情发生，所以坚决拒绝了谭嗣同的要求。不过，皇上大约也认同了谭嗣同的判断，他建议谭嗣同不妨从道理上逐条驳斥曾廉。
谭嗣同确实是一个意志坚定和固执己见的人，他在接受皇上的指示逐条批驳曾廉的同时，也坚定地向皇上表示他可以担保康有为、梁启超对朝廷对皇上的绝对忠诚，表示如果历史或其他证据证明曾廉讲的有道理，他请皇上可以先杀他谭嗣同。
大义凛然的谭嗣同义正辞严，一身正气，也深深感动了一起值班的新任军机章京刘光第，刘光第也真诚地向皇上表示，如果真的发生谭嗣同假设的那种情况，他请求皇上也可以先杀他刘光第。
谭嗣同、刘光第的正气深深感动了皇上，皇上决定将这件事情就此结束，不再追究，既没有杀曾廉，也没有下令调查康有为、梁启超，更没有将曾廉的这封举报信送到颐和园供皇太后参阅。然而，据江西道监察御史熙鳞后来说，当皇上稍后知道康有为、梁启超背着他并以他的名义搞什么派兵包围颐和园，迫使皇太后交权，并准备诛杀荣禄的阴谋后，就非常后悔没有听从曾廉的建议，他之所以“仰恳”皇太后出园训政，在很大程度上就是有感于曾廉的这个奏折，自责没有接受曾廉的建议，好好调查康有为、梁启超，反而莫名其妙、阴差阳错地给曾廉一个不明不白的处分，该处分的没处分，不该处分的人获得了处分，而且没有多长时间反过来证明被处分的人所说是对的，这怎能不使皇上懊悔万分，怎能不使他觉得无地自容，无法继续工作了，因为自己太不会鉴别人了，不知道好人与坏人的区别在哪里，以致犯下如此不可宽恕的错误。
